Hier presenteren we een protocol om darmorganoïden van ratten te genereren en deze te gebruiken in verschillende stroomafwaartse toepassingen. Ratten zijn vaak een geprefereerd preklinisch model, en het robuuste intestinale organoïdesysteem voorziet in de behoefte aan een in vitro systeem om in vivo studies te begeleiden.
Bij het gebruik van organoïden om fysiologie en beslissingen over het lot van cellen te beoordelen, is het belangrijk om een model te gebruiken dat in vivo contexten nauwkeurig recapituleert. Dienovereenkomstig worden van patiënten afgeleide organoïden gebruikt voor ziektemodellering, het ontdekken van geneesmiddelen en gepersonaliseerde behandelingsscreening. Darmorganoïden van muizen worden vaak gebruikt om aspecten van zowel de darmfunctie/fysiologie als de stamceldynamiek/lotsbeslissingen te begrijpen. In veel ziektecontexten hebben ratten echter vaak de voorkeur boven muizen als model vanwege hun grotere fysiologische gelijkenis met mensen in termen van ziektepathofysiologie. Het rattenmodel is beperkt door een gebrek aan genetische hulpmiddelen die in vivo beschikbaar zijn, en darmorganoïden van ratten zijn kwetsbaar gebleken en moeilijk te kweken op de lange termijn. Hier bouwen we voort op eerder gepubliceerde protocollen om op robuuste wijze darmorganoïden van ratten te genereren uit de twaalfvingerige darm en het jejunum. We geven een overzicht van verschillende stroomafwaartse toepassingen waarbij gebruik wordt gemaakt van darmorganoïden van ratten, waaronder functionele zwellingstesten, kleuring van de hele mont, het genereren van 2D-enteroïde monolagen en lentivirale transductie. Het organoïdemodel van de rat biedt een praktische oplossing voor de behoefte van het veld aan een in vitro model dat fysiologisch relevant blijft voor de mens, snel genetisch kan worden gemanipuleerd en gemakkelijk kan worden verkregen zonder de barrières die gepaard gaan met het verkrijgen van menselijke darmorganoïden.
De epitheelarchitectuur en cellulaire samenstelling van de mens in de dunne darm zijn complex en weerspiegelen hun fysiologische functies. De primaire rol van de dunne darm is het absorberen van voedingsstoffen uit voedsel dat door het lumengaat 1. Om deze functie te maximaliseren, is het darmoppervlak georganiseerd in vingerachtige uitsteeksels, villi genaamd, die het absorptieoppervlak vergroten, en bekerachtige invaginaties, crypten genaamd, die de stamcellen huisvesten en isoleren. Binnen het epitheel worden verschillende gespecialiseerde absorberende en secretoire celtypen gegenereerd om verschillende functies uit te voeren1. Vanwege deze complexiteit was het moeilijk om weefsels zoals de darm te modelleren in hoogovergangsgetransformeerde onsterfelijke cellijnen. De studie van stamcellen, met name volwassen stamcellen en hun differentiatiemechanismen, heeft echter de ontwikkeling van 3D-darmorganoïdeculturen mogelijk gemaakt. Het gebruik van organoïdemodellen heeft het veld getransformeerd, deels vanwege hun recapitulatie van enkele architecturale componenten en heterogeniteit van celtypen die in de intacte darm worden aangetroffen. Intestinale organoïden kunnen langdurig in vitro worden gekweekt door het behoud van de actieve stamcelpopulatie2.
Intestinale organoïden zijn snel een aanpasbaar model geworden om stamcelbiologie, celfysiologie, genetische ziekten en voeding te bestuderen3,4, evenals een hulpmiddel om nieuwe methoden voor medicijnafgifte te ontwikkelen5. Daarnaast worden van patiënten afgeleide organoïden gebruikt voor onder andere ziektemodellering, het ontdekken van geneesmiddelen en gepersonaliseerde behandelingsscreening 6,7,8,9. Menselijke darmorganoïden vormen echter nog steeds uitdagingen. Beschikbaarheid van weefsels, vereisten voor goedkeuring door de Institutional Review Board en ethische kwesties beperken het wijdverbreide gebruik van menselijke monsters. Bovendien vereisen menselijke darmorganoïden die worden gegenereerd uit darmcrypten twee verschillende kweekomstandigheden voor het behoud van ongedifferentieerde stamcellen of om de differentiatie van rijpe celtypen te induceren10. Dit in tegenstelling tot in vivo, waar stamcellen en rijpe gedifferentieerde celtypen tegelijkertijd aanwezig zijn en continu worden gegenereerd/onderhouden1. Aan de andere kant hebben darmorganoïden van muizen, die worden gekweekt in een minder complexe cocktail van groeifactoren, deze omschakeling in mediasamenstelling niet nodig en kunnen ze stamcellen en gedifferentieerde cellen in dezelfde mediacontext behouden 2,11. Belangrijke verschillen in de darm van muizen in vergelijking met mensen kunnen muizenorganoïden echter in veel gevallen tot een suboptimaal model maken. Over het algemeen zijn veel darmorganoïden van grotere zoogdieren, waaronder paarden, varkens, schapen, koeien, honden en katten, met succes gegenereerd in kweekomstandigheden die nauwer aansluiten bij darmorganoïden van muizen dan de kweekomstandigheden van menselijke darmorganoïden12. De verschillen in groeifactorcondities tussen muizen en menselijke organoïden weerspiegelen waarschijnlijk verschillen in de samenstelling van stamcelniches en verschillende vereisten voor overleving, proliferatie en onderhoud van stamcellen. Daarom is er behoefte aan een gemakkelijk toegankelijk modelorganoïdesysteem dat 1) sterk lijkt op de samenstelling van menselijke darmcellen, 2) stamcellen bevat met groeifactorvereisten zoals die van menselijke darmorganoïden, en 3) in staat is om continu ongedifferentieerde en gedifferentieerde compartimenten in stand te houden. Idealiter zou het systeem gebaseerd zijn op een veelgebruikt preklinisch diermodel, zodat in-vivo- en in-vitro-experimenten kunnen worden gecorreleerd en samen kunnen worden gebruikt.
Ratten zijn een veelgebruikt preklinisch model voor darmfysiologie en farmacologiestudies vanwege hun zeer vergelijkbare darmfysiologie en biochemie als die van mensen13, met name met betrekking tot darmpermeabiliteit14. Door hun relatief grotere formaat in vergelijking met muizen zijn ze vatbaarder voor chirurgische ingrepen. Hoewel soms grote diermodellen, waaronder varkens, worden gebruikt, zijn ratten een betaalbaarder model, hebben ze minder ruimte nodig voor de veehouderij en hebben ze gemakkelijk in de handel verkrijgbarestandaardstammen15. Een nadeel van het gebruik van rattenmodellen is dat de genetische toolkit voor in vivo studies niet goed ontwikkeld is in vergelijking met muizen, en het genereren van nieuwe rattenlijnen, waaronder knock-outs, knock-ins en transgenen, is vaak onbetaalbaar. De ontwikkeling en optimalisatie van een robuust darmorganoïdemodel voor ratten zou genetische manipulatie, farmacologische behandelingen en studies met een hogere doorvoer mogelijk maken in een toegankelijk model dat de belangrijkste fysiologische relevantie voor mensen behoudt. De voordelen van het ene knaagdierorganoïdemodel ten opzichte van het andere zijn echter sterk afhankelijk van het specifieke proces of gen dat wordt bestudeerd; Bepaalde genen die bij mensen worden aangetroffen, kunnen pseudogenen zijn bij muizen, maar niet bij ratten16,17. Bovendien worden soortspecifieke celsubtypes steeds vaker onthuld door single-cell RNAseq18,19,20. Ten slotte vertonen modellen voor darmziekten bij ratten en muizen vaak aanzienlijke variaties in fenotypes21,22, zodat het model dat de symptomen en het ziekteproces bij mensen nauwkeuriger recapituleert, moet worden geselecteerd voor stroomafwaarts werk. Het genereren van een darmorganoïdemodel van ratten biedt onderzoekers extra flexibiliteit en keuze bij het selecteren van een modelsysteem dat het meest geschikt is voor hun omstandigheden. Hier worden bestaande protocollen23,24 uitgebreid voor het genereren van darmorganoïden van ratten en wordt een protocol geschetst voor het genereren en onderhouden van darmorganoïden van ratten uit de twaalfvingerige darm of jejunum. Daarnaast worden verschillende stroomafwaartse toepassingen beschreven, waaronder lentivirale infectie, kleuring van de hele berg en forskoline-zwellingstests.
De ontwikkeling van een darmorganoïdemodel van ratten behoudt belangrijke functionele kenmerken die in vivo in het orgaan worden aangetroffen en is een veelbelovend hulpmiddel voor preklinische tests, screening van geneesmiddelen en functionele tests. Dit in-vitromodel kan parallel worden gebruikt met in vivo preklinische gastro-enterologische studies, waarvoor ratten vaak een voorkeursmodel zijn vanwege hun grotere darmomvang, gedeelde fysiologische aspecten met mensen en in sommige gevallen betere ziektemodellen38. Hier wordt een robuust stapsgewijs protocol geschetst voor de isolatie van darmcrypten van ratten, het genereren en langdurig kweken van darmorganoïden van ratten, evenals stroomafwaartse toepassingen, waaronder functionele forskoline-zwellingstesten, immunofluorescentie van de hele montage, 2D-monolaagcultuur en lentivirale genetische manipulatie. Intestinale organoïden van ratten zijn waarschijnlijk relevant in veel ziektecontexten waar de pathofysiologie van muismodellen ongepast is en kunnen een beter model bieden voor de menselijke darmfysiologie in vergelijking met darmorganoïden van muizen.
Om langlevende organoïdeculturen tot stand te brengen die kunnen worden gepasseerd en uitgebreid, is het essentieel om de belangrijkste groeifactoren te identificeren die nodig zijn om de proliferatie van het darmepitheel in stand te houden. Muizenorganoïden worden meestal gekweekt in een eenvoudige cocktail van EGF, R-spondin en Noggin, hoewel is gemeld dat Noggin niet nodig is voor darmorganoïdenkweek39. Geconditioneerde media kunnen recombinante groeifactoren vervangen en de meest gebruikte cellijnen zijn L-WRN, dat Wnt3a, Rspondin-3 en Noggin39, L-Wnt3a en HA-Rspondin1-Fc 293T-cellen40 afscheidt. L-WRN geconditioneerde media zijn voldoende om niet alleen de groei van darmorganoïden van muizen39 te ondersteunen, maar ook de groei van darmorganoïden van verschillende boerderijdieren en gezelschapsdieren, waaronder honden, katten, kippen, paarden, koeien, schapen en varkens12. Menselijke darmorganoïden zijn echter zeer verschillend in hun groeifactorvereisten, omdat ze verschillende mediaformuleringen nodig hebben voor hun expansiegroeifase (d.w.z. de progressie van kleine naar grote sferoïden) versus hun differentiatiefase (d.w.z. de generatie en rijping van gedifferentieerde celtypen)10. De mediavereisten van darmorganoïden van ratten komen nauw overeen met die van de expansiegroeimedia voor menselijke darmorganoïden, maar met name organoïden van ratten zijn in staat tot zowel groei als differentiatie in deze media-omgeving, waardoor hun kweekvereisten aanzienlijk worden vereenvoudigd. Terwijl onze eerste pogingen gericht waren op het vestigen en kweken van darmorganoïden van ratten in L-WRN-geconditioneerde media, was de kweek op lange termijn zwak en leden de darmorganoïdelijnen van ratten aan een gebrek aan robuustheid (gegevens niet getoond). Dit kan zijn omdat L-WRN-cellijnen zijn ontworpen om R-spondine 3 af te scheiden, terwijl de 293T-Rspo1-cellijn die hier wordt aanbevolen, is ontworpen om R-spondine 1 af te scheiden. Het is mogelijk dat organoïden van ratten en mensen de voorkeur geven aan R-spondine 1, wat mogelijk verantwoordelijk is voor het falen van organoïdelijnen van ratten in L-WRN-geconditioneerde media.
Om de in vivo setting zo goed mogelijk samen te vatten, is het belangrijk om organoïdekweekcondities te ontwikkelen die overleving, onderhoud en proliferatie van stamcellen mogelijk maken, en die cellulaire vernieuwing en gelijktijdige differentiatiegebeurtenissen in discrete celtypen kunnen handhaven. Daarom moeten de concentraties van recombinante eiwitten en/of eiwitten in geconditioneerde media nauwkeurig worden getitreerd en gecontroleerd om deze perfecte balans te bereiken. Met name optimale Wnt-niveaus zijn essentieel om het verlies van darmorganoïdeculturen te voorkomen. Te weinig Wnt in geconditioneerde media zal niet in staat zijn om de groei te ondersteunen, wat leidt tot een verlies van stamcellen en de daaropvolgende dood van organoïden; overactivering van Wnt zorgt ervoor dat organoïden cystisch en ongedifferentieerd zijn10. Hoewel hier niet gedetailleerd, wordt het sterk aanbevolen om elke batch L-Wnt3a en 293T-Rspo1 geconditioneerde media te testen met behulp van een WNT reporter luciferase assay, zoals een Topflash cell line41. Eerdere studies hebben beschreven dat een optimale batch L-Wnt3a-media zou moeten resulteren in een 15-voudige signaaltoename bij 12,5% en een 300-voudige signaaltoename bij 50%, vergeleken met 1% L-Wnt3a10. Aangezien organoïden van ratten gevoeliger zijn dan organoïden van muizen voor kweekvereisten, met name Wnt-activeringsniveaus, helpen deze extra kwaliteitscontrolestappen aanzienlijk bij het vergemakkelijken van de robuustheid en betrouwbaarheid van organoïdenculturen van ratten. Omdat een vergelijkbare reporterlijn niet beschikbaar is voor het testen van Bmp-activiteit en relatieve Noggin-concentraties in Noggin-geconditioneerde media, is het raadzaam om waar mogelijk recombinant Noggin te gebruiken om de Noggin-niveaus nauwkeurig te controleren. Hoewel darmorganoïden van muizen kunnen worden gekweekt en onderhouden in afwezigheid van Noggin39, is dit niet geprobeerd voor darmorganoïdeculturen van ratten.
Afgezien van de vereisten voor celkweek, hangt de succesvolle eerste vestiging van een organoïdelijn van ratten in hoge mate af van de efficiënte uitputting van gedifferentieerde villi tijdens crypte-isolatie. Hoge niveaus van villar-besmetting veroorzaken de dood van crypten, vermoedelijk als gevolg van signalen van de stervende cellen of sekwestratie van essentiële factoren. Om deze gedifferentieerde villi nauwkeurig en consistent uit epitheelpreparaten te verwijderen, wordt aanbevolen om epitheliale isolaties uit te voeren met behulp van een stereoscoop. Visueel onderzoek van het epitheel dat vrijkomt, geeft een duidelijk signaal wanneer de PBS moet worden weggegooid en vervangen (Figuur 1). Crypten mogen pas worden verzameld als er voldoende uitputting van villi is. Villar-cellen zijn terminaal gedifferentieerd en kunnen geen organoïden in kweek genereren. Bovendien vereist het daaropvolgende passeren van darmorganoïden van ratten en het gebruik ervan voor elke stroomafwaartse toepassing delicate zorg. Incubatie in dissociatiereagentia gedurende langere tijd (10 min) resulteert in significante celdood en verlies van de organoïdelijn.
Hier wordt een eenvoudig en snel protocol beschreven voor het genereren van darmmonolagen uit organoïden van ratten. EME- en collageen I-substraten hebben verschillende effecten op het epitheel, die kunnen worden benut, afhankelijk van het doel van het onderzoek. EME zorgt voor een snelle en efficiënte hechting van afzonderlijke cellen en de vorming van celuitsteeksels. Het coaten van het oppervlak met collageen I daarentegen vertraagt deze processen. Zodra monolagen ongeveer 80% samenvloeiing bereiken, beginnen cellen die op EME worden gekweekt weer 3D-organoïde structuren te genereren. Het ontbreekt ze echter aan voldoende fysieke en chemische ondersteuning voor verdere groei. Deze terugkeer naar de organoïde toestand kan worden voorkomen door monolagen in EME op een confluentie van 50%-80% te houden. De toevoeging van verdunde EME aan het apicale oppervlak van monolagen bevordert het snelle herstel en de vorming van de novo organoïden, waardoor sneller en gemakkelijker convergentiegebieden worden gegenereerd. Op een collageen I-oppervlak kunnen cellen een uniforme monolaag vormen en kleine clusters genereren. De toevoeging van collageen I bovenop monolagen is echter niet voldoende om organoïdevorming te induceren. EME moet worden verdund bij het toevoegen aan het monolaagoppervlak, omdat er een sterkere mechanische weerstand zal zijn voor de ontluikende organoïde om te overwinnen. Deze verdunde EME maakt echter geen robuuste vorming van grote organoïden mogelijk. Alle de novo gegenereerde rattenorganoïden die op natuurlijke wijze loskomen van het oppervlak, moeten onmiddellijk worden verwijderd en overgebracht naar onverdunde EME, zodat structurele ondersteuning en groei kunnen worden hersteld. Vanwege de kleine omvang van de organoïden in deze stap, wordt de passage van organoïden niet aanbevolen totdat een robuuste groei is vastgesteld. De onderliggende biologische betekenis waarom EME de reformatie van organoïden kan ondersteunen, maar of collageen I dit wel of niet kan, is niet duidelijk. Er zijn echter meldingen geweest dat cellen die in 3D-collageen worden gekweekt, geen organoïden met knoppen kunnen vormen42,43 of onderhoud op lange termijn kunnen ondersteunen. In de handel verkrijgbare EME-producten zijn heterogene mengsels van extracellulaire eiwitten, voornamelijk laminine en collageen IV44. Daarom zou de verschillende samenstelling van eiwitten en het vermogen van een epitheelcel om zich bezig te houden met de extracellulaire matrix met behulp van verschillende cellulaire complexen remodellering in EME mogelijk kunnen maken, maar niet in collageen I. Of van collageen I afgeleide monolagen in EME kunnen worden geplaatst om de vorming en groei van organoïden te ondersteunen, is niet getest.
Genetische manipulatie van het darmorganoïdemodel van ratten wordt hier beschreven, en protocollen voor lentivirale transductie van 3D-organoïden en transiënte transfectie van 2D-monolagen worden geschetst. Om de lage efficiëntie van lentivirale organoïdetransductie te ondervangen, werd een protocol ontwikkeld voor de transiënte transfectie van 2D-monolagen. De vlakke morfologie en blootgestelde apicale domeinen van monolagen zorgen voor een gemakkelijkere toegang tot virussen en DNA-bevattende complexen. Voor de validatie van deze techniek werd gebruik gemaakt van de expressie van een EGFP-verslaggever met behulp van de pLJM1-EGFP-vector. De expressie van de GFP-reporter werd na 24 uur waargenomen en werd gedurende 5-6 dagen in monolagen gehandhaafd. Toekomstige studies die zich richten op lentivirale transductie van monolagen zullen waarschijnlijk een hogere efficiëntie hebben dan 3D-organoïdetransductie. Met behulp van de bovenstaande protocollen kunnen 3D-organoïden worden hervormd uit geïnfecteerde 2D-monolagen om het creëren van stabiele lijnen te vergemakkelijken. Met zorg kunnen de darmorganoïdenlijnen van ratten met succes meer dan een jaar worden onderhouden, stabiel blijven gedurende vele passages, gecryopreserveerd, met succes ontdooid en genetisch gemodificeerd met behulp van lentivirale transductie, waardoor wordt ingespeeld op de behoefte aan een toegankelijk en behandelbaar in vitro darmorganoïdemodel dat fysiologische relevantie voor mensen behoudt.
The authors have nothing to disclose.
We danken de leden van de laboratoria van Sumigray en Ameen voor hun doordachte discussies. Dit werk werd ondersteund door een Charles H. Hood Foundation Child Health Grant en een Cystic Fibrosis Foundation-subsidie (004741P222) aan KS en door het National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases van de National Institutes of Health aan NA onder toekenningsnummer 2R01DK077065-12.
3-D Culture Matrix Rat Collagen I | Cultrex/R&D Systems | 3447-020-01 | |
70 µm cell strainer | Corning/Falcon | 352350 | |
Advanced DMEM/F12 | Gibco/Thermo Fisher | 12634010 | |
Amphotericin B | Sigma Aldrich | A2942-20ML | |
B-27 Supplement (50X), serum free | Thermo Fisher | 17504044 | |
CHIR99021 | Cayman Chemical | 13122 | |
CryoStor | Stem Cell Technologies | 100-1061 | |
Cultrex HA-Rspondin1-Fc 293T cells | R & D Systems | 3710-001-01 | |
DAPI (4',6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride) | Molecular Probes/Thermo Fisher | D1306 | |
FBS | Gibco/Thermo Fisher | 16-000-044 | |
Gastrin I (human) | Sigma Aldrich | G9145 | |
Gentle Cell Dissociation Reagent | Stem Cell Technologies | 100-0485 | |
Glutamax | Thermo Fisher | 35-050-061 | |
Growth factor-reduced Matrigel, phenol red-free | Corning | 356231 | |
HEPES | AmericanBio | AB06021 | |
Lanolin | Beantown Chemical | 144255-250G | |
L-glutamine | Gibco/Thermo Fisher | A2916801 | |
L-Wnt3a cells | ATCC | CRL-2647 | |
N-2 Supplement (100X) | Thermo Fisher | 17502-048 | |
N-acetylcysteine | Sigma Aldrich | A9165-5G | |
Nicotinamide | Sigma Aldrich | N0636 | |
Opti-MEM I Reduced Serum Medium | Gibco/Thermo Fisher | 31985070 | |
Paraffin | Fisher Scientific | P31-500 | |
Parafilm | Sigma Aldrich | P7793 | transparent film |
PBS | Thermo Fisher | 10010023 | |
Penicillin/Streptomycin | Gibco/Thermo Fisher | 15140122 | |
pLJM1-EGFP | Addgene | 19319 | |
Polybrene | Millipore | TR-1003-G | |
Polyethylenimine hydrochloride (PEI) | Sigma Aldrich | 764965 | |
p-phenylenediamine | Acros Organics/Thermo Fisher | 417481000 | |
Puromycin | VWR | J593-25mg | |
Recombinant human FGF2 protein | Peprotech | 100-18B-250ug | |
Recombinant human IGF-1 protein | Biolegend | B356441 | |
Recombinant human Noggin protein | R & D Systems | 6057-NG-100 | |
Recombinant mouse EGF protein | Thermo Fisher | PMG8041 | |
Sprague Dawley rat | Charles River Laboratories | Strain 001 | |
Triton X-100 | American Bioanalytical | AB02025-00500 | |
TrypLE Express Enzyme | Gibco/Thermo Fisher | 12604013 | |
Y27632 dihydrochloride | Sigma Aldrich | Y0503 |