תרבית חוץ גופית היא שיטת זיהוי ישירה לנוכחות חיידקים חיים. פרוטוקול זה מתאר שיטות לתרבית של מגוון סוגי Borrelia spirochetes, כולל אלה של Borrelia burgdorferi sensu lato complex, קדחת התקפית של מיני Borrelia ו- Borrelia miyamotoi. מינים אלה הם חסונים וגדלים לאט, אך ניתן לתרבית אותם.
הבורליה מורכבת משלוש קבוצות של מינים, אלה של קבוצת ליים בורליוזיס (LB), הידועה גם בשם B. burgdorferi sensu lato (s.l.) ולאחרונה סווגה מחדש לבורליאלה, קבוצת קדחת התקפית (RF) Borrelia, וקבוצה שלישית של ספירוצ’טים הקשורים לזוחלים. שיטות מבוססות תרבית נותרו תקן הזהב לזיהוי מעבדה של זיהומים חיידקיים הן למחקר והן לעבודה קלינית, שכן תרבית של פתוגנים מנוזלי גוף או רקמות מזהה ישירות פתוגנים משכפלים ומספקת חומר מקור למחקר. Borrelia ו– Borreliella spirochetes הם מהירים וגדלים לאט, ולכן אינם מתורבתים בדרך כלל למטרות קליניות; עם זאת, התרבות נחוצה למחקר. פרוטוקול זה מדגים את המתודולוגיה והמתכונים הדרושים לתרבית מוצלחת של ספירוצ’טות LB ו- RF, כולל כל המינים המוכרים מקומפלקס B. burgdorferi s.l. כולל B. afzelii, B. americana, B. andersonii, B. bavariensis, B. bissettii/bissettiae, B. burgdorferi sensu stricto (s.s.), B. californiensis, B. carolinensis, B. chilensis, B. finlandensis, B. garinii, B. japonica, B. kurtenbachii, B. lanei, B. lusitaniae, B. maritima, B. mayonii, B. spielmanii, B. tanukii, B. turdi, B. sinica, B. valaisiana, B. yangtzensis, and RFspirochetes, B. anserina, B. coriaceae, B. crocidurae, B. duttonii, B. hermsii, B. hispanica, B. persica, B. recurrentis ו-B. miyamotoi. המדיום הבסיסי לגידול ספירוצ’טות LB ו- RF הוא מדיום ברבור-סטונר-קלי (BSK-II או BSK-H), התומך באופן אמין בצמיחת ספירוצ’טות בתרבויות מבוססות. כדי להיות מסוגל לגדל מבודד בורליה מבודד חדש מדגימות שמקורן בקרציות או פונדקאי שבהן מספר הספירוצ’ט הראשוני נמוך בחיסון, עדיף מדיום קלי-פטנקופר שונה (MKP). מדיום זה תומך גם בצמיחה של B. miyamotoi. ההצלחה של טיפוח של spirochetes RF תלוי גם באופן קריטי באיכות המרכיבים.
בורליה (שם מדעי: Borrelia) הוא סוג של חיידק ספירוצ’טה הכולל שלושה סוגים עיקריים: קבוצת ליים בורליוזיס (LB), קבוצת קדחת התקפית (RF), וקבוצה פחות מאופיינת המוגבלת לכאורה לזוחלים. טקסונומיה של בורליה נמצאת בשטף עם הופעתן של מתודולוגיות מולקולריות המאפשרות השוואה בין גנום לפרוטאום, כפי שנכון לגבי רוב הקבוצות הטקסונומיות האחרות 1,2,3,4,5,6,7. קבוצת LB (המכונה גם קבוצת מחלת ליים) נקראת באופן מסורתי Borrelia burgdorferi sensu lato על שם חבריה המאופיינים ביותר Borrelia burgdorferi sensu stricto. מאמר זה משתמש בטרמינולוגיה הנפוצה ביותר כיום: LB, RF והקבוצה המשויכת לזוחלים, ומתאר את פרוטוקולי התרבות עבור קבוצות LB ו- RF.
כפי שניתן היה לצפות עבור בן משפחה Spirochaetaceae, Borrelia יכול לאמץ את הצורה הספירלית הארוכה והדקה הייחודית, בדרך כלל 20-30 מיקרומטר אורך ו 0.2-0.3 מיקרומטר רוחב. עם זאת, תאי בורליה הם פלאומורפיים מאוד ויכולים לאמץ צורות רבות אחרות הן בתרבית והן in vivo 1,8 כתוצאה מהמבנה התאי והגנטי המורכב שלהם. בצורתו הספירוכטלית, המורפולוגיה של גל הסינוס המישורי נובעת מכך שהאנדופלגלה הצירית שלו מסתובבת בחלל הפריפלסמי שבין הממברנות הפנימיות והחיצוניות. מבנה זה מאפשר לתאים להיות תנועתיים מאוד, כאשר הקרום החיצוני מכיל חלבונים המאפשרים לתא לתקשר עם רקמות מארחות 9,10. הביטוי של חלבוני הממברנה החיצונית מווסת היטב ומשפיע לא רק על פלישת רקמת המאכסן אלא גם על אינטראקציה עם מערכת החיסון המארחת11. ביטוי גנים מורכב זה מאפשר לתאי בורליה לנוע בין סביבות שונות מאוד של מארחי חוליות ווקטורים חסרי חוליות. הגנום של בורליה הוא יוצא דופן בקרב פרוקריוטים, המורכב מכרומוזום ליניארי ולא מעגלי. בנוסף לכרומוזום הליניארי, מיני בורליה מכילים 7-21 פלסמידים, חלקם ליניאריים וחלקם מעגליים. הפלסמידים מכילים את רוב הגנים הדרושים להסתגלות ולאלימות של המאכסן, והפלסמידים המעגליים שמקורם בפרופג’ים נחשבים כאחראים לרוב זרימת הגנים האופקית בין תאים ספירוכטליים12,13. בהתאם לתפקיד בהסתגלות המארח, חלקם, אולי רבים או כולם, מחברי קבוצת הבורליוזיס ליים מאבדים פלסמידים בתרבות14. הזן ה”מותאם למעבדה” הנחקר ביותר של B. burgdorferi, B31, מכיל רק שבעה מתוך תשעת הפלסמידים שנמצאו במבודדים פראיים של מין זה15. באופן דומה, B. garinii מאבד פלסמידים בתרבות16. כמה מחקרים הראו כי מיני RF ו- B. miyamotoi שומרים על פלסמידים בתרבית14,17, אך עבודות אחרונות מדגימות שינויים בפלסמידים והדבקה עם גידול מבחנה לטווח ארוך 18.
שיטות מבוססות תרבית נותרו תקן הזהב לזיהוי מעבדה של זיהומים חיידקיים, הן במחקר והן בעבודה קלינית14,17. תרבית של פתוגנים מנוזלי גוף או רקמות מזהה ישירות פתוגנים משכפלים ומספקת חומר מקור למחקר14,17. פרוטוקול זה מדגים את המתודולוגיה והמתכונים הדרושים לתרבית מוצלחת של הספירוכטות של קבוצת LB, כמו גם RF Borrelia ו– B. miyamotoi. המדיום הבסיסי לגידול ספירוצ’טות בורליה הוא מדיום ברבור-סטונר-קלי (BSK-II או BSK-H הזמין מסחרית), עם או בלי אנטיביוטיקה כדי להפחית את הצמיחה של פרוקריוטים מזהמים. מדיום זה הותאם ממדיום ששימש במקור לתמיכה ב-RF Borrelia19, שונה עוד יותר על ידי Stoenner20 ולאחר מכן על ידי Barbour21. שינויים רבים פותחו מאז, לכל אחד מהם יש השפעות על הפיזיולוגיה של החיידקים שיכולים להשפיע על גדילה, זיהומיות ופתוגניות22. מדיום זה תומך באופן אמין בגדילה של ספירוכטות בתרבויות מבוססות ושימש לבידוד ספירוכטות מדגימות קרציות, יונקים וקליניות23. הווריאציה שפותחה לאחרונה, מדיום קלי-פטנקופר (MKP), יכולה לספק הצלחה טובה יותר בבידוד, מורפולוגיה ותנועתיות בעת בידוד מבודדי בורליה חדשים מדגימות סביבתיות, כאשר מספר הספירוצ’טים הנמצאים במדגם הזמין לזרע התרבית נמוך23,24. בכל המקרים, הצלחת הטיפוח תלויה באופן קריטי במדיום המוכן ובשימוש במרכיבים המתאימים; לא כל המרכיבים המסחריים מייצרים מדיום באיכות גבוהה. תרביות מחוסנות יכולות להיות מודגרות בנוחות מבלי לרעוד באינקובטור קונבנציונלי של 32-34 מעלות צלזיוס בנוכחות כמות קטנה של שאריות חמצן סביבתי. Borrelia spirochetes הם אנאירובים אך חשופים בטבע לתנודות בריכוזי חמצן ופחמן דו חמצני ומגיבים לשינויים בביטוי גנים26,27,28,29. לפיכך, ביטוי גנים, גדילה ומחקרים מטבוליים אחרים צריכים לשלוט על רמות חמצן ופחמן דו חמצני באמצעות אינקובטור מבוקר חמצן או תא אנאירובי. בתרבית, תרביות נבדקות מדי שבוע, או לעתים קרובות יותר, עבור נוכחות של spirochetes עם מיקרוסקופ שדה כהה או מיקרוסקופ ניגודיות פאזה. כתמי תרבית יכולים להיות מוכתמים בכתמי כסף, אימונוהיסטוכימיה, או באמצעות שימוש בזנים מתויגים פלואורסצנטית29,30. PCR ואחריו ריצוף DNA היא שיטה רגישה וספציפית לזהות ולזהות גנטית או לאשר את מיני Borrelia 30,31,32,33.
קיימות וריאציות קטנות רבות על BSK-II, וחלקן זמינות מסחרית. הפרוטוקול המתואר כאן בסעיף 1 עובד מברבור (1984)21. מדיום MKP נוזלי הוא מדיום שפותח לאחרונה ומתואר בסעיף 2. הוא מוכן על פי פרוטוקול33,34 שדווח בעבר, אשר, בדומה למדיום BSK, מורכב משני שלבים: הכנת מדיום בסיסי והכנת מדיום שלם. ניתן להכין מדיום תרבית בורליה עם אנטיביוטיקה או בלעדיה, כמתואר בסעיף 3; חוק האנטיביוטיקה להפחתת חיידקים מזהמים שהוכנסו בעת חיסון בדגימות קליניות או סביבתיות, כמתואר בסעיף 4; אם מחסנים בתרבית Borrelia sp. טהורה, ייתכן שלא יהיה צורך באנטיביוטיקה. ייצור מניות בורליה לטווח ארוך הוא לעתים קרובות חשוב, ופרוטוקול לכך מתואר בסעיף 5. סעיף 6 מתאר שימוש במדיה זו כדי לבודד שיבוטים טהורים של Borrelia sensu lato מדגימות קליניות או סביבתיות. ישנן מספר גישות אפשריות36; להלן אחד שנמצא יעיל. אמצעי הציפוי המשמש בפרוטוקול זה הוא שינוי של מדיום ציפוי BSK-II37 ו- MKP בינוני 34 (עם סרום ארנב גדל ל -10%38).
תרבית המעבדה של חיידקים היא קרש קפיצה למחקר. היתרון העמוק שמעניקה היכולת לתרבות בא לידי ביטוי במאבק, במשך יותר ממאה שנה שהגיע לשיאו רק לאחרונה בהצלחה, לתרבות Treponema pallidum, הספירוכטה שהיא הסוכן האטיולוגי של עגבת44. גם ספירוצ’טות בורליה מאתגרות את התרבות, אך התרבות אפשרית …
The authors have nothing to disclose.
עבודה זו נתמכה חלקית על ידי מועצת המחקר למדעי הטבע וההנדסה של קנדה והקרן הקנדית למחלות ליים (AB ו- VL), מועצת המחקר השבדית (SB, M-LF ו- IN), TAČR GAMA 2 פרויקט – “תמיכה באימות פוטנציאל יישום 2.0 במרכז הביולוגי CAS” (TP01010022) (MG ו- NR), ועל ידי מענק ממשרד הבריאות של הרפובליקה הצ’כית NV19-05-00191 (MG ו- NR). אנו מודים ל-S. Vranjes (2021, מעבדת Rudenko) עבור התמונה באיור 4 ול-J. Thomas-Ebbett (2021, מעבדת לויד) עבור התמונות באיור 5. אנו מודים לכל החוקרים שתרמו לתחום ומתנצלים בפני אלה שלא יכולנו לצטט את עבודתם בשל מגבלות מקום.
1.7 mL tubes | VWR | 87003-294 | Standard item – any supplier will do |
0.2 µm Sterile syringe filter | VWR | 28145-501 | Standard item – any supplier will do |
10 µL barrier pipette tip | Neptune | BT10XLS3 | Standard item – any supplier will do |
10 mL Serological pipettes | Celltreat | 229011B | Standard item – any supplier will do |
1000 µL barrier pipette tip | Neptune | BT1000.96 | Standard item – any supplier will do |
15 mL tube | Celltreat | 188261 | Standard item – any supplier will do |
20 µL barrier pipette tip | Neptune | BT20 | Standard item – any supplier will do |
20 mL Sterile syringe | BD | 309661 | Standard item – any supplier will do |
200 µL barrier pipette tip | Neptune | BT200 | Standard item – any supplier will do |
25 mL Screw Cap Culture Tubes | Fisher Scientific | 14-933C | Standard item – any supplier will do |
25 mL Serological pipettes | Celltreat | 229025B | Standard item – any supplier will do |
3 mL Sterile syringe | BD | 309657 | Standard item – any supplier will do |
35% BSA | Sigma | A-7409 | Source is important – see note |
5 mL Serological pipettes | Celltreat | 229006B | Standard item – any supplier will do |
50 mL tube | Celltreat | 229421 | Standard item – any supplier will do |
6.5 ml MKP glass tubes | Schott | Schott Nr. 26 135 115 | Standard item – any supplier will do |
Amikacine | Sigma | PHR1654 | Standard item – any supplier will do |
Amphotericin B | Sigma | A9528-100MG | Standard item – any supplier will do |
Bactrim/rimethoprim/sulfamethoxazole | Sigma | PHR1126-1G | Standard item – any supplier will do |
BBL Brucella broth | BD | 211088 | Standard item – any supplier will do |
Biosafety Cabinet | Labconco | 302419100 | Standard item – any supplier will do |
Blood collection tubes (yellow top – ACD) | Fisher Scientific | BD Vacutainer Glass Blood Collection Tubes with Acid Citrate Dextrose (ACD) | Standard item – any supplier will do |
BSK-H Medium [w 6% Rabbit serum] | Darlynn biologicals | BB83-500 | Standard item – any supplier will do |
centrifuge | Eppendorf | model 5430 | Standard item – any supplier will do |
Citric acid TrisodiumSaltDihydrate | Sigma | C-8532 100 g | Standard item – any supplier will do |
CMRL | Gibco BRL | 21540 500 mL | Standard item – any supplier will do |
CMRL-1066 | Gibco | 21-510-018 | Standard item – any supplier will do |
Cryogenic Tubes (Nalgene) | Fisher Scientific | 5000-0020 | Standard item – any supplier will do |
Deep Petri with stacking ring 100 mm × 25 mm | Sigma | P7741 | Standard item – any supplier will do |
Digital Incubator | VWR | model 1545 | Standard item – any supplier will do |
DMSO | ThermoFisher | D12345 | Standard item – any supplier will do |
Filters for filter sterilization | Millipore 0.22μm GPExpressPLUS Membrane | SCGPU05RE | Standard item – any supplier will do |
Gelatin | Difco BD | 214340 500 g | Standard item – any supplier will do |
Glass Culture Tubes | Fisher Scientific | 99449-20 | Standard item – any supplier will do |
Glucose | Sigma | G-7021 1 kg | Standard item – any supplier will do |
Glycerol | Sigma | G5516 | Standard item – any supplier will do |
Hemafuge (Hematocrit & Immuno hematology centrifuge ) | Labwissen | Model 3220 | Standard item – any supplier will do |
HEPES | Sigma | H-3784 100 g | Standard item – any supplier will do |
N-acetylglucoseamine | Sigma | A-3286 25 g | Standard item – any supplier will do |
Neopeptone | Difco BD | 211681 500 g | Standard item – any supplier will do |
Neubauer Hematocytometer | Sigma | Z359629 | Standard item – any supplier will do |
Phase contrast microscope | Leitz | Standard item – any supplier will do | |
Phosphomycin | Sigma | P5396-1G | Standard item – any supplier will do |
Phosphomycine | Sigma | P5396 | Standard item – any supplier will do |
Pipetboy | Integra | Standard item – any supplier will do | |
Precision Standard Balance | OHAUS | model TS200S | Standard item – any supplier will do |
Pyruvic acid (Na salt) | Sigma | P-8574 25 g | Standard item – any supplier will do |
Rabbit Serum | Gibco | 16-120-032 | Source is important |
Rabbit Serum | Sigma | R-4505 100 mL | Source is important |
Rifampicin | Sigma | R3501-1G | Standard item – any supplier will do |
Sodium bicarbonate | Sigma | S-5761 500 g | Standard item – any supplier will do |
Sufametaxazole | Sigma | PHR1126 | Standard item – any supplier will do |
TC Yeastolate | Difco BD | 255752 100 g | Standard item – any supplier will do |
Transfer Pipettes | VWR | 470225-044 | Standard item – any supplier will do |
Trimethoprim | Sigma | PHR1056 | Standard item – any supplier will do |