Мы предоставляем протокол для изоляции микроглии от различных расчлененных областей полушария мозга взрослой мыши, а затем полуавтоматизированную подготовку библиотеки для глубокого одноклеточного секвенирования РНК полнометражных транскриптомов. Этот метод поможет выяснить функциональную неоднородность микроглии в здоровье и болезни.