PCR har blivit en vanlig teknik i många molekylärbiologiska laboratorier. Förutsatt här är en sammanfattning av flera konventionella PCR-protokoll. Eftersom varje reaktion är en unik experiment optimala betingelser som krävs för att generera en produkt variera. Förstå variabler i en reaktion kommer att betydligt öka effektiviteten felsökning, vilket ökar chansen att erhålla det önskade resultatet.