Proteínas intrinsecamente desordenadas são um grupo de proteínas que não se dobram em estruturas tridimensionais específicas. A sua flexibilidade estrutural permite-lhes complementar proteínas ordenadas para desempenhar funções inacessíveis a estruturas rígidas. São mais comuns em eucariotas do que em procariotas e podem ser proteínas exclusivamente intrinsecamente desordenadas ou híbridas, constituídas por uma mistura de regiões ordenadas e desordenadas. A ausência de uma estrutura rígida nestas proteínas pode ser atribuída a uma abundância de resíduos de aminoácidos polares e carregados e relativamente menos aminoácidos hidrofóbicos, promovendo uma estrutura ordenada.
Vários factores influenciam a forma e o nível de desordem em uma proteína, como pH e temperatura. Além disso, outras proteínas com as quais elas se ligam ou se associam podem também influenciar a sua forma. Esta ligação pode ocorrer através de vários locais de ligação e pode resultar no enovelamento permanente ou temporário de uma proteína ou região intrinsecamente desordenada. Mudanças estruturais ocorrem devido a características de reconhecimento molecular—fragmentos de proteínas desordenadas, curtos e passíveis de interação, que podem facilmente passar por transições de desordem para ordem ao se ligarem a outras proteínas com estruturas definidas.
Modificações pós-translacionais durante ou após a síntese proteica também contribuem para a estrutura de proteínas intrinsecamente desordenadas. Estas podem incluir a clivagem enzimática de uma ligação peptídica na proteína precursora, a formação de ligações dissulfeto, e modificações covalentes de proteínas com outras moléculas ou grupos químicos.
