Dette manuskriptet beskriver eksperimentell prosedyre og programvareanalyse for en toveis integreringsstedanalyse som samtidig kan analysere oppstrøms og nedstrøms vektor-vert-kryss-DNA. Toveis PCR-produkter kan brukes til alle nedstrøms sekvenseringsplattformer. De resulterende dataene er nyttige for en høy gjennomstrømning, kvantitativ sammenligning av integrerte DNA-mål.