يصف هذا البروتوكول إجراء للطباعة ثلاثية الأبعاد (3D) للمستعمرات البكتيرية لدراسة حركتها ونموها في مصفوفات هيدروجيل مسامية ثلاثية الأبعاد معقدة تشبه موائلها الطبيعية أكثر من الثقافات السائلة التقليدية أو أطباق بتري.