Здесь мы предоставляем подробные, надежные и взаимодополняющие протоколы для выполнения окрашивания и визуализации субклеточного разрешения фиксированных трехмерных моделей клеточных культур в диапазоне от 100 мкм до нескольких миллиметров, что позволяет визуализировать их морфологию, состав клеточного типа и взаимодействия.