Hier stellen wir ein Protokoll zur Sammlung konfokaler Raman-Spektren von menschlichen Probanden in klinischen Studien in Kombination mit chemometrischen Ansätzen zur Spektralausreißerentfernung und der anschließenden Extraktion von Schlüsselmerkmalen vor.
Die Entwicklung dieser in vivo konfokalen Raman spektroskopischen Methode ermöglicht die direkte Messung von Wasser, Proteinen und Lipiden mit Tiefenauflösung bei menschlichen Probanden. Diese Informationen sind sehr wichtig für hautbedingte Erkrankungen und die Charakterisierung der Leistung von Hautpflegeprodukten. Dieses Protokoll veranschaulicht eine Methode zur konfokalen Raman-Spektrensammlung und die anschließende Analyse des Spektraldatensatzes unter Nutzung von Chemometrie. Ziel dieser Methode ist es, ein Standardprotokoll für die Datenerfassung zu erstellen und allgemeine Anleitungen für die Datenanalyse bereitzustellen. Die Vorverarbeitung (z. B. Entfernung von Ausreißerspektren) ist ein entscheidender Schritt bei der Verarbeitung großer Datensätze aus klinischen Studien. Als Beispiel bieten wir Anleitungen, die auf Vorkenntnissen eines Datasets basieren, um die Arten von Ausreißern zu identifizieren und spezifische Strategien zu ihrer Entfernung zu entwickeln. Es wird eine Hauptkomponentenanalyse durchgeführt, und die Belastungsspektren werden mit Spektren aus Referenzmaterialien verglichen, um die Anzahl der Komponenten auszuwählen, die bei der abschließenden Multivariaten-Kurvenauflösungsanalyse (MCR) verwendet werden. Dieser Ansatz ist erfolgreich, um aussagekräftige Informationen aus einem großen Spektraldatensatz zu extrahieren.
In klinischen Studien hat die konfokale Raman-Spektroskopie in vivo ihre einzigartige Fähigkeit zur Bestimmung der Dicke des Stratum corneum und des Wassergehalts1,2,3,4, und die Verfolgung der Penetration von aktive Materialien topisch auf die Haut aufgetragen5,6. Als nichtinvasiver Ansatz erkennt die konfokale Raman-Spektroskopie molekulare Signale basierend auf Schwingungsmodi. Daher ist eine Kennzeichnung nicht erforderlich7. Die konfokale Raman-Spektroskopie in vivo liefert chemische Informationen mit Tiefenauflösung, die auf der konfokalen Natur der Technik basieren. Diese tiefenabhängigen Informationen sind sehr nützlich bei der Untersuchung der Auswirkungen von Hautpflegeprodukten4,8, Alterung9,10, saisonale Veränderungen3, sowie Hautbarriere Funktionskrankheiten, wie atopische Dermatitis11,12. Es gibt viele Informationen im hochfrequenten Bereich der konfokalen Raman-Spektroskopie (2.500–4.000 cm-1), wo Wasser in der Region zwischen 3.250–3.550 cm-1unterschiedliche Spitzen erzeugt. Die Raman-Spitzen von Proteinen und Lipiden, die zwischen ca. 2.800–3.000 cm-1zentriert sind, überlappen sich jedoch, da die Signale hauptsächlich aus Methylen (-CH2-) und Methyl (-CH3) Gruppen13 . Diese überlappenden Informationen stellen eine technische Herausforderung dar, wenn relativ viele einzelne molekulare Arten erhalten werden. Peak Fitting14,15 und selektive Spitzenposition12,16 Ansätze wurden verwendet, um diese Herausforderung zu lösen. Für diese auf einzelnen Spitzen basierenden Methoden ist es jedoch schwierig, reine Komponenteninformationen zu extrahieren, da mehrere Raman-Spitzen aus derselben Komponente gleichzeitig ändern17. In unserer jüngsten Veröffentlichung18wurde ein MCR-Ansatz vorgeschlagen, um die reinen Komponenteninformationen aufzuklären. Mit diesem Ansatz wurden drei Komponenten (Wasser, Proteine und Lipide) aus einem großen in vivo konfokalen Raman spektroskopischen Datensatz extrahiert.
Die Durchführung großer klinischer Studien kann für Personen, die spektroskopische Daten in vivo sammeln, anspruchsvoll sein. In einigen Fällen kann die spektrale Erfassung Eine Betriebsausrüstung für viele Stunden an einem Tag erfordern und die Studie kann sich bis zu Wochen oder Monate erstrecken. Unter diesen Bedingungen können spektroskopische Daten von Gerätebetreibern generiert werden, denen das technische Know-how fehlt, um alle Quellen spektroskopischer Artefakte zu identifizieren, auszuschließen und zu korrigieren. Der resultierende Datensatz kann einen kleinen Bruchteil spektroskopischer Ausreißer enthalten, die vor der Analyse identifiziert und aus den Daten ausgeschlossen werden müssen. Dieses Papier veranschaulicht detailliert einen chemometrischen Analyseprozess, um ein klinisches Raman-Dataset zu “bereinigen”, bevor die Daten mit MCR analysiert werden. Um die Ausreißer erfolgreich zu entfernen, müssen die Arten von Ausreißern und die mögliche Ursache für die Erzeugung der Ausreißerspektren identifiziert werden. Dann kann ein spezifischer Ansatz entwickelt werden, um die gezielten Ausreißer zu entfernen. Dies erfordert Vorkenntnisse des Datensatzes, einschließlich eines detaillierten Verständnisses des Datengenerierungsprozesses und des Studiendesigns. In diesem Datensatz sind die meisten Ausreißer niedrige Signal-Rausch-Spektren und stammen hauptsächlich aus 1) Spektren, die über der Hautoberfläche gesammelt wurden (6.208 von 30.862), und 2) starkem Beitrag zum Spektrum von fluoreszierendem Raumlicht (67 von 30.862). Spektren, die über der Hautoberfläche gesammelt werden, erzeugen eine schwache Raman-Reaktion, da sich der Laserfokus der Hautoberfläche nähert und sich meist im Instrumentenfenster unter der Haut befindet. Spektren mit einem starken Beitrag von fluoreszierendem Raumlicht werden entweder durch Fehler des Gerätebedieners oder durch Subjektbewegung erzeugt, wodurch ein Zustand entsteht, in dem das konfokale Raman-Sammelfenster nicht vollständig von der Körperseite des Motivs abgedeckt ist. Obwohl diese Arten von Spektralartefakten während der spektralen Erfassung durch einen spektroskopischen Sachverständigen zum Zeitpunkt der Datenerfassung identifiziert und behoben werden konnten, wurden die in dieser Studie verwendeten geschulten Instrumentenbetreiber angewiesen, alle Daten zu sammeln, es sei denn, katastrophales Versagen beobachtet wurde. Die Aufgabe, Ausreißer zu identifizieren und auszuschließen, wird in das Datenanalyseprotokoll integriert. Das vorgelegte Protokoll wurde entwickelt, um diese Herausforderung zu lösen. Um die schwachen Signal-Rausch-Spektren über der Hautoberfläche zu adressieren, muss zuerst die Lage der Hautoberfläche bestimmt werden, um die Entfernung von Spektren zu ermöglichen, die über der Hautoberfläche gesammelt wurden. Die Lage der Hautoberfläche ist definiert als die Tiefe, in der der Raman-Laserfokusdierpunkt zur Hälfte in der Haut und zur Hälfte aus der Haut heraus ist, wie in Der Ergänzungsfigur 1dargestellt. Nach dem Entfernen von schwachen Signal-Rausch-Spektren wird eine Hauptkomponentenanalyse (PCA) implementiert, um den Faktor zu extrahieren, der von fluoreszierenden Raumlichtspitzen dominiert wird. Diese Ausreißer werden basierend auf dem Score-Wert des entsprechenden Faktors entfernt.
Dieses Protokoll enthält detaillierte Informationen darüber, wie sechs Hauptkomponenten im MCR-Prozess bestimmt werden. Dies geschieht durch eine PCA-Analyse, gefolgt von einem spektralen Formvergleich zwischen den Belastungen für Modelle, die mit einer anderen Anzahl von Hauptkomponenten generiert wurden. Auch das experimentelle Verfahren zur Datenerfassung von Referenzmaterialien sowie den menschlichen Probanden wird ausführlich erläutert.
Während der Datenerfassung, wie in Abschnitt 2 und 3 des Protokolls beschrieben, wurde jedes Tiefenprofil in einem Bereich mit Kontakt zwischen dem Instrumentenfenster und der Haut gesammelt, indem die dunkleren Bereiche aus den mikroskopischen Bildern gefunden wurden, die in den roten Kreisen in Abbildung 2C. Sobald diese Bereiche lokalisiert wurden, war es wichtig, das Tiefenprofil über der Hautoberfläche zu starten, um die Position der Hautoberfläche für das Datenan…
The authors have nothing to disclose.
Die Autoren würdigen die finanzielle Unterstützung durch die Corporate Function Analytical and Personal Cleansing Care Abteilung sehr. Wir möchten uns bei den analytischen Beisitzerinnen Frau Jasmine Wang und Dr. Robb Gardner für ihre Beratung und Unterstützung und Frau Li Yang für ihre Hilfe bei der Datenerhebung bedanken.
Bovine Serum Albumin | Sigma-Aldrich | ||
Cholesterol | Sigma-Aldrich | ||
Cholesterol 3-sulfate sodium | Sigma-Aldrich | ||
D-Erythro-Dihydrosphingosine | Sigma-Aldrich | ||
DI water | Purified with Milipore(18.2MΩ) | ||
Gen2-SCA skin analyzer | River Diagnostics, Rotterdam, The Netherlands | Gen2 | |
Matlab 2018b | Mathwork | 2018b | |
N-behenoyl-D-erythro-sphingosine | Avanti Polar Lipids, Inc. | ||
N-Lignoceroyl-D-erythro-sphinganine(ceramide) | Avanti Polar Lipids, Inc. | ||
Oleic Acid | Sigma-Aldrich | ||
Palmitic Acid | Sigma-Aldrich | ||
Palmitoleic Acid | Sigma-Aldrich | ||
PLS_Toolbox version 8.2 | Eigenvector Research Inc. | 8.2 | |
RiverICon | River Diagnostics, Rotterdam, The Netherlands | version 3.2 | |
Squalene | Sigma-Aldrich | ||
Stearic Acid | Sigma-Aldrich |