タンパク質、糖質、脂質などの消化は胃で始まり、腸で完了します。また、食べ物や飲み物からの栄養分、水分、電解質の吸収も腸で行われます。腸は、構造的に小腸と大腸の2つの器官に分けられます。
小腸は長さ約22メートル、内径約2.5センチの管です。ほとんどの栄養素はここで吸収されるので、小腸の内壁は非常に複雑で、数百個の微絨毛を含む絨毛と呼ばれる指のような延長部で覆われています。小腸のひだ、絨毛、微絨毛によって、吸収のための表面積は60〜120倍にもなります。
小腸は幽門括約筋によって胃とつながっており、血液が十二指腸（小腸の始まり）に移動すると幽門括約筋が閉まります。小腸の真ん中で最も大きい部分は空腸です。回腸は小腸の最後に位置し、回腸弁によって大腸に接続されています。
大腸は盲腸から始まります。盲腸の底には、小さなリンパ管である虫垂がぶら下がっています。盲腸の上には、上行結腸があり、次に横行結腸があります。盲腸の上には、上行結腸、横行結腸があり、これらの結腸は生理食塩水に含まれる水分と電解質のほとんどを吸収し、便にします。下行結腸、S状結腸、直腸は、肛門から排泄されるまで便を貯蔵します。
大腸は全体で長さ約1.5m、内径4.8cmで、ひだや絨毛はないですが、吸収上皮細胞には微絨毛があります。大腸には細菌の生態系があり、胃や小腸では処理しきれないセルロースや食物繊維を分解し、消化の最終段階を行います。
大腸には700種類以上の細菌が生息しています。細菌の多様性は、肥満や2型糖尿病の発症に関係していると考えられています。肥満の人は、非肥満の人に比べて細菌の種類が少ないのです。また、細菌の多様性の低さは、インスリン抵抗性と関連しています。腸内細菌の生態系である腸内バイオームは、生後まもなく確立されます。母乳で育てられた赤ちゃんは、母乳に含まれる細菌から腸内バイオームを形成します。生後、バイオームは個人の遺伝、食事、年齢、性別、免疫システムによって形成されます。また、食生活、健康状態、投薬、地理的条件などの外的要因も、腸内細菌叢の複雑さに大きく影響します。
