Ce protocole décrit un test comparatif, utilisant des activités complexes mitochondriales CI+CIII et CII+CIII en présence ou en l’absence de Na+, pour étudier l’existence de pools de CoQ fonctionnels partiellement segmentés.
Les pools d’ubiquinone (CoQ) dans la membrane mitochondriale interne (IMM) sont partiellement segmentés en enzymes complexes I ou dépendantes de la FAD. Une telle subdivision peut être facilement évaluée par un essai comparatif utilisant le NADH ou le succinate comme donneurs d’électrons dans les mitochondries congelées-décongelées, dans lequel la réduction du cytochrome c (cyt c) est mesurée. Le test repose sur l’effet de Na+ sur l’IMM, diminuant sa fluidité. Nous présentons ici un protocole pour mesurer l’activité de la NADH-cyt c oxydoréductase et les activités de la succinate-cyt c oxydoréductase en présence de NaCl ou de KCl. Les réactions, qui reposent sur le mélange de réactifs dans une cuvette de manière progressive, sont mesurées spectrophotométriquement pendant 4 min en présence de Na+ ou K+. Le même mélange est réalisé en parallèle en présence des inhibiteurs enzymatiques spécifiques afin de soustraire le changement non spécifique d’absorbance. L’activité de la NADH-cyt c oxydoréductase ne diminue en présence d’aucun de ces cations. Cependant, l’activité de la succinate-cyt c oxydoréductase diminue en présence de NaCl. Cette expérience simple met en évidence : 1) l’effet de Na+ sur la diminution de la fluidité de l’IMM et du transfert de CoQ ; 2) que le supercomplexe I+III2 protège le transfert d’ubiquinone (CoQ) d’être affecté par l’abaissement de la fluidité de l’IMM; 3) que le transfert de CoQ entre CI et CIII est fonctionnellement différent du transfert de CoQ entre CII et CIII. Ces faits soutiennent l’existence de pools de CoQ fonctionnellement différenciés dans l’IMM et montrent qu’ils peuvent être régulés par l’environnement Na+ changeant des mitochondries.
Le système de phosphorylation oxydative mitochondriale (OXPHOS) est la principale voie conduisant à la synthèse de l’adénosine triphosphate (ATP), à la production d’espèces réactives de l’oxygène (ROS) et à la consommation d’équivalents réducteurs, tels que le nicotinamide adénine dinucléotide (NADH) ou le succinate, par les mitochondries. Le système OXPHOS est composé de cinq complexes protéiques : le complexe I (IC) oxyde le NADH et réduit la CoQ en ubiquinol (CoQH2). Le complexe II (CII) oxyde le succinate en fumarate et réduit la CoQ enCoQH2. Le complexe III (CIII) oxyde la CoQH2 en CoQ, réduisant ainsi le cytochrome c (cyt c). Enfin, le complexe IV (CIV) oxyde le cyt c et réduit l’oxygène en eau. Cette chaîne d’oxydoréduction, appelée chaîne de transport d’électrons (mETC), est couplée au pompage de H+ à travers l’IMM, ce qui crée un gradient électrochimique utilisé par le complexe V (CV) pour phosphoryler l’adénosine diphosphate (ADP) en ATP.
Les complexes mETC peuvent être seuls dans l’IMM ou s’assembler en structures quaternaires appelées supercomplexes. Le CIV peut s’assembler avec le CIII, formant le III2+IV ou le Q-respirasome (car il est capable de respirer en présence de CoQH2)1,2,3 ou formant des homodimères ou des homooligomères4. CIII peut interagir avec CI, formant le supercomplexe I +III25. Enfin, l’IC est également capable d’interagir avec le Q-respirasome, en construisant le I + III2 + IV ou le N-respirasome (car il peut respirer en consommant du NADH)1,6,7,8,9,10.
CoQ et cyt c sont des transporteurs d’électrons mobiles chargés de transférer des électrons de CI/CII à CIII, et de CIII à CIV, respectivement. La question de savoir si les supercomplexes imposent ou non une restriction locale fonctionnelle à ces transporteurs a fait l’objet d’un débat intense au cours des deux dernières décennies 2,7,11,12,13,14,15,16,17. Cependant, plusieurs groupes indépendants ont démontré que coq et cyt c peuvent être segmentés fonctionnellement en pools dans l’IMM. En ce qui concerne la CoQ, elle peut être segmentée fonctionnellement en un pool de CoQ spécifique pour l’IC (CoQNAD) et un autre pool dédié aux enzymes dépendantes de la DCP (CoQFAD)1,7,12,18,19. Cependant, afin de différencier l’existence de pools de CoQ fonctionnels partiellement segmentés, la surexpression de l’oxydase alternative (AOX) et la génération de mutants spécifiques de l’ADNmt, qui peuvent assembler l’IC en l’absence de CIII, ont été nécessaires 1,19,20.
Le mécanisme de production d’espèces réactives de l’oxygène (ROS) pendant l’hypoxie était inconnu jusqu’à récemment. En cas d’hypoxie aiguë, l’IC subit la transition active/décactive (A/D), qui implique la diminution de son activité oxydoréductase de pompage H+ NADH-CoQ. Une telle diminution du pompage H+ acidifie la matrice mitochondriale et dissout partiellement les précipités de calcium-phosphate dans la matrice mitochondriale, libérantdu Ca 2+ soluble. Cette augmentation du Ca2+ soluble active l’échangeur Na+/Ca2+ (NCLX), qui extrude le Ca2+ en échange de Na+. L’augmentation mitochondriale de Na+ interagit avec les phospholipides de la face interne de l’IMM, diminuant sa fluidité et son transfert de CoQ entre CII et CIII, produisant finalement un anion superoxyde, un signal redox21. Fait intéressant, le transfert de CoQ n’a diminué qu’entre CII et CIII, mais pas entre CI et CIII, soulignant que 1) Na+ n’était capable de moduler qu’un seul des pools de CoQ existants dans les mitochondries; 2) il existe des pools de CoQ fonctionnellement différenciés dans l’IMM. Ainsi, un protocole largement utilisé pour l’étude des activités enzymatiques mitochondriales peut être utilisé pour évaluer l’existence des pools de CoQ mentionnés.
Le protocole actuel est basé sur la mesure de la réduction du cyt c oxydé, le substrat de CIII, par absorbance en présence de succinate (c.-à-d. substrat CII) ou de NADH (c.-à-d. substrat CI). Le même échantillon est divisé en deux, dont l’un sera traité avec du KCl et l’autre avec la même concentration de NaCl. De cette façon, étant donné que Na+ diminue la fluidité de l’IMM, si la CoQ existait dans un pool unique dans l’IMM, CI+CIII et CII+CIII diminueraient en présence de Na+. Cependant, si la CoQ existait dans des pools de CoQ fonctionnels partiellement segmentés, l’effet de Na+ serait principalement (ou seulement) évident sur l’activité CII+CIII, mais pas sur l’IC+CIII. Comme récemment publié21, Na+ n’affecte que le transfert de CoQ entre CII et CIII (Figure 1C,D), mais pas entre CI et CIII (Figure 1A,B).
Ce protocole, ainsi qu’une panoplie de techniques, a été utilisé pour confirmer l’existence de pools de CoQ fonctionnels partiellement segmentés dans l’IMM, l’un dédié à l’IC (c.-à-d.le NAD de CoQ) et l’autre aux enzymes liées à la DCP (c.-à-d. laDCP de CoQ)1,3,7; une observation qui, bien qu’elle continue d’être débattue22, a été corroborée indépendamment par plusieurs groupes 7,19. Ainsi, le superassemblage de CI en supercomplexes a un impact sur la mobilité locale de la CoQ, facilitant son utilisation par le CIII au sein du supercomplexe 1,7,13,14,23,24,25.
Bien que ce protocole représente une procédure très simple pour identifier l’existence des pools de CoQ partiellement segmentés, il y a quelques étapes critiques à prendre en compte. Les substrats (c.-à-d. le NADH ou le succinate) sont de préférence ajoutés en dernier puisque l’autooxydation de ces composés peut se produire. Le retournement de la cuvette doit être prudent afin d’éviter la formation de bulles qui peuvent interférer avec la lecture.
En outre, la technique act…
The authors have nothing to disclose.
Nous remercions M. R. Martínez-de-Mena, M. M. Muñoz-Hernandez, A., Dr C. Jimenez et E. R. Martínez-Jimenez pour leur assistance technique. Cette étude a été soutenue par MICIN: RTI2018-099357-B-I00 et HFSP (RGP0016/2018). Le CNIC est soutenu par l’Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), le Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (MCNU) et la Fondation Pro CNIC et est un centre d’excellence Severo Ochoa (SEV-2015-0505). Figure 2 créée avec BioRender.com.
Antimycin A | Sigma-Aldrich | A8674 | |
Bovine Serum Albumin (BSA) | Sigma-Aldrich | 10775835001 | |
Bradford protein assay | Bio-Rad | 5000001 | |
Cytochrome c from equine heart | Sigma-Aldrich | C7752 | |
K2HPO4 | Sigma-Aldrich | P3786 | |
KCl | Sigma-Aldrich | P3911 | |
Malonic acid | Sigma-Aldrich | M1296 | |
MgCl2 | Sigma-Aldrich | M8266 | |
NaCl | Sigma-Aldrich | S9888 | |
NADH | Roche | 10107735001 | |
Potassium cyanide | Sigma-Aldrich | 207810 | |
Rotenone | Sigma-Aldrich | R8875 | |
Spectra Manager software | JASCO | version 2 | |
Spectrophotometer | UV/VISJASCO | ||
Succinate | Sigma-Aldrich | 398055 |