Summary

여러 개의 작은 유기체에서 자동화된 다중 모드 자극 및 동시 신경 기록

Published: March 03, 2023
doi:

Summary

우리는 많은 Caenorhabditis elegans 벌레의 유연한 화학적 및 다중 모드 자극과 동시 신경 활동의 기록 방법을 제시합니다. 이 방법은 미세 유체 공학, 오픈 소스 하드웨어 및 소프트웨어, 감독 자동화 데이터 분석을 사용하여 적응, 시간적 억제 및 자극 누화와 같은 신경 현상을 측정할 수 있습니다.

Abstract

형광 유전적으로 인코딩된 칼슘 지표는 개별 뉴런 수준에서 전체 뇌 회로에 이르기까지 신경 역학에 대한 우리의 이해에 크게 기여했습니다. 그러나 신경 반응은 이전 경험, 내부 상태 또는 확률적 요인으로 인해 달라질 수 있으므로 한 번에 많은 개인의 신경 기능을 평가할 수 있는 방법이 필요합니다. 대부분의 기록 기술은 한 번에 한 마리의 동물을 검사하는 반면, 우리는 광시야 현미경을 사용하여 한 번에 수십 개의 예쁜꼬마선충 또는 기타 서브밀리미터 규모의 유기체로 신경 기록을 확장하는 방법을 설명합니다. 오픈 소스 하드웨어 및 소프트웨어는 화학적, 광학적, 기계적, 열적 및 전자기 자극을 포함한 다양한 자극 유형의 강도와 타이밍을 제어하는 완전 자동화된 실험을 프로그래밍하는 데 뛰어난 유연성을 제공합니다. 특히, 미세유체 유동 장치는 초 미만의 시간 분해능으로 화학감각 자극의 정밀하고 반복 가능하며 정량적인 제어를 제공합니다. 그런 다음 NeuroTracker 반자동 데이터 분석 파이프라인은 개별 및 인구 전체의 신경 반응을 추출하여 신경 흥분성 및 역학의 기능적 변화를 발견합니다. 이 논문은 뉴런 적응, 시간적 억제 및 자극 누화를 측정하는 예를 제시합니다. 이러한 기술은 자극의 정밀도와 반복성을 높이고, 개체군 변동성을 탐색할 수 있으며, 세포 및 오가노이드에서 전체 유기체 및 식물에 이르기까지 소규모 생물 시스템의 다른 동적 형광 신호로 일반화할 수 있습니다.

Introduction

칼슘 이미징 기술은 형광 현미경 및 표적 세포에서 발현된 유전적으로 인코딩된 칼슘 지표를 사용하여 실시간으로 생체 내 신경 역학을 비침습적으로 기록할 수 있게 해주었다 1,2,3. 이러한 센서는 일반적으로 GFP-칼모듈린-M13 펩타이드(GCaMP) 패밀리와 같은 녹색 형광 단백질(GFP)을 사용하여 신경 활성화 및 세포 내 칼슘 수치 상승 시 형광 강도를 증가시킵니다. 칼슘 이미징은 선충 C. elegans에서 뉴런과 신경 회로가 살아 있고 행동하는 동물 4,5,6,7,8,9,10에서 어떻게 기능하는지 조사하는 데 특히 강력했습니다. 이러한 기술은 종종 작은 물리적 규모에서 생물학적, 화학적, 물리적 현상을 연구하기 위해 정밀하게 제어된 환경을 제공하는 미세유체 장치를 사용한다11,12. 신경 활동을 측정하기 위한 미세 유체 장치는 풍부하며 새로운 디자인이 지속적으로 개발 중이며 연구실에서 쉽게 제작할 수 있습니다. 그러나 많은 설계가 한 번에 한 마리의 동물을 가두어 실험 처리량을 7,9,13으로 제한합니다. 신경 반응은 종종 이전 경험의 차이, 스트레스 또는 배고픔과 같은 내부 상태 또는 유전자 발현 수준과 같은 확률적 요인으로 인해 동물마다 크게 다릅니다. 이러한 차이로 인해 많은 동물을 자극하고 관찰하는 동시에 개체로부터 정보를 추출할 수 있는 방법이 필요합니다4.

또한, 특정 신경조절 현상은 자극이 빠르게 연속적으로 발생할 때 반응의 짧은 억제를 의미하는 시간적 억제(temporal inhibition)14와 같은 특정 자극 조건에서만 명백해진다. 전기생리학적 시스템은 이러한 목적을 위해 광범위한 자극 공간에서 신경 활동을 유도할 수 있으며, 예를 들어 주기적 자극 트레인의 전기 펄스 전류, 전압, 주파수, 파형, 듀티 사이클 및 타이밍을 변조할 수 있습니다. 자연적으로 감지된 자극 또는 광유전학적 시스템에 의한 간접 자극은 유사한 범위의 제어 메커니즘으로부터 이익을 얻을 것입니다. 현재, 많은 자연적 자극은 유연성을 추가하는 데 느린 상용 시스템을 사용하여 냄새 표현 및 제거와 같은 간단한 “온-오프” 방식으로 제공됩니다. 그러나 저렴한 마이크로 컨트롤러는 이제 연구원의 요구에 맞게 사용자 정의 할 수있는 방식으로 여러 유형의 자극 전달을 자동화 할 수 있습니다. 미세 유체 공학과 결합 된이 시스템은 실험 처리량과 유연성을 증가시켜 많은 동물에서 다양한 정밀 자극에 대한 신경 반응을 동시에 측정 할 수 있도록하는 목표를 달성했습니다 4,6. 멀티모달 자극(multimodal stimulation)은 약물 노출과 같은 직교 섭동 전, 도중, 후에 지속적으로 자극할 때 신경 흥분성의 변화를 모니터링하는 것과 같이 신경 회로를 추가로 조사하는 데 사용할 수 있다4. 저렴한 개방형 현미경 시스템의 이점은 과학 연구를 발전시키는 데 분명하지만 실제로는 부품 소싱, 구성 및 성능 검증의 필요성이 이러한 기술의 채택을 방해할 수 있습니다.

이 프로토콜은 이러한 기술적 문제 중 일부를 완화하는 것을 목표로 합니다. 이전 프로토콜은 미세유체 장치 사용 및 기본 자극에 초점을 맞추었지만 9,15,17, 여기서는 이전에 설명한 미세유체 장치 4를 사용하는 예쁜꼬마선충 또는 기타 작은 유기체의 신경 이미징을 위한 유연하고 자동화된 다중 모드 자극 전달 시스템의 구성 및 사용을 설명합니다. 오픈 소스 시스템은 실험을 정의하기 위해 간단한 텍스트 파일을 통해 프로그래밍되며 NeuroTracker 데이터 분석 프로그램은 현미경 비디오에서 신경 활동 데이터를 반자동으로 추출합니다. 우리는 광유전학적 빛에 민감한 이온 채널을 발현할 때 다양한 음식 냄새에 반응하거나 빛에 반응하여 탈분극하는 화학감각 뉴런 AWA를 사용하여 시간적 억제, 탈억제 및 자극 누화를 평가하는 예를 통해 이 시스템을 보여줍니다 5,6.

Protocol

1. 신경 영상 장비 참고: 현미경 조명 타이밍, 이미지 획득 및 자극 전달을 제어하는 이미징 및 자극 시스템 구축에 대한 자세한 지침은 Lawler 및 Albrecht15를 참조하십시오(그림 1). 저렴한 Arduino Nano 자극 컨트롤러는 디지털 신호를 통해 밸브 컨트롤러에 대한 유체 밸브를 작동시키고 LED 컨트롤러에 대한 아날로그 전압 신호를 ?…

Representative Results

우리는 시간적 억제, 적응 및 탈억제를 포함하여 다양한 신경 현상을 평가하는 자극 패턴의 몇 가지 예를 제시합니다. 시간적 억제는 초기 발현 직후에 발생하는 두 번째 자극 제시에 대한 신경 반응의 일시적인 억제이다14. 이 현상을 테스트하기 위해 쌍 펄스 실험에서 0초에서 20초 범위의 간격으로 분리된 두 개의 1초 냄새 펄스로 구성된 8개의 패턴이 제시되었습니…

Discussion

이 프로토콜에서 우리는 다양한 자극 패턴의 시간적으로 정확한 전달을 사용하여 신경 활동 현상을 평가하기 위한 개방형 현미경 시스템을 설명합니다. 미세 유체 플랫폼은 수십 마리의 동물을 현미경 시야에 유지하면서 반복 가능한 자극을 전달합니다. 다양한 자극 타이밍 패턴을 쉽게 프로그래밍할 수 있는 상용 현미경 소프트웨어 패키지는 거의 없으며, 각 패턴 또는 독점 파일 형식을 수동으…

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

이러한 프로토콜을 테스트하고 원고를 검토해 주신 Fox Avery와 프로그래밍 지원을 요청해 주신 Eric Hall에게 감사드립니다. 본원에 제시된 방법에 대한 자금은 미국 국립과학재단(National Science Foundation 1724026, D.R.A.)에 의해 부분적으로 제공되었다.

Materials

Bacterial strains
E. coli (OP50) Caenorhabditis Genetics Center (CGC) Cat# OP50
Experimental models: Organisms/strains
C. elegans strains expressing GCaMP (and optionally, Chrimson) in desired neurons Caenorhabditis Genetics Center (CGC) or corresponding authors of published work NZ1091, for example
Chemicals, Treatments, and Worm Preparation Supplies
2,3-Butanedione Sigma-Aldrich Cat# B85307 diacetyl, example chemical stimulus
Calcium chloride, CaCl2 Sigma-Aldrich Cat# C3881
Fluorescein, Sodium salt Sigma-Aldrich Cat# F6377
Glass water repellant Rain-X Cat #800002250 glass hydrophobic treatment (single-use)
Magnesium chloride, MgCl2 Sigma-Aldrich Cat# M2393
Nematode Growth Medium (NGM) agar Genesee Cat #: 20-273NGM
Petri dishes (60 mm) Tritech Cat #T3305
Poly(dimethyl siloxane) (PDMS): Sylgard 184 Dow Chemical Cat# 1673921
Potassium phosphate monobasic Sigma-Aldrich Cat# P5655
Potassium phosphate dibasic Sigma-Aldrich Cat# P8281
Sodium chloride, NaCl Sigma-Aldrich Cat# S7653
(tridecafluoro-1,1,2,2-tetrahydrooctyl)trichlorosilane (TFOCS) Gelest CAS# 78560-45-9 glass hydrophobic treatment (durable)
Software and algorithms
Arduino IDE Arduino https://www.arduino.cc/en/software
ImageJ NIH https://imagej.nih.gov/ij/
MATLAB MathWorks https://www.mathworks.com/products/matlab.html
Micro-manager Micro-manager https://micro-manager.org/
Microscope control software Albrecht Lab https://github.com/albrechtLab/MicroscopeControl
Neurotracker data analysis software Albrecht Lab https://github.com/albrechtLab/Neurotracker
Automated Microscope and Stimulation System
Axio Observer.A1 inverted microscope set up for epifluorescence (GFP filter cubes, 5× objective or similar) Zeiss Cat #491237-0012-000
Excelitas X-cite XYLIS LED illuminator Excelitas Cat #XYLIS
Orca Flash 4.0 Digital sCMOS camera Hamamatsu Cat #C11440-22CU
Arduino nano Arduino Cat #A000005
3-way Miniature Diapragm Isolation Valve (LQX12) Parker Cat #LQX12-3W24FF48-000 Valve 1: Control
2-way normally-closed (NC) Pinch Valve Bio-Chem Valve Inc Cat #075P2-S432 Valve 2: Outflow
3-way Pinch Valve NResearch Cat #161P091 Valve 3: Stimulus selection
Optogenetic stimulation LED and controller (615 nm) Mightex Cat #PLS-0625-030-S and #SLA-1200-2
ValveLink 8.2 digital/manual valve controller AutoMate Scientific Cat #01-18
Wires and connectors various See Fig. 2 of Cell STARS Protocol (Lawler, 2021)
Microfluidic Device Preparation
Dremel variable speed rotary cutter 4000  Dremel Cat #F0134000AB Set speed to 5k RPM for cutting glass
Dremel drill press rotary tool workstation Dremel Cat #220-01
Diamond drill bit Dremel Cat #7134
Glass slide, 1 mm thick VWR Cat #75799-268
Glass scribe (Diamond scriber) Ted Pella Cat #54468
Luer 3-way stopcock Cole-Parmer Cat #EW-30600-07
Luer 23 G blunt needle VWR Cat #89134-100
Microfluidic device Corresponing author or fabricate from CAD files associated with this article N/A
Microfluidic device clamp Warner Instruments (or machine shop) P-2
Microfluidic tubing, 0.02″ ID Cole-Parmer Cat #EW-06419-01
Tube 19 G, 0.5″ New England Small Tube Cat #NE-1027-12

Referenzen

  1. Akerboom, J., et al. Genetically encoded calcium indicators for multi-color neural activity imaging and combination with optogenetics. Frontiers in Molecular Neuroscience. 6, 2 (2013).
  2. Badura, A., Sun, X. R., Giovannucci, A., Lynch, L. A., Wang, S. S. -. H. Fast calcium sensor proteins for monitoring neural activity. Neurophotonics. 1, 025008 (2014).
  3. Tian, L., et al. Imaging neural activity in worms, flies and mice with improved GCaMP calcium indicators. Nature Methods. 6 (12), 875-881 (2009).
  4. Larsch, J., Ventimiglia, D., Bargmann, C. I., Albrecht, D. R. High-throughput imaging of neuronal activity in Caenorhabditis elegans. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (45), 4266-4273 (2013).
  5. Larsch, J., et al. A circuit for gradient climbing in C. elegans chemotaxis. Cell Reports. 12 (11), 1748-1760 (2015).
  6. Lagoy, R. C., Albrecht, D. R. Automated fluid delivery from multiwell plates to microfluidic devices for high-throughput experiments and microscopy. Scientific Reports. 8, 6217 (2018).
  7. Schrödel, T., Prevedel, R., Aumayr, K., Zimmer, M., Vaziri, A. Brain-wide 3D imaging of neuronal activity in Caenorhabditis elegans with sculpted light. Nature Methods. 10 (10), 1013-1020 (2013).
  8. Lawler, D. E., et al. Sleep analysis in adult C. elegans reveals state-dependent alteration of neural and behavioral responses. The Journal of Neuroscience. 41 (9), 1892-1907 (2021).
  9. Reilly, D. K., Lawler, D. E., Albrecht, D. R., Srinivasan, J. Using an adapted microfluidic olfactory chip for the imaging of neuronal activity in response to pheromones in male C. elegans head neurons. Journal of Visualized Experiments. (127), e56026 (2017).
  10. Han, X., et al. A polymer index-matched to water enables diverse applications in fluorescence microscopy. Lab on a Chip. 21 (8), 1549-1562 (2021).
  11. Whitesides, G. M. The origins and the future of microfluidics. Nature. 442 (7101), 368-373 (2006).
  12. Albrecht, D. R., Bargmann, C. I. High-content behavioral analysis of Caenorhabditis elegans in precise spatiotemporal chemical environments. Nature Methods. 8 (7), 599-605 (2011).
  13. Chronis, N., Zimmer, M., Bargmann, C. I. Microfluidics for in vivo imaging of neuronal and behavioral activity in Caenorhabditis elegans. Nature Methods. 4 (9), 727-731 (2007).
  14. Cohen, R. A., Kreutzer, J. S., DeLuca, J., Caplan, B. Temporal Inhibition. Encyclopedia of Clinical Neuropsychology. , 2480-2481 (2011).
  15. Lawler, D. E., Albrecht, D. R. Monitoring neural activity during sleep/wake events in adult C. elegans by automated sleep detection and stimulation. STAR Protocols. 3 (3), 101532 (2022).
  16. Edelstein, A. D., et al. Advanced methods of microscope control using µManager software. Journal of Biological Methods. 1 (2), 10 (2014).
  17. Lagoy, R. C., Larsen, E., Lawler, D., White, H., Albrecht, D. R. Microfluidic devices for behavioral analysis, microscopy, and neuronal imaging in Caenorhabditis elegans. Methods in Molecular Biology. 2468, 293-318 (2022).
  18. NeuroTracker. GitHub Available from: https://github.com/albrechtLab/Neurotracker (2022)
  19. NeuroTracker User Guide. GitHub Available from: https://github.com/albrechtLab/Neurotracker (2022)
  20. Schindelin, J., et al. Fiji: An open-source platform for biological-image analysis. Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  21. Galotto, G. Chitin triggers calcium-mediated immune response in the plant model Physcomitrella patens. Molecular Plant-Microbe Interactions. 33 (7), 911-920 (2020).
  22. Qian, X., Song, H., Ming, G. Brain organoids: Advances, applications and challenges. Development. 146 (8), 166074 (2019).
  23. Ventimiglia, D., Bargmann, C. I. Diverse modes of synaptic signaling, regulation, and plasticity distinguish two classes of C. elegans glutamatergic neurons. eLife. 6, 31234 (2017).
  24. Boulin, T. Reporter gene fusions. WormBook. , (2006).

Play Video

Diesen Artikel zitieren
White, H., Kamara, V., Gorski, V., Busby, M., Albrecht, D. R. Automated Multimodal Stimulation and Simultaneous Neuronal Recording from Multiple Small Organisms. J. Vis. Exp. (193), e65042, doi:10.3791/65042 (2023).

View Video