種子の構造は、植物の胚を包む保護用の種皮と、成長中の胚のための食物貯蔵庫で構成されています。胚は、葉、茎、根の前駆組織を含んでいます。胚乳と子葉は、成長する胚のための食糧貯蔵庫として機能します。
胚には、両親から受け継いだ2本の染色体が含まれています。半数体の卵子に半数体の精子が受精すると、接合体が生まれ、それが胚に成長します。
胚乳は、ほとんどの顕花植物に共通する特徴であり、二重受精の過程で作られます。ここでは、1つの卵巣に2つの精子が入ります。1つの精子が卵子を受精させ、もう1つの精子が中心の細胞を受精させ、胚乳を作ります。針葉樹などの裸子植物は二重受精をしないため、本当の意味での胚乳は存在しません。
また、花を咲かせる植物である単子葉植物と双子葉植物では、種子の構造が異なります。
トウモロコシなどの単子葉植物は、胚盤（scutellum）と呼ばれる大きな子葉が一つあり、これが胚の維管束組織に直結しています。胚乳は食物の貯蔵庫として機能します。発芽の際には、莢が酵素で放出された食物を吸収し、胚へと輸送します。
単子葉植物の胚は、2つの保護膜に囲まれています。第1の保護膜は子葉鞘であり、若いシュートを覆っています。2つ目は、若い根を覆う根鞘です。この2つの構造は、発芽後の土壌への浸透を促進します。
双子葉植物の種子には、内胚葉型と非内胚葉型があります。トマトのような内胚葉性双子葉植物では、食物の蓄えは胚乳に存在します。発芽の際には、子葉が酵素によって放出された食物を胚乳から吸収し、成長する胚へと運びます。
