يمكن دراسة مدى انضغاط الكروماتين عن طريق تلطيخ الكروماتين باستخدام أصباغ محددة لربط الحمض النووي. تحت المجهر، تأخذ المناطق المضغوطة الكثيفة صبغة أكثر، وتبدو أغمق بينما المناطق الأقل انضغاطاً تأخذ صبغة أقل وتبدو أفتح . بناءً على مستوى الضغط، يتم تصنيف الكروماتين إلى ثلاثة أشكال أولية – كروماتين حقيقي، وكروماتين مغاير أساسي، وكروماتين مغاير اختياري.
كروماتين حقيقي : وهي المنطقة الأقل كثافة من الكروماتين وأخف البقع. يحتوي إيوكروماتين على هيستون H3 مؤستل على نطاق واسع غي منطقة الليسين 9. تحتوي الهيستونات في منطقة المروّج على ليسين 4 تمّت مثيلته، وفسفرة في الموقع 10. تقلّل الأستلة المكثفة من التجاذب بين الهيستونات والحمض النووي DNA مما يفك عقدة الكروماتين.
كروماتين مغاير التأسيس : إنها منطقة مضغوطة للغاية من الكروماتين يتركز معظمها في السنترومير والتيلومير. على عكس إيوكروماتين، فإن الحمض الأميني في المركز التاسع في ذيل H3 لهستونات ثنائي أو ثلاثي الميثيل. هذا يجذب بروتينًا متخصصًا غير الهيستوني يسمى بروتين الهيتروكروماتين 1 (HP1) إلى الموقع الذي تمت مثيلته. يمثل منطقة الكروماتين المكبوتة. تحتوي الكروموسومات البشرية 1،9،16 وكروموسوم Y في الذكور البشرية على جزء كبير من الهيتروكروماتين التأسيسي.
هيتروكروماتين اختياري : هذه المنطقة أكثر كثافة من كروماتين حقيقي، ولكن على عكس الهيتروكروماتين التأسيسي، يكون اللايسين في الموضع السابع والعشرين من ذيل هيستون H3 ثنائي أو ثلاثي الميثيل (H3K27me3). تتميز هذه المناطق بربط المجمعات القمعية بولي كومب: PRC1 و PRC2. يُعتقد أن مجال PRC2 يرتبط أولاً ويبدأ في تكوين الكروماتين المتغاير. تحتوي مجمعات PRC2 على إنزيمات هيستون ديستيلازز التي تمنع النسخ وتسبب تثبيط الكروماتين. بالإضافة إلى ذلك، يحتوي مجمع PRC2 أيضاً على مجال تحفيزي للعديد من هستون ميثيل ترانسفيراز التي تولد ثنائي تراي ميثيل ليسين. ثم يرتبط PRC 1 بالنيوكليوسومات الممثيلة ويكثف الكروماتين في بنية مدمجة تمنع النسخ.
