Aqui, apresentamos um protocolo que pode ser usado para microscopicamente Visualizar e quantificar a atividade de desidrogenases em células e tecidos e sua cinética, função e Localização subcellular.
Metabolismo celular alterado é uma marca registrada de muitas doenças, incluindo câncer, doenças cardiovasculares e infecções. As unidades motoras metabólicas das células são enzimas e sua atividade é fortemente regulamentada em muitos níveis, incluindo o transcriptional, estabilidade do mRNA, nível translacional, borne-translational e funcional. Este complexo Regulamento significa que convencionais ensaios quantitativos ou de imagem, tais como quantitativos mRNA experimentos, borrões ocidentais e imuno-histoquímica, produzem informações incompletas sobre a atividade final de enzimas, sua função e/ou sua localização subcellular. Citoquímica quantitativa enzimática e histoquímica (i.e., mapeamento metabólica) mostram informações detalhadas na atividade enzimática em situ e sua cinética, função e Localização subcellular numa situação quase verdadeiro-à-natureza.
Descreveremos um protocolo para detectar a atividade de desidrogenases, que são enzimas que realizam as reações redox para reduzir cofactores como NAD(P)+ e FAD. Secções de tecidos e células são incubadas em um meio que é específico para a atividade enzimática de uma desidrogenase. Posteriormente, a desidrogenase que é objecto de investigação executa sua atividade enzimática em seu site subcellular. Em uma reação química com o meio de reação, isso gera, em última análise formazan cor azul no local da atividade da desidrogenase. Absorvância da formazan é, portanto, uma medida direta da atividade da desidrogenase e pode ser quantificada usando análise de microscopia e imagem luz monocromática. O aspecto quantitativo do presente protocolo permite que pesquisadores desenhar conclusões estatísticas destes ensaios.
Além de estudos observacionais, esta técnica pode ser usada para estudos de inibição de enzimas específicas. Neste contexto, estudos beneficiar as vantagens da verdadeiro-à-natureza de mapeamento metabólica, dando resultados em situ que pode ser fisiologicamente mais relevante do que em vitro estudos de inibição enzimática. Ao todo, mapeamento metabólico é uma técnica indispensável para estudar o metabolismo a nível celular ou tecido. A técnica é fácil de adotar, fornece informações metabólicas em profundidade, abrangentes e integradas e permite rápida análise quantitativa.
Um pilar essencial da fisiologia celular é o metabolismo. Metabolismo fornece as células com a energia necessária para todos os processos fisiológicos, fornece os blocos de construção para biossíntese macromolecular e regula a homeostase celular com respeito a produtos residuais, moléculas tóxicas e a desmontagem e reciclagem de componentes celulares desnecessários ou disfuncionais. As enzimas catalisam quase todas vitais celulares reações químicas e são, portanto, as unidades motoras na fisiologia das células. 1 , 2
A atividade das enzimas é fortemente regulamentada em muitos níveis e, portanto, quantitativa enzima histoquímica e Citoquímica (também chamado de mapeamento metabólico) é o método preferido para estudar a atividade de enzima em situ. A nível transcricional, expressão gênica no mRNA é regulada. O efeito do Regulamento da transcrição pode ser determinado usando ensaios quantitativos de mRNA, como Microarrays do sequenciamento de RNA direto ou ensaios de mRNA qualitativa, tais como a hibridização in situ , que dá informações sobre o celular (sub) Localização de moléculas de mRNA. Isto torna possível apreciar diferenças relativas em atividade transcricional entre as células. No entanto, a interpretação e validade destes ensaios de mRNA com relação a atividade metabólica é complicado porque o regulamento também ocorre no nível de mRNA, onde sequência e estabilidade das moléculas de mRNA são editados depois que é transcrito do DNA. Esta edição regula proteína isoform Tradução e quantidade de tradução de proteínas para os ribossomas. Além disso, o processo de tradução de proteínas é controlado e em última análise, afeta a atividade e, portanto, a expressão da enzima. Os efeitos combinados dos passos regulamentares acima mencionados podem ser apreciados utilizando ensaios de expressão quantitativa de proteína, como a mancha ocidental Microarrays do lisado de proteína de fase reversa ou ensaios de expressão qualitativa da proteína, tais como imunocitoquímica e imuno-histoquímica, mas essas técnicas não conseguem incorporar efeitos regulamentares a jusante como modificação pós-traducional de proteínas e o Regulamento funcional de enzimas no seu microambiente lotado. Além disso, a expressão de uma enzima mal pode correlacionar com sua atividade, para que as medições da atividade de uma enzima purificada em células ou tecidos homogenates ou em soluções diluídas são amplamente utilizadas para estudos de atividade enzimática. No entanto, estas experiências não replicar a influência de um citoplasma compartimentada lotada ou organela sobre a atividade de uma enzima. Além disso, determinar a quantidade ou a localização da expressão do mRNA ou enzima todas as técnicas acima mencionadas, mas são incapazes de dar uma informação completa sobre os dois desses aspectos da expressão da enzima, e muito menos a integração deste informações com determinações de atividade enzimática. 2 , 3 , 4
Mapeamento metabólico permite a apreciação de todas as variáveis acima mencionadas que determinam a atividade de uma enzima. Além disso, o mapeamento metabólico é uma forma de célula viva ou imagem de tecido com células e tecidos que são mantidos intactos durante a análise para gerar uma situação de quase verdadeiro-à-natureza para gerar dados de atividade de enzimas. Ela produz imagens que facilitam a apreciação ambos detalhada da localização da actividade enzimática, bem como robusta quantificação da atividade da enzima dentro de um compartimento da célula ou tecido. 3 , 4 os protocolos descritos aqui para metabólico mapeamento da atividade de desidrogenases são baseados sobre o manual de laboratório de todos os métodos histoquímicos de enzima disponível,5 nos princípios da histoquímica enzimática quantitativa,6 e na análise de imagens de mapeamento metabólico quantitativo. 4
Desidrogenases são enzimas que realizam as reações redox para reduzir canônicos cofactores como NAD+,+ de NADP e FAD a NADH, NADPH e DANIII2, respectivamente. Células intactas ou criostato cortes histologicos que não são quimicamente fixas são incubados em um meio de reação que contém, entre outros reagentes, o substrato e cofatores de uma desidrogenase específica e um sal de tetrazólio. Posteriormente, essa desidrogenase executa sua atividade catalítica e reduz, por exemplo,+ de NADP a NADPH. Através de uma transportadora de elétrons, 2 moléculas de NADPH em última análise, reduzem 1 molécula de sal de tetrazólio semi incolor solúvel em água em molécula 1 formazan de azul insolúvel em água que precipita-se imediatamente no site da desidrogenase. Portanto, a absorvância de formazan precipitado é uma medida direta da atividade local de uma desidrogenase e pode ser observada usando microscopia de luz ou quantificados utilizando análise de microscopia e imagem luz monocromática. O aspecto quantitativo do presente protocolo permite que pesquisadores desenhar conclusões estatísticas destes ensaios. Além disso, esta quantificação facilita a determinação em situ parâmetros de cinética enzimática, tais como a atividade máxima da enzima (Vmax) e a afinidade de um substrato para uma enzima (Km). 3 , 4 , 5 , 6
Ao planejar um experimento de mapeamento metabólica, é importante perceber que, por experiência, um máximo de 50 lâminas de vidro com preparações da pilha aderente ou cortes de tecido são recomendados para minimizar os atrasos de tempo durante a incubação a fim de obter consistente resultados. É possível processar mais slides e/ou composições médias quando estes passos de protocolo são realizados cooperativamente por mais de um experimentador. Além disso, alguns variabilidade existente entre as experiências. Portanto, experiências idênticas devem ser repetidas pelo menos 3 vezes com cytospins de cada preparação de célula ou seções de cada amostra de tecido e controlos adequados devem ser incluídos em cada experimento. Prepare sempre um meio de incubação de controle na ausência de substrato mas na presença de cofatores para controle para coloração de atividade de enzima inespecífica. Os resultados mais representativos são obtidos em experimentos onde concentrações de substrato/cofator diferentes são aplicadas para cortes de tecido ou preparações da pilha da mesma amostra, para que o experimentador pode realizar análises do uso de cinética enzimática curvas dose-atividade.
Pesquisa sobre o metabolismo celular está experimentando atualmente um renascimento porque pesquisadores percebem agora que os efeitos metabólicos são cruciais para a patogênese e o tratamento de muitas doenças. 1 além disso, a pesquisa metabólica é auxiliado por um crescente disponibilidade de técnicas que fornecem este campo de pesquisa com ferramentas mais do que nunca, incluindo a espectrometria de massa, marcação de rotulagem e espectrometria de ressonância magnética nuclear. Mapeamento metabólico não é uma técnica nova, mas sua capacidade de dar informação integrada sobre a atividade de enzimas em uma situação de quase verdadeiro-à-natureza faz com que esta técnica mais relevante do que nunca. 2
Os cofatores NAD+ e NADP+ são encontrados em todas as células vivas, o que indica que a desidrogenases surgiram muito cedo durante a evolução e tem papéis-chave no metabolismo celular. 14 , 15 -atualmente, existem 523 reações catalisadas por enzimas que são classificadas como desidrogenases e ocorrerem através de todas as espécies. 16 teoricamente, a atividade de todas as reacções diferentes desidrogenase pode ser separadamente investigada pelos ajustes do protocolo de mapeamento metabólico descrito aqui. Cada reação enzimática é exclusiva por meio do substrato e co-fatores que são necessários para a sua actividade. Portanto, a atividade de cada reação enzimática pode ser determinada usando um experimento de mapeamento metabólica com o substrato adequado e cofactores no meio de reação. No entanto, algumas isoformas da enzima diferem na sua localização subcellular, por exemplo, uma isoforma catalisa uma reação no citoplasma, Considerando que outra isoforma funções nas mitocôndrias. Um exemplo notável é IDH1 e IDH2, dos quais o primeiro é citoplasmático e o último é mitocondrial e que são duas diferentes proteínas codificadas por dois genes diferentes. 11 1-metoxi-5-methylphenazinium methylsulfate (metoxi-PMS) e 5-methylphenazinium methylsulfate (PMS) podem ser usados como carreadoras de elétrons para estes experimentos. O ex não passa as membranas mitocondriais, este faz. Portanto, investigações sobre enzimas mitocondriais (por exemplo, IDH2) devem usar PMS Considerando que investigações sobre citosólica enzimas (por exemplo, IDH1) devem usar mPMS.
Tal como acontece com muitas técnicas, variações do presente protocolo, como o uso de diferentes tipos de sais de tetrazólio, excluindo a adição de PMS e azida de sódio, usando um meio de montagem aquoso e variando de incubação e lavagem vezes, existe e pode funcionar igualmente bem. O aplicativo de mapeamento metabólico com sais de tetrazólio não está limitado a desidrogenases. Com pequenas modificações no protocolo, pode também ser usada para a avaliação da atividade das enzimas que funcionam diretamente a montante de uma desidrogenase em uma via metabólica. Descrevemos anteriormente este princípio para a enzima glutaminase,17 , que funciona diretamente a montante da glutamato desidrogenase na via glutaminolysis. 18 em teoria, o mesmo princípio pode ser aplicado a outras enzimas que ciclo de função diretamente a jusante ou montante de uma desidrogenase por exemplo aconitase, que se encontra diretamente a montante do IDH2 e IDH3 no ácido tricarboxílico (TCA). Outra variação simples das concentrações descritas na tabela 1 é por meio de frascos médio de incubação com várias concentrações de substrato, cofator e/ou inibidor. Isto permite a geração de curvas dose-atividade em função da concentração de substrato, cofator e/ou inibição.
Tecnicamente falando, metabólica experimentos de mapeamento não facilitar observações imparciais da atividade da enzima em situ , porque os pesquisadores têm de escolher uma concentração de substrato e cofator que pode não refletir os níveis de substrato e cofator que estão presentes em situ. Além disso, o uso de viscoso 18% PVA no meio de reação serve para manter macromoléculas intactas, no lugar e na conformação, mas proíbe a difusão efetiva de reagentes de baixos peso molecular através do meio de reação. 3 , 5 portanto, as atividades de determinada enzima nos experimentos descritos aqui que usam concentrações de substrato suprafisiológicas não refletem a situação no vivo em uma concentração de determinado substrato, mas são adequados para comparações intra experimentais. Assim, o resultado de experimentos de mapeamento metabólica é a capacidade de produção (atividade máxima) de uma reação enzimática no contexto dos níveis substrato e cofator que estão presentes em situ. Além disso, o uso de várias concentrações de substrato e/ou cofactores e amostras múltiplas permite comparação imparcial da capacidade de produção máxima (Vmax) e afinidade (Km) de uma enzima de um substrato/cofator em preparações da pilha , tecidos ou regiões do tecido. Esses parâmetros são o resultado da soma da expressão da proteína de enzima, modificações borne-translational e o efeito de um microambiente lotado na atividade de enzimas. Portanto, mapeamento metabólico é ainda uma melhor reflexão da atividade da enzima do que experimentos que determine a expressão da proteína ou purificada enzima atividade em vitro.
The authors have nothing to disclose.
R.J.M. é suportado por uma bolsa de doutoramento de AMC. Esta pesquisa foi apoiada pela sociedade holandesa de câncer (grant KWF UVA 2014-6839). Os autores agradecer Dr. A. Jonker por sua ajuda com a escrita do protocolo.
Adenosine 5′-diphosphate sodium salt | Sigma-Aldrich | A2754 | |
D-Glucose 6-phosphate sodium salt | Sigma-Aldrich | G7879 | |
Disodium hydrogen phosphate (NA2HPO4) | Merck Millipore | 106559 | |
di-Sodium succinate | Sigma-Aldrich | W327700 | |
DL-Isocitric acid trisodium salt hydrate | Sigma-Aldrich | I1252 | |
D-Malic acid | Sigma-Aldrich | 2300 | |
Glycerol Gelatin | Sigma-Aldrich | GG1 | |
L-Glutamic acid | Sigma-Aldrich | G1251 | |
Lithium 6-phospho-D-galactonate | Sigma-Aldrich | 55962 | |
Magnesium chloride | Sigma-Aldrich | M8266 | |
methoxy-Phenazine methosulfate | Serva | 28966.01 | |
Nicotinamide adenine dinucleotide | Sigma-Aldrich | N0505 | |
Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate | Sigma-Aldrich | NADP-RO | |
Nitrotetrazolium Blue chloride | Sigma-Aldrich | N6876 | |
Phenazine methosulfate | Serva | 32030.01 | |
Polyvinyl alcohol, fully hydrolyzed | Sigma-Aldrich | P1763 | |
Potassium dihydrogen phosphate (KH2PO4) | Merck Millipore | 104873 | |
Sodium azide | Sigma-Aldrich | S2002 | |
Sodium L-lactate | Sigma-Aldrich | L7022 | |
Bandpass filter | Edmund optics | https://www.edmundoptics.de/optics/optical-filters/bandpass-filters/Hard-Coated-OD-4-10nm-Bandpass-Filters/ | |
Grey-step wedge | Stouffer Industries | http://www.stouffer.net/TransPage.htm |