ここでは、核磁気共鳴(NMR)プローブを回転させる動的核分極(DNP)マジックアングル(DNP)に凍結したサンプルを極低温で伝達するためのプロトコルを紹介します。このプロトコルには、実験前のローター保管の方向と、実験前後の生存率測定の方向が含まれます。
動的核分極(DNP)は、マジックアングルスピニング(MAS)核磁気共鳴(NMR)分光法の感度を劇的に高めることができます。これらの感度は温度が低下するにつれて増加し、ほとんどの商用DNP搭載NMR分光計の動作温度(約100K)で非常に低い濃度で分子の研究を可能にするのに十分な大きさです。これは、母国の環境で内因性レベルでの高分子の凍結保存細胞の細胞内構造生物学の可能性につながります。しかし、細胞凍結保存に必要な凍結率は、DNP MAS NMRの典型的なサンプル処理中に超え、細胞の完全性と生存率が失われる。本稿では、MAS NMR分光計への哺乳動物細胞の凍結サンプルの調製および極低温移動のための詳細なプロトコルについて説明する。
核磁気共鳴分光法を紡ぐマジックアングルの動的核分極化の導入により、MAS NMRの感度を数桁高めることができます。これにより、生体分子の生理学的濃度またはその近くで生体分子の検出が可能になりました。DNPは、複雑な生物学的環境1において内在性(〜1μM)濃度で同位体標識タンパク質を検出するのに必要な感度を提供し、提供することができる。同位体標識分子を生存可能性に影響を与えずに非標識哺乳類細胞に導入するプロトコルが確立されているため、同位体に富んだ生体分子を母国の環境で内在性レベルで研究する可能性が開かれます。また、DNP増強は、より低い温度2、3、4でより効率的であるため、DNP MAS NMRの実験温度は、生存可能な哺乳動物細胞5の長期保存に必要なものときちんと一致する。しかし、サンプルをDNP MAS NMR分光計に移す従来の方法は、哺乳類細胞を破裂させる温度変動率に被験者を与える。
MAS NMR実験では、異方性相互作用の大きさをゼロ(通常は少なくとも4kHz、通常は6、7、8、9)に平均する周波数で、マジックアングルを中心に試料を回転させる必要があります。したがって、サンプルは、ガスの流れによってローターの回転を駆動するために使用されるフィン付き先端を有するローターに詰め込まれ、回転周波数をタコメータで監視できるようにもう一方の端にマークを付ける。ほとんどのMAS NMR機器のサンプル転送は、乾燥空気または窒素ガスの流れでNMRプローブの端にあるステータに器具の外側からロータを注入することによって達成されます。ロータが回転子を魔法の角度で保持するステータに到達すると、サンプルの回転は空気タービン機構によって推進される。ガスのサポートの別々の流れは、推進し、ローターの温度を制御する。ローターをNMR分光計に挿入し、安定したMAS回転を実現するには、細かく機械加工された駆動チップと、ガスの別々の流れの温度と圧力を厳しく制御する必要があります。これらの技術的な要求にもかかわらず、挿入および安定したMASを達成することは、主に室温の適用のための商業MAS NMRの調査のために自動化される。
しかし、低温用途では状況がより複雑になります。低温用途のサンプルは、通常、室温で分光計に挿入され、固定子で凍結されます。最初の1分間で、サンプル温度が急速に低下し (>-100 °C/min)、システム温度は平衡化するのに数分を必要とします。温度と圧力の相互作用のために、望ましいMASの挿入および接近は、多くの場合、低温用途のために手動で処理される。手動介入の要件にもかかわらず、装置の中のローターを凍結することは、水の導入とプローブへの凝縮を最小限に抑え、回転を成功させるために重要であるため、有益です。周囲の水分ブロックガスラインからの凝縮や氷の蓄積だけでなく、ローター自体の凝縮、または霜は機械的にMASを防ぐことができます。したがって、低温MAS NMRのサンプルは、通常、-100 °C/minを超える速度で器具の内部で凍結されます。
哺乳類細胞は、冷却が遅い5、10、11、12の速度で1°C/min以上の速度で凍結融解サイクルを経て完全性を保持することができます。また、冷却速度が超高速13、14、15の場合、セルは104°C/minよりも速い速度で整合性を保ちます。これら2つの極端に中間的な率は、細胞の内側と外側の両方の氷の結晶形成による哺乳類細胞を破裂して殺す、凍結保護剤16の存在下でも。事前冷却されたプローブ内の室温ローターの冷却速度は、これら2つの極端な間に落ち、したがって極低温保存された無傷の生き哺乳類細胞を研究するために、サンプルを器具に移す前に凍結し、ローターのサンプルまたはローターの霜の蓄積を損なう可能性のある温度変動なしに器具に移す必要があります。プロトコルは、極低温保存無傷の生き生き哺乳類細胞サンプルの研究のための極低温MAS NMRシステムへの霜のない、予冷ローター挿入のための方法を記述する。ここで説明した極低温サンプル転写は、生存可能な無傷細胞のNMR特性評価のために開発された。ただし、温度変動がサンプルの完全性を損なう可能性があるシステムには適用可能です。これには、閉じ込められた反応中間体17、18、酵素学19、20、またはタンパク質フォールディング21、22の化学的および構造的特徴付けに対する凍結クエンチ反応のようなあらゆる様々な複雑な系が含まれる。
NMR分光器への凍結サンプルの極低温移動は、NMRデータ取得を通じて凍結された哺乳動物細胞の生存率を維持することに成功した。この方法論の成功は、MAS NMRの生存率測定の前と後で実証されています。このアプローチは、温度変動がサンプルの完全性を損なう可能性があるあらゆるシステムに対して成功し、一般化できます。現在提示されているプロトコルはHEK 293細胞株で行われる。多くの哺乳類細胞株の凍結保存条件は非常に類似しているため、ここで報告された条件は他の細胞系に翻訳可能である可能性が高い。しかし、同じ結果を得るためには、凍結保護剤、サンプル量、および凍結率をさらに最適化する必要があります。
この方法論は、ローターをNMR後の実験より速く開梱することによって改善することができる。このステップは現在最適ではなく、その実行は細胞の生存率に影響を与えます。セルをメディアに再懸濁させる前に、ドライブチップとシリコンプラグをローターから取り外す必要があります。ローターがドライブチップの取り外し中に保持されると、ロータが不均一に解凍され、シリコンプラグのロータ処理時間が短くなるほど、高い生存率が得られます。ローターホルダーやその他のツールを開発することで、均一な解凍やドライブチップとシリコンプラグの迅速な取り外しを容易に行い、NMR後の生存率評価をより正確に行うことができます。
この記事で説明した極低温サンプルローディングのアプローチは、NMR磁石のボア内のプローブでサンプルの挿入と放出をサポートするNMRプローブに限定されています。外部サンプルの挿入と取り出しは商用の DNP システムでは標準ですが、カスタムプローブには必ずしもこのオプションが用意されているわけではありません。また、この極低温サンプルローディングのアプローチでは、異なるサイズのローターと互換性を持つNMRプローブに何らかの変更が必要になることがあります。このプロトコルは3.2 mmローター用に最適化されており、サンプルキャッチャーの外径がマイクロ遠心チューブの内径を超える場合(例えば、ステップ3.4.2)の修正が必要な場合があります。
MAS NMRへのDNPの適用により、内因性生理学的濃度24、25、26でタンパク質および他の生体分子を検出することが可能になった。これは、彼らのネイティブ環境内で生体分子を研究する可能性を開きます.実験全体を通して細胞の完全性と生存性の維持は、分光法の実験結果を生物現象に結びつける上で重要である可能性が高い。精製されたタンパク質または細胞ライセートを含むサンプルの非制御凍結は、通常、サンプル品質7,27を損なわないが、凍結速度が精製系28においても重要な可変となる可能性があるといういくつかの徴候がある。しかし、細胞の無傷性や生存率を維持することが解釈にとって重要である場合、哺乳類細胞のサンプルは制御された速度で凍結する必要があります。ここでは、哺乳類細胞の凍結サンプルを凍結し、予め冷却されたDNP MAS NMR機器に移し、潜在的に有害な温度変動を回避し、生存細胞の測定をサポートするプロトコルを提示します。
The authors have nothing to disclose.
この研究は、テキサス州癌研究予防研究所[RR150076]、国立科学財団[1751174]からの助成金によって支えられました。国立衛生研究所[NS-111236]、ウェルチ財団[1-1923-20170325];ルペ・マーチソン財団、テッド・ナッシュ・ロングライフ財団、親族財団(サール・スカラーズ・プログラム)をK.K.F.
0.4% Trypan blue stain | Invitrogen | T10282 | |
100 mm cell culture dish | Thomas Scientific | 430167 | |
150 mm cell culture dish | Nunc | 157150 | |
3.2 mm sapphire rotor | Bruker | ||
45 ° angled forceps | Hampton Research | HR4-859 | |
AMUPol | Cortecnet | C010P005 | |
Black and Silver marker | Sharpie | ||
Cap removing tool | Bruker ? | ||
Cell culture grade water | HyClone | SH30529.03 | |
Ceramic cap | Bruker | ||
CoolCell | Corning/ Biocision | UX-04392-00 (Corning) / BCS-405 (Bioscion) | |
Countess Cell Counting Chamber Slides | Invitrogen | C10288 | |
Countess II automated cell counter | Invitrogen | AMQAF1000 | |
Cryogen tubes | Nalgene | 03-337-7Y | |
d8-glycerol | Aldrich | 447498 | |
Deuterium oxide, 99.8 % atom D | Aldrich | 756822-1 | |
DMEM | Gibco | 10569-010 | |
DNP NMR system with 1.7 T cryogen free gyrotron | Bruker | ||
Foam dewar | Spearlab | FD-800 | |
Kimwipes | Kimwipes | ||
Packaging tool | Bruker ? | ||
Pen-Strep | Gibco | 15140-122 | |
Powdered PBS | VWR | VWRRV0780 | |
Protonated PBS | Gibco | 10010-023 | |
Silicon plug | Bruker | ||
Standard Vessel forceps | |||
Tryp-L | Gibco | 12605010 |