Basit proteinler ve protein kompleksleri sadece amino asitler içerir. Buna karşılık, konjuge proteinler olarak adlandırılan diğer birçok protein, protein olmayan kısımlarla kovalent olarak bağlanır.
Nükleoproteinler, sırasıyla deoksiribonükleoproteinler (DNP'ler) veya ribonükleoproteinler (RNP'ler) olarak kategorize edilen nükleik asitler içeren protein kompleksleridir. Nükleozom, nükleer DNA'nın histon proteinleri ile ilişkili olduğu tipik bir DNP örneğidir. Covid-19 virüsü SARS-CoV için major antijen, virüs genom replikasyonu için kritik olan bir RNP'dir.
Glikoproteinler, tipik olarak hücrelerin yüzeyinde bulunan konjuge proteinlerdir. Kısa karbonhidrat zincirleri, hücreden dışarı doğru çıkan şeker kalıntılarından oluşur. Karbonhidrat alanı, hücre-hücre yapışması, hücresel tanıma ve sinyal iletimi için gereklidir.
Lipoproteinler, kolesterol, trigliseritler veya her ikisini de içeren bir lipit çekirdeği üzerinde bir protein kabuğuna sahip protein konjugatlarıdır. Memeli lipoproteinleri, çözünmeyen lipidlerin karaciğerdeki sentez bölgelerinden diğer hücrelere transferini kolaylaştırır. Yoğunluklarına göre kategorize edilen çeşitli lipoprotein türleri vardır. Bir veya daha fazla lipoprotein miktarı çok yüksek olduğunda, kompleksin bir kısmı çözünmez hale gelir. Çözünmeyen lipoproteinler koroner arterde birikebilir ve arteri bloke edebilir, bu da inme veya kalp krizine neden olabilir.
Diğer bazı konjuge protein türleri arasında fosfoproteinler, hemoproteinler, flavoproteinler, metaloproteinler, fitokromlar, sitokromlar ve opsinler bulunur. Kan damarlarında oksijen taşınmasından sorumlu olan hemoglobin, heme prostetik grubunda demir içeren konjugat bir proteindir.
,