במאמר זה אנו מתארים פרוטוקול לאופטימיזציה ופרמטריזציה של שאריות חומצות אמינו שהשתנו עם מיני קרבוניל תגובתי, הניתנים להתאמה למערכות חלבון. שלבי הפרוטוקול כוללים תכנון ואופטימיזציה של מבנה, הקצאות מטען, בניית פרמטרים והכנת מערכות חלבונים.