骨骼横纹肌平均占人体总重量的 40%¹。肌肉纤维在受伤时表现出显着的再生能力，这可以通过新形成的肌细胞的融合和取代受损肌纤维的新肌纤维的产生来描述²。1961年，亚历山大·毛罗（Alexander Mauro）报道了一组单核细胞，他称之为卫星细胞³。这些干细胞表达转录因子配对盒 7 （PAX7），位于基底层和肌纤维肌节之间⁴。据报道，它们表达分化簇 34（CD34;一种造血、内皮祖细胞和间充质干细胞标志物）、整合素 α7（ITGA7;一种平滑、心脏和骨骼肌标志物）以及 C-X-C 趋化因子受体 4 型（CXCR4;一种淋巴细胞、造血和卫星细胞标志物）⁵。在基础条件下，卫星细胞位于特定的微环境中，使它们保持静止状态⁶。肌肉损伤后，它们被激活、增殖并发生肌生成⁷。然而，它们只占肌肉细胞总数的一小部分，它们的全基因组分析特别具有挑战性，尤其是在生理环境下（占总细胞的<1%）。

已经描述了从卫星细胞中分离染色质的各种方法，包括染色质免疫沉淀，然后进行大规模平行测序 （ChIP-seq） 或靶标切割和标记 （CUT&Tag） 实验。然而，这两种技术存在一些重要的局限性，这些局限性仍然没有受到挑战。事实上，ChIP-seq 需要大量的起始材料来产生足够的染色质，其中很大一部分在超声处理步骤中丢失。CUT&Tag 更适合低细胞数，但由于 Tn5 转座酶活性，与 ChIP-seq 相比，CUT&Tag 产生更多的脱靶切割位点。此外，由于该酶对开放染色质区域具有高亲和力，因此 CUT&Tag 方法可能优先用于分析与基因组活跃转录区域相关的组蛋白修饰或转录因子，而不是沉默的异染色质 ^8,9。

这里介绍的是一个详细的方案，允许通过FACS分离小鼠肢体肌肉卫星细胞，以便在靶标下进行切割，并使用核酸酶（CUT&RUN）^10,11分析释放。各个步骤涉及组织的机械破坏、细胞分选和细胞核分离。通过对共价组蛋白修饰和转录因子进行CUT&RUN分析，证明了该方法在制备活细胞悬液方面的效率。分离细胞的质量使得所描述的方法对于制备染色质特别有吸引力，该染色质可以忠实地捕获天然基因组占有状态，并且可能适用于捕获特定位点（4C-seq）或全基因组水平（Hi-C）的高通量测序。