Lorsqu’un grand nombre de bactériophages est présent,un mode de réplication alternatif peut se produire. Il s’agit du cycle lysogénique : les phages se reproduisentsans tuer leur hôte. Ce cycle débute comme un cycle lytique. D’abord, le phage se fixe à la cellule hôteet injecte son ADN. Mais, une fois à l’intérieur, l’ADN du phage se recomposeet s’intègre au génome bactérien,formant un prophage. Le prophage n’est pas actifet n’entraîne pas la production de nouveaux phages. Lorsque la cellule hôte se divise,la réplication se fait avec l’ADN de l’hôte.