قكات: "كتابة سيميوتوماتيد الكمية" من القاتل-الخلية "جينات مستقبلات" الغلوبولين المناعي مثل

ويمكن إجراء تحليل رقم نسخة عن طريق تصدير الملفات إلى برنامج تحليل عدد نسخة، التي تنص على عدد النسخ المتوقعة والمقدرة استناداً إلى أسلوب ΔΔCq. يمكن التنبؤ بعدد نسخ أما استناداً إلى عدد النسخ المعروفة لعينات من الحمض النووي التحكم على اللوحة، أو عن طريق إدخال عدد نسخ الجينات الأكثر شيوعاً (الجدول 5). ويبين الشكل 1 نتائج لوحة لرد فعل يستهدف KIR2DL4 و KIR3DS1، فضلا عن الجين مرجع STAT6. رقم KIR2DL4، جين إطار في موضع كيريباتي ، النسخة الأكثر شيوعاً نسختين، بينما رقم KIR3DS1، تفعيل جينات، النسخة الأكثر شيوعاً نسخة واحدة. وتظهر النتائج في الشكل المؤامرات التضخيم بكر يحتفل به في البرنامج قبكر ونسخة عدد البيانات التي تم إنشاؤها من البيانات qPCR. كما هو موضح، التحليل قادراً على التمييز بين 0، 1، 2، 3، والجينات قير 4 نسخ الأرقام. كما يتيح البرنامج تحليل عدد نسخ عرض توزيع عدد نسخ عبر اللوحة كمخطط دائري أو رسم بياني شريطي. الفعالية للتنبؤ بعدد نسخ أقل بالنسبة للعينات مع ارتفاع عدد نسخ. جودة جميع المواد المستخدمة في ردود الفعل، جدنا، المخزن المؤقت، والإشعال، والمجسات، يمكن أن تؤثر على دقة النتائج التي تم الحصول عليها. الخلافات في النتائج غير الأكثر احتمالاً أن تكون بسبب التباين في تركيز الحمض النووي عبر صفيحة. نقاء جدنا المستخرجة، التي يمكن أن تقاس باستخدام 260/280 و 260/نسب 230، يمكن أيضا أن يكون لها تأثير على النوعية. ومن المستصوب بنسبة 260/280 نسبة 1.8-2 و 260/230 2-2-2. يمكن أن يؤدي تركيزات مجموعة متفاوتة من الحمض النووي عبر لوحة تقلب عالية في دورة عتبة (جر) بين العينات والخلافات في نطاق عدد نسخ المقدرة. وتظهر النتائج في الشكل 2 التأثير يمكن أن يكون التباين بين قيمt C عبر صفيحة على الدقة في التنبؤ بعدد النسخ. الخط الأحمر يشير إلى نطاق عدد نسخ المقدرة عينة، ومن الناحية المثالية، ينبغي أن يكون أقرب عدد صحيح قدر الإمكان. يمكن تصدير البيانات عدد نسخة، وحللت مرة واحدة، كملف جدول بيانات في تنسيق 96-جيدا. قمنا باستخدام برنامج نصي R (متوفرة عند الطلب) الجمع بين البيانات رقم نسخة من كل 10 من الألواح التي يتم تشغيلها كمجموعة في جدول واحد. البيانات المنشورة حول كيرس من السكان الأصل الأوروبي معظمها يتيح التنبؤ بالقواعد LD موجودة بين الجينات المختلفة في مجمع قير 1. وتستخدم هذه التنبؤات لإجراء فحوص المصب في نسخ عدد النتائج المتحصل عليها (الجدول 6). قد تحتوي على العينات التي لا تتوافق مع LD المتوقع بين الجينات تعدد الأشكال غير عادية أو الاختلافات الهيكلية هابلوتيبيك. مخطط انسيابي تصف البروتوكول يرد في الشكل 3. تم تطوير أداة تسمى قير Haplotype المعرف (http://www.bioinformatics.cimr.cam.ac.uk/haplotypes/) لتيسير الإسناد haplotypes من مجموعة البيانات. احتساب يعمل على أساس قائمة haplotypes مرجع الملاحظة في سكان أصل الأوروبي1. ومع ذلك، الأداة تسمح أيضا لمجموعة مخصصة من haplotypes مرجع لاستخدامها بدلاً من ذلك. يتم إنشاء ثلاثة ملفات منفصلة؛ أول ملف يسرد كافة تركيبات haplotype عينة والملف الثاني يوفر قائمة المشذبة تركيبات haplotypes التي لها ترددات مجتمعة أعلى، ويسرد الملف الثالث العينات التي لا يمكن تعيين haplotypes. ويمكن استخدام عدم إحالة haplotypes كمؤشر لرواية haplotypes. رقم 1: نتائج تمثيلية للوحة للرد رقم 5- (أ) هذا التضخيم يظهر الفريق المؤامرات. (ب) هذا الفريق يظهر نسخ عدد قطع الأراضي. (ج) هذا الفريق يوضح توزيع عدد النسخ. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم- رقم 2: نتائج تمثيلية لصفيحة مع تركيز الحمض النووي متغير لرد فعل رقم 5- (أ) هذا التضخيم يظهر الفريق المؤامرات. (ب) هذا الفريق يظهر نسخ عدد قطع الأراضي. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم- الشكل 3: مخطط انسيابي لبروتوكول قكات. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم- الفحص الجينات الإشعال إلى الأمام تركيز (nM) عكس أجهزة الإشعال تركيز (nM) تحقيقات تركيز (nM) 1 لا 3DP1 A4F 250 A5R 250 P4a 150 2 دل 2 2DL2F4 400 C3R2 600 P5b 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 رقم 2 2DS2 A4F 400 A6R 400 P4a 200 دل 2 3 D1F 400 D1R 400 P9 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 3 لا دل 3 3 A8F 500 A8R 500 P4a 150 2DS4Del 2DS4Del 250 2DS4R2 250 P5b 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 رقم 4 3DL1e4 B1F 250 B1R 125 P4b 150 3DL1e9 D4F 250 D4R2 500 P9 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 5 لا 3DS1 B2F 250 B1R 250 P4b 150 2DL 4 C1F 200 C1R 200 P5b-2 دل 4 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 رقم 6 2DL 1 B3F 500 B3R 125 P4b 150 2DP1 D3F 250 D3R 500 P9 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 رقم 7 2DS1 B4F 500 B4R 250 P4b 150 دل 2 5 D2F 500 D2R 500 P9 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 رقم 8 2DS3 B5F 250 B5R 250 P4b 150 3DL2e9 D4F 250 D5R 125 P9 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 رقم 9 3DL2e4 A1F 200 A1R 200 P4a 150 2DS4FL 2DS4FL 250 2DS4R2 500 P5b 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 10 لا 2DS5 B6F2 200 B6R3 200 P4b 150 2DS4 C5F 250 C5R 250 P5b 150 STAT6 STAT6F 200 STAT6R 200 PSTAT6 150 الجدول 1: تركيبة وتركيز أجهزة الإشعال والمجسات المستخدمة في كل رد فعل قكات 27 . رد الفعل مختبرين التمهيدي (ميليلتر) التحقيق مختبرين (ميليلتر) R1 3DP1 A4F A5R 2DL2F4 C3R2 المياه STAT6F STAT6R P4A P5B PSTAT6 2 دل 2 100 100 160 240 200 80 80 60 60 60 R2 2DS2 A2F A6R D1F D1R المياه STAT6F STAT6R P4A P9 PSTAT6 دل 2 3 160 160 160 160 160 80 80 80 60 60 ملاحظة: تحتاج إلى 20 ميليلتر أقل المياه في MasterMix R3 دل 3 3 A8F A8FB A8R 2DS4DELF 2DS4R2 المياه STAT6F STAT6R P4A P5B PSTAT6 2DS4DEL 100 100 200 100 100 200 80 80 60 60 60 R4 3DL1E4 B1F B1R D4F D4R2 المياه STAT6F STAT6R P4B P9 PSTAT6 3DL1E9 100 50 100 200 350 80 80 60 60 60 R5 3DS1 B2F B1R C1F C1R المياه STAT6F STAT6R P4B P5B-2 ل 4 PSTAT6 2DL 4 100 100 80 80 440 80 80 60 60 60 R6 2DL 1 B3F B3R D3F D3R المياه STAT6F STAT6R P4B P9 PSTAT6 2DP1 200 50 100 200 250 80 80 60 60 60 R7 2DS1 B4F B4R D2F D2R المياه STAT6F STAT6R P4B P9 PSTAT6 دل 2 5 200 100 200 200 100 80 80 60 60 60 R8 2DS3 B5F B5R D4F D5R المياه STAT6F STAT6R P4B P9 PSTAT6 3DL2E9 100 100 100 50 450 80 80 60 60 60 R9 3DL2E4 A1F A1R 2DS4WTF 2DS4R2 المياه STAT6F STAT6R P4A P5B PSTAT6 2DS4WT 80 80 100 200 340 80 80 60 60 60 R10 2DS5 B6F2 B6R3 C5F C5R المياه STAT6F STAT6R P4B P5B PSTAT6 2DS4TOTAL 80 80 100 100 440 80 80 60 60 60 الجدول 2: وحدات التخزين (ميليلتر) من 100 ميكرومتر التمهيدي/مسبار الأسهم الحلول لجعل التمهيدي والتحقيق مختبرين تركيبة. الاسم الاتجاه تعديل 5´ تعديل 3´ تسلسل (5 ‘→3’) طول الخرائط المواضيعية GC % إكسون موقف P4a معنى الاتحاد الماليزي بك-1 تكاتككتجكآتجتتغتكاجاتجتكا 27 60 44.4 4 425-451 P4b أنتيسينسي الاتحاد الماليزي بك-1 آكاجاككجتاجكاتكتجتاجتكككT 28 62 50 4 576-603 P5b معنى ATTO647N بك-2 آكاتككاجككجاكتتككتكتج 25 60 52 5 828-852 P5b-2 دل 4 معنى ATTO647N بهق-2 آكاتككاجككجاكتتكككتكتج 25 61 56 5 828-852 P9 معنى ATTO647N بك-2 كككتكتكاجاجكككاأجاكاكك 24 60 62.5 9 1246-1269 PSTAT6 ATTO550 بك-2 كتجاتككتككاتجاجكاتجكاجكت 26 62 50 الجدول 3: قائمة المسابر المستخدمة في قكات 1، 27-تم تعديل الأصباغ الفلورية تستخدم في 5 ‘ نهاية تحقيقات اليغو P5b، P5b-2 دل 4، P9، و PSTAT6 بالأصباغ أتو. الجينات كبسولة تفجير الاتجاه تسلسل (5´-3´) طول الخرائط المواضيعية GC % إكسون موقف Amplicon (bp) وقد غاب الآليلات 3DL2e4 A1F إلى الأمام جككككتجكتجاأتكاج 18 52 61.1 4 399-416 179 3DL 2 * 008، * 021، * 027، * 038. F15 عكس كتجكاجاكاججكاتكا 19 53 52.6 559-577 3DL 2 * 048 3DP1 A4F إلى الأمام جتككككتجتجاآتكاجا 19 49 52.6 4 398-416 112 لا شيء A5R عكس جتجاجكجكااجتجتكا 18 52 55.6 492-509 لا شيء 2DS2 A2F إلى الأمام جتكجككتجتجاآتكاجا 19 49 52.6 4 398-416 111 لا شيء A6R عكس تجاجتجكااجتجتككتات 21 51 42.9 488-508 لا شيء دل 3 3 A8Fa إلى الأمام جتجااتكججاجاجاكج 18 50 55.6 4 406-423 139 لا شيء A8Fb إلى الأمام جتجااتكاجأجاجاكج 19 50 52.6 405-423 3DL 3 * 054، دل 3 3 * 00905. A8R عكس أجتجاككتججآكككج 18 51 61.1 526-543 لا شيء 3DL1e4 M1) إلى الأمام كاتكجتكككاتجاتجكت 18 51 55.6 4 549-566 85 3DL 1 * 00505، دل 3 1 * 006، 3DL 1 * 054، دل 3 1 * 086، دل 3 1 * 089 B1R عكس ججاجكتجاكاكتجاتاج 20 52 55 614-633 3DL 1 * 00502 3DS1 B2F إلى الأمام كاتكجتككاتجاتجكج 18 51 55.6 4 549-566 85 3DS1 * 047؛ وقد التقط دل 3 1 * 054. B1R عكس ججاجكتجاكاكتجاتاج 20 52 55 614-633 لا شيء 2DL 1 B3F إلى الأمام تكتككاتكاجتكجكاتجاك 20 52 50 4 544-563 96 2DL 1 * 020، دل 2 1 * 028 B3R عكس جتكاكتججاجكتجاكاك 18 50 61.1 622-639 2DL 1 * 023، دل 2 1 * 029، دل 2 1 * 030 2DS1 B4F إلى الأمام تكتككاتكاجتكجكاتجا 19 51 47.4 4 545-563 96 2DS1 * 001 B4R عكس جتكاكتججاجكتجاك 17 49 64.7 624-640 لا شيء 2DS3 B5F إلى الأمام كتككاتكجتكجكاتجاج 18 53 61.1 4 546-563 96 لا شيء B5R عكس ججتكاكتججاجكتجا 18 51 61.1 624-641 لا شيء 2DS5 B6F2 إلى الأمام أجاجاجججاكجتتاكك 19 50 52.6 4 475-493 173 لا شيء B6R3 عكس تككاجاججتكاكتججك 18 53 66.7 630-647 2DS5 * 003 2DL 4 C1F إلى الأمام جكاجتجكككاجكأتكات 18 52 55.6 5 808-825 83 لا شيء C1R عكس ككجاجكاتكتجتاجتكت 19 52 52.6 872-890 2DL 4 * 018، 2 دل 4 * 019 2 دل 2 2DL2F4 إلى الأمام جاجتجاجكككاتجات 19 52 57.9 5 778-796 151 2 دل 2 * 009؛ ز 782 تغيرت إلى ألف. C3R2 عكس تكجاجتتجاككأكتكجتات 20 51 45 909-928 لا شيء 2DS4 C5F إلى الأمام تكككتجكاجتجكجكاجك 17 57 70.6 5 803-819 120 لا شيء C5R عكس تجاككاكتكجتأججاجك 19 52 57.9 904-922 2DS4 * 013 2DS4Del 2DS4Del إلى الأمام ككتجتككتجكاجكتككات 19 54 57.9 5 750-768 203 لا شيء 2DS4R2 عكس تجاكجااكاجكاجتجا 20 53 50 933-952 لا شيء 2DS4FL 2DS4FL إلى الأمام ككجاجكتككتاتجاكاتج 19 53 57.9 5 744-762 209 لا شيء 2DS4R2 عكس تجاكجااكاجكاجتجا 20 53 50 933-952 لا شيء دل 2 3 D1F إلى الأمام أجاكككتكاجاجتجا 17 48 58.8 9 1180-1196 156 لا شيء D1R عكس كاجاجاكاكتتجاتكا 20 50 45 1316-1335 2DL 3 * 010 ودل 2 3 * 01801 ودل 2 3 * 017 دل 2 3 * 01802 دل 2 5 D2F إلى الأمام كاكتجكجتتتكأكاكاجاك 20 52 50 9 1214-1233 120 2DL5B * 011 و 2DL5B * 020 D2R عكس جكاجاجاكاتجاتكت 19 49 47.4 1315-1333 لا شيء 2DP1 D3F إلى الأمام ككتكاجاجتجأكاتاكجت 20 53 55 9 1184-1203 121 لا شيء D3R عكس تجاجتككجتجتاكاكت 20 50 45 1285-1304 لا شيء 3DL1e9 D4F إلى الأمام كاكاجتجاتكأكتجكجت 19 52 52.6 9 1203-1221 93 3DL 1 * 061، دل 3 1 * 068 D4R2 عكس ككجتجتاكاجاتجتاتكتجتا 23 53 43.5 1273-1295 3DL 1 * 05901، دل 3 1 * 05902، دل 3 1 * 060، دل 3 1 * 061، دل 3 1 * 064، دل 3 1 * 065، دل 3 1 * 094N، دل 3 1 * 098 3DL2e9 D4F إلى الأمام كاكاجتجاتكأكتجكجت 19 52 52.6 9 1203-1221 156 لا شيء D5R عكس جاككتجاكتجتججتجكتكج 19 54 63.2 1340-1358 لا شيء STAT6 STAT6F إلى الأمام ككاجاتجككتاككاتجتجك 20 54 60 129 STAT6R عكس ككاتكتجكاكاجأككاكتكك 20 54 60 الجدول 4: تسلسل الإشعال المستخدمة في قكات 1، 27- كيريباتي الجينات دل 3 3 2DS2 2 دل 2 دل 2 3 2DP1 2DL 1 3DP1 2DL 4 3DL 1EX9 3DL 1EX9 3DS1 دل 2 5 2DS3 2DS5 2DS1 2DS4المجموع 2DS4فلوريدا 2DS4ديل 3DL 2ex4 3DL 2EX9 عدد النسخ الأكثر شيوعاً 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 2 1 1 2 2 الجدول 5: رقم النسخة الأكثر شيوعاً كيريباتي الجينات في عينات المنشأ الأوروبي- الربط اختلال قواعد قكات استناداً إلى سكان أوروبا نسخ الاختيار رقم 1 KIR3DL3، KIR3DP1، KIR2DL4 ، و KIR3DL2 ، هي إطار الجينات موجودة على كلا haplotypes. KIR3DL3، KIR3DP1، KIR2DL4 ، و KIR3DL2 = 2 2 KIR2DS2 و KIR2DL2 في دينار مع بعضها البعض 2DS2=2 دل 2 3 KIR2DL2 و KIR2DL3 من الآليلات لنفس الجين 2 دل 2+دل 2 3= 2 4 KIR2DP1 و KIR2DL1 في دينار مع بعضها البعض 2DP1=دل 2 1 5 إكسون 4 KIR3DL1 و KIR3DL2 يتساوى إكسون 9 من KIR3DL1 و KIR3DL2 على التوالي. 3DL1ex4=3DL1ex9 و 3DL2ex4=3DL2ex9 6 KIR3DL1 و KIR3DS1 من الآليلات 3 DL 1+3DS1= 2 7 LD مع KIR2DL5 KIR2DS3 و KIR2DS5 2DS3+2DS5=دل 2 5 8 KIR3DS1 و KIR2DS1 بدينار 3DS1=2DS1 9 وجود أتال KIR2DS1 و KIR2DS4Tالتبادلية في هابلوتيبي 2DS1+2DS4TOTAL= 2 10 KIR2DS4FL و KIR2DS4del هي المتغيرات من KIR2DS4TOTAL 2DS4FL+2DS4DEL=2DS4TOTAL الجدول 6: اختلال الربط بين كيريباتي يمكن استخدام الجينات في السكان الأصل الأوروبي للتحقق من عدد نسخ البيانات 1،27-