Beaucoup de nématodes sont associés avec des insectes, et leurs interactions hôte vont de bénéfique à préjudiciable. Ici, nous nous concentrons sur un groupe de nématodes qui sont des agents pathogènes d'insectes, aussi connu comme nématodes entomopathogènes (ou EPN). Deux familles de nématodes appartiennent à ce groupe de nematodes: Steinernematidae et Heterorhabditidae ^11,13. Leur effet pathogène est en effet conféré par leur interaction avec les bactéries entériques facultatives anaérobies (bactéries Xenorhabdus associent steinernematids et bactéries Photorhabdus associer à heterorhabditids) ^2. Les bactéries sont vectorisés d'un insecte hôte à un autre par la seule étape sans nématodes vivant, le mineur infectieux de la troisième étape (également connu sous le nom dauer juvénile, juvénile infectieux ou IJ), qui vit dans le sol. Une fois à l'intérieur de l'insecte, les nématodes libèrent les bactéries dans l'hémolymphe de l'insecte, qui tuent l'hôte de l'insecte par septicémie massif. Les bactéries aussidégrader les tissus de l'insecte et deviennent la source de nourriture des nématodes, ce qui leur permet de mûrir et de se multiplier. Habituellement, une ou deux générations de nématodes adultes sont produits dans le cadavre d'insecte. La descendance des dernières réassocie génération adulte avec quelques cellules bactériennes dans un plus spécialiser de manière que leur relation nutritionnel précédente, et de nourrir ces cellules dans leurs intestins comme ils se déplacent hors de la carcasse de l'insecte dans le sol où ils attendront un autre insecte à parasiter ^6,11,14 (Figure 1).

Depuis leur découverte en 1927, l'EPN ont été considérés comme des alternatives valables aux pesticides chimiques, car ils peuvent parasiter un large éventail d'insectes qui sont nuisibles agricoles ^3,4,5. Cependant, au cours des deux dernières décennies, ces nématodes et leurs bactéries symbiotiques ont été reconnus comme un système modèle pour l'étude malléable aspects biologiques, écologiques et évolutifs de l'hôte microbe INTERACTIONns ^14.

Le but de cette présentation est de montrer les méthodes et les techniques les plus couramment utilisées pour l'échantillonnage et l'isolement de l'EPN sol. Une variété d'outils est disponible et peut être utilisé pour prélever des échantillons de sol, y compris: carottiers du sol, truelles, pelles post-trous, tarières, des tubes d'échantillonnage, pelles à la main, entre autres (figure 2).

Selon le but de l'étude, deux stratégies d'échantillonnage peuvent être envisagées: a) stratifié, b) un échantillonnage aléatoire (Figure 3). L'échantillonnage stratifié est habituellement utilisé dans le cadre d'une étude intensive dans une zone déterminée ou démarquée sur une période de temps donnée. En général, un transect est démarquée et des échantillons de sol sont prélevés à des intervalles prévus dans le transect sur ​​une période de temps (figure 3A) ^15. L'échantillonnage aléatoire est généralement utilisé lorsqu'on se concentre sur une vaste zone. Cette stratégie d'échantillonnage a été utilisée pour étudier la diversité des EPN felon une grande surface ou d'une région géographique (figure 3B) ^12. Un certain nombre de facteurs peut être considéré en fonction de l'objet de l'étude, y compris un large éventail de hauteurs, textures de sol et des habitats (p. ex., Les champs cultivés, les forêts, les pâturages, parcs, bords de mer, les zones riveraines, etc.)

Nous montrons la technique de l'insecte-appâts, qui a été initialement décrit par Literie et Akhurst ¹ et représente une alternative simple et sélective pour la récupération de l'EPN à partir d'échantillons de sol. Il s'agit d'une procédure sélective qui est basée sur la prémisse que les nématodes (stade IJ) seront attirés par un insecte hôte et parasitent il. Cette technique peut également être envisagée pour l'isolement d'autres agents pathogènes tels que les insectes, les champignons et les bactéries ^8,10.

Nous démontrons également la technique de piège blanc modifié qui est utilisé pour récupérer la descendance des nématodes chez des hôtes d'insecte infectées ^7,14. Il s'agit d'un effort rencontréhod qui offre l'avantage de récupérer un «propre» nématode progéniture libre de débris des cadavres d'insectes dégradantes.

Enfin, les techniques décrites et présentées dans cet article correspondent à ceux conçus et / ou réalisés dans notre laboratoire ainsi que ceux décrits par divers collègues et collaborateurs.