We describe procedures for the preparation and delivery of membrane protein microcrystals in lipidic cubic phase for serial crystallography at X-ray free-electron lasers and synchrotron sources. These protocols can also be applied for incorporation and delivery of soluble protein microcrystals, leading to substantially reduced sample consumption compared to liquid injection.
膜蛋白(MPS)是细胞膜和初级药物靶的基本成分。合理的药物设计依赖于精确的结构的信息,典型地通过结晶得到的;然而,国会议员都难以结晶。在MP结构测定的最新进展已经从脂质立方相(LCP)的结晶方法,通常产生良好的衍射,但往往小的晶体是从同步加速器源的传统晶体数据收集过程中辐射损伤遭受的发展中受益匪浅。新一代的X射线自由电子激光(XFEL)产生极其明亮的飞秒脉冲源的发展,使室内温度数据采集从没有或可忽略不计的辐射损伤微晶。我们最近在LCP技术与串行飞秒晶体(LCP-SFX)相结合的努力已导致数人G蛋白偶联受体的高分辨率结构,WHICH代表结构测定一个非常困难的目标。在LCP-SFX技术,LCP被招募为经济增长和交付MP微晶到喷射流的交汇与XFEL梁晶体数据收集的矩阵。它已被证实LCP-SFX可以大幅度提高衍射分辨率时仅子10微米的晶体是可用的,或当在室温下使用较小的晶体可以克服与较大制冷机冷却的结晶相关的各种问题,如缺陷积聚,高mosaicity和cryocooling文物。在X射线源和检测器技术的未来进步应使串行晶体不仅在XFELs,而且在更方便同步加速器束线高度吸引力和可行的实施。在这里,我们提出详细的视觉协议串行结晶实验制备,表征和微晶交付LCP。这些协议包括用于注射器进行结晶实验,检测和表征的晶体样品,优化晶体密度,装载微晶载货LCP到注射器装置和样品递送至光束收集数据的方法。
X射线晶体是最成功的技术,迄今为解决膜蛋白(MPS)的原子分辨率的结构。从脂质中间相,也被称为脂质立方相(LCP),或在消旋结晶,结晶表示在MP晶体已启用的具有挑战性的目标的高分辨率结构确定诸如G蛋白偶联受体的主要发展酮(GPCR的)1。在LCP工具和技术的最新发展,使这一技术提供给大型社区在世界各地的2结构生物学家的。然而,在许多情况下,在LCP形成MP的结晶太小,可以使用即使在最先进的微聚焦同步加速器束线,其中所述样品从严重辐射损伤和劣化遭受之前可以得到3在高分辨率足够的信号。
一种新的方法,以晶体数据收集是与第一X射线自由电子激光(XFEL)的调试启用。该方法是基于“毁灭前的衍射”的原则,首先介绍了理论上4,然后通过实验证实了在直线加速器相干光源(LCLS)3,全球硬XFELs先驱生物样品。一个XFEL几十飞秒的持续时间,从一个原始晶体前蛋白原子可以响应于辐射损伤移动衍射内产生高亮度的X射线脉冲。在最初的实验中,微晶连续在通过液体喷射器5产生的含水的流供给到与XFEL波束的交叉点。该实验装置被称为飞秒系列晶体(SFX)。使用液体喷射器的SFX的主要缺点是它们的流动速率高,这因而需要几十到几百的完整数据集的收集纯化蛋白的毫克。通过EMPloying一个特殊注射器,可以处理凝胶状的LCP样品(LCP microextrusion喷油器)6,我们成功地传递在一个LCP基质生长的几种不同的人的GPCR的微晶并获得它们的高分辨率结构6 – 9,具有显著减少蛋白质消费每数据集下0.3毫克。喷射器由可以容纳晶体载货LCP高达20,40或100微升并通过该样品通过高压应用挤出(高达10,000窄毛细管(10-50微米直径)的贮存器的PSI)从液压柱塞与压力扩增阶段,通过从HPLC(高效液相色谱法)泵的液体驱动。 LCP的离开毛细管喷嘴的流由非反应性气体(一般为氦或氮)的平行流稳定化。
在这里,我们提供了所需的步骤视觉演示准备和表征样本对于LCP-SFX实验。其他详细信息可以在公布的协议10被发现。作为一个例子,我们将使用腺苷A 2A受体11,准备这种蛋白质的晶体LCP使用SFX方法X射线数据收集。而我们的协议是与能够由在XFEL和同步加速器源串行晶体流用于数据收集的LCP的任何注射器兼容,为了说明的目的,我们将使用在文献中描述的LCP喷射器。 6.产生LCP高密度微晶优化沉淀条件应通过高通量的结晶在进行此协议之前筛选12,13确定。此协议的典型流程图如图1所示。
这里所描述的协议提供了一个标准的LCP-SFX实验用的LCP注射器的样品制备过程的概要。根据我们的经验,用于收集完整数据集所需的最终微晶载货的LCP样品的总量典型地是50-100微升( 表1; 25-50微升初始蛋白质载货的LCP样品的),这取决于微晶大小,质量和密度。由于每个100μl的气密玻璃注射器可容纳约7微升的LCP处于完全扩展字符串的形式,以确保适当甚至沉淀剂溶液进LCP的扩散,在注射器至少四个到七个样品应来制备每个LCP-SFX实验。
由于样品通过窄20-50微米的直径的毛细管中挤出,这是至关重要的,以避免在样品中的任何外来微粒材料。可能在LCP不定期地推出了粉尘和纤维样品或沉淀剂溶液可能堵塞注射器毛细管和在实验过程中增加了停机时间。因此,制备样品之前过滤通过5μm微孔过滤脂质和所有的解决方案是非常重要的。任选地,清洁室或便携式洁净室罩可用于样品制备。
这些协议是基于使用9.9 MAG(油酸单甘油酯)作为宿主脂质为MP的结晶。然而,它们不限于9.9 MAG,并且可以考虑到在脂质相行为的差异之后很容易地适应于任何其他的LCP主机脂质或脂质混合物。大多数在LCP中结晶国会议员的结构制得使用的MAG之一,以9.9的MAG是最成功的代表迄今15。使用9.9 MAG为SFX的主要缺点是在冷却低于18℃时,当在真空中进行数据采集时经常发生其向层状结晶相变。该titrati与7.9 MAG在本协议中的第5节提供了一个很好的解决这个问题。根据我们的经验,水晶承受无任何不良影响这样的剂量调整。然而,如果添加7.9 MAG或另一个短链MAG的是不可取的,滴定可以用9.9的MAG来执行。在这种情况下,稳定的LCP注射期间流入真空气体应从氦被切换成氮气,它可以防止结晶脂质相的大多数样品中的形成,在具有较不稳定的试样流的费用。
LCP的凝胶状稠度具有很大的优势,其用作晶载体介质,因为其允许在宽范围的晶体流量,适用于串行晶体的数据收集在现代XFEL和同步加速器源的调整。数量级的C订单匹配与XFEL脉冲重复率导致急剧减少晶体消费晶体流量ompared液体注入。 LCP是用于递送不仅在它生长的MP晶体合适的载体介质,也为可溶性蛋白21的晶体。几种可供选择的粘稠晶系媒体最近引入了22 – 24,延长工具和试剂的阿森纳进行连续结晶实验。此外,使用LCP作为晶体递送介质串行晶体已被证明在常规同步加速器源中,至少井衍射晶体24,25。该升压的X射线数量级的强度,以及改善在检测器技术的同步加速器源未来的升级,将使串行晶体更加方便和有吸引力的结构测定方法。
LCP-SFX已经证明其对MP结构测定效力。对于具有挑战性的生物系统(如GPCR的或大分子复合物),其中lARGE,衍射品质晶体是难以生长,LCP-SFX可提供一个有吸引力的,如果不是唯一的,可行的选择来解决的原子分辨率结构。其所有的优点, 即使用LCP作为基质为MP的结晶和晶体递送,低蛋白消耗,不存在辐射损伤,室温收集数据,时间分辨研究26,27的可能性,没有晶体收获要求,LCP- SFX应在结构生物学的未来产生重要的作用。
The authors have nothing to disclose.
这项工作是由美国国立卫生研究院授予R01 GM108635和U54 GM094618,梅奥诊所-ASU协同种子格兰特奖和NSF STC奖1231306.我们感谢A.沃克与稿件准备援助的支持。
LCP host lipid monoolein (9.9 MAG) | Nu Chek Prep | M239 | Hosting lipid for the protein to be crystallized |
LCP host lipid monoolein (9.9 MAG) | Sigma | M7765 | Hosting lipid for the protein to be crystallized |
LCP host lipid monopalmitolein (9.7 MAG) | Nu Chek Prep | M219 | Hosting lipid for the protein to be crystallized |
LCP host lipid 7.9 MAG | Avanti Polar Lipids | 850534 | Hosting lipid for tiration to avoid lamellar crystal phase (Lc) formation during sample injection |
Purified protein solution concentrated to 20-50 mg/mL | Target protein | ||
Chloroform | Fisher Scientific | C606-1 | Used to dissolve lipids |
Methanol | Sigma-Aldrich | 179337-500ML | Used to wash syringes |
Eleven 100 mL Hamilton gas-tight syringes without needles | Hamilton | 7656-01 | For LCP preparation |
Eight syringe couplers | Hamilton | SKU 209526 | For LCP preparation |
Removable flat-tipped needle | Hamilton | 7804-01 | For LCP dispensing |
Parafilm | Parafilm | M', 250' x 2" | Used for syringe sealing |
Lint free lens cleaning tissues | Fisher | NC9592151 | |
Centrifugal filter tubes, Ultrafree-MC, 0.5 mL, Durapore 5 µm | Millipore | UFC3 0SV 00 | Used for filtering of precipitant solutions and lipids |
Microscope slides, 1 inch x 3 inch | GoldSeal | 3010 | |
Two wash bottles with fine tips. One filled with milli-Q or distilled water, the other with methanol | VWR | 89094-640 | These are used to clean the syringes, needles and coupler. Methanol is used first, then water. |
Gloves | Microflex | XC-310-L | For blow drying syringes, needles, ferrules, and couplers |
Safety glasses | |||
Pressurized air cans | Office Depot (Dust-Off) | 527494 | For syringe cleaning |
Dry block heater with a digital temperature controller | Fisher | 11-720-10BQ | Used for thawing lipids |
Benchtop Centrifuge | Fisher | 05-413-340 | Spinning down solutions |
Clean Room Mini – 12 inch Portable Positive Pressure Hood with HEPA filter | Sentry Air Systems, Inc. | SS-112-PCR | Cleaning sample preparation |
Stereo zoom microscope equipped with a linear polarizer and rotating analyzer | Nikon | SMZ1500 | Crystal density check |
UV microscope | JAN Scientific | UVEX-P | Optional, for crystal imaging purposes |
SHG imager | Formulatrix | SONICC | Optional, for crystal imaging purposes |