Hier presenteren we een high-throughput protocol om miljoenen maïsprotoplasten tijdelijk te transfecteren voor het testen van grote bibliotheken van plasmiden in maïsmesofylcellen.
De transfectie van maïsmesofylcellen omvat vaak het verteren van de celwanden van de plant om protoplasten te maken en vervolgens DNA in te brengen via elektroporatie of polyethyleenglycol (PEG). Eerdere methoden werden ontwikkeld om tienduizenden getransfecteerde protoplasten tegelijk te produceren. Hier beschrijven we een eenvoudige methode om miljoenen bladmesophylprotoplasten in maïs (Zea mays L.) te isoleren en te transfecteren. Dit gestroomlijnde proces verwijdert bepaalde veel voorkomende protoplastingstappen, zoals wassen in W5. Bovendien zijn stappen zoals centrifugeren, PEG-gemedieerde transfectie en incubatie aangepast om met een groter aantal protoplasten te werken. Het vermogen om grote bibliotheken van plasmideconstructen tot expressie te brengen, maakt experimenten op genoomschaal mogelijk, zoals massaal parallelle reporter-assays in maïs.
Voorbijgaande genexpressie is een krachtig hulpmiddel in de plantenbiologie. Plantencellen zijn echter moeilijk te transfecteren omdat ze omgeven zijn door een celwand. Deze barrière voor DNA-invoer is niet aanwezig in andere vaak bestudeerde celtypen zoals zoogdier- of insectencellen. Eerder onderzoek pakte deze uitdaging aan door gebruik te maken van protoplasten: plantencellen waarvan de celwanden zijn verteerd en verwijderd. In tegenstelling tot onbewerkt bladweefsel zijn plantaardige protoplasten gemakkelijk om mee te werken in suspensie en vatbaar voor transfectietechnieken gemedieerd door elektroporatie of polyethyleenglycol (PEG)1. Plantencellen behouden veel van hun functionaliteit, zelfs na verwijdering van de celwand. Zo worden protoplasten in verschillende planten gebruikt om gen- en eiwitfunctie 2,3 te bestuderen, signaaltransductie4 te begrijpen en mogelijke doelen voor plantenveredeling te identificeren5. Protoplasten zijn ook een handig vehikel voor het screenen van genoombewerkingsconstructies in diverse gewassoorten, waaronder tarwe en aardappel 6,7. Kortom, transiënte assays in protoplasten zijn onmisbaar voor de landbouwbiotechnologie.
Maïs (Zea mays L.) is ‘s werelds grootste graanoogst in tonnage; Als zodanig is het een belangrijke focus van fundamenteel en toegepast plantenwetenschappelijk onderzoek8. In tegenstelling tot modelplanten zoals Nicotiana tabacum9 wordt transgene expressie in intacte maïsbladeren echter niet routinematig uitgevoerd. Protoplasting is gebruikt voor het verkrijgen en transfecteren van maïsblad mesofylcellen10,11. Eerdere methoden hebben transfectie-efficiënties tot 75% bereikt met behulp van elektroporatie en produceerden getransfecteerde protoplasten op de schaal van tienduizenden10,15.
Dit protocol beschrijft hoe miljoenen maïsmesofylcellen kunnen worden geprotoplast en getransfecteerd met een efficiëntie die vergelijkbaar is met eerdere methoden. De belangrijkste stappen zijn het kweken van geëtioleerde maïszaailingen, het oogsten van het bladweefsel, het verteren van de celwand van de plant en het leveren van plasmide-DNA in de cellen met behulp van PEG. De belangrijkste bijdrage van dit protocol is de mogelijkheid om protoplasttransfectie op te schalen met behoud van de levensvatbaarheid van de cellen die nodig zijn voor functionele assays. Dit maakt het gebruik van experimenten op genoomschaal mogelijk, zoals massaal parallelle reporter-assays, die de functie van honderdduizenden regio’s in het maïsgenoom kunnen testen. Deze methode is onlangs gebruikt om grote bibliotheken van cis-regulerende DNA-elementen te onderzoeken, waaronder versterkers en promotors 12,13,14.
Zoals eerder gemeld, is de kwaliteit van het plantaardige materiaal dat wordt gebruikt voor protoplasting essentieel voor het verkrijgen van hoogwaardige protoplasten16,17,18. Het is cruciaal om gezonde onbevlekte bladeren te selecteren. Hierbij werd gebruik gemaakt van het populaire onderzoek maïs cultivar B73. We hebben geen andere cultivars getest. De maïszaailingen die voor dit protocol werden gebruikt, werden in het donker gekweekt omdat geëtioleerde bladeren 16 uur na transfectie protoplasten produceren met een grotere levensvatbaarheid in vergelijking met protoplasten van groene bladeren. Voor toepassingen die geen nachtelijke incubatie vereisen, zou het gebruik van groen of vergroenend bladmateriaal mogelijk zijn.
Een cruciale stap is het goed snijden van het bladmateriaal in dunne plakjes voor enzymatische vertering. Dit proces vergroot het oppervlak voor de mesofylcellen om te worden blootgesteld aan de enzymoplossing, waardoor het aantal teruggewonnen protoplasten toeneemt. De distale bladpunten worden weggegooid en dunne (≤1 mm) plakjes worden gesneden met nieuwe scheermesjes, die onmiddellijk worden uitgeschakeld wanneer ze dof beginnen te worden. Voor een bepaalde hoeveelheid weefsel leveren dunnere plakjes meer protoplasten op, mits de juiste techniek wordt gebruikt om het verpletteren van de bladeren te minimaliseren.
Het correct wassen van de protoplasten is ook belangrijk, omdat ze vrij delicaat zijn na het verwijderen van de celwand. Na de spijsvertering worden alle oplossingen op ijs bewaard en worden de donkergekweekte protoplasten beschermd tegen licht. De osmolariteit en pH worden gebufferd door de wasbeurten in MMG-oplossing uit te voeren. Om de protoplasten te isoleren van het minder dichte celafval, vindt centrifugatie plaats bij 100 x g. Protoplasten gecentrifugeerd bij 200 x g vertonen een vergelijkbare levensvatbaarheid na isolatie, maar lagere levensvatbaarheid de volgende dag, en ze transformeren ook ongeveer de helft. We raden aan om de levensvatbaarheid van de protoplasten te controleren door te kleuren met FDA (fluoresceïnediacetaat) onmiddellijk na isolatie; De normale levensvatbaarheid varieert tussen 70% -90%. Protoplasten met een levensvatbaarheid van minder dan 40% na isolatie leveren weinig transformanten op.
Pelleteren en wassen zijn gemakkelijker bij het werken met veel protoplasten omdat er na transfectie een duidelijk zichtbare pellet wordt verkregen. Om deze reden wordt transfectie uitgevoerd met 1 miljoen of meer protoplasten. Bij het opschalen van het protocol moet een vat van de juiste grootte worden geselecteerd voor de incubatiestappen (1,5 ml, 15 ml of 50 ml centrifugebuis) en moet het volume van de oplossing dat wordt gebruikt voor de wasstappen dienovereenkomstig worden geschaald. In ieder geval is het gunstig om te centrifugeren in ≤10 ml aliquots om ervoor te zorgen dat de protoplasten niet in het supernatant achterblijven. Een innovatie van dit protocol is het verwijderen van de 1 uur incubatie- en wasstap in W5-oplossing die wordt vermeld in andere protocollen14,19, die in onze handen onnodig bleken.
Zoals in andere studies te zien is, zijn de hoeveelheid en kwaliteit van DNA beide van cruciaal belang voor een succesvolle transfectie19. Voor plasmiden in het bereik van 4-6 kb wordt 15 μg DNA gebruikt per 1 miljoen protoplasten. DNA-preparaten van slechte kwaliteit kunnen leiden tot verminderde levensvatbaarheid na transfectie, dus we raden aan een commerciële DNA-extractiekit te gebruiken bij het isoleren van plasmiden van bacteriën. Het incuberen van de protoplasten gebeurt ‘s nachts bij kamertemperatuur in het donker om de transcriptie van de plasmide- of plasmidebibliotheek mogelijk te maken en tegelijkertijd stress te minimaliseren. Na nachtelijke incubatie wordt ongeveer de helft van het aantal oorspronkelijk getransfecteerde protoplasten teruggevonden. Protoplasten worden verdund tot een concentratie van 500-1.000 cellen/μL voor nachtelijke incubatie. Protoplasten die ‘s nachts moeten worden geïncubeerd bij concentraties hoger dan 1.000 cellen / μL hebben lagere herstelpercentages en een lagere levensvatbaarheid. Bij hogere concentraties kan puin van beschadigde en dode protoplasten bijdragen aan de dood van naburige protoplasten. Het wassen van de protoplasten na nachtelijke incubatie dient zowel om dit vuil te verwijderen als om het overtollige plasmide te verwijderen.
Protocollen als deze hebben de beperking dat niet alle plantensoorten of weefselsoorten vatbaar zijn voor protoplasting. Bovendien kunnen genexpressieverschillen worden geïnduceerd door het protoplastische proces.
Samenvattend hebben we een eenvoudig en schaalbaar protocol beschreven om miljoenen levensvatbare protoplasten te isoleren en transfecteren uit het basislandbouwgewas Z. mays. Deze methode kan veel meer protoplasten transfecteren met behulp van PEG, met een transformatie-efficiëntie die bijna net zo hoog is als op elektroporatie gebaseerde methoden15. Het grotere netto aantal transformanten maakt het mogelijk om honderden of duizenden constructies te testen in grootschalige experimenten zoals massively-parallel reporter assays12,13. Toekomstige experimenten op genoomschaal in maïs zullen wetenschappers in staat stellen om de genexpressie en genregulatie van maïs beter te begrijpen.
The authors have nothing to disclose.
Dit werk werd ondersteund door het National Human Genome Research Institute Interdisciplinary Training in Genomic Sciences (T32 training grant no. HG000035 to J.T.) en het National Institute of Health (NIGMS 1R35GM139532 to C.Q.) en door de National Science Foundation (RESEARCH-PGR IOS-1748843 en PlantSynBio 2240888 to CQ). We bedanken Andrea Gallovatti van Rutgers University voor de gift van de maïszaden.
1.5 mL graduated microcentrifuge tubes | VWR | 490004-444 | |
15 mL Falcon conical centrifuge tube | Corning | 05-527-90 | |
250 mL Pyrex glass beaker | Fisher | 50-121-5005 | |
40 um nylon mesh cell strainer | Fisher | 22363547 | |
50 mL Falcon tube | Corning | 14-432-22 | |
72 cell propagation tray | T.O. Plastics | 725607C | |
Aluminum foil | VWR | 89107-732 | |
Bell jar | Bel-Art | F42022-0000 | |
Benchtop centrifuge | Eppendorf | 5424-R | |
Beta-mercaptoethanol | Sigma-Aldrich | M6250-250ML | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Bovine serum albumin | Sigma-Aldrich | A2153 | |
Calcium chloride dihydrate (CaCl2*2H2O) | PhytoTech Labs | C135 | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Cellulase Onozuka R-10 | Duchefa Biochemie | C8001.0010 | |
D-Mannitol | PhytoTech Labs | M562 | |
Dissecting scope | Reichert | Microstar IV | |
Fluorescein Diacetate (FDA) | Thermofischer Scientific | F1303 | Dissolve in acetone at 0.5% weight/volume to make a 1000X stock solution. Protect from light and store at -20 °C. |
Fluorescence Illumination Systems | Prior | Lumen200 | |
Fluorescence microscope | Leica | MDG36 | |
High-capacity centrifuge | Eppendorf | 5810 R | |
Macerozyme | Duchefa Biochemie | M8002.0005 | |
Magnesium chloride (MgCl2) | Sigma-Aldrich | M292-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Maize seeds | B73 | USDA-ARS | https://npgsweb.ars-grin.gov/gringlobal/accessiondetail?accid=PI+550473 |
Medium binder clip | Uline | S-24649 | |
MES | Sigma-Aldrich | M5287-250G | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Adjust pH to 5.7 using KOH. Protect from light and store at room temperature. |
Micropipette 20-200 uL | Gilson | F123601G | |
Nanodrop microvolume spectrophotometer | Thermofischer Scientific | ND-1000 | |
NEB 5-alpha competent E. coli | New England BioLabs | C2987H | |
Neubauer hemocytometer | Daigger Scientific | EF16034F | |
No. 9 Single-edge razor blade | Excel | 20009 | |
Orbital shaker | VWR | 89032-104 | |
Poly(ethylene) glycol 4,000 | Sigma-Aldrich | 81240-1KG | |
Potassium chloride (KCl) | Sigma-Aldrich | P9541-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Professional Grade Vermiculite | NK Lawn & Garden | G208 | |
Round-bottom glass centrifuge tube 30 mL | Kimble Chase | 45500-30 | |
Rubber adapter for Corex centrifuge tubes | Corning | CLS8445AO | |
Sphagnum peat moss | Premier Horticulture | 0128P | |
TRIzol Reagent | Thermofischer Scientific | 15596018 | |
Tygon vacuum tubing | VWR | 76336-844 | |
Vacuum gauge | Wika | 4269978 |