像常染色体一样，性染色体含有正常身体功能所必需的各种基因。当这些基因之一的突变导致生物学缺陷时，该病症被认为是性别相关的。
Y染色体突变被称为“Y-连锁”，只影响男性，因为他们只携带该染色体的一个拷贝。相对较小的Y染色体突变可以影响男性的性功能和第二性征。Y染色体不育是一种影响精子产生的疾病，由Y染色体的无精子症因子（AZF）区域的缺失引起。一般来说，Y染色体连锁的疾病只会从父亲传给儿子；然而，由于受影响的男性通常不会在没有辅助生殖技术的情况下为孩子做父亲，因此Y染色体不育通常不会传给后代。
X连锁疾病可以是显性或隐性的。X连锁显性遗传病是X染色体突变的结果，这种突变可以影响男性或女性。然而，一些疾病，包括脆性X综合征，对男性的影响比女性严重，可能是因为男性没有第二个正常的X染色体拷贝。脆性X综合征的特点是广泛的发展问题，包括学习障碍。X-连锁低磷血症是另一种X-连锁显性疾病，表现为对维生素D有抵抗力的佝偻病。
要使隐性突变引起生物缺陷，染色体的两个拷贝都必须突变。因此，女性必须接受两条突变的X染色体才能显示X染色体连锁障碍。相反，如果男性的单个X染色体携带突变，则会受到影响。因此，男性更常受到X连锁隐性疾病的影响，包括色盲、杜氏肌营养不良和血友病。
