Presentiamo una guida completa alla preparazione del campione target fisso, alla raccolta e all’elaborazione dei dati per la cristallografia seriale di sincrotrone presso Diamond beamline I24.
La raccolta di dati seriali è una tecnica relativamente nuova per gli utenti di sincrotrone. Un manuale utente per la raccolta di dati target fissi su I24, Diamond Light Source viene presentato con istruzioni dettagliate passo-passo, figure e video per una raccolta dati fluida.
La cristallografia seriale di sincrotrone (SSX) è un metodo emergente di raccolta dati che è stato ispirato dai laser a elettroni liberi a raggi X (XFEL)1,2,3. In un XFEL, un singolo modello di diffrazione viene registrato da un cristallo proteico solitamente molto piccolo, prima che il cristallo venga distrutto dall’impulso a raggi X estremamente luminoso. Ciò significa, tipicamente, che un nuovo cristallo deve essere introdotto nel fascio di raggi X per ottenere un altro modello di diffrazione4. Questa necessità di ricostituire continuamente i cristalli ha guidato lo sviluppo di molte tecniche di consegna seriale dei campioni5.
Nei sincrotroni, i metodi classici di cristallografia a rotazione (non seriale) sono ampiamente applicati, sfruttando un singolo cristallo di grandi dimensioni che viene ruotato in un fascio di raggi X utilizzando un goniometro per raccogliere un set di dati completo per la soluzione di struttura6. Al fine di aumentare la durata dei cristalli in modo che un set di dati completo possa essere raccolto7,8, e anche per facilitare la spedizione e il trasferimento automatico del campione, i cristalli vengono crioraffreddati a ~ 100 K per la raccolta dei dati. A linee di fascio microfocus intense, le strategie multi-cristallo sono spesso impiegate in quanto i danni da radiazioni possono impedire la raccolta di un set di dati completo da un singolo cristallo9,10,11. Nonostante i limiti imposti dai danni da radiazioni, il numero di cristalli utilizzati rimane relativamente modesto e l’approccio utilizzato è essenzialmente identico all’esperimento del singolo cristallo.
SSX, d’altra parte, utilizza la consegna seriale del campione per ottenere singoli modelli di diffrazione fissa da migliaia di cristalli orientati casualmente per generare un set di dati completo. Si noti che le tecniche seriali che incorporano la rotazione dei cristalli sono in fase di sviluppo12,13 anche se ci concentriamo su approcci fermi, a rotazione zero. Esistono un’ampia varietà di sistemi di erogazione dei campioni con diversi vantaggi e svantaggi14,che vanno dalla fornitura di un flusso di cristalli in un flusso focalizzato / viscoso jet15,16,17, chip microfluidico18,19o cristalli su un bersaglio fisso come un chip di silicio inciso20,21 . Tipicamente, i cristalli sono tenuti a temperatura ambiente, consentendo di osservare una maggiore diversità conformazionale e fornendo un ambiente fisiologicamente più rilevante22. SSX consente la raccolta di set di dati a dosi molto basse23, poiché la dose totale del set di dati equivale a una singola breve esposizione ai raggi X di un cristallo. Un altro grande vantaggio che SSX fornisce è lo studio della dinamica delle proteine attraverso metodi risolti nel tempo, con reazioni innescate dall’esposizione alla luce laser24,25, 26,27o dalla miscelazione di cristalli e ligando/substrato28,29. L’uso di cristalli più piccoli significa che la luce laser può penetrare l’intero cristallo, avviando uniformemente la reazione senza assorbimento multifotone per fornire intermedi di reazione ben definiti per i dati di diffrazione presi in diversi punti temporali27. L’uso di cristalli più grandi e metodi di raccolta dei dati basati sulla rotazione soffre di una profondità di penetrazione laser limitata, attivazione non uniforme o multifotonica, danni da radiazioni e tempo di sovraccarico meccanico all’interno delle scansioni dei dati, con conseguente combinazione di intermedi di reazione che possono rivelarsi difficili o impossibili da interpretare a velocità di reazione più elevate. I cristalli più piccoli forniscono un vantaggio simile negli esperimenti di miscelazione, poiché i ligandi possono diffondersi rapidamente e più uniformemente in tutto il cristallo, consentendo nuovamente di registrare intermedi di reazione definiti a diversi ritarditemporali 30,31,32.
Presso la beamline microfocus I24 di Diamond è possibile eseguire sia esperimenti di rotazione convenzionale che SSX. Qui viene presentato un protocollo completo per la preparazione dei campioni SSX e la raccolta dei dati utilizzando target fissi a I24 e protocolli per l’analisi dei dati seriali a Diamond. Mentre il manoscritto e i video di accompagnamento dovrebbero consentire agli utenti di eseguire un esperimento SSX di successo a I24, va notato che questo è un campo in rapido sviluppo e gli approcci sono in continua evoluzione. Va anche notato che i metodi seriali sono disponibili presso altre sorgenti di sincrotrone, inclusi ma non limitati a Petra III (P14-TREXX), MAX IV (BioMAX)33, SLS (PXI e PXII)34e NSLS (FMX)35. Mentre le specifiche della raccolta e dell’elaborazione dei dati seriali differiranno tra le fonti, i principi fondamentali rimarranno gli stessi. I protocolli sottostanti dovrebbero essere visti come un punto di partenza e un percorso verso il campo base piuttosto che il vertice di ciò che potrebbe essere raggiunto.
Questo protocollo presuppone che gli utenti abbiano un sistema cristallino proteico o a piccole molecole, da cui è stato prodotto un impasto microcristallino dell’ordine di 0,5-2,0 ml con una buona densità di microcristalli per mL. I protocolli per ottenere fanghi di cristallo sono stati descritti in precedenza 36. Sono disponibili molti tipi diversi di target fisso, i più comunemente usati a I24 utilizzano un chip di silicio definito con precisione. Al fine di differenziarsi da altri layout di chip, sotto e nell’interfaccia beamline questo è indicato come un “chip Oxford”. Come descritto in precedenza, il layout del chip Oxford comprende 8×8 “blocchi città”, ciascuno contenente 20×20 aperture per un totale di 25.600 aperture20,21.
La raccolta dati di sincrotrone seriale è una tecnica relativamente nuova nelle linee di fascio MX, che colma il divario tra le raccolte di dati ultraveloci attualmente eseguite presso XFEL e MX tradizionali basati su sincrotrone. Questo manoscritto mira a fornire una panoramica di come raccogliere con successo dati seriali target fissi presso la beamline I24, Diamond Light Source per basse dosi, serie di dosi ed esperimenti risolti nel tempo. Come per la cristallografia standard, la preparazione del campione è un importante collo di bottiglia nella soluzione della struttura. SSX non è diverso, e la preparazione di un impasto di cristallo omogeneo in quantità sufficienti non ha ancora beneficiato di diversi decenni di studio e raffinamento come la crescita di singoli grandi cristalli proteici. Tuttavia, la preparazione di questi fanghi esula dallo scopo di questo documento ed è stata riassunta altrove36. Il passaggio critico nell’approccio qui descritto prevede l’uso attento del campione disponibile utilizzando interfacce GUI facili da usare (passaggio 3) e pipeline di elaborazione dati automatizzate (passaggio 6) per informare il caricamento del chip (passaggio 1) e come dovrebbe procedere un esperimento.
La pipeline di feedback veloce è un potente strumento che consente agli utenti di valutare i tassi di hit iniziali durante la raccolta dei dati per informare i successivi protocolli di caricamento dei chip per una raccolta dati di successo. Di fronte a un basso tasso di hit (<5%), gli utenti rischiano di raccogliere dati incompleti e/o sprecare il beamtime con raccolte aggiuntive. In questo caso, il campione potrebbe essere raggruppato, concentrato mediante centrifugazione delicata e/o volumi maggiori potrebbero essere caricati nel passaggio 1.5. Un tasso di successo più elevato è generalmente favorevole, tuttavia, c'è un punto di ritorno decrescente in cui il sovraccarico porta a più cristalli nello stesso pozzo. DIALS è in grado di gestire i dati di diffrazione multi-reticolo50, ma una preoccupazione maggiore rispetto all’indicizzazione e all’integrazione è l’effetto dannoso che il raggruppamento dei cristalli può avere sull’attivazione uniforme dei cristalli tramite luce laser o miscelazione rapida per esperimenti precisi risolti nel tempo. Particolare attenzione dovrebbe quindi essere prestata per evitare di sovraccaricare obiettivi fissi per esperimenti risolti nel tempo.
La fase di elaborazione dell’indicizzazione e dell’integrazione produce un grafico con la croce centrale che rappresenta la direzione del fascio, ogni punto che rappresenta la direzione della riflessione hkl 001 dei singoli reticoli e l’anello esterno del cerchio che rappresenta una rotazione di 90 ° dall’asse del fascio. Questo mostrerà se i tuoi cristalli hanno un orientamento preferito, che può influire sulla completezza dei dati e indicare la necessità di raccogliere più dati o variare il protocollo di caricamento. Nel pannello di sinistra della Figura 7c, viene mostrato l’effetto del sovraccarico di un chip con cristalli HEWL. Man mano che le aperture si riempiono di più cristalli, si attaccano alle pareti angolate delle aperture piuttosto che incunearsi alla base in un orientamento casuale. Le due ellissi ortogonali sono il risultato di cristalli che giacciono sulle pareti interne del chip che si trovano a ~ 35 ° rispetto alla direzione del fascio. Ciò riduce il volume dei cristalli caricati, riduce il tasso di successo e riduce drasticamente la frazione di cristalli che si trovano in questi piani preferiti.
Va notato che altri approcci seriali sono disponibili a I24, come estrusori LCP e chip microfluidici. Questi utilizzano GUI simili e le stesse pipeline di elaborazione, quindi gran parte di quanto sopra rimarrà applicabile anche se viene utilizzata una tecnica diversa. Esistono numerosi approcci seriali sia per SSX che per SFX oltre l’approccio target fisso qui descritto, ognuno ha determinati vantaggi rispetto all’altro a seconda dell’esperimento da eseguire e della beamline utilizzata per l’esperimento. Poiché gli approcci seriali si stanno evolvendo rapidamente, è consigliabile controllare le pagine Web beamline (https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/I24.html) per gli aggiornamenti recenti e parlare con il personale beamline il prima possibile durante la pianificazione del beamtime. L’accesso a I24 per esperimenti standard e seriali è gratuito nel punto di utilizzo. Per gli utenti del Regno Unito e dell’UE i costi di viaggio e alloggio sono in parte coperti da iNEXT Discovery.
Questo lavoro è stato supportato dall’iNEXT-Discovery (Grant 871037) finanziato dal programma Horizon 2020 della Commissione Europea.
Chip Holders | Custom Built | N/A | In-house custom built metallic chip holders consisting of 2 magnetic base plates, 2 metal rings, and a kinematic mount. |
Chipless Chip Spacers | SWISCII | N/A | LCP adhesive sheets available as part of the LCP modular range |
Geobrick LV-IMS-II | Delta Tau | N/A | A multi-axis controller/amplifier with a custom Diamond Light Source hardware configuration |
Kinematic Mounts | ThorLabs | KB25/M | Square bases with 3 magnets arranged in a triangle affixed to chip holders. |
KNF Laboport Vacuum Pump | Merck | Z262285-1EA | Solid PTFE vauum pump, 10 l/min pumping speed. |
Mylar Sheets 6 µm | Fisher Scientific | 15360562 | 300 ft roll of 6 µm thick mylar XRF film by SPEX SamplePrep |
Mylar Sheets 3 µm | Fisher Scientific | 04-675-4 | 300 ft roll of 3 µm thick mylar XRF film by SPEX SamplePrep |
Pelco easiGlow Glow Discharge System | Ted Pella, INC. | 91000 | A compact stand alone glow discharge system used to produce hydrophillic surfaces |
Silicon Chips | University of Southampton | N/A | Custom etched silicon chips with 25,6000 apertures available in a variety of sizes. |
Translation Stages | Smaract | N/A | XYZ sample stages are a collaborative design by Diamond Light Source and SmarAct, custom-built by SmarAct using three linear translation 50mm travel stages, precise crossed roller guideways, and an integrated sensor with up to 1 nm resolution |
1byOne Humidifier (701UK-0003 ) | 1byOne | B01DENO0EQ | Commercially available 1.3 Litre ultrasonic humidifier |