Enzymen hebben extra componenten nodig voor een goede werking, waaronder twee moleculen: cofactoren en co-enzymen. Cofactoren zijn metaalionen en co-enzymen zijn organische moleculen die geen eiwitten zijn. Beide typen hulpmoleculen kunnen zich stevig aan het enzym binden of kunne alleen binden wanneer het substraat bindt.
Cofactoren zijn in ~ 30% van de rijpe eiwitten aanwezig. Ze worden vaak opgenomen in een enzym, terwijl het wordt opgevouwen, en zijn betrokken bij de katalytische activiteit van het enzym. Magnesium is een essentiële cofactor voor meer dan 300 enzymen in het menselijk lichaam, waaronder DNA-polymerase. In dit geval helpt het magnesiumion bij de vorming van de fosfodiësterbinding op de DNA-keten. IJzer, koper, kobalt en mangaan zijn andere veelvoorkomende cofactoren.
Veel vitamines zijn co-enzymen voor enzymen, omdat het organische hulpmoleculen zijn die geen eiwitten zijn. Biotine – een type B-vitamine – is bijvoorbeeld belangrijk voor verschillende enzymen die koolstofdioxide uit één molecuul naar een andere molecuul overbrengen. Biotine, vitamine A en andere vitamines moeten via onze voeding worden opgenomen, omdat ze niet door menselijke cellen gemaakt kunnen worden.
