هنا، نحن نقدم بروتوكولا لدراسة الآلية الجزيئية لبروتون إزفاء عبر الأغشية الدهنية الدهنية واحد، استخدام الفسفرة بو3 كمثال. يمكن الكشف عن الجمع بين كهربية والفحص المجهري الأسفار، تغييرات درجة الحموضة في التجويف حويصلات وحيد، والتي تحتوي على واحد أو إنزيم متعددة، وتحليلها على حدة.
ضخ البروتون الإنزيمات من إلكترون نقل سلاسل تفاعلات الأكسدة والاختزال الزوجان إلى إزفاء بروتون عبر الغشاء، إنشاء قوة الدافع البروتون المستخدمة لإنتاج ATP. الطابع amphiphilic للبروتينات الغشاء يتطلب إيلاء اهتمام خاص للمعالجة وإعادة تشكيل في البيئة الطبيعية في الدهون أمر لا غنى عنه عند دراسة عمليات النقل الغشاء مثل إزفاء بروتون. هنا، نحن بالتفصيل أسلوب الذي تم استخدامه لتحقيق إليه ضخ البروتون غشاء إنزيمات الأكسدة والاختزال، أخذ الفسفرة بو3 من الإشريكيّة القولونية كمثال. هو استخدام مزيج من الفحص المجهري كهربية والأسفار للتحكم في حالة الأكسدة كينون تجمع ورصد التغيرات درجة الحموضة في التجويف. مئات الدهنية بسبب القرار المكانية للفحص المجهري نيون، يمكن أن يقاس في وقت واحد بينما يمكن تقليص محتوى إنزيم إنزيم واحد أو الناقل الواحد الحويصلية. تحليل إنزيم واحد منها يمكن أن تكشف عن أنماط في ديناميات إنزيم الوظيفية التي قد تكون مخفية وإلا بسلوك السكان ككل. نقوم بتضمين وصف نصي لتحليل الصورة الآلي.
يتم عادة الحصول على معلومات حول آليات الإنزيم وحركية على مستوى الفرقة أو ماكروسكالي مع السكان الإنزيم بالآلاف إلى ملايين جزيئات، التي تمثل فيها القياسات متوسط الإحصائي. ومن المعروف، بيد أن الجزيئات المعقدة مثل الإنزيمات قد تثبت عدم التجانس في سلوكهم والآليات الجزيئية التي لوحظ على مستوى فرقة ليست بالضرورة صالحة لكل جزيء. قد تأكدت هذه الانحرافات بمقياس جزيء الفردية على نطاق واسع بدراسات للإنزيمات واحد مع مجموعة متنوعة من أساليب الناشئة خلال العقدين الماضيين الماضي1. جدير بالذكر أن الأسفار الكشف عن نشاط إنزيم الفردية قد استخدمت للتحقيق في عدم تجانس الإنزيمات النشاط2،3 أو اكتشاف تأثير ما يسمى الذاكرة (فترات من نشاط الإنزيمات عالية نجح خلال فترات انخفاض النشاط و العكس)4،5.
تتطلب العديد من الدراسات إنزيم واحد أن الإنزيمات هي معطلة على السطح أو ثابت مكانياً في طريقة أخرى للبقاء طويلاً بما فيه الكفاية في مجال الرؤية للمراقبة المستمرة. لقد ثبت تغليف الإنزيم في الدهنية لتمكين التثبيت الإنزيم مع منع أي تأثير سلبي الواجب السطح-إنزيم أو بروتين-بروتين تفاعلات6،7. وبالإضافة إلى ذلك، نقدم الدهنية إمكانية فريدة لدراسة البروتينات غشاء مفرد في بهم الدهن الطبيعية البيئة bilayer8،،من910.
فئة من بروتينات الغشاء، الناقلين، يمارس إزفاء اتجاهي للمواد عبر غشاء الخلية، سلوك الذي يمكن دراستها إلا عندما يتم تشكيل البروتينات في دهن بليرس (مثلاً، الدهنية)11، ،من 1213. على سبيل المثال، إزفاء بروتون، تعرض بواسطة إنزيمات عدة سلاسل النقل الإلكترون بدائية وحقيقية النواة، دوراً هاما في التنفس الخلوي إنشاء قوة الدافع البروتون المستخدمة لتركيب ATP. وفي هذه الحالة، يقترن البروتون ضخ نشاط لنقل الإلكترون، على الرغم من أن إليه مفصلة لهذه العملية غالباً ما زال بعيد المنال.
في الآونة الأخيرة، أثبتنا إمكانية الكشف الفلورسنت زوجين مع كهربية لدراسة بروتون ضخ نشاط الإنزيمات واحد من أوكسيديز أوبيكوينول المحطة الطرفية من الإشريكيّة القولونية (الفسفرة بو3) أعيد تشكيلها في الدهنية14. وقد تحقق ذلك بتغليف صبغة الفلورسنت غشاء كتيمة حساسة لدرجة الحموضة في التجويف الدهنية أعدت من هاء القولونية القطبية الدهون (الشكل 1A). وكان الأمثل كمية البروتين حيث أن معظم الدهنية الواردة أما جزيء الإنزيم المعاد تشكيلها لا أو واحد فقط (حسب توزيع Poisson). وقدمت ركائز اثنين من الفسفرة بو3 بإضافة أوبيكوينوني إلى المزيج المادة الدهنية التي تشكلت في الدهنية والأكسجين (المحيط) في حل. ثم هي تمتز الدهنية قليلة على مسرى الذهب فائقة على نحو سلس شبه شفافة، مغطاة تجميعها ذاتيا أحادي الطبقة من 6-ميركابتوهيكسانول. وأخيراً، شنت مسرى على الجزء السفلي من الخلية سبيكترويليكتروكهيميكال بسيطة (الشكل 1B). يسمح التحكم الكهروكيميائية الدولة الأكسدة تجمع كينون أحد مرونة تحريك أو إيقاف التفاعل الأنزيمي في أي لحظة، بينما يستخدم لرصد تغيرات درجة الحموضة داخل التجويف الدهنية نتيجة إزفاء بروتون بصبغة حساسة لدرجة الحموضة الإنزيمات. قبل استخدام يمكن تحديد كثافة fluorescence صبغة الفلورسنت وثانيا، ربط دهني، حجم وحجم الدهنية الفردية وبالتالي التحديد الكمي للبروتون الإنزيم ضخ النشاط. باستخدام هذا الأسلوب، وجدنا لا سيما أن الفسفرة بو3 جزيئات قادرون على الدخول في حالة تسرب عفوية سرعة تبدد القوة الدافعة بروتون. والهدف من هذه المادة إدخال تقنية القياسات الحويصلية واحد بالتفصيل.
الطريقة الموصوفة هي مناسبة لدراسة بروتون ضخ بروتينات الغشاء الرئوي التي يمكن أن يعاد تشكيلها في الدهنية وقادرون على تبادل الإلكترونات مع تجمع كينون. يمكن رصد بروتون ضخ النشاط على مستوى إنزيم واحد استخدام الأصباغ حساسة لدرجة الحموضة (راتيوميتريك) مغلفة في التجويف الحويصلية (ال…
The authors have nothing to disclose.
يعترف الكتاب BBSRC (BB/P005454/1) للدعم المالي. NH مولت “البرنامج محقق الشباب مؤسسة فيلوم”.
6-Mercapto-1-hexanol (6MH) | Sigma | 451088 | 97% |
8-hydroxypyrene-1,3,6-trisulphonic acid (HPTS) | BioChemika | 56360 | |
Aluminium holder (Electrochemical cell) | Custom-made | 30x30x7 mm; inner diameter: 26 mm; hole diameter: 15 mm | |
Auxiliary electrode | platinum wire | ||
Chloroform | VWR Chemicals | 83627 | |
E.coli polar lipids | Avanti | 100600C | 25 mg/mL in chloroform |
Epoxy | EPO-TEK | 301-2FL | low fluorescence epoxy |
Fiji (ImageJ 1.52d) | Required plugins: StackReg and TurboReg (http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/) | ||
Filter cube ("ATTO633") | Chroma Technology Corporation | Ex: 620/60 nm; DM: 660 nm; Em: 700/75 nm | |
Filter cube ("HPTS1") | Chroma Technology Corporation | Ex: 470/20 nm; DM: 500 nm; Em: 535/48 nm | |
Filter cube ("HPTS2") | Chroma Technology Corporation | Ex: 410/300 nm; DM: 500 nm; Em: 535/48 nm | |
Filter cube ("Texas Red") | Chroma Technology Corporation | Ex: 560/55 nm; DM: 595 nm; Em: 645/75 nm | |
Fluorescent dye-labelled lipids (FDLL) | ThermoFisher Scientific | T1395MP | TexasRed-DHPC was used in this work (λexc 595 nm; λem 615 nm) |
Fluorescent dye-labelled lipids (FDLL) (alternative) | ATTO-TEC | AD 633-161 | ATTO633-DOPE can be used as alternative (λexc 630 nm; λem 651 nm) |
Gel filtration column | GE Healthcare | 28-9893-33 | HiLoad 16/600 Superdex 75 pg, for additional protein purification |
Glass coverslips | VWR International | 631-0172 | No 1.5 |
Glass syringe | Hamilton | 1725 RNR | 250 µL |
Glass vials | Scientific Glass Laboratories Ltd | T101/V1 | 1.75 mL capacity |
Gold | GoodFellow | 99.99% | |
Gramacidin | Sigma | G5002 | |
Mercury sulfate reference electrode | Radiometer (Hash) | E21M012 | |
Microcentrifuge | Eppendorf | Minispin NL040 | |
Microscope | Nikon | Eclipse Ti | |
Microscope Camera | Andor | Zyla 5.5 sCMOS | |
Microscope Lamp | Nikon | Intensilight C-HGFI | |
NIS-Elements AR 5.0.2 | Nikon | Microscope acquisition software | |
n-Octyl β-D-glucopyranoside | Melford Laboratories | B2007 | |
Nova 1.10 | Metrohm | Potentiostat control software | |
Objective | Nikon | Plan Apo λ 60x/1.4 oil | |
OriginPro 2017 | OriginLab | Plotting software | |
O-ring (Electrochemical cell) | Orinoko | Inner diameter: 16 mm; cross section: 1.5 mm | |
Plastic tubes | Eppendorf | 3810X | 1.5 mL |
Polystyrene microbeads | Bio-RAD | 152-3920 | Biobeads, 20-50 mesh |
Potentiostat | Metrohm Autolab | PGSTAT 128N | |
Potentiostat | CH Instruments | CHI604C | |
Scripting software | Matlab | R2017a | Required toolboxes: 'Image Processing Toolbox', 'Parallel Computing Toolbox', 'Curve Fitting Toolbox', 'System Identification Toolbox', 'Optimization Toolbox' |
Silicon wafers | IDB Technologies LTD | Si-C2 (N<100>P) | Ø 25 mm, 525 um thick |
Teflon cell (Electrochemical cell) | Custom-made | Outer diameter: 26 mm; inner diameter: 13.5 mm | |
Temple-Stripped Ultra-Flat Gold Surfaces | Platypus Technologies | AU.1000.SWTSG | Alternative ready-to-use ultra-flat gold surfaces (Thickness below 100 nm on demand) |
Thin micropipette tips | Sarstedt | 70.1190.100 | or similar gelloader tips 200 µL |
Ubiquinone-10 | Sigma | C-9538 | |
Ultracentrifuge | Beckman-Coulter | L-80XP | with Ti 45 rotor |
Ultrasonic bath | Fisher Scientific | FB15063 |