Bu protokol, membran potansiyelindeki değişiklikleri ölçerek elektrojenik membran proteinlerinin incelenmesi için bir yöntem açıklamaktadır. Bu tahlil, epitel hücre hatlarında endojen olarak eksprese edilen çoklu iyon kanallarının fonksiyonel olarak okunması için bir platform sağlar.
Floresan bazlı çalışmalar, kültürdeki hücrelerin yüksek verimli plaka okuyucu testleri için uygundur. HEK-293 hücreleri gibi hücrelerde aşırı eksprese edilen rekombinant iyon kanalı proteinlerini hedef alan ilaç keşif kampanyaları için yaygın olarak kullanılmıştır. Bununla birlikte, küçük molekül müdahalelerinin etkilerini incelemek için dokuyla ilgili hücre hatlarının kullanımına giderek daha fazla vurgu yapılmaktadır. Aşağıdaki protokol, epitel hücre hatlarında endojen olarak eksprese edilen iyon kanallarının incelenmesi için floresan bazlı bir membran potansiyel testinin adaptasyonunu açıklamaktadır. Membran potansiyel testi, yaygın olarak çalışılan iki epitel hücre hattında, Caco-2 ve Calu-3’te Kistik Fibrozis Transmembran İletkenlik Regülatörü’nün (CFTR) klorür kanal aktivitesi için yüksek verimli bir testi detaylandırır. Ek olarak, bu makalede, Epitel Sodyum Kanalı’nın (ENaC) aktivitesini aynı epitel hücre hatlarında yüksek verimli bir formatta ölçmek için bu sistemin yeni bir uygulaması açıklanmaktadır. Birlikte, bu floresan bazlı analizler, ilgili hücresel bağlamda iki epitel kanalını hedef alan küçük molekül modülatörlerini incelemek için sağlam ve esnek bir platform sağlar.
Rekombinant kanal proteinlerinin floresan bazlı, yüksek verimli aktivite analizleri, gelecekteki tedaviler olma potansiyeline sahip küçük moleküllü modülatörlerin tanımlanmasında oldukça etkili olmuştur 1,2,3,4. İyon kanalı modülatörleri için küçük molekül kütüphanelerini taramanın yaygın bir yöntemi, membran potansiyelindeki değişiklikleri ölçmektir. Tipik olarak, bu ekranlar HEK-293 hücreleri 5,6,7 gibi hücre hatlarında heterolog olarak eksprese edilen rekombinant kanallar kullanılarak gerçekleştirilir.
Bununla birlikte, ilgili hücre türlerinde “isabetlerin” doğrulanmasına ihtiyaç vardır. İlgili hücre hatlarında, ilgili kanalları endojen olarak ifade eden ikincil bir ekranın arzu edilmesini öneriyoruz. Böyle bir ikincil ekran, daha az erişilebilir birincil insan dokularına dayanan nihai doğrulama testlerinde etkili olma olasılığı en yüksek modülatörleri tanımlayacaktır.
Aynı doku tipinde birden fazla iyon kanalı hedefinin aktivitesini bildirme esnekliğine sahip tahlil sistemlerine de ihtiyaç vardır. Örneğin, CFTR ve ENaC’nin işlevsel olarak 8,9,10 etkileşime girdiği kavramını destekleyen önemli yayınlanmış literatür vardır. Birkaç iyi çalışılmış epitel hücre hattının hem CFTR hem de ENaC’yi ifade ettiği bilinmesine rağmen, bugüne kadar, her ikisini de yüksek verimli bir şekilde incelemek için tahlil koşulları tanımlanmamıştır.
Bu floresan bazlı membran potansiyel testi, CFTR ve ENaC’nin işlevini ölçmek için eksojen bir kimyasal prob kullandığı ve genetik olarak kodlanmış problara olan ihtiyacı atladığı için çok yönlüdür11. İlkenin kanıtı olarak, yaygın olarak kullanılan iki epitel hücre hattı, hem CFTR hem de ENaC’nin kanal aktivitesini ölçmek için gerekli kritik adımları vurgulamak için örnek olarak incelenmiştir.
Burada, epitelyal kolorektal kanser hücre hattı, Caco-2 ve insan epitelyal akciğer kanseri hücre hattı Calu-3’te CFTR ve ENaC aktivitesini ölçmek için floresan bazlı yöntemleri tanımladık. Epitel hücre hatlarındaki bu membran potansiyel testleri, daha önce heterolog ekspresyon sistemlerinde tanımlanan küçük molekül modülatör bileşiklerinin, primer hasta kaynaklı epitel kültürlerinde nihai in vitro validasyondan önce etkinliğini doğrulamak için kullanılabilir.
Yukarıdaki ölçümlerin ilgili kanala uygun şekilde atfedildiğini doğrulamak zorunludur. Örneğin, CFTR’ye atfedilen ölçüm, CFTR protein ekspresyonuna ve forskolin ve CFTRInh-172 inhibitörü tarafından modüle edilen klorürün elektrokimyasal itici gücüne bağımlılık göstermelidir. Benzer şekilde, 10 μM amiloridin neden olduğu membran potansiyel değişiklikleri, ENaC protein ekspresyonuna ve içe doğru bir sodyum itici gücüne bağlıysa, ENaC’ye bağlanabilir. ENaC’nin bu özelliklerini, ENaC 2’nin üç alt birimi ile transfeksiyonu takiben MDCK hücrelerinde doğrulamamıza rağmen,Caco-2 ve Calu-3 hücrelerinde ölçülen amilorid yanıtının ENaC tarafından verildiğini henüz resmi olarak doğrulamadık. Bu özellikle önemlidir, çünkü amilorid, ENaC 13’e ek olarak sodyum-proton eşanjörüNHE3’ün işlevini modüle edebilir. Muhtemelen, bu tahlilde gözlenen amilorid kaynaklı hiperpolarizasyon, hücre içi asitleşmenin diğer kanallar üzerindeki dolaylı etkilerini kısmen yansıtabilir. Bu membran potansiyeline duyarlı boya kullanılarak ölçülen amilorid kaynaklı hiperpolarizasyonun, yukarıdaki hücre hatlarında ve iPSC türevli dokular gibi daha karmaşık hücre sistemlerinde ENaC tarafından verildiğini doğrulamak için, bu aktivitenin bu hatlarda zorunlu bir ENaC alt birimini (beta) nakavt ederek kaybolduğunu doğruluyoruz.
Bu testlerin başarısı birkaç faktöre dikkat etmeyi gerektirir. İlk olarak, epitel kültürleri akıcı ve iyi ayırt edilmelidir. CFTR ve ENaC fonksiyonunun ölçümü için, 96 delikli plakalarda kuyu başına yaklaşık 145.000 hücre veya 384 delikli plakalarda kuyu başına 45.000 hücre kaplanmalıdır. Epitel hücreleri birleşime ulaştığında (kaplamadan sonraki 3-4 gün içinde), 2-5 gün farklılaşmaya izin verin. Bu zamanlama daha önce immünoblotlama14 ile maksimal CFTR protein ekspresyonuna dayanarak belirlendi. Benzer şekilde, her iki hücre hattında, Calu-3 ve Caco-2’de fonksiyonel ENaC ekspresyonu için optimal zamanlama belirlendi.
Akıcı olmayan tek katmanlar veya hücre aşırı büyümesi, teknik kopyalar arasında düşük tekrarlanabilirliğe yol açar. Bireysel kuyucuklardaki hücrelerin aynı anda akıcılığa ulaşmadığı durumlarda, bu plakalar atılmalıdır. Ek olarak, kararsız taban çizgisi okumaları veya stimülasyon yanıtlarının eksikliği, analizden çıkarılması gereken düşük hücre kalitesinin bir göstergesi olabilir. CFTR aktivatör, forskolin veya ENaC inhibitörü amiloride verilen yanıtların azalması, aşırı geçişli hücrelerin kullanımını potansiyel olarak yansıtabilir15. Calu-3 ve Caco-2 hücreleri için bir sorun olmasa da, diğer hücreler veya dokular plakalara iyi yapışmayabilir ve kuyucukların önceden kaplanmasını gerektirebilir. Örneğin, önceki çalışmalarda, 2D kolanjiyosit kültürleri, kollajen kaplama16 kullanılarak plakalara tutturulmuştur. Alternatif olarak, 2D bağırsak dokularının aderansı Poly-L-Lysine2 kullanılarak arttırılmıştır.
Ayrıca, iyon kanallarının floresan bazlı bir tahlil kullanılarak küçük moleküller tarafından modülasyonunun test edilmesinde, küçük moleküllerin floresan özelliklerinin sağladığı potansiyel artefaktların ele alınması kritik öneme sahiptir. Fonksiyonel yanıtların özgüllüğünü doğrulamak için, membran potansiyel tahlilleri, Ussing çalışmaları17 gibi geleneksel elektrofizyolojik yöntemler kullanılarak daha da doğrulanabilir.
Membran potansiyeline duyarlı boyalar tarafından tespit edilen yanıtın özellikle ilgili kanal tarafından verildiğini doğruladıktan sonra, bu analizler epitel iyon kanallarının umut verici modülatörlerini ilgili hücresel bağlamlarında doğrulamak için muazzam bir potansiyele sahiptir. Bu platform, heterolog ekspresyon sistemlerindeki yüksek verimli modülatör ekranlar ile erişilmesi zor birincil dokulardaki zaman alıcı, biyoelektrik ölçümler arasındaki boşluğu doldurabilir.
The authors have nothing to disclose.
Yazarlar, CFTR ve ENaC’yi ölçen membran potansiyel tahlillerinin yürütülmesindeki yardımları için Hasta Çocuklar Hastanesi’ndeki Christopher Fladd ve SPARC BioCentre’a teşekkür eder. Bu çalışma, CF Kanada ve Hasta Çocuklar Vakfı tarafından sağlanan finansmanla CFIT Programı tarafından desteklenmiştir. Bu çalışma Kanada Hükümeti tarafından Genome Canada ve Ontario Genomics Institute (OGI-148) aracılığıyla finanse edildi. Bu çalışma Ontario Hükümeti tarafından finanse edilmiştir. S.X., Kanada Gastroenteroloji Derneği (CAG) Doktora Bursu tarafından desteklenmiştir.
Amiloride | Spectrum Chemical | TCI-A2599-5G | Dissolved in DMSO and stored at -20 °C |
CFTRInh-172 | CF Foundation Therapeutics | Dissolved in DMSO and stored at -20 °C | |
EMEM, 1xs | Wisent | 320-005-CL | |
Fetal Bovine Serum (FBS) | Wisent | 080-450 | |
FLIPR Membrane Potential Dye | Molecular Devices | R8042 | Stored at 4 °C |
Forskolin | Sigma-Aldrich | F3917 | Dissolved in DMSO and stored at -20 °C |
Gluconic acid lactone or (D-(+)-Gluconic acid δ-lactone) | Sigma-Aldrich | G4750 | Stored at room temperature |
HEPES | Bioshop | HEP001.5 | Stored at room temperature |
Human Bronchial Adenocarcinoma Cell Line (Calu-3) | ATCC | HTB-55 | |
Human Epithelial Colorectal Adenocarcinoma Cell Line (Caco-2) | ATCC | HTB-37 | |
N-Methyl-D-glucamine (NMDG | Sigma-Aldrich | M2004 | Stored at room temperature |
Penicillin-Streptomycin Solution | Wisent | 450-200-EL | |
Phosphate-Buffered Saline (PBS) | Wisent | 311-010-CL | |
Potassium Gluconate | Sigma-Aldrich | P1847 | Stored at room temperature |
Sodium Gluconate | Sigma-Aldrich | G9005 | Stored at room temperature |