Здесь описан метод, который может быть использован для визуализации пяти или более флуоресцентных параметров с помощью иммунофлуоресцентной микроскопии. Описан конвейер анализа для извлечения отдельных клеток из этих изображений и проведения анализа отдельных клеток с помощью стратегий проточной цитометрии, подобных гейтингу, которые могут идентифицировать подмножества клеток в срезах тканей.