2D و 3D كروموسوم اللوحة في البعوض الملاريا
Summary
الكروموسوم اللوحة هي طريقة مفيدة لدراسة تنظيم نواة الخلية وتطور karyotype. هنا، نظهر نهجا لعزل وتضخيم مناطق محددة ذات أهمية من كروموسومات البوليتين المفردة التي تستخدم لاحقا للفلورسنت ثنائي وثلاثي الأبعاد في التهجين الموقعي (FISH).
Abstract
الفلورسنت في التهجين الموقعي (FISH) من مسابير كروموسوم الذراع كله هو تقنية قوية لرسم خرائط المناطق الجينومية ذات الاهتمام، والكشف عن إعادة ترتيب الكروموسومات، ودراسة تنظيم ثلاثي الأبعاد (3D) من الكروموسومات في نواة الخلية. ظهور الليزر التقاط الالتصيع الدقيق (LCM) وتضخيم الجينوم كله (WGA) يسمح بالحصول على كميات كبيرة من الحمض النووي من خلايا واحدة. دفعتنا الحساسية المتزايدة لمجموعات WGA إلى تطوير دهانات الكروموسوم واستخدامها لاستكشاف تنظيم الكروموسوم وتطوره في الكائنات غير النموذجية. هنا، نقدم طريقة بسيطة لعزل وتضخيم شرائح euchromatic من الأسلحة كروموسوم البوليتين واحد من خلايا ممرضة المبيض من البعوض الملاريا الأفريقية Anopheles غامبيا. يوفر هذا الإجراء منصة فعالة للحصول على دهانات الكروموسوم ، مع تقليل الخطر العام لإدخال الحمض النووي الأجنبي إلى العينة. استخدام WGA يسمح لعدة جولات من إعادة تضخيم، مما أدى إلى كميات عالية من الحمض النووي التي يمكن استخدامها لتجارب متعددة، بما في ذلك 2D و 3D FISH. أثبتنا أن الدهانات الكروموسومية المطورة يمكن استخدامها بنجاح لإنشاء المراسلات بين الأجزاء euchromatic من أذرع الكروموسوم البوليتين والميتوتيك في An. gambiae. بشكل عام ، يوفر اتحاد LCM و WGA أحادي الكروموسوم أداة فعالة لإنشاء كميات كبيرة من الحمض النووي المستهدف للدراسات الجينية الخلوية والجينومية المستقبلية.
Introduction
الكروموسوم اللوحة هي تقنية مفيدة لدراسة تطور karyotypes 1-5 وتصور التشوهات الوراثية الخلوية عن طريق التهجين من الحمض النووي الصبغي المسمى فلوريا 1،6-8. يتم تطبيق هذه الطريقة أيضا على دراسة الديناميات ثلاثية الأبعاد لأقاليم الكروموسوم في التنمية 9 وعلم الأمراض 10. وتستخدم الدهانات الكروموسومية المسماة بشكل تفاضلي لتصور الفردية mitotic 11،12، meiotic 13،14، أو interphase غير البوليتين 15،16 وpolytene 9،11،17 الكروموسومات. ومن شأن وجود بروتوكول بسيط وقوي للحصول على دهانات الكروموسومات أن يكون مفيدا جدا في توسيع نطاق هذه التقنية لتشمل الكائنات الحية غير النموذجية، مثل البعوض. مجمع أنوفيليس غامبيا هو مجموعة من سبعة بعوض لا يمكن تمييزه من الناحية الشكلية يختلف في السلوك والتكيف، بما في ذلك القدرة على نقل الملاريا. هذه البعوض بمثابة نموذج ممتاز لفهم أفضل لتطور الأنواع ذات الصلة الوثيقة التي تختلف اختلافا كبيرا في قدرتها ناقلات. وقد أجريت معظم الدراسات الجينية الخلوية في بعوض الملاريا باستخدام كروموسومات متطورة وعالية تعدد الأضلاع (تمت مراجعتها في 18،19). سمحت أنماط الربط القابلة للقراءة لكروموسومات البوليتين للباحثين بإظهار الارتباط بين التقلبات المتعددة الأشكال والتكيفات البيئية في Anopheles gambiae 20. أيضا، وقد تم وصف الأنسجة محددة 21 والأنواع محددة 22 ملامح منظمة كروموسوم البوليتين 3D في مجمع An. macullipennis. ومع ذلك، يمكن أن توفر دراسة الكروموسومات ميتوتيك معلومات هامة إضافية. على سبيل المثال، ارتبط مستوى أعلى من تعدد الأشكال التريلوكروماتين لوحظ في الكروموسومات ميتوتيك مع انخفاض نشاط التزاوج والخصوبة في An. gambiae 23. قد يكون من الصعب تحديد المراسلات بين الأجزاء euchromatic من أذرع الكروموسومات المتعددة والميتوتيك فقط من خلال مقارنة أطوالها النسبية. وذلك لأن هيتيركروماتين تشكل جزءا كبيرا من الكروموسومات ميتوتيك, ولكن ممثلة تمثيلا ناقصا في الكروموسومات البوليتين 24. ومن شأن توافر الدهانات الكروموسومية لطاعوض الملاريا أن يسمح للباحثين بتوسيع الدراسات الجينية الخلوية بشكل كبير من خلال إدراج أنواع إضافية، مع تقليل التكلفة والوقت بشكل كبير في تحليلات تطور karyotypic والديناميات ثلاثية الأبعاد للكروموسومات في هذه المجموعة من الحشرات المهمة وبائيا.
من أجل الحصول على مساحات كبيرة من الكروموسومات ، أصبح الالتصاط الدقيق تقنية متكاملة للتلاعب وعزل مناطق محددة ذات أهمية للمكمل الكروموسومي. عندما يقترن تضخيم الجينوم كله (WGA)، يؤدي التشحم الدقيق في تطبيقات المصب قوية بما في ذلك FISH 11،12 وتسلسل الجينوم الجيل القادم 25-27. في السابق ، كانت التقنية تتطلب استخدام إبر التشتيت الدقيق المتخصصة التي كان لا بد من التحكم فيها يدويا من قبل مستخدم متمرس 28. أدى تقدم الالتصيع الدقيق لالتقاط الليزر (LCM) إلى أداة مبسطة أكثر ملاءمة لعزل الخلايا المفردة 29أو30 أو الكروموسومات الفردية 31-33 مع تقليل خطر التلوث. هذا النهج يسمح للمستخدم لدراسة التغايريات الوراثية والتشوهات الكروموسومية التي تحدث في خلايا واحدة، بدلا من المناظر الطبيعية توافق الآراء التي تنتج عن تجميع خلايا متعددة معا 34-36. وقد استخدمت أساليب متعددة لتضخيم الحمض النووي المنتجة من التشتيت الدقيق. DOP-PCR، وهي تقنية مفيدة لتضخيم تسلسل متكررة للغاية، وقد استخدمت لتضخيم الكروموسومات microdissected من الأنواع بما في ذلك جندب 37،ثعبان البحر الشوكي 38،والبلطي النيل 39. في الآونة الأخيرة ، أصبحت مجموعة GenomePlex WGA4 أحادية الخلية القائمة على PCR والتضخيم المتعدد القائم على الإزاحة (MDA) Repli-G Single Cell أدوات قيمة للتجارب التي تنطوي على التحليل الجيني للخلايا البشرية الفردية وكذلك الكروموسومات40-42، بما في ذلك أنظمة الكروموسوم B في الجنادب 37 والجراد 43. هذه المجموعات اثنين من كل مزايا وعيوب، ولكن تفوقهم الواضح فوق غيرها من أنظمة التضخيم المتاحة وقد ثبت 44.
كمية الحمض النووي التي يمكن الحصول عليها من كروموسوم واحد أو جزء كروموسوم أقل بكثير من تلك الموجودة في نواة كاملة. ولذلك فإن التجسيد الدقيق والتضخيم والتحليل اللاحق لكروموسوم واحد أكثر تحديا بكثير ، خاصة في الكائنات الحية ذات الجينوم الصغير كما هو الحال في Drosophila أو Anopheles. على الرغم من أن الدهانات قد تم تطويرها من كروموسومات صغيرة واحدة للإنسان 33 و دبور 45، فإن تجربة FISH الناجحة تتطلب عدة (على الأقل 10-15) كروموسومات ميتوتيك مبتزة صغيرة لذبابة الفاكهة 11. ومع ذلك، فإن القدرة على microdissect وتضخيم كروموسوم واحد سيكون من المهم ل(1) الحد من فرصة التلوث مع المواد من كروموسوم مختلف، (2) التقليل من عدد الاستعدادات الكروموسومية اللازمة للانصاع المجهري، (3) خفض النيوكليوتيدات والتعددية الهيكلية للعينة المشقوقة في كل من FISH وتسلسل تطبيقات المصب. الكروموسومات البوليتين وجدت في العديد من الأنواع Dipteran توفر فرصة فريدة من نوعها للحصول على كمية أعلى بكثير بدءا من الحمض النووي. كما أنها توفر دقة أعلى وبنية كروموسوم لا يمكن تحقيقها من خلال استخدام الكروموسومات الميتوتيكية. يمكن أن تكون هذه الدقة المضافة حاسمة في تصور إعادة ترتيب الكروموسومات ، وهيكل الكروماتين ، وشرائح الكروموسومات ليتم تقسيمها 28،46.
هنا نقدم إجراء لعزل بكفاءة شريحة euchromatic من ذراع كروموسوم متعدد التين واحد، تضخيم الحمض النووي، واستخدامه في تطبيقات FISH المصب في البعوض الملاريا. أولا، نحن نطبق LCM لعزل واستخراج ذراع كروموسوم واحد من الشرائح الغشاء المعدة خصيصا. ثانيا، يستخدم WGA لتضخيم الحمض النووي من المواد المجهرية. ثالثا، نحن تهجين الحمض النووي تضخيمها في تجارب FISH لمستحضرات الاسكواش البوليتين 47،ميتافيزي والشرائح الكروموسوم بين المراحل 48،فضلا عن عينات جبل المبيض 3D كله. وقد تم هذا الإجراء لرسم بنجاح غالبية euchromatin في أذرع الكروموسومات من An. غامبيا .
Protocol
Representative Results
Discussion
هناك خطوات متعددة حاسمة لتضخيم الحمض النووي بنجاح من عينات كروموسوم البوليتين المصححة. يستخدم البروتوكول استخدام LCM ، وهي طريقة تزيد من الكفاءة الشاملة وتقلل من التعرض للحمض النووي الأجنبي عن طريق إزالة تفاعل الأدوات المادية مع العينة. ومع ذلك ، فإن تضخيم الحمض النووي الأجنبي لا يزال أكبر عثرة محتملة لهذه التجربة. وبالتالي ، خلال العملية برمتها ، من الضروري الحفاظ على العينات محمية من التلوث. طوال مراحل إعداد الشريحة والتشريح الدقيق ، من الضروري غسل إبر تشريح الإيثانول ، والشرائح ، وقسائم الغطاء ، وكذلك مساحة العمل. كما ينصح بمعالجة الأشعة فوق البنفسجية لجميع المعدات المعمول بها (الإبر والشرائح والأغطية) قبل الاستخدام.
الغشاء على الشرائح تشريح يجعل انتشار الكروموسومات صعبة للغاية. من المهم استخدام المزيد من المبيض (نصف إلى زوج كامل من المبيضين) عند إجراء هذه الشرائح ، لتوفير فرصة أكبر للعثور على نواة منتشرة بشكل جيد. كما يوصى باستخدام الأنسجة الطازجة عند صنع الشرائح ، حيث يبدو أن معدلات التضخيم تنخفض مع تقدم الأنسجة في سن 49 وانتشار الكروموسومات يصبح أكثر تحديا. إعداد الشرائح للقسمة الدقيقة هو الخطوة الأكثر استهلاكا للوقت في هذا البروتوكول. يجب أن تنتشر الكروموسومات بشكل جيد لتجنب الاستحواذ العرضي على المواد غير المرغوب فيها. تلطيخ Giemsa يسمح للمستخدم للتحقق من جودة انتشار مع المجهر النقيض المرحلة قبل استخدام نظام microdissection.
ويتيح الجمع بين التحلل الدقيق والتضخيم الفرصة لاستخراج وتحليل الأجزاء الكروموسومية التي تتراوح أحجامها بين المناطق الصغيرة ذات الأهمية وأغلبية الأسلحة. يسمح هذا البروتوكول للمستخدم بالحصول على الحمض النووي من مناطق متميزة شكليا مثل الانعكاسات والعصابات euchromatic محددة وinterbands، التيلومريك، المركزية والتكلساتين. يمكن للمستخدم تطبيق مسابير اللوحة المتولدة لفحص الكروموسومات الشاذة ، أو دراسة الأوهام بين الأنواع في loci معينة ، أو توصيف التنظيم المكاني للكروموسومات في نواة ثلاثية الأبعاد سليمة. لتطوير الدهانات الكروموسومية، اخترنا شرائح euchromatic لتجنب تهجين الحمض النووي المتكررة مع مناطق الكروموسومات متعددة. ونتيجة لذلك، حصلنا على لوحة خاصة بالذراع دون استخدام منافس، مثل الحمض النووي الجينومي الكلي أو كسر الحمض النووي C0t-1.
اخترنا استخدام GenomePlex WGA ومجموعات REPLI-G استنادا إلى المراجعات التي قارنت معدل الكفاءة والتسرب من مجموعات تضخيم متعددة 40،44. وكان أداء المجموعتين أفضل من بين الأساليب المتاحة في كل من معدل التسرب (كان معدل الجينومPlex 12.5٪ مقارنة مع REPLI-g 37.5٪) في 2012. ونسبة العلامات المضخمة (كان لدى GenomePlex معدل تضخيم 45.24٪ مقابل 30.0٪ في REPLI-g) 40.كما قدمت مجموعة GenomePlex كمية أعلى من الحمض النووي ، وبالتالي جعلها مرشحا أفضل لتقنيات المصب المتعددة. كما تتوفر أيضا مجموعة أدوات لإعادة تضخيم نظام جينومبلس، مما يسمح بمزيد من تضخيم الحمض النووي. ومع ذلك ، من المهم أن نلاحظ أن التضخيم ليس مثاليا. يبقى الاحتمال أن التضخيم الناجح يمكن أن يدخل أخطاء أو يكون له تحيز نحو loci محددة في الحمض النووي المستهدف. ومن المهم النظر في حجم الجزء النهائي من أساليب تضخيم الجينوم المتاحة. ينتج عن تجزئة GenomePlex مكتبة ذات أجزاء تتراوح بين 200-500 نقطة أساس ، في حين تنتج مجموعة REPLI-g أجزاء من الحجم حوالي 10-20 كيلوبايت. والتطبيق المقصود لهذا البروتوكول في المصب هو FISH، مما يجعل مجموعة GenomePlex خيارا أكثر جدوى، لأنها توفر حجم الشظايا المطلوب والقدرة على تسمية شظايا الحمض النووي مباشرة من خلال WGA. يجب تجزئة جزيئات الحمض النووي الطويلة التي تنتجها تضخيم REPLI-g في رد فعل وضع العلامات على ترجمة في المصب.
تم تكييف هذا البروتوكول لتضخيم الحمض النووي بنجاح من ذراع كروموسوم بوليتين واحد. تتطلب البروتوكولات الأخرى تجميع العديد من شظايا الكروموسوم (عادة 10-30) من أجل تضخيم العينة بنجاح 7و11و28و40. على الرغم من أن تجميع الكروموسومات المتعددة ممكن باستخدام طريقتنا ، إلا أن زيادة احتمال تلوث العينة يؤكد على أهمية بدء التجربة مع أقل عدد ممكن من الكروموسومات. إذا لم تتوفر كروموسومات البوليتين، يمكن تكييف بروتوكولنا للاستخدام في الكروموسومات الميتوتيكية. قد يكون من الضروري، ومع ذلك، لتجميع الكروموسومات 10-15 ميتوتيك قبل تضخيم لأسماك ناجحة 11. التحيز التضخيم هو أقل مع كميات عالية من بدء قالب الحمض النووي 50. توفر كروموسومات البوليتين حوالي 512 نسخة من تسلسل الحمض النووي الواحد و 1024 نسخة من تسلسلين متجانسين للحمض النووي. وبالتالي، فإن تجميع الكروموسومات ميتوتيك تساعد على زيادة الجودة الشاملة للمنتج الحمض النووي بعد تضخيم.
هذا الإجراء له العديد من الاستخدامات المحتملة في الدراسات الجينية الخلوية والجينومية. هنا، استخدمنا دهانات الكروموسوم لإنشاء المراسلات بين شرائح euchromatic من الأسلحة الكروموسوم البوليتين والميتوتيك في An. غامبيا. ويمكن تطبيق نفس المسابير اللوحة على توصيف الخلوية من خطوط الخلية الغامبية. إعادة ترتيب الجينوم واسعة النطاق والتغيرات في أعداد الكروموسومات هي السمات الشائعة لخطوط الخلية 51،52. تم الكشف عن الأنوبلويدية، والتعددية، وإعادة ترتيب الكروموسومات مثل عمليات النقل، والانقلابات، والحذف، والكروموسومات الحلقية في خطوط خلايا البعوض المختلفة 53،54. وقد أظهرت الملاحظات الجينية الخلوية الكلاسيكية 55 ورسم الخرائط الفيزيائية 56 حدوث انتقالات كروموسومية كاملة الذراع في تطور بعوض الملاريا. لذلك، يمكن استخدام المواد الممسوصة بالميكروستات جنبا إلى جنب مع تجارب FISH لمقارنة التماثل في المناطق الكروموسومية بين الأنواع. لقد نجحنا في تنفيذ 3D FISH مع مسبار 2R-painting على كروموسومات البوليتين في خلايا ممرضة المبيض الكاملة. هذه الطريقة سوف تسهل تتبع مسارات الكروموسوم ودراسة العمارة النووية في أنوفيليس. تقنيات مثل dna genotyping 57،58، الجيل التالي من تسلسل الجينوم 26،27، المادية وتطوير خريطة الربط ، وتوليد من تحقيقات للكروموسوم اللوحة 33،59 يمكن أن تستفيد جميع من التشحم الدقيق الذراع والمنطقة محددة. من خلال الجمع بين تكنولوجيا LCM والنهوض WGA خلية واحدة، ونحن نظهر كفاءة، وطريقة عملية لإنتاج كميات معقولة من الحمض النووي من ذراع كروموسوم البوليتين واحد.
Divulgaciones
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
وقد تم دعم هذا العمل من خلال منحة من المعاهد الوطنية للصحة 1R21AI094289 إلى إيغور ف. شاراخوف
Materials
| Acetic acid | Fisher Scientific | A491-212 | |
| Methanol | Fisher Scientific | A412-4 | |
| Propionic acid | Sigma-Aldrich | 402907 | |
| Membrane slides 1.0 PET | Zeiss | 415190-9051-000 | |
| Buffer tablets “GURR” | Life Technologies | 10582-013 | |
| KaryoMAX Giemsa Stain | Life Technologies | 10092-013 | |
| ThermoBrite Slide Denaturation/Hybridization System | Abbott Molecular | 30-144110 | |
| Vacufuge vacuum concentrator | Eppendorf | 22820001 | |
| Spectroline Microprocessor-Controlled UV Crosslinker XL-1000 | Fisher Scientific | 11-992-89 | |
| Thermo Scientific NanoDrop | Fisher Scientific | ND-2000 | |
| REPLI-g Single Cell Kit | Qiagen | 150343 | |
| GenomePlex Single Cell Kit (WGA4) | Sigma-Aldrich | WGA4-10RXN | |
| GenomePlex WGA Reamplification Kit (WGA3) | Sigma-Aldrich | WGA3-50RXN | |
| MZ6 Leica stereomicroscope | Leica | VA-OM-E194-354 | A different stereomicroscope can be used |
| Olympus CX41 Phase Microscope | Olympus | CX41RF-5 | A different phase microscope can be used |
| PALM MicroBeam Laser Microdissection Microscope | Zeiss | ||
| Thermomixer | Eppendorf | 22670000 | |
| 10x PBS | Invitrogen | P5493 | |
| 50x Denhardt’s solution | Sigma-Aldrich | D2532 | |
| 99% Formamide | Fisher Scientific | BP227500 | |
| Dextran sulfate sodium salt | Sigma | D8906 | |
| 20x SSC buffer | Invitrogen | AM9765 | |
| ProLong Gold antifade reagent with DAPI | Invitrogen | P-36931 | |
| dATP, dCTP, dGTP, dTTP | Fermentas | R0141, R0151, R0161, R0171 | |
| Cy3-dUTP, Cy5-dUTP | GE Healthcare | PA53022, PA55022 | |
| BSA | Sigma-Aldrich | A3294 | |
| DNA polymerase I | Fermentas | EP0041 | |
| DNase I | Fermentas | EN0521 | |
| Spermine | Sigma-Aldrich | S3256-1G | |
| Spermidine | Sigma-Aldrich | S0266-1G | |
| Potassium Chloride (KCl) | Fisher Scientific | BP366-500 | |
| Sodium Chloride (NaCl) | Fisher Scientific | BP3581 | |
| EGTA | Sigma-Aldrich | E0396-25G | |
| PIPES | Sigma-Aldrich | P6757-25G | |
| EDTA | Fisher Scientific | S311-500 | |
| Digitonin | Sigma-Aldrich | D141-100MG | |
| Triton-X100 | Fisher Scientific | BP151-100 | |
| AdhesiveCap 500 clear | Zeiss | 415190-9211-000 | |
| QIAamp DNA Micro Kit (50) | Qiagen | 56304 | |
| Genomic DNA Clean and Concentrator Kit | Zymo Research | D4010 | |
| 37% Paraformaldehyde | Fisher Scientific | F79-500 |
Referencias
- Ried, T., Schrock, E., Ning, Y., Wienberg, J. Chromosome painting: a useful art. Human molecular genetics 7. , 1619-1626 (1998).
- Yang, F., et al. Reciprocal chromosome painting illuminates the history of genome evolution of the domestic cat, dog and human. Chromosome Res. 8, 393-404 (2000).
- Badenhorst, D., Dobigny, G., Robinson, T. J. Karyotypic evolution of hapalomys inferred from chromosome painting: a detailed characterization contributing new insights into the ancestral murinae karyotype. Cytogenet Genome Res 136. , 83-88 (2012).
- Trifonov, V. A., et al. Chromosomal evolution in Gekkonidae. I. Chromosome painting between Gekko and Hemidactylus species reveals phylogenetic relationships within the group. Chromosome Res. 19, 843-855 (2011).
- Nie, W., et al. Chromosomal rearrangements and karyotype evolution in carnivores revealed by chromosome painting. Heredity (Edinb. , 108-1017 (2012).
- Guan, X. Y., et al. Detection of chromosome 6 abnormalities in melanoma cell lines by chromosome arm painting probes). Cancer Genet Cytogenet. 107, 89-92 (1998).
- Guan, X. Y., et al. Characterization of a complex chromosome rearrangement involving 6q in a melanoma cell line by chromosome microdissection. Cancer genetics and cytogenetics 134. , 65-70 (2002).
- Breen, M., et al. Detection of equine X chromosome abnormalities in equids using a horse X whole chromosome paint probe (WCPP). Vet J. 153, 235-238 (1997).
- Kokhanenko, A. A., Anan’ina, T. V., Stegniy, V. N. The changes in chromosome 6 spatial organization during chromatin polytenization in the Calliphora erythrocephala Mg. (Diptera: Calliphoridae) nurse cells. Protoplasma 250. , 141-149 (2013).
- Timme, S., et al. Nuclear position and shape deformation of chromosome 8 territories in pancreatic ductal adenocarcinoma. Anal Cell Pathol (Amst. 34, 21-33 (2011).
- Drosopoulou, E., et al. Sex chromosomes and associated rDNA form a heterochromatic network in the polytene nuclei of Bactrocera oleae (Diptera: Tephritidae). Genetica. 140, 169-180 (2012).
- Pazian, M. F., Shimabukuro-Dias, C. K., Pansonato-Alves, J. C., Oliveira, C., Foresti, F. Chromosome painting of Z and W sex chromosomes in Characidium (Characiformes). Crenuchidae). Genetica. 141, 1-9 (2013).
- Howe, E. S., Murphy, S. P., Bass, H. W. Three-dimensional acrylamide fluorescence in situ hybridization for plant cells. Methods Mol Biol 990. , 53-66 (2013).
- Lysak, M. A., Mandakova, T. Analysis of plant meiotic chromosomes by chromosome painting. Methods Mol Biol 990. , 13-24 (2013).
- Ji, Z., Zhang, L. Chromosomics: detection of numerical and structural alterations in all 24 human chromosomes simultaneously using a novel OctoChrome FISH assay. J Vis Exp. 10, (2012).
- Idziak, D., et al. Painting the chromosomes of Brachypodium: current status and future prospects. Chromosoma. 120, 469-479 (2011).
- Fuchs, J., Kuhfittig, S., Reuter, G., Schubert, I. Chromosome painting in Drosophila. Chromosome Res. 6, 335-336 (1998).
- Zhimulev, I. F. . Morphology and structure of polytene chromosomes. 34, 1-490 (1996).
- Sharakhov, I. V., Sharakhova, M. V. in Chromosome Mapping Research Developments eds. J.F. Verrity & L.E. Abbington) (Nova Science. , (2008).
- Coluzzi, M., Sabatini, A., Torre, d. e. l. l. a., Di Deco, A., A, M., Petrarca, V. A polytene chromosome analysis of the Anopheles gambiae species complex). Science. 298, 1415-1418 (2002).
- Stegnii, V. N. Systemic reorganization of the architectonics of polytene chromosomes in the onto- and phylogenesis of malaria mosquitoes. Genetika. 23, 821-827 (1987).
- Stegnii, V. N. Systemic reorganization of the architectonics of polytene chromosomes in the onto- and phylogenesis of malarial mosquitoes. II. Species specificity in the pattern of chromosome relations with the nuclear envelope of nutrient ovarian cells. Genetika. 23, 1194-1199 (1987).
- Bonaccorsi, S., Santini, G., Gatti, M., Pimpinelli, S., Colluzzi, M. Intraspecific polymorphism of sex chromosome heterochromatin in two species of the Anopheles gambiae complex. Chromosoma. 76, 57-64 (1980).
- Zhimulev, I. F. Polytene chromosomes, heterochromatin, and position effect variegation. Adv Genet. 37, 1-566 (1998).
- Seifertova, E., et al. Efficient high-throughput sequencing of a laser microdissected chromosome arm. BMC Genomics. 14, 1471-2164 (2013).
- Weise, A., et al. High-throughput sequencing of microdissected chromosomal regions. European journal of human genetics. EJHG. 18, 457-462 (2010).
- Murphy, S. J., et al. Mate pair sequencing of whole-genome-amplified DNA following laser capture microdissection of prostate cancer. DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 19. , 395-406 (2012).
- Moshkin, Y. M., et al. Microdissection and sequence analysis of pericentric heterochromatin from the Drosophila melanogastermutant Suppressor of Underreplication. Chromosoma. 111, 114-125 (2002).
- Decarlo, K., Emley, A., Dadzie, O. E., Laser Mahalingam, M. capture microdissection: methods and applications. Methods Mol Biol 755. , 1-15 (2011).
- Iyer, E. P., Cox, D. N. Laser capture microdissection of Drosophila peripheral neurons. J Vis Exp. 10, (2010).
- Kubickova, S., Cernohorska, H., Musilova, P., Rubes, J. The use of laser microdissection for the preparation of chromosome-specific painting probes in farm animals. Chromosome Res. 10, 571-577 (2002).
- Fukova, I., et al. Probing the W chromosome of the codling moth, Cydia pomonella, with sequences from microdissected sex chromatin. Chromosoma. 116, 135-145 (2007).
- Thalhammer, S., Langer, S., Speicher, M. R., Heckl, W. M., Geigl, J. B. Generation of chromosome painting probes from single chromosomes by laser microdissection and linker-adaptor PCR. Chromosome Res. 12, 337-343 (2004).
- Sims, C. E., Allbritton, N. L. Analysis of single mammalian cells on-chip. Lab on a chip 7. , 423-440 (2007).
- Hutchison, C. A., 3rd, J. C., Venter, Single-cell genomics. Nature biotechnology. 24, 657-658 (2006).
- Lasken, R. S., Egholm, M. Whole genome amplification: abundant supplies of DNA from precious samples or clinical specimens. Trends in biotechnology 21. , 531-535 (1016).
- Teruel, M., et al. Microdissection and chromosome painting of X and B chromosomes in the grasshopper Eyprepocnemis plorans. Cytogenet Genome Res. 125, 286-291 (2009).
- Liu, J. D., et al. Sex chromosomes in the spiny eel (Mastacembelus aculeatus) revealed by mitotic and meiotic analysis. Cytogenet Genome Res. 98, 291-297 (2002).
- Harvey, S. C., et al. Molecular-cytogenetic analysis reveals sequence differences between the sex chromosomes of Oreochromis niloticus: evidence for an early stage of sex-chromosome differentiation. Cytogenet Genome Res. 97, 76-80 (2002).
- Hockner, M., Erdel, M., Spreiz, A., Utermann, G., Kotzot, D. Whole genome amplification from microdissected chromosomes. Cytogenet Genome Res. 125, 98-102 (2009).
- Kitada, K., Taima, A., Ogasawara, K., Metsugi, S., Aikawa, S. Chromosome-specific segmentation revealed by structural analysis of individually isolated chromosomes. Genes Chromosomes Cancer. 50, 217-227 (2011).
- Ma, L., et al. Direct determination of molecular haplotypes by chromosome microdissection. Nature methods. 7, 299-301 (2010).
- Teruel, M., et al. Microdissection and chromosome painting of X and B chromosomes in Locusta migratoria. Chromosome Res. 17, 11-18 (2009).
- Treff, N. R., Su, J., Tao, X., Northrop, L. E., Scott, R. T. Single-cell whole-genome amplification technique impacts the accuracy of SNP microarray-based genotyping and copy number analyses. Molecular human reproduction 17. , 335-343 (2011).
- Rutten, K. B., et al. Chromosomal anchoring of linkage groups and identification of wing size QTL using markers and FISH probes derived from microdissected chromosomes. in Nasonia(Pteromalidae : Hymenoptera). Cytogenetic and Genome Research 105. , 126-133 (2004).
- Post, R. J., Kruger, A., Somiari, S. B. Laser-assisted microdissection of polytene chromosomes from Diptera for the development of molecular markers. Molecular Ecology Notes. 6, 634-637 (2006).
- George, P., Sharakhova, M. V., Sharakhov, I. V. High-throughput physical mapping of chromosomes using automated in situ hybridization. Journal of visualized experiments : JoVE. 10, (2012).
- Timoshevskiy, V. A., Sharma, A., Sharakhov, I. V., Sharakhova, M. V. Fluorescent in situ Hybridization on Mitotic Chromosomes of Mosquitoes. J Vis Exp. 10, (2012).
- Frumkin, D., et al. Amplification of multiple genomic loci from single cells isolated by laser micro-dissection of tissues. BMC biotechnology. 8, 10-1186 (2008).
- Raghunathan, A., et al. Genomic DNA amplification from a single bacterium. Applied and environmental microbiology 71. , 3342-3347 (2005).
- Cassio, D. Long term culture of MDCK strains alters chromosome content. BMC Res Notes. 6, 162-1610 (2013).
- Landry, J. J., et al. The Genomic and Transcriptomic Landscape of a HeLa Cell Line. G3. , (1534).
- Steiniger, G. E., Mukherjee, A. B. Insect chromosome banding: technique for G- and Q-banding pattern in the mosquito Aedes albopictus. Can J Genet Cytol. 17, 241-244 (1975).
- Brown, S. E., et al. Toward a physical map of Aedes aegypti. Insect Mol Biol. 4, 161-167 (1995).
- Green, C., Hunt, R. Interpretation of variation in ovarian polytene chromosomes of Anopheles funestus Giles. A. parensis Gillies, and A. aruni? Genetica. 51, 187-195 (1980).
- Sharakhova, M. V., Xia, A., Leman, S. C., Sharakhov, I. V. Arm-specific dynamics of chromosome evolution in malaria mosquitoes. BMC evolutionary biology. 11, 10-1186 (2011).
- Gu, L. H., et al. DNA genotyping of oral epithelial cells by laser capture microdissection]. Fa yi xue za zhi 22. , 196-197 (2006).
- Rook, M. S., Delach, S. M., Deyneko, G., Worlock, A., Wolfe, J. L. Whole genome amplification of DNA from laser capture-microdissected tissue for high-throughput single nucleotide polymorphism and short tandem repeat genotyping. The American journal of pathology 164. , 23-33 (2004).
- Houen, A., Field, B. L., Saunders, V. A. Microdissection and chromosome painting of plant B chromosomes. Methods in cell science : an official journal of the Society for In. Vitro Biology. 23, 115-124 (2001).
