La peinture chromosomique est une méthode utile pour étudier l’organisation du noyau cellulaire et l’évolution du caryotype. Ici, nous démontrons une approche pour isoler et amplifier des régions spécifiques d’intérêt des chromosomes simples de polytène qui sont ensuite utilisés pour l’hybridation in situ fluorescente bidimensionnelle et tridimensionnelle (FISH).