Этот протокол описывает сравнительный анализ с использованием митохондриальных комплексных активностей CI+CIII и CII+CIII при наличии или отсутствии Na+, для изучения существования частично сегментированных функциональных пулов CoQ.
Пулы убихинона (CoQ) во внутренней митохондриальной мембране (IMM) частично сегментированы либо сложными I, либо FAD-зависимыми ферментами. Такое деление может быть легко оценено сравнительным анализом с использованием NADH или сукцината в качестве доноров электронов в замороженных-размороженных митохондриях, в которых измеряется снижение цитохрома c (cyt c). Анализ опирается на влияние Na+ на ИММ, уменьшая его текучесть. Здесь мы представляем протокол для измерения активности NADH-цит c оксидоредуктазы и сукцинат-цит c оксидоредуктазы в присутствии NaCl или KCl. Реакции, которые полагаются на смесь реагентов в кювете ступенчатым образом, измеряют спектрофотометрически в течение 4 мин в присутствии Na+ или K+. Ту же смесь выполняют параллельно в присутствии специфических ингибиторов фермента с целью вычитания неспецифического изменения абсорбции. Активность NADH-cyt c оксидоредуктазы не снижается в присутствии ни одного из этих катионов. Однако сукцинат-цистая активность c оксидоредуктазы снижается в присутствии NaCl. Этот простой эксперимент подчеркивает: 1) влияние Na+ на снижение текучести ИММ и перенос CoQ; 2) что суперкомплекс I+III2 защищает перенос убихинона (CoQ) от воздействия снижения текучести ИММ; 3) что передача CoQ между CI и CIII функционально отличается от передачи CoQ между CII и CIII. Эти факты подтверждают существование функционально дифференцированных пулов CoQ в IMM и показывают, что они могут регулироваться изменяющейся средой Na+ митохондрий.
Митохондриальная система окислительного фосфорилирования (OXPHOS) является основным путем, стимулирующим синтез аденозинтрифосфата (АТФ), производство активных форм кислорода (АФК) и потребление митохондриями восстановительных эквивалентов, таких как никотинамидадениндинуклеотид (NADH) или сукцинат. Система OXPHOS состоит из пяти белковых комплексов: комплекс I (CI) окисляет NADH и восстанавливает CoQ в убихинол (CoQH2). Комплекс II (CII) окисляет сукцинат в фумарат и восстанавливает CoQ до CoQH2. Комплекс III (CIII) окисляет CoQH2 обратно в CoQ, уменьшая цитохром c (cyt c). Наконец, комплекс IV (CIV) окисляет цист c и уменьшает содержание кислорода в воде. Эта цепь оксидоредукции, так называемая цепь переноса электронов (mETC), связана с перекачкой H+ через ИММ, что создает электрохимический градиент, используемый комплексом V (CV) для фосфорилирования аденозиндифосфата (АДФ) в АТФ.
Комплексы mETC могут быть либо одиночными в IMM, либо собираться в четвертичные структуры, называемые суперкомплексами. CIV может собираться с CIII, образуя III2+IV или Q-респирасому (так как она способна вдыхаться в присутствии CoQH2)1,2,3 или образуя гомодимеры или гомолигомеры 4. CIII может взаимодействовать с CI, образуя суперкомплекс I+III25. Наконец, CI также способен взаимодействовать с Q-респирасомой, создавая I+III2+IV или N-респирасому (так как она может вдыхаться, потребляя NADH)1,6,7,8,9,10.
CoQ и cyt c являются подвижными носителями электронов, отвечающими за перенос электронов из CI/CII в CIII и из CIII в CIV, соответственно. Вопрос о том, налагают ли суперкомплексы функциональное локальное ограничение для этих носителей, был предметом интенсивных дебатов в течение последних двух десятилетий 2,7,11,12,13,14,15,16,17. Тем не менее, несколько независимых групп продемонстрировали, что CoQ и cyt c могут быть функционально сегментированы в пулы в IMM. В отношении CoQ он может быть функционально сегментирован в определенный пул CoQ для CI (CoQNAD) и другой пул, предназначенный для FAD-зависимых ферментов (CoQFAD)1,7,12,18,19. Однако для того, чтобы дифференцировать существование частично сегментированных функциональных пулов CoQ, потребовалась сверхэкспрессия альтернативной оксидазы (AOX) и генерация специфических мутантов мтДНК, которые могут собирать CI в отсутствие CIII, 1,19,20.
Механизм производства активных форм кислорода (АФК) во время гипоксии был неизвестен до недавнего времени. При острой гипоксии ДИ претерпевает активный/деактивный (A/D) переход, который включает в себя снижение его H+ , перекачивающей NADH-CoQ оксидоредуктазы. Такое снижение накачки H+ подкисляет митохондриальный матрикс и частично растворяет кальциево-фосфатные осадки в митохондриальном матриксе, высвобождая растворимый Ca2+. Это увеличение растворимого Ca2+ активирует теплообменник Na+/Ca2+ (NCLX), который выдавливает Ca2+ в обмен на Na+. Митохондриальное увеличение Na+ взаимодействует с фосфолипидами во внутренней части ИММ, уменьшая его текучесть и перенос CoQ между CII и CIII, в конечном итоге производя супероксидный анион, окислительно-восстановительный сигнал21. Интересно, что перенос CoQ был уменьшен только между CII и CIII, но не между CI и CIII, подчеркивая, что 1) Na+ смог модулировать только один из существующих пулов CoQ в митохондриях; 2) в IMM существуют функционально дифференцированные пулы CoQ. Таким образом, широко используемый протокол для изучения активности митохондриальных ферментов может быть использован для оценки существования упомянутых пулов CoQ.
Текущий протокол основан на измерении восстановления окисленной циты c, субстрата CIII, путем поглощения в присутствии сукцината (т.е. субстрата CII) или NADH (т.е. субстрата CI). Один и тот же образец делится на два, один из которых будет обработан KCl, а другой с одинаковой концентрацией NaCl. Таким образом, учитывая, что Na+ уменьшает текучесть ИММ, если бы CoQ существовал в уникальном пуле в IMM, как CI+CIII, так и CII+CIII уменьшались бы в присутствии Na+. Однако, если бы CoQ существовал в частично сегментированных функциональных пулах CoQ, влияние Na+ было бы в основном (или только) очевидно на активность CII+CIII, но не на CI+CIII. Как недавно опубликовано21, Na+ влияет только на перенос CoQ между CII и CIII (рисунок 1C,D), но не между CI и CIII (рисунок 1A,B).
Этот протокол вместе с целым рядом методов был использован для подтверждения существования частично сегментированных функциональных пулов CoQ в IMM, один из которых посвящен CI (т.е. CoQNAD), а другой – ферментам, связанным с FAD (т.е. CoQFAD)1,3,7; замечание, которое, хотя оно и продолжает обсуждаться22, было независимо подтверждено несколькими группами 7,19. Таким образом, суперсборка CI в суперкомплексы влияет на локальную мобильность CoQ, облегчая его использование CIII в рамках суперкомплекса 1,7,13,14,23,24,25.
Хотя этот протокол представляет собой очень простую процедуру для идентификации существования частично сегментированных пулов CoQ, есть несколько критических шагов, которые необходимо учитывать. Субстраты (т.е. NADH или сукцинат) предпочтительно добавляют последними, поскольку может пр?…
The authors have nothing to disclose.
Мы благодарим д-ра Р. Мартинеса-де-Мену, М.М. Муньоса-Эрнандеса А., д-ра К. Хименеса и Э.Р. Мартинеса-Хименеса за техническую помощь. Это исследование было поддержано MICIN: RTI2018-099357-B-I00 и HFSP (RGP0016/2018). CNIC поддерживается Институтом спасения Карлоса III (ISCIII), Министром науки, Инноваций и Университетов (MCNU) и Фондом Pro CNIC и является Центром передового опыта Северо Очоа (SEV-2015-0505). Рисунок 2 создан с помощью BioRender.com.
Antimycin A | Sigma-Aldrich | A8674 | |
Bovine Serum Albumin (BSA) | Sigma-Aldrich | 10775835001 | |
Bradford protein assay | Bio-Rad | 5000001 | |
Cytochrome c from equine heart | Sigma-Aldrich | C7752 | |
K2HPO4 | Sigma-Aldrich | P3786 | |
KCl | Sigma-Aldrich | P3911 | |
Malonic acid | Sigma-Aldrich | M1296 | |
MgCl2 | Sigma-Aldrich | M8266 | |
NaCl | Sigma-Aldrich | S9888 | |
NADH | Roche | 10107735001 | |
Potassium cyanide | Sigma-Aldrich | 207810 | |
Rotenone | Sigma-Aldrich | R8875 | |
Spectra Manager software | JASCO | version 2 | |
Spectrophotometer | UV/VISJASCO | ||
Succinate | Sigma-Aldrich | 398055 |