Qui, descriviamo un protocollo per l’ottimizzazione e la parametrizzazione di residui amminoacidici modificati con specie carboniliche reattive, adattabili a sistemi proteici. Le fasi del protocollo includono la progettazione e l’ottimizzazione della struttura, l’assegnazione delle cariche, la costruzione dei parametri e la preparazione dei sistemi proteici.
