Denne protokol kombinerer karakterisering af et protein udsnit af kapillar gelelektroforese og en hurtig-bindende screening for opladet ligander af affinitet kapillær elektroforese. Det anbefales for proteiner med en fleksibel struktur, som uløseligt uordnede proteiner, til at bestemme eventuelle forskelle i bindende for forskellige opbygninger.