This protocol describes the steps and data analysis required to successfully perform optogenetic functional magnetic resonance imaging (ofMRI). ofMRI is a novel technique that combines high-field fMRI readout with optogenetic stimulation, allowing for cell type-specific mapping of functional neural circuits and their dynamics across the whole living brain.
The investigation of the functional connectivity of precise neural circuits across the entire intact brain can be achieved through optogenetic functional magnetic resonance imaging (ofMRI), which is a novel technique that combines the relatively high spatial resolution of high-field fMRI with the precision of optogenetic stimulation. Fiber optics that enable delivery of specific wavelengths of light deep into the brain in vivo are implanted into regions of interest in order to specifically stimulate targeted cell types that have been genetically induced to express light-sensitive trans-membrane conductance channels, called opsins. fMRI is used to provide a non-invasive method of determining the brain’s global dynamic response to optogenetic stimulation of specific neural circuits through measurement of the blood-oxygen-level-dependent (BOLD) signal, which provides an indirect measurement of neuronal activity. This protocol describes the construction of fiber optic implants, the implantation surgeries, the imaging with photostimulation and the data analysis required to successfully perform ofMRI. In summary, the precise stimulation and whole-brain monitoring ability of ofMRI are crucial factors in making ofMRI a powerful tool for the study of the connectomics of the brain in both healthy and diseased states.
הדמיה תפקודית בתהודה מגנטית optogenetic (ofMRI) היא שיטה חדשנית המשלבת את הרזולוציה המרחבית של fMRI גבוהה בשטח עם דיוק של גירוי optogenetic 1-11,38, מה שמאפשר מיפוי סוג תא ספציפי של מעגלים עצביים פונקציונלי הדינמיקה שלהם על פני כל מוֹחַ. Optogenetics מאפשר סוגי תאים מסוימים להיות ממוקדים לגירוי על ידי ההקדמה של ערוצי מוליכות הרגישים לאור טרנס-קרום, שנקרא opsins. אלמנטים ספציפיים של מעגלים עצביים הם מהונדסים גנטית כדי לבטא הערוצים הללו, מה שמאפשר אפנון-זמנים אלפית השנייה של הפעילות ללא פגע במוח 1-15. fMRI מספק שיטה לא פולשנית של קביעת התגובה הדינמית הגלובלית של המוח לגירוי optogenetic של מעגלים עצביים ספציפיים באמצעות המדידה התלויה-דם-חמצן ברמה (BOLD) האות 16-18, אשר מספקת מדידה עקיפה של פעילות עצבית.
השילוב של שתי הטכניקות הללו, כינת תהודה מגנטית תפקודית optogenetic (ofMRI), יש יתרון על פני שיטות אחרות של פעילות מוח הקלטה במהלך גירוי כגון אלקטרופיזיולוגיה כי זה יכול לספק מבט של המוח כולו ברזולוציה מרחבית גבוהה יחסית. זה מאפשר זיהוי של פעילות עצבית בתגובה לגירוי ממוקד במרחקים גדולים מהאתר של גירוי ללא הצורך בהשתלת אלקטרודות הקלטה פולשנית 1-11. ofMRI יש יתרון על פני השיטה המסורתית יותר של ביצוע גירוי חשמלי במהלך fMRI, אשר יכולה לגייס תאים מסוגים שונים ליד האלקטרודה ובכך לבלבל את ההשפעה הסיבתית של כל אוכלוסייה 19. בנוסף, האלקטרודות משמשים גירוי חשמלי והזרם שנוצר יכול לייצר חפצים במהלך ההדמיה MR 20. ואכן, ofMRI מאפשרת התצפית של ההשפעה על פעילות המוח העולמית מן modulati הספציפיעל מגוון רחב של סוגי תאים באמצעות השימוש בטכניקות מיקוד גנטי מתקדמות כגון מערכת Cre-לקס בחיות מהונדסות או שימוש יזמים. שליטה אופטית קומבינטורית עם ניטור המוח כולו אפשרית עם ofMRI באמצעות השימוש בשתי NpHR המעכבת ChR2 לרגש סוגי תאים מסוימים. ערכת כלי optogenetic הזמין לשימוש ofMRI גם משתפרות במהירות לאורך זמן עם ההקדמה של opsins עם או קינטיקה השתפר אור-רגישות מוגברות, של opsins פונקצית המדרגה התייצבה (SSFOs) או של opsins האדום העביר שעשויות לשלול את דרישת סיבים מושתלים אופטיקה, המאפשר גירוי בלתי פולשני במהלך ההדמיה 21. אפשרויות אלה אינן זמינות עם גירוי חשמלי.
עם זאת, ממצאי אות נובעות חימום רקמות עקב הצגת אור במוח דווחו 22, שם שינוי מושרה טמפרטורה של פעמי הרפיה הוכח לייצר pseuלעשות הפעלה. חוקרים ביצוע ofMRI ולכן צריך להיות מודע לבלבל את הפוטנציאל הזה. עם ההגדרה הנכונה ופקדים, הנושא ניתן לטפל. בנוסף, פתרון זמני נמוך יחסית של מדידת תגובת hemodynamic ב fMRI עשוי להיות גורם מגביל עבור יישומים מסוימים של טכניקה זו.
פרוטוקול זה ראשון מתאר את בניית שתלי סיבים האופטיים המאפשרים משלוח של אורכי גל מסוימים של אור עמוק לתוך המוח in vivo. פרוטוקול מכן מתאר את המסירה של וקטור ויראלי קידוד-opsin לאזור המוח מדויק באמצעות ניתוח stereotactic. הבא את הפרוטוקול מתאר את התהליך של MRI פונקציונלי המוח כולו במהלך גירוי האור בו זמנית. לבסוף, הפרוטוקול מתאר ניתוח נתונים בסיסי של הנתונים רכשו.
ראוי לציין, optogenetics המתואר כאן דורש שתל כרוני למסירת אור. עם זאת, שתלי סיבים האופטיים יציבים ביו-compatible, המאפשר סריקה וחקירת אורך של מעגלים עצביים על פני תקופה של חודשים 23,24.
לסיכום, גירוי מדויק ויכולת ניטור המוח כולו של ofMRI הם גורמים מכריעים בקבלת ofMRI כלי רב עוצמה ללימוד של connectomics של המוח. בנוסף, זה יכול לספק תובנה רומן לתוך המנגנונים של מחלות נוירולוגיות 25 כאשר מצמידים במודלים של בעלי חיים שונים. ואכן, ofMRI נעשה שימוש כדי להבהיר את פעילות הרשת של אזורי משנה בהיפוקמפוס שונים הקשורים התקפים 8. לכן, מעבדות מעוניינות לענות על שאלות הנוירולוגיה מערכות ברמה תמצאנה טכניקה זו של חשיבות.
Motion של הנושא במהלך ההדמיה מהווה מקור משמעותי של חפץ שניתן להוביל לפגם בנתונים. כראוי אבטחת החיה על ערש ההדמיה יכולה למזער חפצים כגון יהיה שמירה על רמות הרדמה מתאימות. הנה, השתמשנו isoflurane אבל הרדמה חלופית, כגון medetomidine או קטמין ו xylazine, צריך להיות גם נחשב. עם זאת, הרמות והבחירה של הרדמה יכולות להשפיע פרמטרים רבים במוח, כולל תגובת BOLD 28. Isoflurane יכול לגרום לשינויים רגישים עצבי 29. הרדמה אחרת גם יכולה להשפיע עיכוב סינפטי GABA 30. לכן, הבחירה של הרדמה חשובה בעת ביצוע ofMRI נתון ויכולתה להשפיע על פעילות עצבית. ofMRI בהעדר ההרדמה אפשרי אבל יכול להיות מאתגר עם תנועה מוגברת מן החי, אשר יכול להיות מופחת אם החיה היא מורגל; כגון מחקרי ofMRI ערים בוצעו בעברnd ימנע את ההשפעה של בלבול הרדמה על המוח 9,10. תיקון תנועת אלגוריתמים לאחר עיבוד יכולים לשמש כדי למתן את ההשפעות של תנועה מאוד. כמה שיטות אלה קיימים, כולל אלגוריתם גאוס-ניוטון ההופכי המועסקים פרוטוקול זה, אשר ממזער את סכום ריבועי עלות פונקציה של תמונת ייחוס ותמונה תחת תיקון. האלגוריתם הוא שימושי משום שהוא מאפשר תיקון תנועה מהיר חזק, באמצעות עיצוב פלטפורמה במקביל GPU כדי לקצר את זמן עיבוד 27.
לשיקום נתונים בפרוטוקול זה, תוכנות שנכתבו מותאם אישית בסביבת MATLAB שמשו שחזור gridding דו ממדים, שבו דגימות ספירלה משוחזרות ב k-שטח לדימויי gridded 31-33. נתוני סדרות עתיות נוצרו על ידי חישוב אפנון האחוזים של אות BOLD של כל יחסי voxel לתקופת הבסיס שנאספה לפני גירוי. ווקסלים שסדרת זמן היו synchronized לבלוקים של גירוי optogenetic עם ערך קוהרנטיות של 0.35 ומעלה הוגדרו ווקסלים מופעלים; ערך קוהרנטיות זו מקבילה לערך P פחות מ -10 -9 8. ערכי קוהרנטיות חושבו את הגודל התמר בתדר של מחזורי גירוי חזרו מחולקים הסכום-של-הריבועים של כל רכיבי התדר 8,27. שגיאת Familywise ניתן לשלוט באמצעות תיקון Bonferroni להשוואות מרובות. ניתן להשתמש בשיטות של ניתוח אלטרנטיבי, כולל בדיקות סטטיסטיות פרמטרית כגון מודלים ליניאריים כללי (GLMs). שיטת קוהרנטיות דורשת פחות ידע מוקדם של HRF בהשוואת לדגם ליניארי כללי הקונבנציונלי. לכן, זה יתרון כאשר בוחנים נתונים באמצעות ofMRI. עם זאת, שיטת קוהרנטיות ניתן להשתמש רק עבור נתונים עם עיצובים לחסום או את עיצובים הקשור לאירוע עם קבוע interstimulus מרווח אין להשתמש בנתוני ofMRI עם אירוע-רלה אחרטד עיצובים או עיצובים מעורבים. בהמשך לכך, דוגמנות סיבתי דינמית (DCM) ניתן להשתמש כדי לנתח אינטראקציות בין איזורים במוח שזוהו באמצעות ofMRI. DCM היא טכניקה סטטיסטית בייס פתחה לניתוח של קישוריות תפקודית מתגובות מערכת לתשומות ניסיוניות במהלך fMRI 34.
בעיות טכניות נוספות ofMRI נדונות כאן. עלולים להיפגע שתלים או לנפול, מה שמוביל את הסרת החיה המושפעת מן המחקר. Re-השתלת ניתוחים אינם מומלצים בשל אי ודאות הנוספת של מיקוד אותו ROI כמו ניתוח ההשתלה המקורי ובשל נושאי רווחת בעלי חיים. בגלל הכמות של זמן ומשאבים רבים מושקעים בכל מקצוע בעלי חיים, השיקול של כוחו של החומר הוא דאגה משמעותית בבחירת דבק דנטלי מתאים לשימוש במחקרים ofMRI. ניתוח ההשתלה מהווה גורם קריטי למקסם את תוחלת החיים של implant ובכפוף חיה. לדוגמא, על מנת להבטיח כי הגולגולת היא יבשה לפני החלת מלט השיניים והצבת כמות מספקת של מלט סביב שתל טבעת חזוק הקרמיקה יכולה להבטיח יציבות לאורך ציר זמן החודשים ארוכי הפוטנציאל של החיה במהלך תקופת המחקר. בנוסף, עיצובי כלוב חלופיים יכולים להיחקר ודן עם מתקן הטיפול בבעלי החיים המקומי כדי למנוע כלובים עם צמרות חוט החזקת המזון ומים, כי לעתים קרובות לבלוט לתוך הכלוב ולספק הזדמנויות החיה לפגוע השתל. חשוב לציין, מלט השיניים חייב להיות שנבחר בקפידה על מנת להפחית לכלוכים המשפיעים הדמיה ומלט חלופי יכולים להיבדק על ידי יישום על רוח רפאים והדמיה בתוך סורק לפני השימוש בניסויים בבעלי חיים. ניסוי וטעייה עם מכתיר שיניים שונים הראו כי הבטון להשתמש בפרוטוקול זה נותן חפצים מעטים יחסית. אתגר טכני נוסף בביצוע ofMRI הוא הדיוק של מיקום סיבים אופטיים על ROI המיועד, בהתחשב extrמרחקים קטנים emely שיכול להתקיים בין גרעינים במוח 35. לאחר השלים ניתוחי ההשתלה, סריקות אנטומיים משוקללים T2 יכולות לשמש כדי לקבוע מיקום נכון על ידי שכיסה על אטלס מוח. המיומנות של המנתח ותרגול ביצוע ניתוחים אלה יכול לשפר את שיעורי מיקום נכונים. סגולי והביטוי של opsin בבית ROI המיועד ניתן לאמת בסיומו של המחקר על ידי מרוססת החיה ותיקון במוח באמצעות אימונוהיסטוכימיה או הקרינה אנדוגני של חלבון כתב מתויג אל opsin לשם ויזואליזציה. חלבוני כתב אלה ניתן colocalized גם עם חלבונים אחרים על מנת להבטיח כי opsin מתבטא סוגי התאים העצביים הרצויים 1,8,15,25. כאמור, חפצים שיכולים להתעורר בעת ביצוע ofMRI עקב חימום רקמת משלוח אור 22. חימום הרקמות גורם שינוי של פעמי הרפיה, וכתוצאה מכך אות BOLD שווא. כדי להבטיח כי activation הנובע גירוי אור במהלך ofMRI אינו בשל חפץ זה, בקרות opsin השלילית צריכות להתבצע בו גם חיות מוזרקות מלוחות או חיות הזריקו וקטורי fluorophore המלא (כגון AAV-CaMKIIa-EYFP) עוברות ofMRI. בנוסף, בנויים היטב רק שתלי סיבים אופטיים עם יעילות העברת אור טובה צריכים לשמש כדי להסיר את הצורך להשתמש בכוחות ליזר גבוהים. מחקרי ofMRI בוצעו הפעלה אשר שווא עקב חימום רקמות לא הייתה בעיה 1,6-8,10,11.
לגבי הבחירה של וקטור להציג את גני optogenetic הנדרשים לתוך הנוירונים לביטוי, AAVs אינם ידוע לגרום למחלה בבני אדם ולכן הם אופציה נוחה, בהינתן רמת הבטיחות הביולוגית הנמוכה נדרשה להשתמש בתכשירים אלו (BSL-1). בנוסף, מספר רב של ליבות וקטור לשאת AAVs ארוז עם גני optogenetic שונים במלאי ועם קפסיד מרובה. סרוטיפ של AAV חייב להיבחר בased על יעד אוכלוסיית תאים שנועד להבטיח רמות ביטוי אופטימליות 36,37. Lentiviruses יכול לשמש גם, אך דורש רמת בטיחות ביולוגית גבוהה. פרק הזמן הנדרש עבור ביטוי מספיק של גני optogenetic הוא משתנה בהתאם לדגם חיה המסוים, על AAV מסוים בשימוש על הפרדיגמה הניסוי הספציפי. בפרוטוקול זה, חולדות ספראג Dawley ב -11 שבועות משמשות ומחקרי optogenetic להתחיל ארבעה עד שישה שבועות לאחר הזרקת וירוס. עכברים טרנסגניים יכולים לשמש גם במחקרים optogenetic. יש צורך לבצע ניסויים ניסיוניים לקביעת הסכום המסוים של הזמן הנדרש עבור ביטוי מספיק של opsins. פרדיגמות גירוי יכולות להשתנות בהתאם opsin הספציפי בשימוש. בפרוטוקול זה, AAV5-CaMKIIa-hChR2 (H134R) -EYFP משמש ואת הפרדיגמה גירוי הוא 20 שניות על / 40 שניות מנוחה. אם אתה משתמש SSFO, הפרדיגמה הגירוי תשתנה בגלל SSFO דורש דופק אור קצר רק כדי להיות activated ואז דופק אור קצר באורך גל אחר יופסק.
דאגה קריטית נוספת בעת ביצוע ofMRI מונע זליגת אור מממשק שתל טבעת חזוק עם הכבל אופטי תיקון סיבים במהלך גירוי optogenetic למנוע אות מוח מבלבלת שמקורם גירוי חזותי, גם כאשר החיה היא מורדם. קונוסים של הקלטת חשמל שחור יכול לשמש כדי לחסום את האור מן ferrules וכדי לכסות את העיניים של החיה. חשוב לציין, ערכים פיסיולוגיים כוללים טמפרטורת CO 2 וגוף נשיפה של הנושא חייבים להיות מתוחזק כראוי לאורך כל תקופת ההדמיה. CO 2 הנשיפה צריך להישמר בין 3 – 4% ואת טמפרטורת הגוף על 37 מעלות צלזיוס. בנוסף, רצפי shimming להפחית הומגניות ככל האפשר בשדה המגנטי לפני תחילת ofMRI סורק מאוד קובע את איכות נתוני BOLD שהתקבלו. פיקוח על גורמים אלההוא קריטי בהפקת נתוני ofMRI אמינים. בפרוטוקול זה, לייזרים DPSS משמשים כמקור האור לגירוי optogenetic. בגלל אור הלייזר הוא עקבי, יותר כוח מספיק יכול להיות מסופק בקלות דרך סיבים אופטיים. מקורות אור LED מצמידים סיבים אופטיים זמינים מיצרנים מסחריים, אבל יש את החסרון של כוח ירדה של העברת אור. מקור אור לייזר דורש יישור כל כבל אופטי תיקון סיבים מסוים, אך עם תרגול, יישור שניתן להשיג זאת במהלך שניות עד דקות.
יישומים עתידיים של ofMRI כוללים שימוש opsins הדור הבא כגון opsins האדום העביר לאפשר גירוי פולשני במהלך הדמיה. בנוסף, השתלת MRI התואם EEG או אלקטרודות להקלטה דומה יחד עם שתל הסיבים האופטי עלולה לאפשר לרכישת נתונים ברזולוציה גבוהה זמניים בנוסף נתונים ברזולוציה מרחבית הגבוהים של MRI. ofMRI עם electrophysiolהקלטת ogical יכולה לספק מידע נרחב על הקישוריות התפקודית של המוח. לסיכום, את הכוח של ofMRI לפקח על כל המוח בתגובה לגירוי של אוכלוסיות תאים ספציפיים שהוגדרו על ידי זהות גנטית או אנטומי עושה ofMRI כלי קריטי להשתמש בחקר מחלות נוירולוגיות של connectomics של מוח בריא.
The authors have nothing to disclose.
This work was supported through funding from the NIH/NIBIB R00 Award (4R00EB008738), Okawa Foundation Research Grant Award, NIH Director’s New Innovator Award (1DP2OD007265), the NSF CAREER Award (1056008), and the Alfred P. Sloan Foundation Research Fellowship. J.H.L. would like to thank Karl Deisseroth for providing the DNA plasmids used for the optogenetic experiments. The authors would also like to thank Andrew Weitz and Mankin Choy for editing the manuscript and all the Lee Lab members for their assistance with the ofMRI experiments.
7 Tesla scanner | Agilent Technologies | Discovery MR901 System | |
Sprague Dawley rats | Charles River | Crl:SD | 11 weeks old |
fiber cleaver | Fujikura | CT-05 | |
multimode optical fiber | Thor Labs | AFS105/125Y | |
fiber stripper | Thor Labs | T08S13 | |
ceramic split sleeve | Precision Fiber Products | SM-CS1140S | |
epoxy glue | Thor Labs | G14250 | |
cotton-tipped applicators | Stoelting Co. | 50975 | |
multimode ceramic zirconia ferrules | Precision Fiber Products | MM-FER2002 | |
FC/PC multimode connector | Thor Labs | 30128C3 | |
fiber optic polishing disk | Precision Fiber Products | M1-80754 | |
aluminum oxide lapping sheet, 0.3 µm | Thor Labs | LFG03P | |
aluminum oxide lapping sheet, 1 µm | Thor Labs | LFG1P | |
aluminum oxide lapping sheet, 3 µm | Thor Labs | LFG3P | |
binocular biological microscope 40X-1000X | Amscope | B100 | |
laser safety glasses | Kentek | KXL-62W01 | |
473 nm DPSS laser | Laserglow | LRS-0473 | |
594 nm DPSS laser | Laserglow | LRS-0594 | |
Allen hex wrench set | 2.0 mm (5/64") for alignment of fiber tip to focal point of coupler in the laser | ||
power meter, Si Sensor, 400-1100 nm | Thor Labs | PM121D | |
Isoflurane (Isothesia) | Henry Schein | 50033 | |
isoflurane vaporizer with induction chamber | VetEquip | 901806 | |
NanoFil 100uL syringe | World Precision Instruments | NANOFIL-100 | |
UltraMicroPump with SYS-Micro4 Controller | World Precision Instruments | UMP3-1 | |
function generator | A.M.P.I. | Master-8 | |
small animal stereotax | David Kopf Instruments | Model 940 | |
Model 683 small animal ventilator | Harvard Apparatus | 550000 | |
Type 340 capnograph | Harvard Apparatus | 733809 | |
dental drill (rotary micromotor kit) | Foredom Electric Co. | K.1070 | |
ophthalmic ointment (Artificial Tears) | Rugby | 00536-6550-91 | |
instrument sterilizer | CellPoint Scientific | Germinator 500 | glass bead sterilizer |
antibiotic powder | Pfizer | NEO-PREDEF | neomycin sulfate, isoflupredone acetate and tetracaine hydrochloride |
buprenorphine painkiller | Hospira | NDC:0409-2012 | schedule III controlled substance , 0.3 mg/mL stock |