检测持久性病毒的DNA在神经组织​​中的荧光的基因组与成绩单原位杂交结合免疫组化染色

单纯疱疹病毒1型（HSV-1）是一种持久性人神经病毒，在周围神经系统，从它周期性地重新激活的复制和蔓延的三叉神经节（TG）的神经元建立长期潜伏感染。在HSV-1基因组是一个150 kb的双链DNA本地化主机神经元那里仍然是多拷贝chromatinized质粒，不整合到宿主细胞基因组^1,2的核心。期间延时，HSV-1复制周期的遗传程序，强烈抑制，基因表达被限制在潜伏相关转录物（LAT）基因，从延迟建立到活化³的起始。土地增值税产生加工成一个主要的2 kb的稳定套索长8.5 kb的非编码RNA，和几个miRNA的^4-7。因此，HSV-1的延迟为特征的病毒基因组DNA，RNA LAT，以及没有可检测的复制周期蛋白的存在。

ontent“>动物模型，主要是鼠和兔，是实验模型扼要的人为延迟的几个特点，其中之一这些模型的主要利益是他们让学习HSV-1潜伏在免疫活性宿主的生理方面的问题。在过去的几十年许多实验性的工具，如遗传修饰的病毒和小鼠中，已经开发研究生理学，遗传学和HSV-1的延迟，从动物组织中的细胞生物学。到现在为止，病毒基因组DNA的检测和定量通过Southern印迹和从定量PCR分离甘油三酯，然而，目前还没有检测HSV-1基因组原位杂交组织切片^8，因此，延迟是经常通过土地增值税的RNA的检测采用原位杂交的RNA，而不是评估的组织切片方法可用病毒基因组的检测，因为它已经不可能表征感染细胞中基于病毒的基因组的存在下，噻的技术限制是一个主要的缺点的宿主-病毒相互作用，例如病毒基因组和细胞和病毒基因的表达，或在宿主细胞介导的免疫应答^9,10之间的关系的许多方面进行分析。

最重要的是，在潜伏感染的细胞-细胞间的异质性保持相对未开发的，并已被证明是延迟的一个重要特征在小鼠和在植入到SCID小鼠中^11-17人体感觉神经节的神经元。通常情况下，它表明通过qPCR即每个细胞的HSV-1的基因组拷贝数变化从5到几百。尽管土地增值税表现为潜伏期和活化的关键调节因子，对离体神经元和原位 PCR定量PCR的数据显示，潜伏感染神经细胞的一个子集，低至30％，体现了土地增值税轨迹^{11,12,18-21。}如何在宿主细胞内，并在病毒潜伏期成立组织影响的细胞环境和病毒基因表达仍不清楚。这里我们描述了原位杂交（FISH）方法用于有效地检测的动物的神经组织切片内的低拷贝的HSV-1基因组DNA的荧光健壮。这种方法已被设计和使用我们进入到高分辨率显微成像也就是要研究的病毒基因组的相互作用与宿主细胞内的核部件^22。此外，我们描述了用于同时检测病毒DNA与RNA和蛋白质，这是一个独特的工具来描述，调节病毒基因表达的病毒 – 宿主相互作用的倍数染色方法。该方法也可以应用于范围广泛的要求的检测HSV-1的潜伏基因组中，如在大量切片的量化被感染的神经元的分析。一个关键的步骤是应用抗原修复治疗，使病毒DNA访问杂交。因此，该协议也可能是有效的，以检测其他双链DNA病毒，这是目前无法检测动物组织中传统的DNA-FISH方法。