Summary

Caracterização física de alta resolução de nanopartículas metálicas únicas

Published: June 28, 2019
doi:

Summary

Aqui, apresentamos um protocolo para detectar clusters de oxigênio de metal discretos, polioxometalatos (POMs), no limite de molécula única usando uma plataforma eletrônica baseada em nanoporos biológica. O método fornece uma aproximação complementar às ferramentas analíticas tradicionais da química usadas no estudo destas moléculas.

Abstract

As moléculas individuais podem ser detectadas e caracterizadas medindo o grau pelo qual reduzem a corrente iónica que flui através de um único poro da nanômetro-escala. O sinal é característico das propriedades físico-químicas da molécula e suas interações com os poros. Nós demonstramos que o nanoporo dado forma pelo Staphylococcus da exotoxina da proteína bacteriana aureus alfa hemolisina (αhl) pode detectar polyoxometalates (poms, grupos aniônicos do oxigênio do metal), no único limite da molécula. Além disso, os produtos múltiplos da degradação do ácido POM de 12 phosphotungstic (PTA, H3picowatt12O40) na solução são medidos simultaneamente. A única sensibilidade da molécula do método do nanoporo permite que os poms sejam caracterizados em concentrações significativamente mais baixas do que exigidas para a espectroscopia da ressonância magnética nuclear (RMN). Esta técnica poderia servir como uma ferramenta nova para que os químicos estudem as propriedades moleculars dos polyoxometalates ou dos outros conjuntos metálicos, para compreender melhor processos sintéticos de POM, e para melhorar possivelmente seu rendimento. Hipoteticamente, a localização de um determinado átomo, ou a rotação de um fragmento na molécula, e o estado de oxidação do metal poderiam ser investigados com este método. Além disso, esta nova técnica tem a vantagem de permitir o monitoramento em tempo real de moléculas em solução.

Introduction

A detecção de analitos biomoleculares no nível da molécula única pode ser realizada usando nanoporos e medindo modulações de corrente iónica. Tipicamente, os nanoporos são divididos em duas categorias com base na sua fabricação: biológica (automontada a partir de proteínas ou DNA origami)1,2,3, ou Solid-State (por exemplo, fabricado com ferramentas de processamento de semicondutores)4,5. Enquanto os nanoporos de estado sólido foram sugeridos como potencialmente mais robustos fisicamente e podem ser usados em uma ampla gama de condições de solução, os nanoporos proteicos até agora oferecem maior sensibilidade, mais resistência a incrustantes, maior largura de banda, melhor produto químico selectividade, e uma maior relação sinal/ruído.

Uma variedade de canais de íons proteicos, como o formado por Staphylococcus aureus α-hemolisina (αhl), pode ser usado para detectar moléculas únicas, incluindo íons (por exemplo, H+ e D+)2,3,polinucleotídeos (DNA e RNA)6,7,8, DNA danificado9, polipeptídeos10, proteínas (dobradas e desdobradas)11, polímeros (polietileno glicol e outros)12,13 , 14, nanopartículas de ouro15,16,17,18,19, e outras moléculas sintéticas20.

Nós demonstramos recentemente que o nanoporo do αhl pode igualmente facilmente detectar e caracterizar aglomerados metálicos, polyoxometalates (poms), a nível da única molécula. Poms são discretos nanoescala metal aniônico clusters de oxigênio que foram descobertos em 182621, e desde então, muitos outros tipos foram sintetizados. Os tamanhos diferentes, as estruturas, e as composições elementares dos polyoxometalates que estão agora disponíveis conduziram a uma escala larga das propriedades e das aplicações que incluem a química22,23, catálise24, ciência material25 ,26, e pesquisa biomédica27,28,29.

A síntese de POM é um processo de automontagem tipicamente realizado em água misturando as quantidades estequiometricamente exigidas de sais de metal monoméricos. Uma vez formados, os POMs exibem uma grande diversidade de tamanhos e formas. Por exemplo, a estrutura do polyanion de Keggin, XM12O40q- é compor de um heteroátomo (X) cercado por quatro oxigênios para dar forma a um tetraedro (q é a carga). O heteroátomo está centralmente localizado dentro de uma gaiola formada por 12 octaédricos MO6 unidades (onde M = metais de transição em seu estado de alta oxidação), que estão ligados uns aos outros pelos vizinhos átomos de oxigênio compartilhado. Quando a estrutura dos polyoxometalates do tungstênio for estável em circunstâncias ácidas, os íons do hidróxido conduzem ao clivagem hidrolítica de ligações do metal-oxigênio (M-O)30. Este processo complexo resulta na perda de uma ou mais subunidades octaédrica do MO6 , levando à formação de espécies monovacantes e trivagas e, eventualmente, à completa decomposição dos poms. Nossa discussão aqui será limitada aos produtos parciais da decomposição do ácido 12 phosphotungstic em pH 5,5 e em 7,5.

O objetivo deste protocolo é detectar clusters de oxigênio de metal discretos no limite da molécula única usando uma plataforma eletrônica baseada em nanoporos biológica. Este método permite a detecção de aglomerados metálicos em solução. Várias espécies em solução podem ser discriminadas com maior sensibilidade do que os métodos analíticos convencionais33. Com ele, as diferenças sutis na estrutura de POM podem ser elucidadas, e em concentrações marcadamente mais baixas do que aquelas exigidas para a espectroscopia de RMN. É importante ressaltar que essa abordagem permite até mesmo a discriminação de formas isoméricas de na8HPW9O341.

Protocol

Nota: O protocolo abaixo é específico para o sistema de DC de Nanopatch eletrônico BioSciences (EBS). Entretanto, pode prontamente ser adaptado ao outro instrumento da electrofisiologia usado para medir a corrente através das membranas planas do BICAMADA do lipido (câmara padrão da membrana do BICAMADA do lipido, geometria do U-tubo, microcapillaries puxado, etc.). A identificação dos materiais comerciais e suas fontes é dada para descrever os resultados experimentais. Em nenhum caso es…

Representative Results

Ao longo das últimas duas décadas, os poros da nanômetro-escala de proteínas ligadas à membrana foram demonstrados como sensores versáteis de molécula única. As medições baseadas em nanopore são relativamente simples de executar.  Duas câmaras enchidas com a solução do eletrólito são separadas por um nanoporo encaixado em uma membrana eletricamente isolante do lipido. Ou um amplificador da remendo-braçadeira ou uma fonte de alimentação externa fornecem um potencial ele…

Discussion

Devido a sua carga aniônicos, os poms associam provável com as cátions orgânicas do contador através das interações eletrostáticas. Portanto, é importante identificar as condições de solução adequadas e os ambientes de eletrólitos corretos (especialmente cátions em solução) para evitar a formação complexa com POMs. Um cuidado particular é exigido na escolha do amortecedor. Por exemplo, a taxa de captura de POMs com tris (hidroximetil) aminometano e soluções tamponadas com ácido cítrico é signific…

Divulgaciones

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Agradecemos o apoio financeiro da Organização Europeia de biologia molecular para uma bolsa de pós-doutorado (a je) e uma subvenção da NIH NHGRI (a J.J.K.). Agradecemos a ajuda dos professores Jingyue Ju e Sergey Kalachikov (Universidade de Columbia) para fornecer αHL heptamérica, e para discussões inspiradoras com o Professor Joseph Reiner (Virginia Commonwealth University).

Materials

Nanopatch DC System Electronic Biosciences, Inc., EBS
Millipore LC-PAK Millipore vacuum filter
1,2-Diphytanoyl-sn- Glycero-3-Phosphocholine (DPhPC) Avanti Polar Lipids, Alabaster, AL 850356P
Decane, ReagentPlus, ≥99%, Sigma-Aldrich D901
αHL List Biological Laboratories, Campbell, CA
Ag wire Alfa Aesar
2 mm Ag/AgCl disk electrode In Vivo Metric E202
High-impedance amplifier system Electronic Biosciences, San Diego, CA
quartz capillaries
custom polycarbonate test cell
Data Processing and Analysis MOSAIC https://pages.nist.gov/mosaic/
Phosphotungstic acid hydrate Sigma-Aldrich 455970
Sodium Chloride Sigma-Aldrich S3014
sodium phosphate monobasic monohydrate Sigma-Aldrich 71507

Referencias

  1. Ettedgui, J., Kasianowicz, J. J., Balijepalli, A. Single molecule discrimination of heteropolytungstates and their Isomers in solution with a nanometer-scale pore. Journal of the American Chemical Society. 138 (23), 7228-7231 (2016).
  2. Bezrukov, S., Kasianowicz, J. Current noise reveals protonation kinetics and number of ionizable sites in an open protein ion channel. Physical Review Letters. 70 (15), 2352-2355 (1993).
  3. Kasianowicz, J. J., Bezrukov, S. M. Protonation dynamics of the alpha-toxin ion channel from spectral analysis of pH-dependent current fluctuations. Biophysj. 69 (1), 94-105 (1995).
  4. Please, T. R., Ayub, M. Solid-State Nanopore. Engineered Nanopores for Bioanalytical Applications. , 121-140 (2013).
  5. Dekker, C. Solid-state nanopores. Nature Nanotechnology. 2 (4), 209-215 (2007).
  6. Kasianowicz, J. J., Brandin, E., Branton, D., Deamer, D. W. Characterization of individual polynucleotide molecules using a membrane channel. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 93 (24), 13770-13773 (1996).
  7. Akeson, M., et al. Microsecond time-scale discrimination among polycytidylic acid, polyadenylic acid, and polyuridylic acid as homopolymers or as segments within single RNA molecules. Biophysical Journal. 77 (6), 3227-3233 (1999).
  8. Singer, A., Meller, A. Nanopore-based Sensing of Individual Nucleic Acid Complexes. Israel Journal of Chemistry. 49 (3-4), 323-331 (2010).
  9. Jin, Q., Fleming, A. M., Burrows, C. J., White, H. S. Unzipping kinetics of duplex DNA containing oxidized lesions in an α-hemolysin nanopore. Journal of the American Chemical Society. 134 (26), 11006-11011 (2012).
  10. Halverson, K. M., et al. Anthrax biosensor, protective antigen ion channel asymmetric blockade. Journal of Biological Chemistry. 280 (40), 34056-34062 (2005).
  11. Oukhaled, G., et al. Unfolding of proteins and long transient conformations detected by single nanopore recording. Physical Review Letters. 98 (15), 158101 (2007).
  12. Reiner, J. E., Kasianowicz, J. J., Nablo, B. J., Robertson, J. W. F. Theory for polymer analysis using nanopore-based single-molecule mass spectrometry. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (27), 12080-12085 (2010).
  13. Robertson, J. W. F., et al. Single-molecule mass spectrometry in solution using a solitary nanopore. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (20), 8207-8211 (2007).
  14. Baaken, G., Ankri, N., Schuler, A. -. K., Rühe, J., Behrends, J. C. Nanopore-based single-molecule mass spectrometry on a lipid membrane microarray. ACS Nano. 5 (10), 8080-8088 (2011).
  15. Angevine, C. E., Chavis, A. E., Kothalawala, N., Dass, A., Reiner, J. E. Enhanced single molecule mass spectrometry via charged metallic clusters. Analytical Chemistry. 86 (22), 11077-11085 (2014).
  16. Astier, Y., Uzun, O., Stellacci, F. Electrophysiological study of single gold nanoparticle/alpha-Hemolysin complex formation: a nanotool to slow down ssDNA through the alpha-Hemolysin nanopore. Small. 5 (11), 1273-1278 (2009).
  17. Chavis, A. E., Brady, K. T., Kothalawala, N., Reiner, J. E. Voltage and blockade state optimization of cluster-enhanced nanopore spectrometry. Analyst. 140 (22), 7718-7725 (2015).
  18. Campos, E., et al. Sensing single mixed-monolayer protected gold nanoparticles by the α-hemolysin nanopore. Analytical Chemistry. 85 (21), 10149-10158 (2013).
  19. Campos, E., et al. The role of Lys147 in the interaction between MPSA-gold nanoparticles and the α-hemolysin nanopore. Langmuir. 28 (44), 15643-15650 (2012).
  20. Baaken, G., et al. High-Resolution Size-Discrimination of Single Nonionic Synthetic Polymers with a Highly Charged Biological Nanopore. ACS Nano. 9 (6), 6443-6449 (2015).
  21. Berzelius, J. J. Beitrag zur näheren Kenntniss des Molybdäns. Annalen Der Physik. 82 (1), 369-392 (1826).
  22. Long, D. -. L., Burkholder, E., Cronin, L. Polyoxometalate clusters, nanostructures and materials: from self assembly to designer materials and devices. Chemical Society Reviews. 36 (1), 105-121 (2007).
  23. Muller, A., et al. Polyoxovanadates: High-nuclearity spin clusters with interesting host-guest systems and different electron populations. Synthesis, spin organization, magnetochemistry, and spectroscopic studies. Inorganic Chemistry. 36 (23), 5239-5250 (1997).
  24. Rausch, B., Symes, M. D., Chisholm, G., Cronin, L. Decoupled catalytic hydrogen evolution from a molecular metal oxide redox mediator in water splitting. Science. 345 (6202), 1326-1330 (2014).
  25. Dolbecq, A., Dumas, E., Mayer, C. R., Mialane, P. Hybrid organic-inorganic polyoxometalate compounds: from structural diversity to applications. Chemical Reviews. 110 (10), 6009-6048 (2010).
  26. Busche, C., et al. Design and fabrication of memory devices based on nanoscale polyoxometalate clusters. Nature. 515 (7528), 545-549 (2014).
  27. Pope, M., Müller, A. . Polyoxometalates: From Platonic Solids to Anti-Retroviral Activity. 10, (2012).
  28. Rhule, J. T., Hill, C. L., Judd, D. A., Schinazi, R. F. Polyoxometalates in medicine. Chemical Reviews. 98 (1), 327-358 (1998).
  29. Gao, N., et al. Transition-metal-substituted polyoxometalate derivatives as functional anti-amyloid agents for Alzheimer’s disease. Nature Communications. 5, 3422 (2014).
  30. Pope, M. T. . Heteropoly and Isopoly Oxometalates. 8, (1983).
  31. Braha, O., et al. Designed protein pores as components for biosensors. Chemistry & Biology. 4 (7), 497-505 (1997).
  32. Forstater, J. H., et al. MOSAIC: A modular single-molecule analysis interface for decoding multistate nanopore data. Analytical Chemistry. 88 (23), 11900-11907 (2016).
  33. Balijepalli, A., et al. Quantifying Short-Lived Events in Multistate Ionic Current Measurements. ACS Nano. 8, 1547-1553 (2014).
  34. Misakian, M. M., Kasianowicz, J. J. J. Electrostatic influence on ion transport through the alphaHL channel. Journal of Membrane Biology. 195 (3), 137-146 (2003).
  35. Piguet, F., et al. Identification of single amino acid differences in uniformly charged homopolymeric peptides with aerolysin nanopore. Nature Communication. 9 (966), (2018).

Play Video

Citar este artículo
Ettedgui, J., Forstater, J., Robertson, J. W., Kasianowicz, J. J. High Resolution Physical Characterization of Single Metallic Nanoparticles. J. Vis. Exp. (148), e58257, doi:10.3791/58257 (2019).

View Video