We describe a method to establish human enteroids from small intestinal crypts and colonoids from colon crypts collected from both surgical tissue and biopsies. In this methodological article, we present the culture modalities that are essential for the successful growth and maintenance of human enteroids and colonoids.
The epithelium of the gastrointestinal tract is constantly renewed as it turns over. This process is triggered by the proliferation of intestinal stem cells (ISCs) and progeny that progressively migrate and differentiate toward the tip of the villi. These processes, essential for gastrointestinal homeostasis, have been extensively studied using multiple approaches. Ex vivo technologies, especially primary cell cultures have proven to be promising for understanding intestinal epithelial functions. A long-term primary culture system for mouse intestinal crypts has been established to generate 3-dimensional epithelial organoids. These epithelial structures contain crypt- and villus-like domains reminiscent of normal gut epithelium. Commonly, termed “enteroids” when derived from small intestine and “colonoids” when derived from colon, they are different from organoids that also contain mesenchyme tissue. Additionally, these enteroids/colonoids continuously produce all cell types found normally within the intestinal epithelium. This in vitro organ-like culture system is rapidly becoming the new gold standard for investigation of intestinal stem cell biology and epithelial cell physiology. This technology has been recently transferred to the study of human gut. The establishment of human derived epithelial enteroids and colonoids from small intestine and colon has been possible through the utilization of specific culture media that allow their growth and maintenance over time. Here, we describe a method to establish a small intestinal and colon crypt-derived system from human whole tissue or biopsies. We emphasize the culture modalities that are essential for the successful growth and maintenance of human enteroids and colonoids.
ظهارة بطانة القناة الهضمية هي في التجديد المستمر. يتم تشغيل هذه العملية من خلال انتشار الخلايا الجذعية المعوية (ISCS) التي تنتج ذرية باستمرار ليحل محل بسرعة ظهارة الأمعاء كما أنه يقلب. يقتصر مقصورة التكاثري تضم ISCS إلى الجزء السفلي من الخبايا. وISCS تثير ذرية والتي تفرق في نهاية المطاف إلى الاستيعابية أو الأنساب إفرازية. الخروج من سرداب وعلى زغابة أو سطح البشرة، والخلايا تفرق تدريجيا كما تهاجر صعودا قبل تقشير في التجويف 1. ISCS تؤدي إلى كل أنواع الخلايا الظهارية المعوية بما في ذلك المعوية وخلايا microfold، وخلايا enteroendocrine، والخلايا الكأسية، وخلايا خصل والخلايا بانيت. ويتميز القولون عن طريق أقبية ممدود تتألف في معظمها من colonocytes والخلايا الكأسية، مع enteroendocrine متناثرة والخلايا خصل 2.
فيفو السابقين طريق مسدودتشكل أنظمة البنية أداة واعدة لدراسة صيانة ISC وتوازن الأنسجة المعوية. ومع ذلك، فمن الصعب الاعتماد على تقنيات زراعة الأنسجة لا ترد الظروف الفسيولوجية بالكامل والمكروية الظهارية في كثير من الأحيان تغيير 3،4. وكان تقدما كبيرا في مجال ISC إنشاء تقنيات زراعة الأنسجة للحفاظ على وتوسيع ISCS الفئران الفردية باستخدام عوامل النمو المحددة لاستبدال الإشارات المتخصصة المعوية العادية. وقد وصفت الظروف الثقافة على المدى الطويل عن طريق ساتو وآخرون، التي أقبية واحدة أو الخلايا الجذعية المعزولة من ظهارة الأمعاء تنمو لتشكيل هياكل الظهارية 3-الأبعاد بما في ذلك تشبه سرداب متعددة المجالات 5-7. هذه الهياكل ثلاثي الأبعاد تخضع الأحداث الانشطار لتوسيع باستمرار. ومن المثير للاهتمام، وجميع أنواع الخلايا المعوية محددة لالأنسجة المنشأ ويتم إنتاج وكذلك تنبثق في التجويف 8. عن طريق إدخال تعديلات على هذا النظام، الظهاريةيمكن أن تتولد organoids من المعدة والأمعاء الدقيقة والقولون. وبشكل أكثر تحديدا، organoids الظهاري من الأمعاء الدقيقة وenteroids 9، وتلك من القولون هي colonoids 9،10. وقد استخدمت هذه الأنظمة الثقافة عضي الظهارية لاختبار قدرة الخلايا وحيدة معزولة لتكون بمثابة الخلايا الجذعية في المختبر، وبالتالي اختبار "stemness" من الخلايا المعزولة 5،6،10-15. وقد استخدم باحثون آخرون كلا enteroids وcolonoids لدراسة وظيفة الخلايا الظهارية الفردية 16-21. وهكذا، والثقافات enteroid وcolonoid يمكن استخدامها لتقييم كل الجذعية والخلايا الجذعية غير وظائف وإعطاء نظرة جديدة في التفاعلات الخلوية الأساسية داخل الأمعاء.
في عام 2011، ولدت ساتو وزملاؤه الثقافة على المدى الطويل organoids الظهارية المستمدة من الأمعاء الدقيقة والقولون البشري 22،23. وإلى جانب الاختلافات في تكوين وسائل الإعلام، وenteroids الظهارية البشريةوcolonoids يحمل نفس خصائص نظيرتها الفئران. وعلاوة على ذلك، فإنها يمكن أن تتولد من الأنسجة المريضة مثل المريء والورم الحميد باريت أو غدية، والتليف الكيسي 22،24. enteroids الإنسان تشكل نظاما قيما لدراسة المعوية الجذعية خلايا الظهارية المخاطية والبيولوجيا، ويكون بمثابة نظام تجريبي جديد لدراسة علم وظائف الأعضاء الهضمي على حد سواء طبيعية وغير طبيعية 3.
نحن هنا وصف الأساليب لإنشاء enteroids وcolonoids من الأمعاء الدقيقة البشرية والخبايا القولون (الشكل 1). في هذا الاستعراض المنهجي، فإننا نؤكد على جمع سرداب من النسيج كله والخزعات. نحن ألخص طرائق الثقافة التي هي ضرورية لنمو ناجح وصيانة enteroids وcolonoids البشرية والاستراتيجيات الممكنة التجريبية التي قام بها هذا النموذج.
يوفر هذا الأسلوب نظام كامل استنساخ الأنساب الظهارية في الأمعاء وديناميكية الظهارية التي تشكل أداة مفيدة لدراسة البيولوجيا الظهارية في الأمعاء. تم تعديل طريقة المقدمة في هذه الوثيقة من دراسة الفئران الأصلية التي كتبها ساتو وكليفرز 22 الذي ينتج بكفاءة في enteroids البشرية وcolonoids. هنا، اخترنا يدويا الخبايا التي كتبها تسليخ مجهري لتجنب أي ملوثات الخلوية. يسمح هذا الأسلوب التصور المباشر من الخبايا ويؤدي إلى العمل الإضافي الاتساق مقارنة جمع سرداب الأصلي "الهز". وضعت مجموعات أخرى مماثلة التقنيات باستخدام أساليب مختلفة قليلا خصوصا استبدال عملية إزالة معدن ثقيل من EDTA مع كولاجيناز 25. وبالإضافة إلى الاختلافات في جمع سرداب، تلك التقنيات استخدام وسائل الإعلام تعريف ما هو مطلوب لزراعة enteroids الإنسان في الثقافة 22. لزيادة كفاءة النمو في سرداب البذر، ونضيف إلى مثبط GSK3 (CHIR99021)لأول يومين 12.
التعامل مع الأنسجة أو الخزعات مهم ويجب أن يتم تنفيذ العزل سرداب بمجرد وصول الأنسجة في المختبر. ومع ذلك، يمكن أن يؤديها تأخر العزلة سرداب والثقافة ما يصل إلى 24 ساعة بعد جمع الأنسجة (لا تظهر البيانات) كما هو موضح سابقا للأنسجة الفئران 26. يجب وضع الأنسجة المعوية في أنبوب مخروطي شغل تماما مع DPBS لتجنب انقطاع الأنسجة وينبغي الحفاظ على 4 درجات مئوية. إعداد تأخر يسمح للشحن الأنسجة ولكن ينبغي تجنب اختلاف درجة الحرارة أثناء النقل. الوقت الكلي اللازم لتصفيح سرداب الأولي حوالي 2 ساعة مع 15 إلى 30 دقيقة لمعالجة الأنسجة و1 إلى 2 ساعة لعزل وصفيحة سرداب. وتسليخ مجهري من النسيج هو المحدد الحاسم والمسند من إعداد سرداب نظيفة. ومع ذلك، وإطلاق سراح سرداب باليد يهز كما هو موضح في مختلف البروتوكولات ممكن 22،23.
وعلى الرغم من التشابه مع نظام enteroid الفئران (enteroids)، وenteroids البشرية تتطلب جزيئات محددة لتعزيز ودعم نموها مع مرور الوقت. عوامل النمو، وتستخدم EGF، رأس، R-spondin على غرار organoids الظهارية الفئران. ومع ذلك، فإن استخدام WNT-3A أمر بالغ الأهمية. لاحظنا أن تشكيل فضلا عن كفاءة نمو أكبر باستخدام وسيلة مكيفة WNT-3A من البروتين المؤتلف البشري. وفي الوقت نفسه، أثبتنا تحسين ظروف التربية باستخدام المانع من كيناز الجليكوجين سينسيز 3 (CHIR99021) 12. يمكن الاستعاضة عوامل النمو المؤتلف من قبل WNT-3A، R-spondin، ورأس مكيفة وسائل الاعلام. خط L-خلية معربا عن WNT-3A-متاح تجاريا (آي تي سي سي). وقد وضعت مجموعات أخرى R-spondin 1- 23،27، Noggin- 19، وWNT-3A / R-spondin3 / 28 Noggin- يعبرون عن خطوط الخلايا. وتستخدم اثنين من مثبطات جزيء صغير في الثقافة ليهي ديا وضروري للحفاظ على ثقافة 29. A-83-01 هو المانع الانتقائي للتحويل β عامل نمو وActivin / مستقبلات العقدية (activin مثل كيناز 4، 5، 7) وSB202190 هو تنشيط mitogen-P38 بروتين كيناز المانع (MAPK). وقد استخدمت كل من مثبطات على التوالي للحفاظ البشرية الناجمة عن الخلايا الجذعية المحفزة التجديد الذاتي وإنشاء الخلايا المحفزة ساذجة الإنسان الجذعية 30-32. أيضا، نيكوتيناميد، تمهيدا لثنائي النوكليوتيد الأدينين نيكوتيناميد، مطلوب للحفاظ على enteroids والتوسع colonoids بطريقة طويلة الأجل 22،29.
وعملية إزالة معدن ثقيل EDTA خطوة هامة كما أنه يحدد العائد من إعداد سرداب. وقد نجحنا مع 2 العلاج ملي EDTA. ومع ذلك، والتركيز EDTA يمكن تعديلها من 2 مم إلى 15 مم فيما يتعلق بنوع من الأنسجة. في هذه الحالة، والوقت من الحضانة يجب أن تحدد تجريبيا. بعد الطلاء الأولي، فإن سرداب ذهابا وشp و في نهاية المطاف تشكل enteroids. ومع ذلك، فإن enteroids أو colonoids غالبا ما يبرهن على وجود "وقف" النمط الظاهري من خلال تشكيل المجالات مع قليل من أي خلايا متباينة. في هذه الحالة، يمكن البدء التمايز من خلال سحب WNT-3A، نيكوتيناميد والمانع P38 MAPK. استخدام الشق المانع مثل DAPT أو DBZ يساعد على تعزيز التمايز داخل enteroids 22.
هذا النموذج يلخص علم وظائف الأعضاء في الأمعاء مع الأحداث في مهدها سرداب المستمرة الناشئة عن حجرة الخلايا الجذعية وكذلك المجالات الظهارية مثل زغابة التي تحتوي على حد سواء الاستيعابية وإفرازية متباينة الأنساب. ومن المثير للاهتمام، وهذا النظام لا يحتوي على أية خلايا اللحمة المتوسطة ويستخدم وسائل الاعلام الظروف المحددة لتلبية متطلبات إشارة المتخصصة.
مثل نموذج الفئران، يمكن أن تتولد enteroids الإنسان من الخلايا الظهارية المعوية المعزولة لاختبار قدرة هذه الخلايا لتكون بمثابة الخلايا الجذعية. سفوقد استخدمت الدراسات راؤول مجموعة من علامات التمايز (CD44، CD24 أو CD166) والخلايا إيجابية EPHB2 لإثراء للخلايا الجذعية مع خصائص 12،23،33. معا، وهذه الدراسات تظهر فائدة enteroids البشرية الثقافات لاختبار stemness. باحثون آخرون يستخدمون هذا النموذج للتحقيق في الأمراض المعوية مثل الإسهال والأمراض المعدية، والتليف الكيسي، أو سرطان القولون والمستقيم 22،34-37. وتبين هذه الدراسات أن enteroids البشرية تشكل نموذجا الأمراض التي تصيب البشر يمكن الاعتماد عليها مع وجود إمكانية للتحرك نحو فحص شخصية. enteroids الإنسان يمكن تعديلها وراثيا باستخدام ترنسفكأيشن DNA أو العدوى مع الجسيمات الفيروسية 38. وهذا يوفر أداة قوية لدراسة وظائف الجينات المحددة ضمن organoids الظهاري البشري أو الطفرات الوراثية الصحيحة. مؤخرا، أظهرت شوانك وزملاؤه إمكانية لتحرير الجينوم مع كريسبر / نظام Cas9 وتصحيح طفرة على ميلان تسبب CFTR الجينالتليف ystic 24. enteroids الإنسان تشكل نظاما قيما لدراسة المعوية الجذعية خلايا الظهارية المخاطية والبيولوجيا، ويكون بمثابة نظام تجريبي جديد لدراسة علم وظائف الأعضاء الهضمي على حد سواء طبيعية وغير طبيعية.
The authors have nothing to disclose.
We gratefully acknowledge Dr. Hans Clevers (Hubrecht Institute for Developmental Biology and Stem Cell Research, Netherlands) for the kind gift of TOPflash cells.
This project was supported in part by NIH-R01DK083325 (MAH); NIH P30 DK078392 (Digestive Health Center); NIH UL1RR026314 (CTSA).
Name of Reagent | Company | Catalog Number |
Dulbecco’s Phosphate buffered saline Ca2+, Mg2+ free (DPBS) | Life technologies; Gibco | 14190-144 |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | Sigma-Aldrich | 431788 |
Sorbitol | Fischer Scientific | BP439-500 |
Sucrose | Fischer Scientific | BP220-1 |
Bovine serum albumin (BSA) Fraction V | Fischer Scientific | BP1600-100 |
Gzntamycin/Amphotericin B solution | Life technologies; Gibco | R-015-10 |
Wnt-3A conditionned medium | in house | – |
Advanced DMEM/F12 | Life technologies; Gibco | 12634-028 |
HEPES 1M | Life technologies; Gibco | 15630-080 |
GlutaMAX (glutamine) | Life technologies; Gibco | 35050-061 |
Penicillin-Streptomycin (10,000 U/mL) | Life technologies; Gibco | 15140-148 |
N2 Supplement | Life technologies; Gibco | 17502-048 |
B27 Supplement | Life technologies; Gibco | 17504-044 |
N-Acetylcysteine | Sigma-Aldrich | A9165-5G |
Nicotidamide | Sigma-Aldrich | N0636 |
Matrigel, GFR, Phenol free (basement membrane matrix) | Corning | 356231 |
human recombinant Noggin | R&D | 6057-NG/CF |
human recombinant R-Spondin | Preprotech | 120-38 |
human recombinant EGF | Sigma-Aldrich | E9644-.2MG |
Y-27632 | Sigma-Aldrich | Y0503-1MG |
A-83-01 | Tocris | 2939 |
SB202190 | Sigma-Aldrich | S7067-5MG |
human [Leu]15-Gastrin 1 | Sigma-Aldrich | G9145-.1MG |
CHIR99021 | Stemgent | 04-0004 |
Thiazovivin | Stemgent | 04-0017 |
TrypLE Express Enzyme (1X), phenol red (cell dissociation enzyme) | Life technologies; Gibco | 12605-010 |
Fetal Bovine Serum | Life technologies; Gibco | 10082-147 |
CTS Synth-a-Freeze Medium (freezing medium) | Life technologies; Gibco | A13713-01 |
L Wnt-3A cell line | ATCC | CRL-2647 |
Renilla luciferase assay | Promega | E2710 |
human recombinant Wnt-3A | R&D | 5036-WN/CF |
HEK293 TOPflash cell line | – | – |