Proteinlerin, karbonhidratların ve lipitlerin sindirimi midede başlasa da, bağırsakta tamamlanır. Yiyecek ve içeceklerdeki besinlerin, su ve elektrolitlerin emilimi de ayrıca bağırsakta gerçekleşir. Bağırsaklar yapısal olarak iki farklı organa ayrılabilir; ince ve kalın bağırsaklar.
İnce bağırsak, iç çapı sadece 2,5 cm olan ~22 metre uzunluğunda bir tüptür. Besin maddelerinin çoğu burada emildiği için, ince bağırsağın iç astarı oldukça kıvrımlıdır ve her biri yüzlerce mikrovilli içeren villus adı verilen parmak benzeri uzantılarla kaplıdır. İnce bağırsağın kıvrımları, villusları ve mikrovilleri, emilim yüzey alanını 60 ila 120 kat arttırır. Artan yüzey alanı, besinlerin emilmesi için yeterli fırsatı sağlar.
İnce bağırsak, mideye pilorik sfinkter ile bağlanır, bu da kimus duodenuma (ince bağırsağın başlangıcı) geçtiğinde kapanır. İnce bağırsağın orta ve en büyük kısmı jejunumdur. İleum, ileoçekal kapak tarafından kalın bağırsağa bağlanarak ince bağırsağı sonlandırır.
Kalın bağırsak çekumdan başlar. Apendiks, küçük lenfatik bir yapıdır ve çekumun alt ucunda sallanır. Çekumun yanından asendan kolon ve ardından da transvers kolon gelir. Kalan suyun ve elektrolitlerin çoğunu kimustan emerek dışkıya çevirirler. İnen kolon, sigmoid kolon ve rektum, anüs yoluyla eliminasyona kadar dışkıyı depolar.
Genel olarak, kalın bağırsak yaklaşık 1,5 m uzunluğundadır ve iç çapı 4,8 cm'dir. Kıvrımlar ve villus içermez, ancak emici epitel hücreleri mikrovilluslara sahiptir. Kalın bağırsak, sindirimin son aşamalarını gerçekleştiren bakteriyel bir ekosisteme ev sahipliği yapar; selüloz ve lifin parçalanması gibi mide ve ince bağırsağın yapamayacağı işleri yerine getirir.
Kalın bağırsak 700'den fazla farklı bakteri türü içerir. Bakteriyel çeşitliliğin obezite ve Tip 2 diyabetin gelişimi ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Obez bireyler, obez olmayan muadillerine göre daha az bakteri suşuna sahiptir. Düşük bakteri çeşitliliği de insülin direnci ile ilişkilendirilmiştir. Bağırsak bakteriyel ekosistemi (bağırsak biyomu) doğumdan kısa bir süre sonra oluşur ve emzirilen bebekler bağırsak biyomlarını anne sütünde bulunan bakterilerden geliştirir. Doğumdan sonra, biyom bir bireyin genetiği, diyeti, yaşı, cinsiyeti ve bağışıklık sistemi tarafından şekillendirilir. Diyet, sağlık durumu, ilaçlar ve coğrafi konum gibi dış faktörler de bağırsak biyomunun karmaşıklığını önemli ölçüde etkiler.
