Здесь мы представляем протокол для ремонта раны жить изображений и связанных воспалительной реакции при высокой пространственно временных резолюции в естественных условиях. Этот метод использует куколки стадии развития дрозофилы , чтобы долгосрочное изображений и отслеживание конкретных клеточных популяций со временем и совместим с эффективным гена, опосредованного системой РНК-интерференции инактивации.
Во время быстрого воспалительной реакции на повреждение ткани клетки иммунной системы быстро набираются на сайт травмы. Однажды на рану, врожденные иммунные клетки выполнить ряд основных функций, таких, как борьба с инфекцией, некротические очищаемых и стимулирования матрицы осаждения. Для того чтобы полностью понять различные сигнализации событий, которые регулируют этот иммунный ответ, важно соблюдать комплекс поведения (и взаимодействия, которые происходят между) несколько клеток линий в естественных условиях и в режиме реального времени, с высокой пространственно временным разрешением. Оптическая прозрачность и генетические уступчивость дрозофилы эмбрионов установили дрозофилы как бесценный модель live-образ и вскрыть основные аспекты поведения воспалительных клеток, включая механизмы развития разгон, Распродажа apoptotic трупов и/или патогенных микроорганизмов и вербовки в раны. Однако, более поздние работы теперь продемонстрировали, что используя намного позже в жизненном дрозофилы – дрозофилы pupa – предлагает целый ряд различных преимуществ, включая повышение эффективности интерференции, больше изображений периодов, и значительно большее число иммунных клеток. Здесь мы описываем протокол для визуализации ремонта раны и связанные воспалительной реакции в высоком разрешении пространственно временных в живых куколок дрозофилы . Следить за динамикой эпителизация и воспаления, мы используем целый ряд конкретных в vivo флуоресцентные маркеры эпителия и врожденные иммунные клетки. Мы также продемонстрировать эффективность фото кабриолет флуорофоров, например Каэдэ, для следующих подмножества определенных иммунных клеток, отслеживать их поведение, как они мигрируют и решимость от места повреждения.
Эффективное и действенное воспалительной реакции имеет решающее значение для любого организма для борьбы с инфекцией, сброс мусора и организовать ремонт поврежденных тканей1. Хотя этот ответ является неизбежным результатом большинства повреждения тканей, воспаление требует строгого регулирования, потому что неуместные воспалительной реакции был связан с целый ряд различных заболеваний человека (включая хронического незаживающие раны, чрезмерная рубцов и предрасположенность к раку)1,2,3. Учитывая это клиническое значение, важно получить более подробное понимание молекулярных и клеточных механизмов, вождение воспалительной реакции для того, чтобы разрабатывать новые прогнозные показатели и стратегии для лечения ряда хронических воспалительных условия, которые могут защитить ремонт тканей от длительного и ненужных воспаления.
В последние годы дрозофила стала устоявшейся и ценную модель системы вскрыть основные черты воспалительной реакции, сохраняется от насекомых до человека4,5. В настоящее время, дрозофила предлагает гораздо больше генетических уступчивость, чем это возможно в настоящее время в других экспериментальных моделей (например, мыши или данио рерио), обеспечивая точное пространственно временных генетических манипуляций в естественных условиях (для инактивации или чрезмерно Экспресс любой ген интереса в пределах конкретных клеток в определенной области развития время точке) и простота генома общесистемной экраны6,7. Традиционно большинство живут изображений исследования заживления раны и воспаления у дрозофилы были проведены на эмбриональных стадиях, как эмбрионы неподвижным (в отличие от дрозофилы личинки или взрослых) и оптически прозрачных который позволяет беспрецедентную высокого разрешения в vivo imaging8. Это позволило исследователям для визуализации быстрый и надежный набор дрозофилы innate иммунных клеток (hemocytes) к месту раны в ответ на механическое или лазерно индуцированным травмы на эмбриональных эпителия9, 10 , 11 , 12 , 13 , 14. объединив эти исследования жить изображений с генетической манипуляции, исследования эмбрионов дрозофилы обнаружили много важных иммунных клеток белки, которые контролируют воспалительных клеток поведения в естественных условиях. К примеру, КНИ-1 гомолога Дрейпер (ИТПМ домена содержащих белков) были определены как важные «ущерб рецептор» которая опосредует набора дрозофилы иммунные клетки в H2O2-зависимым образом сайты повреждение15. Дрейпер уровней внутри иммунные клетки в свою очередь регулируется кальция индуцированной JNK сигнализации и повышенном вниз по течению apoptotic труп поглощение12. Кровяные моторики далее требует сложные изменения цитоскелета координировать режиссер миграции к ране и это зависит от активности цитоскелета регуляторы как актин планшеты белка Башчаршия16 и небольшой семьи Ро 9GTPases РКК и Ро.
Дрозофилы является holometabolous насекомое, которое проходит через дополнительные этапы личинки и куколки, после эмбриогенеза, до достижения совершеннолетия17. Куколки дрозофилы был разработан как дополнительные модели для неинвазивной жить изображений различных динамических сотовой событий, включая развития клеток миграции18, деление клеток19, рост клеток20и мышц сокращение21. Совсем недавно она была создана как Роман модель, в которой для изучения динамики заживления ремонт и воспаления в vivo22,23.
Как и эмбриональных стадий дрозофила куколок немобильные и оптически прозрачным, после тщательного вскрытия от их непрозрачной куколки случаях18. Воспользовавшись этой оптической прозрачности, один может следовать поведения в естественных условиях innate иммунных клеток (hemocytes) в ответ на повреждение тканей внутри куколки ткани дрозофилы , такие куколки крыло22. Куколки крыло существует как простой bilayered структура, состоящая из двух больших плоских эпителиальных листов, которые связаны по периметру крыла; внеклеточного пространства между этими двумя слоями эпителия заполняется с гемолимфа (насекомых крови) и большое количество подвижных hemocytes24. Просто как эмбрионы механические или лазерно индуцированным травм в эпителии крыло вызывает быстрый набор hemocytes на сайт травмы23. Однако эта стадия куколки предлагает некоторые явные преимущества для воображения над ранее эмбриональных стадий. Раненых куколки могут быть imaged над гораздо более длительных периодов времени (для по крайней мере 5 h), больше площади ткани доступен для экспериментальной возмущения (например, создание нескольких РАН) и существует значительно большее число присутствующих на этой стадии (hemocytes предоставление более клеток траектории от дальнейшего расстояния для совершенствования статистической мощности во время математического анализа.) Кроме того в стадии куколки, позволяя многих генов быть «постучал вниз» в ткани или время конкретным образом, по сравнению с более традиционными целом мутант подходом эмбрионов значительно повышается эффективность инактивации гена, опосредованного системой РНК-интерференции.
Для того, чтобы следить за динамикой эпителизация раневой и сопровождающих воспалительной реакции в рамках этой новой модели, куколки, должны быть помечены два различных клеточных популяций: куколки эпителия и врожденные иммунные клетки (дрозофила hemocytes). Количество различных маркеров (Таблица материалов) доступны для обозначения этих двух различных клеточных популяций – Выбор маркера зависит от конкретного процесса необходимо изучить. Марк куколки эпителия, дрозофила строки, содержащие либо повсеместно выраженной GFP-меткой E-Кадгерины (помечаемого adherens развязок) обычно используются для указания позиции поля ячеек, или альтернативно, GFP-тегами Актин связывающий домен Moesin (помечаемого Цитоскелет актина) для визуализации раны край сократительной актина кольцо и передовые выступы. Для обозначения Drosophila hemocytes, кровяные конкретных srp-Gal425 диск выражение ядерной ППП (для ядерной отслеживания), цитоплазматических GFP или GFP-меткой Moesin (ярлык в цитоплазме или актин цитоскелета, соответственно) или photoconvertible Флюорофор (например Каэдэ) используются. В самом деле часто бывает выгодно использовать несколько маркеров иммунных клеток в сочетании, чтобы одновременного анализа движения ядерных и морфологию клеток (см. Представитель результаты). Однако поскольку этот протокол включает в себя использование дрозофилы куколок, только сочетания генетических маркеров, являются жизнеспособными до середины куколки этапы могут быть использованы. Кроме того эмбриональных смертоносных запасов не будет подходящим. Это вряд ли может быть проблемой при визуализации элемента управления (или одичал тип) куколок, но важно учитывать при гены должны быть сбит или оверэкспрессировали, чтобы оценить их влияние на закрытие раны и воспаления. В случае раннего летальность, вызванные нокдаун гена (или гиперэкспрессия), Gal80ts конструкции может использоваться побудить Gal4-driven нокдаун позже в процессе развития (см. обсуждение).
В наших последних исследований движущихся в стадии куколки позволило нам собрать достаточных данных иммунных клеток траектории для анализа воспалительных поведения с использованием сложного математического моделирования, который в свою очередь позволило нам заключить новые детали раны воспалительные аттрактанта сигналы23. Например этот подход показал, что раны хемотаксического распространяется медленно через воспаленные ткани на 200 мкм2мин., стоимость намного медленнее, чем ранее предложил кандидата в малых молекул, таких как АТФ или сообщается, H2O2 Диффузный26,27,,2829; Эти небольшие «ущерб» молекулы вместо склонны действовать как разрешающий сигнал. Кроме того следуя долгосрочное поведение innate иммунных клеток, как они решить от первоначальной раны и подвергаются воздействию второй (сделанные на различных timepoints после первого), мы обнаружили временной «десенсибилизации» период во время которого иммунные клетки слепы к последующим травм23. Эксплуатируя долгосрочное изображений потенциал куколки модели, вместе с дрозофилы генетических уступчивость, один можно следить за поведение населения конкретных иммунных клеток (например, только те иммунные клетки, набранных к месту раны) в ответ на последующих оскорбления, используя photoconvertible Флюорофор30 , который может быть выражен исключительно в пределах иммунных клеток линии23.
Здесь мы описываем протокол для визуализации динамики ремонта раны и связанные воспалительной реакции высоким пространственно временных разрешением с помощью живых куколок дрозофилы . Мы предоставляем подробные методологии для покрытия шаги, необходимые для подготовки первоначального куколки (рассечение и монтажа) и последующего ранив лазер опосредованной и покадровой съемки. Мы также описывают использование фото кабриолет флуорофоров разрешить маркировки конкретных иммунных клеток подмножества в естественных условиях. В долгосрочной перспективе мы предполагаем, что эта новая модель куколки дрозофилы открывает интересные возможности для рассечения сложных сигналов динамика, лежащие в основе воспалительной реакции на повреждение тканей. Путем применения более совершенных статистических анализов может раскрыть особенности ответ, который в противном случае останется экспериментально недоступными, в то время как повышение эффективности RNAi может поддаваться применение скрининг генома общесистемной в течение иммунные клетки в естественных условиях для выявления новых игроков, регулирующие поведение иммунных клеток.
Острой воспалительной реакции на повреждение тканей является сложным и весьма динамичный процесс, который необходим для ремонта поврежденных тканей, включая разминирование некротические мусора и борьбе против инфекции. Чтобы полностью понять и разгадать фундаментальные аспекты этого ответа, важно, что исследования, выполненные в естественных условиях на 3-мерной живых образцов в порядке для точное поведение и взаимодействие различных мобильных линий для подражания точно с течением времени. В реальном времени анализ динамики этих клеток позволяет более подробная характеристика мутантов фенотипов чем статические единого времени очки от фиксированной образцов с помощью методов классической иммуногистохимия. Традиционно большинство исследований жить изображений с использованием генетически шансов справиться с возникающими дрозофилы модели использовали эмбриональной стадии развития м благодаря своей оптической прозрачности и неподвижность, по сравнению с более поздней стадии развития4 , 5. Однако совсем недавно наша группа и другие разработали дрозофилы куколки как модель Роман высокого разрешения и долгосрочное изображений ремонта раны и воспаления одновременно выполнять в vivo8,22 ,23. Этот формирующийся подход предлагает захватывающие долгосрочный потенциал для разгадке фундаментальные аспекты поведения воспалительных клеток и может быть далее адаптирована к исследовать динамическое поведение других линий клеток (например, адипоциты дрозофилы 38) после повреждения тканей.
Существует ряд важных факторов в процессе подготовки и изображения раненых дрозофилы куколок, которые будут определять качество визуализации результатов, описанных выше. Возможно самый трудный шаг описан протокола является тщательное вскрытие и точного позиционирования куколки до ранения и томографии. Куколки на этой стадии развития чрезвычайно хрупки и даже незначительные случайного повреждения куколки в ходе подготовки этапов будет значительно ухудшить эксперимент; куколок, которые могут непреднамеренного повреждения должно быть отброшено из эксперимента, так как этот ущерб может активировать свой собственный воспалительной реакции, которая может привести к более широкое распространение (или даже системных) воздействие на воспалительные клетки поведение других куколки. Из-за продолжающегося развития куколок, используемых в этих экспериментах (которые переживают значительные ткани перестановок для подготовки тканей взрослой жизни) иногда куколок будет двигаться в течение изображений. Куколки прокатки является, однако, более вероятно, если куколки не установлены правильно с плоской поверхности крыла (или других тканей к записи образа) в прямой контакт с coverglass; Использование гептана клея для стабилизации куколок на Стекло покровное следует свести к минимуму это нежелательные движения. По этой причине необходимо также быть осторожность во избежание выбивании куколки от их тщательно выровненных позиций при перемещении образцов между Микроскопы; в идеале ранив лазер будет придаваться же Микроскоп, чтобы использоваться для последующих покадровой изображений и фото преобразования.
В дополнение к квалификации куколки диссекции и монтажа шаги точное генотип дрозофилы куколки используется будет иметь значительное влияние на качество визуализации данных, полученных. Например количество копий Gal4 водителя и UAS конструкций (например UAS-GFP или UAS-Каэдэ) в рамках отдельных куколки генотип будет определять отношение сигнал шум во время последующей обработки изображений. Как правило больше копий Gal4 или UAS построить настоящее время, тем больше общий уровень флуоресцентный белок (например GFP или Каэдэ) в ткани. Оптимальный уровень флуоресцентный белок однако, будет разумный баланс между подъемным флуоресценции ткани достаточно, чтобы обеспечить высокое качество изображения (Включение использования полномочий нижней лазер, снижение Фотообесцвечивание и изображений в течение длительного времени периоды), но не причинив Флюорофор индуцированной сотовой токсичности; оптимальное количество конструкции Gal4 и UAS в каждом эксперименте будет зависеть от конкретного драйвера и флуорофоров используется. Осторожность следует поднять куколок при 25 ° C (или выше, до 29 ° C), потому что Gal4-Уан система чувствительна к температуре и будет неэффективной при более низких температурах31. Для достижения дополнительных уровней контроля над ткани или время специфика Gal4 –driven выражение, репрессор системы Gal4-Уан Gal80 также могут быть включены внутри куколки генотип39. Gal80 может быть использован для подавления Gal4 деятельность в рамках конкретной ткани (с использованием Gal80 ткани специфические) или в определенное время (с помощью температуры чувствительных Gal80). Системы Gal4-Уан далее сочетаться с другими независимыми бинарных системах (например QF –QUAS систем и LexA –lexAop ) для создания дрозофилы , который имеет несколько конструкций (например флуорофоров, RNAi линии или другие генетические конструкции) одновременно выразили в диапазоне различных тканей39.
Использование этой новой модели куколки дрозофилы предлагает целый ряд преимуществ над более традиционный подход эмбриона. По сравнению с краткосрочными изображений (до 3 ч) в стадии 15 эмбрионов (той стадии, на которой наиболее эмбриональных, ранив исследования выполняются), куколок может отражаться за значительно более длительных периодов времени (в основном до совершеннолетия после 96 h куколки развития ). Кроме того, гораздо большее число hemocytes (дрозофила врожденные иммунные клетки), присутствующих в куколки ткани (и для изображений) по сравнению с более ограниченного числа в эмбрион и это позволило нам собрать значительно больше визуализации данных на кровяные поведение с помощью же общее количество образцов. Самое главное это, в свою очередь, позволило нам применять более сложные математического моделирования для анализа поведения hemocytes и экстракт новизну рану аттрактанты и воспалительной реакции, которая в противном случае остались бы экспериментально недоступные23. Еще одно преимущество куколки модели — это значительно более эффективным, чем что нокдаун гена, опосредованного системой РНК-интерференции на ранее эмбриональных стадиях, позволяя улучшение анализа тканей или инактивации гена конкретных по срокам с помощью бинарных систем таких, как система Gal4-бас 39. эффективность RNAi на данном этапе таким образом открывает потенциал для выполнения больших масштабах (или даже беспристрастные геном wide) RNAi экранов для поиска новых игроков, участвующих в рану ремонт или воспалительных клеток поведение.
Однако, дрозофилы куколок явно не может использоваться для изучения фенотипов, результате генетических мутаций, которые находятся в зачаточном состоянии летально; функциональные и жить томографии исследования генов, которые необходимы для эмбрионального развития таким образом, по-прежнему должны выполняться в эмбрионов, если нокдаун гена, опосредованного системой РНК-интерференции в времени или ткани конкретным образом допускает развитие происходит через стадии куколки. Эмбрион также остается модель выбора учиться и жить изображения некоторые особенности поведения иммунных клеток, в том числе развития разгон иммунных клеток от их происхождения, контакт ингибирование локомоции и фагоцитоз apoptotic трупов созданные во время развития тканей, скульптура8 5,, который еще не наблюдалось в куколки моделей. Хотя исследования у дрозофилы личинок и взрослых предоставили важную информацию в механизмы, лежащие в основе рану воспаления и ремонт40,,4142,43, 44 жить изображений исследования на этих этапах доказали трудным из-за имманентно мобильный характер образцы. Пока личинки могут под наркозом разрешить краткие периоды live-образов, из-за временного характера анестезии, ремонт только короткие снимки живой раны или воспалительной реакции может быть визуализирован45. Недавнее исследование разработал Улучшенный протокол, который позволяет долгосрочных изображений личиночной ранозаживляющее46, хотя подготовка и изображений по-прежнему остаются значительно более сложной, чем в эмбрионов или куколок. В долгосрочной перспективе мы предполагаем, что, используя наиболее подходящие стадии развития каждый конкретный вопрос, исследования во всех четырех этих различных этапов дрозофилы – от эмбрионов через личинки и куколки периодов до совершеннолетия (каждый с свои уникальные преимущества и ограничения) – будет предоставлять дополнительные идеи в молекулярный и клеточный механизм вождения ремонта раны и воспаления.
В будущем этот протокол для ранения и долгосрочное изображений дрозофилы куколок может быть легко адаптирована для изучения ряда явлений, связанных с воспаление и имеет далеко идущие потенциал для выявления роман функций воспалительных рану ответа. Сочетание долгосрочное изображений, наряду с применением photoconvertible флуорофоров (например Каэдэ), имеют большое значение для понимания динамики поведения innate иммунных клеток и в частности, гораздо менее понимает резолюции фазы воспалительный процесс заживления. По специально маркировки или отдельных субпопуляций иммунокомпетентных клеток (например, тех набранных на рану) это можно будет проанализировать, как подверженность одной экологической cue (например, труп или травмы) влияет на последующий ответ иммунной клетки на более позднем Кий. Воспалительные поведение Drosophila hemocytes может быть изменено, предыдущий опыт – например, они нацелены реагировать повреждения тканей путем предварительного фагоцитоз apoptotic трупов во время развития12 , но это еще предстоит увидеть ли другие экологические сигналы вызвать аналогичные события грунтовки. Хотя исследования куколки ран до настоящего времени были сосредоточены на врожденный воспалительной реакции, куколки крыла модель также обеспечивает идеальную возможность для обоих live образ и вскрыть механизмы, лежащие в основе эпителиальных рану ремонт. Кроме того этот метод куколки изображений также могут быть адаптированы к расследованию динамическое поведение других линий клеток в ответ на ткани ущерб38, либо в куколки крыло сам или другие легкодоступные куколки ткани (например, глаз, ног или грудной клетки). Наконец путем сочетания генетических уступчивость дрозофилы вместе с легкостью долгосрочных куколки изображений, Роман эпителиальных ремонт или воспалительных регуляторы могут быть обнаружены путем применения беспристрастной генома общесистемной НОК Даун подходы.
The authors have nothing to disclose.
Мы хотели бы поблагодарить членов Мартин, Nobes, Ричардсон и древесины labs за полезной дискуссии. Мы также благодарим Фондом Bioimaging Вольфсон (Бристольский университет, Великобритания), Блумингтон фондовой центр (Университет Индианы, США) и Вене дрозофилы ресурсный центр (для дрозофилы запасов) и Flybase (для до даты дрозофилы гена аннотации). Эта работа была поддержана грантом проекта MRC до вечера и W.W. (MR/J002577/1), стипендию доверять старшим Уэллком W.W. и Добро пожаловать доверять награду следователя до вечера.
Drosophila stocks | |||
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;Ubi-p63E-shg.GFP; (chrII) |
Kyoto Stock Center, DGRC | #109007 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;;Ubi-p63E-shg.GFP (III) |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #58742 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged Moesin P{sGMCA}3.1 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #59023 | The ubiquitously expressed sqh promoter/enhancer drives expression of a fragment of Moesin (that includes the actin binding sequences) tagged with GFPS65T. |
hemocyte specific serpent-Gal4 driver ;srp-Gal4; |
Generated by Katja Bruckner | Generated by Katja Bruckner | Expression of ScerGAL4 fused to a polyA tail is under the control of 2 genomic sequences from upstream of Drosophila serpent. Ref: Brückner, K., Kockel, L., Duchek, P., Luque, C.M., Rørth, P., Perrimon, N. The PDGF/VEGF receptor controls blood cell survival in Drosophila. Dev Cell. 7 (1), 73–84, doi: 10.1016/j.devcel.2004.06.007 (2004). |
UAS-nuclearRFP w1118;;P{UAS-RedStinger}6 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #8545 or #8547 | UAS regulatory sequences drive expression of the DsRed.T4 form of RFP which is tagged at the C-terminal end with a nuclear localisation signal |
UAS-cytoplasmicGFP ;;P{UAS-GFP.S65T} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | Multiple stocks available (e.g. #1522) | Expression of the S65T version of GFP by UAS regulatory sequences; the S65T variant exhibits increased brightness. |
UAS-photoconvertibleKaede w1118;; P{UAS-Kaede.A}3 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #26161 | Kaede protein emits bright green fluorescence after synthesis, but changes efficiently to a bright stable red fluorescence on irradiation with UV. |
GFP-tagged spaghetti squash w1118;;P{sqh-GFP.RLC} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #57145 | The sqh coding region, which is tagged at the C-terminal end with a T:AvicGFPS65T tag, is expressed under the control of the natural sqh promoter. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Ingredients for fly food media | Fly food media is made according to standard procedures (see Greenspan, R. 1997. Fly Pushing: The Theory and Practice of Drosophila Genetics. Cold Spring Harbor Press. 1-191 pp.) | ||
maize | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
soya flour | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
malt extract | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
molasses | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
Difco agar | BD Biosciences, Fisher Scientific | DF0142-15-2 | For preparation of fly food |
Propionic acid | Sigma | 402907 | For preparation of fly food |
Nipagen | Sigma | 79721 | For preparation of fly food |
Dried baker's yeast | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | For preparation of fly food |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Sample preparation and mounting | |||
Parafilm | Sigma | P7793-1EA | For preparation of heptane glue |
Fine sable paintbrush | Daler-Rowney (or equivalent) | #0 or 1 | |
Forceps | Fisher Scientific (or Fine Science Tools) | NC9404145 | Dumont #5 |
Glass bottomed dishes for imaging | MatTek | P35G-0-10-C | We suggest using 35mm petri dishes, with at least a 10mm Microwell, 0.085-0.13mm cover glass, uncoated. Dishes with larger microwells will enable increasing numbers of pupae to be mounted and imaged in a single experiment. |
Heptane | Sigma | 51730-5ML | For preparation of heptane glue |
Double sided sticky tape (e.g. Scotch) | Agar Scientific | AGG263 | For preparation of heptane glue |
50ml tube (for heptane glue) | Falcon tubes from Fisher Scientific | 14-432-22 | For preparation of heptane glue |
Glass microscope slides | Agar Scientific | AGL4244 | For dissection of Drosophila pupae |
Dissecting stereo microscope with brightfield | Leica (or equivalent) | M50 | For dissection of Drosophila pupae |
Microscissors | John Weiss International | 103123 | Miniature Research Scissors (straight) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Laser ablation and imaging | |||
Nitogen ablation laser | Spectra-Physics (or Andor equivalent) | Model VSL-337ND-S | For wounding, this should be attached to a widefield imaging system |
Multilaser confocal laser-scanning microscope (CLSM) | Leica (or equivalent) | TCS AOBS SP8 or SP5-II attached to a Leica DMi8 inverted epifluorescence microscope (or equivalent) | Ideally including a motorised stage for multi-site and 'mosaic' scanning, plus ‘hybrid’ GaAsP detectors (that offer much greater sensitivity and boosting of low signal) |
Environmental chamber | Life Imaging Services (or equivalent) | "Microscope Temperature Control System" | Attached to Confocal microscope for temperature control during imaging |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Image Analysis Software | |||
FRAP software module | Leica (or equivalent) | CLSM FRAP software module | For performing photoconversion of photoconvertible fluorophores such as Kaede |
ImageJ (image analysis software) | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/ | Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012. |
ImageJ plugin "Manual Tracking" | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.net/Manual_Tracking | |
ImageJ plugin "TrackMate" | ImageJ, NIH | https://imagej.net/TrackMate | Tinevez, JY.; Perry, N. & Schindelin, J. et al. (2016), "TrackMate: An open and extensible platform for single-particle tracking.", Methods 115: 80-90, PMID 27713081 |
Volocity (high performance 3D imaging software) | Perkin Elmer | Volocity 6.3 | For image analysis |
IMARIS (image analysis software) | Bitplane | IMARIS for Cell Biologists | For image analysis |