Dynamikken mellom koblede hjerner av individer har i økende grad blitt representert ved inter-hjernesynkronisering (IBS) når de koordinerer med hverandre, for det meste ved hjelp av samtidige registreringssignaler fra hjerner (nemlig hyperskanning) med fNIRS. I fNIRS hyperskanningsstudier har IBS ofte blitt vurdert gjennom WTC-metoden (wavelet transform coherence) på grunn av fordelen med å utvide tidsserier til tidsfrekvensrom der svingninger kan sees på en svært intuitiv måte. Den observerte IBS kan valideres ytterligere via permutasjonsbasert tilfeldig sammenkobling av studien, partneren og tilstanden. Her presenteres en protokoll for å beskrive hvordan man får tak i hjernesignaler via fNIRS-teknologi, beregner IBS gjennom WTC-metoden og validerer IBS ved permutasjon i en hyperskanningsstudie. Videre diskuterer vi de kritiske problemene ved bruk av metodene ovenfor, inkludert valg av fNIRS-signaler, metoder for forhåndsbehandling av data og valgfrie parametere for beregninger. Oppsummert er bruk av WTC-metoden og permutasjonen en potensielt standard rørledning for å analysere IBS i fNIRS hyperskanningsstudier, noe som bidrar til både reproduserbarhet og pålitelighet av IBS.