Aqui, descrevemos um sistema de nucleofecção projetado para aumentar a eficiência da entrega de genes em células-tronco neurais expandidas (NSCs) isoladas da zona subventricular murina adulta. Os resultados demonstram que este método melhora significativamente a perturbação gênica em NSCs, superando a eficácia dos protocolos tradicionais de transfecção e aumentando a taxa de sobrevivência celular.
O isolamento e a expansão de células-tronco neurais (NSCs) da zona subventricular (SVZ) do cérebro de camundongos adultos podem ser alcançados em um meio suplementado com fator de crescimento básico de fibroblastos (bFGF) e fator de crescimento epidérmico (EGF) como mitógenos, produzindo agregados clonais conhecidos como neuroesferas. Este sistema in vitro é uma ferramenta valiosa para estudar o potencial do NSC. A transfecção de siRNAs ou genes transportados em plasmídeos pode ser usada para induzir perturbações na expressão gênica e estudar a biologia do NSC. No entanto, a entrega de ácidos nucleicos exógenos às culturas de NSC é desafiadora devido à baixa eficiência da transfecção de células do sistema nervoso central (SNC). Aqui, apresentamos um sistema de nucleofecção aprimorado que atinge alta eficiência de entrega de genes em NSCs expandidos de SVZ murina adulta. Demonstramos que este método relativamente simples aumenta a perturbação gênica em NSCs adultos, superando os protocolos tradicionais de transfecção com taxas de sobrevivência superiores a 80%. Além disso, este método também pode ser aplicado em NSCs isolados primários, proporcionando um avanço crucial nos estudos da função gênica por meio da manipulação da expressão gênica por meio de knockdown ou superexpressão em culturas de neuroesferas.
As células-tronco neurais (NSCs) são células-tronco multipotentes residentes no cérebro. Essas células possuem a capacidade de se auto-renovar e se diferenciar nas três linhagens neurais: astrócitos, oligodendrócitos e neurônios1. Consequentemente, os NSCs desempenham um papel crucial na neurogênese adulta em mamíferos, um processo em que novos neurônios são gerados no cérebro2. As NSCs residem predominantemente em duas regiões dentro do cérebro adulto denominadas nichos neurogênicos: a zona subventricular (SVZ) ao longo das paredes dos ventrículos laterais e a zona subgranular (SGZ) dentro do giro dentado do hipocampo 3,4. As NSCs (também conhecidas como células B) na SVZ, o nicho neurogênico mais ativo no camundongo adulto, se auto-renovam e produzem progenitores amplificadores de trânsito (TAPs ou células C) que subsequentemente se diferenciam em neuroblastos (células A). Esses neuroblastos migram através do fluxo migratório rostral (RMS) para os bulbos olfatórios (OB), onde sofrem diferenciação completa em interneurônios, integrando-se ao circuito pré-existente 3,4,5,6.
Compreender a intrincada interação de pistas e sinais moleculares que regulam as NSCs dentro desses nichos é importante para aproveitar seu potencial para aplicações terapêuticas. Para tanto, vários métodos têm sido desenvolvidos para estudar essa população celular, desde a cultura primária seletiva de CPNs até a seleção celular por meio de marcadores de superfície 7,8,9,10. O presente manuscrito detalha o isolamento e a cultura de NSCs SVZ in vitro usando um meio seletivo livre de soro contendo ambos os mitógenos: fator de crescimento básico de fibroblastos (bFGF) e fator de crescimento epidérmico (EGF). Este meio facilita a proliferação celular e mantém a estaminalidade das NSCs obtidas a partir da SVZ de cérebros de camundongos adultos, formando agregados clonais, tridimensionais e não aderentes in vitro conhecidos como neuroesferas9. As culturas de neuroesferas servem como uma plataforma controlada para manipular e estudar os mecanismos moleculares e fatores que afetam a proliferação, auto-renovação, diferenciação e sobrevivência do NSC11. Notavelmente, o número de neuroesferas primárias formadas na cultura permite uma estimativa do número de NSCs presentes na SVZ in vivo, tornando-a uma ferramenta poderosa para estudar os efeitos de diferentes condições no pool de NSC adulto12,13. Além disso, uma vez estabelecida a cultura primária, as NSCs podem gerar novos agregados (neuroesferas secundárias) ao passar por divisões simétricas sob condições de proliferação14. Assim, a semeadura de baixa densidade de células secundárias da neuroesfera (ensaio clonal) pode ser utilizada para avaliar a taxa de auto-renovação dessas culturas 4,15,16,17.
Apesar do potencial das neuroesferas em descobrir os mecanismos que regem a regulação do NSC, alguns pesquisadores questionam a validade dos achados in vitro, argumentando que as condições artificiais nas quais as células crescem podem não replicar fielmente o intrincado microambiente in vivo de nichos neurogênicos 18,19,20,21,22. Outro ponto controverso gira em torno da heterogeneidade observada nas neuroesferas. No entanto, acredita-se que essa variabilidade espelhe as divisões simétricas e assimétricas das NSCs que ocorrem naturalmente in vivo23,24. Além disso, a validação recente apoiou a utilização de culturas de NSC para prever mecanismos que operam dentro do nicho neurogênico da SVZ in vivo, e vários estudos demonstraram que NSCs cultivadas in vitro mantêm com precisão o perfil transcriptômico observado in vivo11,25.
Portanto, as culturas de neuroesferas não servem apenas como um método para explorar as habilidades de proliferação e diferenciação do NSC, mas também oferecem um sistema para estudar a influência dos genes que governam a biologia do NSC. Uma técnica fundamental para investigar a função gênica em NSCs é a perturbação da expressão gênica. siRNAs ou genes entregues por meio de plasmídeos podem ser transfectados em culturas de células, resultando em knockdown ou regulação positiva do gene alvo. Essa abordagem versátil reduz significativamente o tempo e o custo em comparação com o estabelecimento de culturas usando camundongos knockout condicionais, apresentando um caminho promissor para desvendar as bases genéticas da neurogênese e explorar perspectivas terapêuticas. Alterar a expressão de genes específicos em NSCs permite a modulação de seu comportamento, influenciando processos biológicos cruciais, como proliferação, diferenciação e migração. No entanto, a perspectiva de transfectar NSCs, particularmente nas neuroesferas de camundongos, apresenta desafios notáveis. A estrutura tridimensional das neuroesferas compromete a eficiência da transfecção, muitas vezes resultando em baixas taxas de entrega bem-sucedida de ácidos nucleicos exógenos, o que limita a extensão da manipulação genética26,27. Além disso, os procedimentos de transfecção podem afetar negativamente a viabilidade e a funcionalidade celular27. Nesse contexto, apresentamos o sistema de nucleofecção como um método para mitigar o dano celular, alcançando uma alta taxa de sobrevivência e garantindo maior eficácia em ensaios de entrega gênica usados para perturbar culturas de NSC.
Este manuscrito tem como objetivo ilustrar o procedimento para isolar, expandir e nucleofectar NSCs do nicho neurogênico SVZ adulto para perturbar genes usando o sistema de cultura de neuroesferas. Este método supera a eficácia dos protocolos tradicionais de transfecção, apresentando taxas de sobrevivência significativamente mais altas e melhor eficiência de entrega de genes entre as células-alvo.
Devido à falta de marcadores definitivos para identificar a população de NSCs in vivo, a análise de NSCs tem sido baseada principalmente na observação do comportamento de células isoladas de nichos neurogênicos em condições ex vivo . O trabalho pioneiro de Reynolds e Weiss lançou as bases estabelecendo condições precisas de cultura, permitindo o isolamento e a expansão de células individuais de tecido SVZ de camundongo adulto jovem (2 meses de idade) sob condições não adesivas. Essas células são geralmente propagadas em um meio livre de soro contendo EGF e bFGF, condições que impedem totalmente a diferenciação em neurônios e glia enquanto promovem a proliferação. De fato, sob essas condições de cultura9, a maioria das células morre durante os primeiros dias de cultura, mas um pequeno subconjunto começa a se dividir e forma principalmente neuroesferas flutuantes9. A dissociação enzimática e o subcultivo desses agregados celulares facilitam a propagação da cultura, demonstrando a capacidade de autorrenovação dessas culturas.
Notavelmente, as culturas de neuroesferas mostram potencial de expansão com a adição apenas de EGF, enquanto as NSCs cultivadas em um meio contendo apenas bFGF não mostram proliferação celular a longo prazo30. Ambas as evidências apontam o EGF como o principal mitógeno de auto-renovação do NSC. No entanto, a presença de EGF e bFGF no meio de cultura melhora a capacidade de auto-renovação das NSCs31, bem como contribui para equilibrar o potencial de diferenciação em astrócitos, neurônios e oligodendrócitos 32,33,34,35. Além disso, o uso de uma mistura definida de hormônios e fatores em vez de alternativas comerciais para suplementar o meio garante a alta qualidade e reprodutibilidade das culturas NSC. Nessas condições, as culturas de NSC de camundongos podem persistir como linhagens celulares estáveis sem sofrer imortalização. No entanto, uma preocupação nas culturas de neuroesferas é o potencial das populações de células proliferativas de sofrer transformações genéticas, contornando os mecanismos reguladores do ciclo celular e levando a um fenótipo imortalizado. Portanto, embora as culturas de neuroesferas sejam altamente expansíveis, culturas além de 10 passagens in vitro são geralmente descartadas para estudos, pois podem sofrer envelhecimento replicativo, e células com conteúdo cromossômico anormal ou dinâmica de crescimento irregular podem surgir. Além disso, o uso de culturas de neuroesferas estabelecidas a longo prazo deve ser monitorado continuamente. As culturas de neuroesferas também oferecem a oportunidade de examinar suas características e potencial em um ambiente controlado, fornecendo uma configuração mais precisa e ajustável que pode ser modulada e monitorada com mais precisão do que in vivo. Por meio de análises clonogênicas ou populacionais in vitro, é possível quantificar as capacidades de auto-renovação e proliferação dessas células, facilitando a identificação dos mecanismos subjacentes que governam essas propriedades.
No entanto, apesar da grande lista de vantagens de trabalhar com NSCs in vitro, a natureza desse protocolo de cultura e a delicadeza dos NSCs constituem um desafio no campo. Por exemplo, o número de neuroesferas primárias geradas durante uma dissecção típica pode variar significativamente com base na habilidade e precisão do experimentador. Os resultados da neuroesfera primária ilustram essa variabilidade no número de neuroesferas primárias obtidas da SVZ de camundongos de 2 meses de idade, variando entre 500 e 3000 neuroesferas. Vários fatores podem contribuir para essa variabilidade. Primeiro, a precisão da dissecção minimiza o tecido parenquimatoso indesejado, que inibe a formação de esferas primárias. Em segundo lugar, a geração de pequenos pedaços de tecido SVZ permite a digestão enzimática e trituração eficientes, reduzindo assim a perda celular. Isso destaca a necessidade de prática prévia suficiente do protocolo de dissecção e um desenvolvimento ajustado do processamento de tecidos durante o estabelecimento das culturas da neuroesfera.
Outra limitação dessas culturas reside no fato de que as neuroesferas podem compreender tanto NSCs quanto células progenitoras, tornando difícil distinguir entre essas duas populações dentro de culturas primárias. Embora vários marcadores como GFAP, Nestin, Musashi e SOX2 tenham sido relatados como expressos por NSCs8, nenhum deles foi associado exclusivamente a NSCs. Técnicas emergentes de FACS baseadas na expressão de antígenos de superfície celular permitiram o isolamento de NSCs e sua progênie. Esses estudos demonstraram que os progenitores amplificadores de trânsito são incapazes de formar neuroesferas após a passagem 25,36. Assim, embora a relação entre as células SVZ e as células iniciadoras da neuroesfera exija mais refinamento 18,19,20,21,22,23, a capacidade das neuroesferas de serem passadas em série por um período prolongado pode refletir a presença de NSCs nas culturas.
Este sistema de cultura de neuroesferas tem servido como um modelo robusto para investigar o impacto das vias de sinalização e expressão gênica na manutenção da capacidade de autorrenovação do NSC in vitro15,29. Uma abordagem para explorar esses aspectos envolve a transfecção de NSCs para superexpressar ou derrubar genes específicos. Isso pode ser feito por meio de várias técnicas, incluindo métodos virais e não virais. Embora os vetores virais geralmente atinjam alta eficiência de transferência de genes, eles têm limitações importantes, como os altos requisitos de segurança e a produção demorada de vetores26. Por outro lado, os métodos clássicos de transfecção, como lipofecção e eletroporação, atingem taxas de transfecção muito baixas, tornando-os inviáveis para células difíceis de transfectar. A tecnologia de nucleofecção oferece uma abordagem fácil de usar, combinando soluções de nucleofecção específicas do tipo de célula com parâmetros elétricos exclusivos para cada tipo de célula37,38. Isso garante a transferência de DNA diretamente para o núcleo da célula39, permitindo a incorporação do DNA de maneira independente do ciclo celular. Consequentemente, a nucleofecção surge como uma técnica viável para transfectar células difíceis de transfectar, como NSCs de camundongos 28,40.
Uma limitação deste método é que um mínimo de 2 x 106 células é recomendado e necessário para cada nucleofecção, embora em condições ideais, um número menor de células possa ser usado por nucleofecção única (ou seja, 5 × 105 células). Outra desvantagem do método é que a qualidade e a concentração do DNA usado para a nucleofecção influenciam significativamente a eficiência da transferência de genes. A utilização de DNA preparado livre de endotoxinas é altamente recomendada para prevenir a mortalidade celular elevada devido à presença de endotoxinas. Além disso, o uso de mais de 6 μg de DNA total para nucleofecção pode reduzir substancialmente a eficiência da transferência de genes e a viabilidade celular. Finalmente, a administração de pulso elétrico também é crítica para a sobrevivência das células nucleofectadas.
Neste trabalho, exemplificamos a manipulação da expressão do gene Snrpn empregando uma estratégia envolvendo a regulação negativa de sua expressão usando plasmídeos epissómicos. Esses plasmídeos não são integrados ao genoma das células e, como os NSCs continuam proliferando in vitro, o DNA introduzido será posteriormente diluído ao longo da divisão celular e, assim, perderá o efeito da manipulação genética. Portanto, essa estratégia é valiosa para estudar o efeito de uma alteração aguda em um curto período ou para células de nascimento in vitro. Algumas alternativas para avaliar um efeito mais prolongado da perturbação gênica estão disponíveis. Por exemplo, um sistema integrativo como o piggyBAC baseado em transposon pode ser usado. Este sistema consiste em introduzir a sequência codificante desejada contida no plasmídeo ladeado por sequências transponíveis e co-nucleofectar as células com um plasmídeo contendo a sequência da enzima transposase41. Alternativamente, transposons ou os sistemas CRISPR/Cas podem ser usados.
O desenvolvimento de tecnologias de transfecção será um passo importante para ensaios de alto rendimento para avaliar o papel de diferentes genes na fisiologia das células-tronco neurais adultas. Em combinação com métodos de purificação e expansão cada vez mais sofisticados, esses estudos permitirão a compreensão da biologia in vitro de NSCs adultos e a comparação das diferenças biológicas entre neuroesferas flutuantes e NSCs in vivo.
The authors have nothing to disclose.
Este trabalho foi apoiado por doações do Ministerio de Ciencia e Innovación e da Agencia Estatal de Investigación (MCIN/AEI) (PID2019-110045GB-I00; PID2022-142734OB-I00 e EUR2023-143479) para SRF. EJV (FPU20/00795) e DSL (FPU22/03797) são financiados pelo programa de bolsas espanhol Formación de Profesorado Universitario (FPU). LLC (PRE2020-094137) e JDM (PREP2022-000680) são financiados pelo programa de bolsas Spanish Formación de Personal Investigador (FPI). A CMM (CIACIF/2022/366) é financiada pela Generalitat Valenciana. MIL (CPI-22-481) é financiado pela bolsa do Programa INVESTIGO (Next Generation EU). Financiamento de acesso aberto fornecido pelo Ministério de Ciência e Inovação.
0.22 μm pore-filter bottles (250 mL) | VWR | 514-0330P | |
0.22 μm pore-filter bottles (500 mL) | VWR | 514-0332P | |
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15 mL tube | Fisher | 10738771 | |
24-well plate | LabClinics | PLC30024 | |
4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (HEPES) | BioWest | L0180-100 | |
4′,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) | Sigma | D9542 | |
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Accutase solution | Sigma | A6964-100ML | Referred as enzymatic solution |
Amaxa Mouse Neural Stem Cell Nucleofector Kit | Lonza | VPG-1004 | |
Amaxa Nucleofector Iib | Lonza | 10700807 | |
Antibiotic/Antimitotic (A/A) | Sigma | A5955 | |
Apo-t-Transferrine | Sigma | T2252-1G | |
Basic Fibroblast Growth Factor (bFGF) | Sigma | F0291 | |
Blasticidin | Sigma | 203350 | |
Bovine Serum Albumin (BSA) | Sigma | B4287-25MG | |
Cell strainer 40 μm | LabClinics | PLC93040 | |
Deoxynucleotide triphosphate (dNTPs) | NZYTech | MB08701 | |
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Sigma | D8418 | |
Dulbecco’s Phosphate Saline Buffer (DPBS) | Gibco | 14080-055 | |
Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM) F12 1:1 | Gibco | 11320-074 | |
E. coli DH5α Competent Cells | ThermoFisher | EC0112 | |
Earles's Balanced Salt Solution (EBSS) | Gibco | 24010-043 | |
Epidermal Growth Factor – Human recombinant (EGF) | Gibco | 53003-018 | |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | Sigma | E-6511 | |
Fine Forceps | Fine Science Tools | 11274-20 | |
Fine Scissors Sharp | Fine Science Tools | 14060-09 | |
Glucose | Sigma | G-7021 | |
GoTaq G2 Flexi DNA Polymerase | Promega | M7805 | Kit includes reagents for PCR |
Heparin | Sigma | H-3149 | |
Insuline | Sigma | I6634 | |
LB agar (Lennox) | LabKem | AGLB-00P-500 | |
LB broth (Lennox) | LabKem | LBBR-00P-500 | |
L-Cysteine | Sigma | C-8277 | |
L-Glutamine | Gibco | 25030-024 | |
Neubauer chamber | Blaubrand | BR718620 | |
Nuclease free water | Labbox | WATR-00A-10K | |
NZYMaxiprep Endotoxin Free Kit | NZYTech | MB39901 | |
Papain Lyophilized | Worthington | LS003119 | |
Progesterone | Sigma | P-6149 | |
Putrescine | Sigma | P-7505 | |
Scalpel | Fine Science Tools | 10316-14 | |
shSCRAMBLE | Mission (Sigma) | SHC003 | |
shSNRPN | Mission (Sigma) | TRCN0000109285 | |
Sodium Selenite | Sigma | S-9133 | |
Spatula | Fine Science Tools | 10090-17 | |
Sterile PES Syringe Filters (0.22 μm pore-filter) | Epica | SFPE-22E-050 | |
T12.5 cm2 Flask | Biofil | TCF012025 | |
T25 cm2 Flask | LabClinics | PLC70025 | |
T75 cm2 Flask | LabClinics | PLC70075 | |
Tweezers | Fine Science Tools | 91150-20 |