Skjelettstrikkede muskler representerer i gjennomsnitt 40% av vekten av den totale menneskekroppen¹. Muskelfibre utviser en bemerkelsesverdig evne til regenerering ved skade, som er beskrevet ved fusjon av nydannede myocytter og generering av nye myofibre som erstatter de skadede². I 1961 rapporterte Alexander Mauro en populasjon av mononukleære celler som han betegnet som satellittceller³. Disse stamcellene uttrykker transkripsjonsfaktorparet boks 7 (PAX7), og ligger mellom basal lamina og sarcolemma av muskelfibre⁴. De ble rapportert å uttrykke klyngen av differensiering 34 (CD34; en hematopoietisk, endotelial stamfar og mesenkymal stamcellemarkør), integrin alfa 7 (ITGA7; en glatt, hjerte- og skjelettmuskelmarkør), samt C-X-C kjemokinreseptor type 4 (CXCR4; en lymfocytt, hematopoietisk og satellittcellemarkør)⁵. I basale forhold bor satellittceller i et bestemt mikromiljø som holder dem i hviletilstand⁶. Ved muskelskade blir de aktivert, sprer seg og gjennomgår myogenese⁷. Imidlertid, som bare bidrar til en mindre brøkdel av det totale antall muskelceller, er deres genombrede analyser spesielt utfordrende, spesielt under fysiologiske innstillinger (<1% av totale celler).

Ulike metoder for kromatinisolering fra satellittceller har blitt beskrevet, som involverer kromatinimmunutfelling etterfulgt av massiv parallell sekvensering (ChIP-seq) eller spaltning under mål og tagmentation (CUT&Tag) eksperimenter. Likevel presenterer disse to teknikkene noen betydelige begrensninger som forblir uimotsagt. Faktisk krever ChIP-seq en høy mengde utgangsmateriale for å generere nok kromatin, hvorav en stor andel går tapt under sonikeringstrinnet. CUT&Tag er mer egnet for lavt cellenummer, men genererer flere off-target spaltningssteder enn ChIP-seq på grunn av Tn5-transposaseaktiviteten. I tillegg, siden dette enzymet har høy affinitet for åpne kromatinregioner, kan CUT&Tag-tilnærmingen fortrinnsvis brukes til å analysere histonmodifikasjoner eller transkripsjonsfaktorer assosiert med aktivt transkriberte regioner av genomet, i stedet for taushet heterokromatin ^8,9.

Presentert her er en detaljert protokoll som tillater isolering av mus lem muskel satellittceller av FACS for spaltning under mål og frigjøring ved hjelp av nuklease (CUT &RUN) ^10,11 analyse. De ulike trinnene involverer mekanisk forstyrrelse av vev, cellesortering og kjerneisolering. Metodens effektivitet, med hensyn til fremstilling av en levedyktig cellesuspensjon, ble demonstrert ved å utføre CUT&RUN-analyse for kovalente histonmodifikasjoner og transkripsjonsfaktorer. Kvaliteten på isolerte celler gjør den beskrevne metoden spesielt attraktiv for fremstilling av kromatin som fanger den opprinnelige genomiske okkupasjonstilstanden trofast, og vil sannsynligvis være egnet for å fange kromosomkonformasjonen i kombinasjon med høy gjennomstrømningssekvensering på spesifikke steder (4C-seq) eller på genombrede nivåer (Hi-C).