Här presenterar vi en fluorescensaktiverad cellsortering (FACS) protokoll för att studera molekylära förändringar i Fos-uttryckande neuronala ensembler från både färsk och fryst hjärnvävnad. Användningen av fryst vävnad kan FACS isolering av många områden i hjärnan över flera sessioner för att maximera användningen av värdefulla djur.