להלן פרוטוקולים לאיסוף והזרקה זעירה של עוברי תירס קדם-תאיים לצורך שינוי הגנום שלהם באמצעות עריכת גנום מבוססת CRISPR/Cas9 או להוספת אלמנטים מסומנים הניתנים להעברה באמצעות טרנספורמציה של קו הנבט.
צמח התירס, Peregrinus maidis, הוא מזיק של תירס ווקטור של מספר נגיפי תירס. שיטות שפורסמו בעבר מתארות את הפעלת הפרעות RNA (RNAi) ב- P. maidis באמצעות מיקרו-הזרקה של RNA דו-גדילי (dsRNAs) לנימפות ולמבוגרים. למרות כוחו של RNAi, פנוטיפים הנוצרים באמצעות טכניקה זו הם חולפים וחסרים תורשה מנדליאנית ארוכת טווח. לכן, יש להרחיב את ארגז הכלים של P. maidis כך שיכלול כלים גנומיים פונקציונליים שיאפשרו ייצור זנים מוטנטיים יציבים, ויפתחו את הדלת לחוקרים להביא שיטות הדברה חדשות למזיק חשוב מבחינה כלכלית זו. עם זאת, שלא כמו dsRNA המשמשים עבור RNAi, הרכיבים המשמשים בעריכת גנום מבוססת CRISPR/Cas9 וטרנספורמציה של קו הנבט אינם חוצים בקלות את קרום התא. כתוצאה מכך, דנ”א פלסמיד, רנ”א ו / או חלבונים חייבים להיות מוזרקים במיקרו לעוברים לפני שהעובר צלולריז, מה שהופך את תזמון ההזרקה לגורם קריטי להצלחה. לשם כך פותחה שיטת הטלת ביצים מבוססת אגרוז המאפשרת לקצור עוברים מנקבות P. maidis בפרקי זמן קצרים יחסית. להלן מוצגים פרוטוקולים מפורטים לאיסוף והזרקה זעירה של עוברי P. maidis קדם-תאיים עם רכיבי CRISPR (נוקלאז Cas9 שהורכב עם RNA מנחה), ומוצגות תוצאות של נוקאאוט גנטי מבוסס Cas9 של גן צבע עיניים P. maidis, לבן. למרות שפרוטוקולים אלה מתארים עריכת גנום CRISPR/Cas9 ב- P. maidis, הם יכולים לשמש גם לייצור P. maidis מהונדס באמצעות טרנספורמציה של קו הנבט פשוט על ידי שינוי הרכב תמיסת ההזרקה.
צמח התירס, Peregrinus maidis, הוא מזיק חשוב מבחינה כלכלית של תירס 1,2,3. הם גורמים נזק פיזי ישיר לצמח, הן בעת האכלה עם איברי הפה המוצצים הנוקבים שלהם, והן במהלך הרבייה כאשר הם מטילים את עובריהם ישירות לתוך רקמת הצמח 2,4. למרות הנתיבים המרובים של נזק ישיר ליבולים, ההשפעה הגדולה ביותר שיש לחרקים אלה על בריאות היבול היא עקיפה, בכך שהם פועלים כווקטור של נגיף פסיפס תירס (MMV) ונגיף פס תירס 5,6. MMV מסוגל להשתכפל בגוף וקטור P. maidis שלו, ומאפשר לנגיף להתמיד בחרקים בודדים לאורך כל חייהם, כך שהם יכולים להמשיך להפיץ את הנגיף לצמחים מארחים חדשים 7,8. השיטות הנפוצות ביותר להדברת P. maidis, ובכך וירוסים זה וקטור, הם קוטלי חרקים.
למרבה הצער, ניהול כושל של מוצרים אלה גרם לפיתוח עמידות במזיק היעד כמו גם זיהום הסביבה9. לכן, יש צורך באסטרטגיות חדשות כדי להפחית את הפסדי היבול משילוב זה של חרקים/וירוסים-מזיקים. עבודות קודמות הראו כי הפרעות RNA (RNAi) יכולות להיות שיטת בקרה יעילה עבור P. maidis מכיוון שהם רגישים לירידה בוויסות בביטוי גנים אפילו בעת בליעת RNA דו-גדילי (dsRNA)10. עם זאת, הדרך היעילה ביותר לנהל dsRNA בשדה תהיה באמצעות הצמחים שהחרקים ניזונים מהם; לפיכך, יבולים עדיין יכולים להיות רגישים לכל וירוסים שהחרקים כבר נושאים. עם הופעת עריכת הגנום של CRISPR/Cas9, אסטרטגיות הדברה חדשות אפשריות, כולל כונן גנים מבוסס Cas911,12, שניתן להשתמש בו כדי להקטין את גודל אוכלוסיית המזיקים, או להחליף את האוכלוסייה האמורה בפרטים עמידים לנגיפים שהם וקטור.
עם זאת, פיתוח ופריסה של כל סוג של מערכת דחיפת גנים ידרוש פיתוח של טכניקות טרנסגניות. שיטות כאלה לא היו נחוצות לביצוע ניסויי RNAi ב- P. maidis מכיוון ש- dsRNA ו / או siRNA נחשבים כמסוגלים לחצות את קרום התא בשל יעילות ה- RNAi ב- P. maidis10,13. זה לא נכון לגבי הדנ”א ו/או החלבונים המשמשים בטרנסגנזה מסורתית או בעריכת גנים מבוססת Cas9, שכל אחד מהם יהיה סימן מקדים ליצירת חרקים הנושאים דחף גנטי. כדי לבצע עריכת גנים או צורות אחרות של טרנספורמציה של קו הנבט, דנ”א וחלבונים אלה מוזרקים באופן אידיאלי לעוברים בשלב הבלסטודרם הסינסיטיאלי, לפני שעובר החרק צלולריז. העיתוי הוא קריטי, מכיוון שהשלב הסינקטיאלי הוא החלק המוקדם ביותר של התפתחות14,15. מכיוון שנקבות P. maidis מעדיפות להטיל את ביציהן ברקמת הצמח, חילוץ כמויות מספיקות של עוברים קדם-תאיים למיקרו-הזרקות יכול להיות עתיר עבודה וגוזל זמן. לכן, פותחו טכניקות חדשות לאיסוף מהיר ולהזרקה זעירה של עוברי P. maidis לפני הצלולריזציה.
איכות ותזונה של הטלת ביצים
לאחרונה, חוקרים שעבדו עם מין קרוב, Nilaparvata lugens, השיגו את הביצים שבהן השתמשו למיקרו-הזרקות ישירות מהעלה, ושמרו את הביצים המוזרקות ברקמת העלה עד שבקעו17. בעוד שיטה מבוססת עלים זו סיפקה סביבה טבעית יותר להתפתחות עוברית, היא גם הגדילה את הסיכויים לזיהומים ולנזק לביציות במהלך תהליך ההסרה. מערכת האוביפוזיציה המלאכותית המוצגת כאן מספקת סביבה אחידה יותר ומפחיתה את הסיכוי לנזק לביצים מהטיפול. על ידי הצבת כוסות האוביפוזיט ביום שישי, רוב הביצים שנאספו במהלך שבוע עבודה טיפוסי, לטובת אלה שביצעו את עבודת המיקרו-הזרקה. אזהרה אחת לשיטה זו, עם זאת, היא כי חוסר חומרים מזינים בתזונה 10% תמיסת סוכרוז ישפיע בסופו של דבר על בריאותם של החרקים, והנקבות בכוסות בדרך כלל מתחילות למות לאחר 10 ימים בלבד. גם איכות הביצים מתחילה לרדת לאחר 6 ימים, כפי שמעידה עלייה בביצים מתות או לא בריאות למראה. כתוצאה מכך, חשוב להיות סלקטיביים של הביצים המשמשות microinjections ולא לשמור על הנקבות לאחר יום 6.
שיעור הישרדות ולחות
נראה כי שני גורמים הם קריטיים להישרדות העובר באמצעות תהליך המיקרו-הזרקה. ההיבט המאתגר ביותר בטיפול בעוברי P. maidis הוא שמירה עליהם מפני התייבשות לאחר הסרתם ממדיום האוביפוזיציה ולאורך מיקרו-הזרקה. מכיוון שהביצים מוטלות בדרך כלל בתוך רקמת הצמח, חסרה להן קליפה מספקת למניעת התייבשות. אפילו במכסה המנוע הלח אבדו סטים שלמים של ביצים בגלל התייבשות. עם זאת, לחות גבוהה מדי עלולה להשפיע גם על המיקרו-הזרקות אם הצטברו מים על הסרט הדו-צדדי או על ההיקף. למרבה הצער, בדרך כלל לא היה קל להבחין בהתייבשות ביצים במהלך תהליך המיקרו-הזרקה, ולעתים קרובות הן נראו נורמליות עד יומיים או שלושה לאחר מכן, כאשר הן הפכו שקופות לחלוטין, ולא הראו סימני התפתחות.
נראה כי גם איכות המחטים משחקת תפקיד חשוב בהישרדות. המחט צריכה להיות משופעת כדי למזער נזק מיותר לביצה. כאשר המחט חסומה, שימוש בפונקציית הניקוי על המזרק תוך ליטוף עדין של קצה המחט עם מברשת צבע רטובה (ראה שלב 4.7) בדרך כלל מחזיר את המחט למצב תפקודי. בכל מקרה, מומלץ להכניס רק כמויות זעירות של תמיסת הזרקה (~0.25 μL) לכל מחט ולעבור למחט חדשה כל כמה שקופיות (~ 50-60 ביציות) כדי להבטיח שמירה על איכות המחט לאורך כל תהליך ההזרקה.
דור מוצלח של פנוטיפ נוקאאוט
כדי להפוך בהצלחה את תאי הנבט, מיקרו-זריקות עובר בדרך כלל צריך להיעשות מוקדם ככל האפשר לפני צלולריזציה. בהתאם למיני החרקים, חלון הזמן להשלמת המיקרו-הזרקות נע בין כמה שעות בלבד ליום שלם14,15,20. עדיין לא ברור מתי עוברים עוברי P. maidis בצלולריזציה. נוקאאוט בתיווך Cas9 נבדק על עוברים בני 4 שעות לאחר הטלת ביצים (pel) עד 16 שעות pel, והפנוטיפים הצפויים נצפו בכל הניסויים, מה שמרמז על כך שכל המיקרו-הזרקות בוצעו בחלון הפרה-צלוריזציה.
אורתוטיפ P. maidis של הגן בצבע עיניים, לבן, נבחר מכיוון שפנוטיפ הנוקאאוט היה צפוי להיות קל לסינון בהזרקות בשל אופיו האוטונומי התא. ואכן, כצפוי, הן פסיפס והן נוקאאוט מוחלט היו ניתנים לזיהוי בבירור בקרב עוברים שקיבלו את תערובת ההזרקה המכילה Cas9 ורנ”א מנחה. למרבה הצער, לא בקעו מזריקים עם נוקאאוט מוחלט, והזדווגות המונית של מזריקים ששרדו לא הצליחה ליצור צאצאים לבני-עיניים. עם זאת, קו מוטנטי נוצר מאוחר יותר בהצלחה על ידי התמקדות בגן אחר (Klobasa et al., בתהליך). זה עשוי להצביע על כך שהכישלון לבסס קו מוטנטי לבן נובע ככל הנראה מהשפעות מחוץ למטרה (כלומר, Cas9 חותך אזורים חשובים במקומות אחרים בגנום) המייצרות מוטציה קטלנית הקשורה קשר הדוק, או מתפקיד קריטי בלתי צפוי עבור לבן ב- P. maidis.
נתונים פנוטיפיים ומולקולריים (איור 8 ואיור 9) מאשרים כי נוצר נוקאאוט משמעותי בלוקוס הלבן בדגימה של עוברים מוזרקים, מה שיגרום לאובדן מוחלט של תפקוד הגנים. יתר על כן, בעוד מוטציות בלבן הן בנות קיימא במינים מסוימים, יש תקדים לכך שפעילות לבנה מופחתת מזיקה21,22. עם זאת, לא ניתן לשלול לחלוטין השפעות מחוץ למטרה. חיזוי סביר של מטרות מחוץ למטרות דורש נתוני רצף גנום מדויקים23, מה שהמצב הנוכחי של המשאבים הגנומיים ב- P. maidis אינו מאפשר לבצע בשלב זה. בכל מקרה, עם שיטות חדשות אלה, בדיקת גני מטרה אחרים יכולה להיעשות בביטחון, אפילו לנוע לעבר טרנסגנזה מסורתית יותר במאמץ להביא כלים גנטיים חדשים למזיק מזיק זה.
The authors have nothing to disclose.
אוניברסיטת צפון קרוליינה, המחלקה לאנטומולוגיה ופתולוגיה של צמחים, היא חלק מצוות התומך בתוכנית בעלי הברית של החרקים של DARPA. הדעות, הדעות ו/או הממצאים המובעים הם של המחברים ואין לפרש אותם כמייצגים את ההשקפות או המדיניות הרשמיות של משרד ההגנה או ממשלת ארה”ב. המחברים מצהירים כי אין אינטרסים מתחרים. MDL, DR ו-AEW הגו את הפרויקט וסיפקו מימון, רכישה, ניהול פרויקטים ומשאבים. FC, WK, NG ו-MDL הגו ועיצבו את ניסויי המיקרו-הזרקה; OH הגה ועיצב את שיטת הטלת הביצים. FC ו-WK ביצעו את הניסויים; FC ו-WK ניתחו את התוצאות; ו-FC, WK, NG ו-MDL כתבו את כתב היד. המחברים רוצים להודות במיוחד לקייל סוזנסקי וויקטוריה ברנט על עזרתם בשמירה על מושבות פ. מיידיס.
1 oz Containers | Dart | P100N | Adult container for egg-laying setup |
15 mL Conical Tubes | Olympus | Genesee 28-103 | Serves as collection tube on vacuum aspirator setup |
15 mL Conical Tubes | Olympus | Genesee 28-106 | For making 10% sucorose solution and for holding adults when chilling before screening |
Aspirator | Bioquip | 1135A | For handling planthoppers |
Vacuum Aspirator | Fischer Technical | LAV-3 | Vacuum for aspirating larger numbers of insects |
Blue Spectrum LED Lights | Home Depot | GLP24FS/19W/LED | Grow lights for potted corn plants hoppers are feeding on |
Cas9 | TrueCut Cas9 Protein v2 | A36498 | Endonuclease for cutting planthopper genes |
Clear Vinyl Tubing | Home Depot | 3/8 in. I.D. x 1/2 in. O.D. x 10 ft. | Connects collection tube to pump on vacuum aspirator setup |
Corn planthoppers | North Carolina State University | N/A | Request from Dr. Anna Whitfield's lab |
Cotton balls | Genessee | 51-101 | Serves as a filter/insect catcher in collection tube on vacuum aspirator setup |
Double sided tape | Scotch Double Sided Tape | NA | Holding eggs for microinjection |
Early Sunglow corn | Park Seed Company | 05093-PK-N | Corn for rearing planthoppers |
epTIPS Microloader Tips | Eppendorf | C2554691 | Backfilling needle loading tips |
Femtojet Microinjection System | Eppendorf | 5247 | Controls injection pressure (12-20 psi, depending on needle bore size) |
Nutri-Fly Drosophila Agar | Genessee | 66-103 | Substrate for everything except egg-laying dish |
Fine forceps | Bioquip | 4731 | Egg handling |
General Purpose LE Agarose | Apex | 20-102 | Substrate inn egg-laying dish (oviposition medium) |
Guide RNA 1 – GGUUCAUCGCAAAAUAGCAG | Synthego | CRISPRevolution sgRNA EZ Kit (1.5 nmol) | RNA guides for targeting planthopper white gene |
Guide RNA 2 – UCUGAAAUCACUGGCCAAUA | Synthego | CRISPRevolution sgRNA EZ Kit (1.5 nmol) | RNA guides for targeting planthopper white gene |
Guide RNA 3 – GAGGGCAGAGUCGCUUUCUU | Synthego | CRISPRevolution sgRNA EZ Kit (1.5 nmol) | RNA guides for targeting planthopper white gene |
Humidifyer | Homedics | UHE-CM45 | For providing humidity in humidified hood |
Humidity chamber | Billups-Rothenberg | MIC-101 | For holding injected embryos until hatching |
Insect rearing cages | Bioquip (special order) | Close to 1450 L (has plastic front and mesh fabric sides) | Cage for planthoppers on corn |
Laser-based Micropipiette Puller | Sutter Instruments | P-2000/G | For making injection needles / Heat = 700, FIL = 4, VEL = 40, DEL = 170, PUL = 160 |
Leica M165 FC Fluorescence Stereomicroscope | Leica | M165 FC | Planthopper screening |
Microinjection Scope | Leica | MZ12-5 | Microinjection scope outfited with an XY stage |
Micromanipulator | Narishige | MN-151 | For positioning microinjection needle |
Micropipette beveler | Sutter Instruments | FG-BV10-D | For beveling injection needles / Used 'fine' graded plate at 20° angle |
Microscope Stage | AmScope | GT100 X-Y Gliding Table | For positioning and moving embryos under microscope |
Miniature Paint Brush | Testor #2 8733 | Sold in 3 pack 281206 | Fine paintbrushes for embryo handling |
Needle Holder | Narishige | HI-7 | For holding the microinjection needle |
Percival Incubator | Percival | I41VLH3C8 | Rearing injectees until hatch |
Petri Dishes (100 x 15 mm) | VWR | 89038-968 | Making agar dish for egg-lay |
pGEM-T Easy Vector System I cloning kit | Promega | A1360 | Cloning Pm white target site |
Phenol Red | Sigma | 143-78-8 | Microinjection buffer |
Plain Microscope Slides or coverslip | Fisher Scientific | 12-549-3 | Hold eggs for microinjection |
Plasmid DNA Midi Kit | Zymo | D4200 | Purification of injection-ready plasmid DNAs |
Plastic paraffin film | Pechiney Plastic Packaging | PM-996 | Roll size 4 in. x 125 ft |
Plastic wrap | Glad ClingWrap Plastic Wrap | NA | Wrap the entire egg-laying chamber |
Primer – PmW CRISPR check F1 – AAGGAATTTCTGGAGGTGAAA | IDT | 25 nmole DNA Oligo | First-round Primer for amplifing across target site within the Pm white gene |
Primer – PmW CRISPR check R1 – GATTCCTCGCTGTTGGGT | IDT | 25 nmole DNA Oligo | First-round Primer for amplifing across target site within the Pm white gene |
Primer – PmW CRISPR check F3 – TCACAGACCCTGGTGCTAATC | IDT | 25 nmole DNA Oligo | Second-round Primer for amplifing across target site within the Pm white gene |
Primer – PmW CRISPR check R3 – GTCCACAATCCACACTTCTGA | IDT | 25 nmole DNA Oligo | Second-round Primer for amplifing across target site within the Pm white gene |
Quartz capillaries | Sutter Instruments | QF100-50-10 | For making microinjection needles / O.D. 1 mm, I.D. 0.7 mm, 10 cm length |
Screen (White Organza Fabric) | Joann Fabrics | 16023889 | For covering the adult container |
Sparkleen | Fisher Scientific | 04-320-4 | Wash dishes |
Sucrose | Fisher Scientific | BP220-1 | To make 10% sucorose solution |