Dette manuskriptet beskriver en detaljert protokoll for fenotypisk og kvantitativ analyse av fastboende makrofager fra rotte-nyrer ved strømningscytometri. De resulterende fargede celler kan også brukes til andre formål, inkludert celle sortering, genekspresjonsanalyser eller funksjonelle studier, og dermed øke den informasjon som er innhentet i den eksperimentelle modellen.