В данной работе мы представляем конвейер для 3D-коррелятивного фрезерования сфокусированного ионного пучка для подготовки клеточных образцов для криоэлектронной томографии. 3D-положение интересующих флуоресцентно меченых белков сначала определяется с помощью криофлуоресцентной микроскопии, а затем подвергается измельчению. Протокол подходит для клеток млекопитающих, дрожжей и бактерий.