在这里, 我们提出了一个协议, 可用于显微镜下可视化和量化的活动脱氢酶在细胞和组织及其动力学, 功能和亚细胞定位。
细胞代谢的改变是许多疾病的标志, 包括癌症, 心血管疾病和感染。细胞代谢运动单元为酶, 其活性在许多层次上受到严格调控, 包括转录、mRNA 稳定性、平移、后转化和功能水平。这一复杂的调控意味着常规的定量或成像检测, 如定量 mRNA 实验, 西方印迹和免疫组化, 产生不完全信息关于酶的终极活动, 它们的功能和/或它们的亚细胞定位。定量酶化学和组织化学 (即,代谢映射) 显示了关于原位酶活性及其动力学、功能和亚细胞定位的深入信息, 在一个几乎真实的情况下。
我们描述了一种检测脱氢酶活性的协议, 这些酶是执行氧化还原反应以减少辅助因子, 如 NAD (P) + 和时尚的酵素。细胞和组织切片的孵化在一个特定的酶活性的一个脱氢酶的培养基。随后, 作为调查对象的脱氢酶在其亚细胞部位进行酶活性。在反应介质的化学反应中, 这最终会在脱氢酶的活性部位产生蓝色 formazan。因此, formazan 的吸光度直接测量脱氢酶的活性, 可以用单色光镜和图像分析来量化。这个协议的数量方面使研究人员能够从这些化验中得出统计结论。
除观察研究外, 该技术还可用于特定酶的抑制研究。在这种情况下, 研究得益于新陈代谢映射的真实到自然的优势, 给予就地结果, 这可能与体外酶抑制研究相比,在生理上更相关。总之, 代谢图谱是研究细胞或组织水平代谢的不可缺少的技术。该技术易于采用, 提供了深入、全面、综合的代谢信息, 能够快速定量分析。
细胞生理学的基本基石是新陈代谢。新陈代谢为细胞提供了所有生理过程所需的能量, 提供了大分子生物合成的基石, 并对废物、有毒分子和拆卸的细胞稳态进行了调节, 并循环利用不必要或功能失调的细胞成分。酶催化几乎所有重要的细胞化学反应, 因此是细胞生理学的运动单位。1,2
酶活性在许多层次上严格调节, 因此定量酶组织化学和化学 (也称为代谢图谱) 是研究酶活性的首选方法原位。在转录水平, 基因表达到 mRNA 被调控。转录调节的作用可以通过定量 mrna 测定 (如微阵列或直接 RNA 测序) 或定性 mRNA 检测 (如原位杂交) 来确定, 提供有关 (子) 细胞的信息。mRNA 分子的定位。这使人们有可能了解细胞间转录活动的相对差异。然而, 这些 mrna 检测对代谢活动的解释和有效性是复杂的, 因为调控也发生在 mrna 水平, 其中 mrna 分子的序列和稳定性编辑后, 转录从 DNA。这个编辑调控蛋白质异构体翻译和蛋白质翻译数量在核糖体。此外, 蛋白质的翻译过程被控制, 最终影响酶的表达, 因此活动。使用定量蛋白质表达方法, 如西方印迹或反相蛋白裂解微阵列, 或定性蛋白表达法, 可以欣赏上述调控步骤的综合效果, 如免疫细胞化学和免疫组化, 但这些技术并没有纳入下游的调控作用, 如后转化的蛋白质和功能调节的酶在其拥挤的微环境。此外, 酶的表达可能与其活性差, 因此, 在细胞或组织组织匀浆或稀释溶液中的纯化酶活性测量被广泛用于酶活性研究。然而, 这些实验未能复制一个拥挤的分裂细胞质或细胞器对酶活性的影响。此外, 上述所有技术都决定了 mRNA 或酶表达的数量或本地化, 但无法提供关于酶表达的这两个方面的综合信息, 更不用说这种信息以酵素活动决心。2,3,4
代谢图谱允许对所有上述变量的评价, 以确定酶的活性。更重要的是, 代谢图谱是一种活细胞或组织成像的细胞和组织在分析期间保持完好, 以产生一个几乎真实的情况, 以产生酶活性的数据。它产生的图像, 既有利于对酶活性的位置的详细评价, 以及在细胞或组织室内的酶活性的稳健量化。3,4此处描述的脱氢酶活动代谢映射的协议基于所有可用酶组织化学方法的实验室手册, 5 关于定量酶组织化学的原理, 6 和 定量代谢图谱的图像分析。4
脱氢酶是酶, 执行氧化还原反应, 以减少标准辅助因子, 如NAD+,NADP + 和时尚 NADH, 和 FADH 2 分别.未化学固定的完整细胞或恒温器组织切片, 在反应介质中孵化, 其中含有特定脱氢酶和四氮唑盐的基质和辅助因子。随后, 该脱氢酶执行其催化活性, 并减少, 例如, NADP+ 。通过电子载体, 2 分子最终将1水溶性半无色四氮唑盐分子减少为1水溶性蓝 formazan 分子, 立即沉淀在脱氢酶的部位。因此, 沉淀 formazan 的吸光度是一种直接测量脱氢酶局部活性的方法, 可以用光镜观察或用单色显微镜和图像分析的方法进行量化。这个协议的数量方面使研究人员能够从这些化验中得出统计结论。此外, 这种量化有助于确定原位的动力学酶参数, 如最大酶活性 (V最大) 和亲和性的基质为酶 (Km)。3,4,5,6
在规划一个代谢图谱实验时, 重要的是要认识到, 每一个实验, 建议最多五十玻片与黏附细胞制剂或组织切片, 以尽量减少时间延迟孵化期间, 以获得一致的结果。当这些协议步骤由多个实验者协同执行时, 可以处理更多的幻灯片和/或介质组合。此外, 实验之间存在一些变异性。因此, 相同的实验应重复至少3次与 cytospins 从每个细胞的准备或切片从每个组织样本和适当的控制应该包括在每个实验。在没有基质的情况下, 总是准备一个控制孵化培养基, 但在辅助因子的存在下, 控制非特异酶活性染色。最有代表性的结果是在实验中获得了不同的基质/余子浓度被应用于组织切片或细胞制剂从同一样本, 使实验者可以进行酶动力学分析, 利用剂量-活动曲线。
对细胞代谢的研究目前正在经历一个新生, 因为研究人员现在意识到新陈代谢对许多疾病的发病机制和治疗是至关重要的。1此外, 新陈代谢研究还得到了越来越多的技术的帮助, 这一领域的研究提供了比以往更多的工具, 包括质谱、放射性同位素标记和核磁共振波谱。新陈代谢图谱绝不是一种新的技术, 但它能够提供综合信息的酶活性在一个几乎真实的情况下, 使这项技术比以往任何时候都更相关。2
在所有活细胞中都发现了辅助因子 NAD + 和 NADP +, 这表明脱氢酶在进化过程中起得很早, 在细胞代谢中起着关键作用. 14,15目前, 有523种酶催化反应被归类为脱氢酶, 并发生在所有物种之间。16理论上, 通过调整此处描述的新陈代谢映射协议, 可以对所有不同脱氢酶反应的活性进行单独的研究。每一种酶反应都是独特的, 通过基质和辅助因子的活动所需的。因此, 每种酶反应的活性都可以通过在反应介质中使用适当基质和辅助因子的代谢图谱实验来确定。然而, 某些酶亚型在其细胞定位上不同,例如一个异构体催化细胞质中的反应, 而另一个异构体在线粒体中起作用。一个显著的例子是 IDH1 和 IDH2, 前者是细胞质, 后者是线粒体, 两种不同的蛋白质编码两个不同的基因。11 1-甲氧基 5-酚嗪 methylsulfate (甲氧基-pms) 和 5-酚嗪 methylsulfate (pms) 可以作为电子载体进行这些实验。前者不通过线粒体膜, 后者。因此, 对线粒体酶 (例如IDH2) 的调查应使用 PMS, 而胞浆酶 (例如IDH1) 的调查应使用 mPMS。
与许多技术一样, 这种协议的变化, 如使用不同类型的四氮唑盐, 不包括增加 PMS 和叠氮化钠, 使用水上安装介质, 和不同的孵化和冲洗时间, 确实存在, 并可能工作同样良好。四氮唑盐代谢图谱的应用不局限于脱氢酶。通过对该协议的小修改, 它也可用于评估代谢通路中脱氢酶直接上游作用的酶活性。我们以前描述了这个原则为 glutaminase 酵素,17直接地作用在谷氨酸脱氢酶的上游在 glutaminolysis 途径。18理论上, 同样的原理也适用于直接作用于脱氢酶例如乌头的其他酶, 它直接位于 tricarboxylic 酸 (TCA) 周期的 IDH2 和 IDH3 上游。表1中所描述的浓度的另一个简单变化是通过使孵化培养基瓶具有不同浓度的基质、余子和/或抑制剂。这允许产生剂量-活动曲线作为一个功能的基质, 余子和/或抑制浓度。
从技术上讲, 新陈代谢图谱实验不利于对原位酶活性的无偏观测, 因为研究人员必须选择一种基质和余子浓度, 而这些物质可能不反映基质和余子水平。就地显示。此外, 在反应介质中使用粘性 18% PVA 有助于使大分子保持完好、到位和构象, 但禁止通过反应介质有效地扩散低分子量试剂。3,5因此, 在这里描述的实验中, 使用 supraphysiological 基质浓度的确定酶活性并不能反映给定基底浓度的体内情况, 但适合于实验内比较。因此, 代谢图谱实验的结果是在所述基质和余子水平的上下文中的酶反应的生产能力 (最大活性), 目前是原位。此外, 使用不同浓度的基质和/或辅助因子和多个样本允许无偏比较的最大生产能力 (V max) 和亲和 (K m) 的酶为基板/余子的细胞制剂、组织或组织区域。这些参数是酶蛋白表达的总和, 转化后的修饰和拥挤的微环境对酶活性的影响。因此, 代谢图谱仍然是一个更好的反映酶活性比实验, 确定蛋白表达或纯化酶活性的在体外。
The authors have nothing to disclose.
R.J.M. 获得了 AMC 博士奖学金的支持。这项研究得到了荷兰癌症协会 (凯维丰赠款 UVA 2014-6839) 的支持。作者感谢 a. 琼克博士在编写《议定书》方面的帮助。
Adenosine 5′-diphosphate sodium salt | Sigma-Aldrich | A2754 | |
D-Glucose 6-phosphate sodium salt | Sigma-Aldrich | G7879 | |
Disodium hydrogen phosphate (NA2HPO4) | Merck Millipore | 106559 | |
di-Sodium succinate | Sigma-Aldrich | W327700 | |
DL-Isocitric acid trisodium salt hydrate | Sigma-Aldrich | I1252 | |
D-Malic acid | Sigma-Aldrich | 2300 | |
Glycerol Gelatin | Sigma-Aldrich | GG1 | |
L-Glutamic acid | Sigma-Aldrich | G1251 | |
Lithium 6-phospho-D-galactonate | Sigma-Aldrich | 55962 | |
Magnesium chloride | Sigma-Aldrich | M8266 | |
methoxy-Phenazine methosulfate | Serva | 28966.01 | |
Nicotinamide adenine dinucleotide | Sigma-Aldrich | N0505 | |
Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate | Sigma-Aldrich | NADP-RO | |
Nitrotetrazolium Blue chloride | Sigma-Aldrich | N6876 | |
Phenazine methosulfate | Serva | 32030.01 | |
Polyvinyl alcohol, fully hydrolyzed | Sigma-Aldrich | P1763 | |
Potassium dihydrogen phosphate (KH2PO4) | Merck Millipore | 104873 | |
Sodium azide | Sigma-Aldrich | S2002 | |
Sodium L-lactate | Sigma-Aldrich | L7022 | |
Bandpass filter | Edmund optics | https://www.edmundoptics.de/optics/optical-filters/bandpass-filters/Hard-Coated-OD-4-10nm-Bandpass-Filters/ | |
Grey-step wedge | Stouffer Industries | http://www.stouffer.net/TransPage.htm |