Un protocollo che delinea la formazione di blastoidi umani che generano in modo efficiente, tempestivo e sequenziale cellule simili a blastocisti.
Un modello della blastocisti umana formata da cellule staminali (blastoidi) sosterrebbe i progressi scientifici e medici. Tuttavia, il suo potere predittivo dipenderà dalla sua capacità di ricapitolare in modo efficiente, tempestivo e fedele le sequenze di sviluppo della blastocisti (morfogenesi, specificazione, patterning) e di formare cellule che riflettono lo stadio della blastocisti. Qui mostriamo che le cellule staminali pluripotenti umane ingenue coltivate in condizioni PXGL e poi triplicate inibite per l’Ippopotamo, trasformando il fattore di crescita β e le vie chinasi regolate dal segnale extracellulare subiscono efficacemente la morfogenesi per formare blastoidi (>70%). In corrispondenza con i tempi di sviluppo (~ 4 giorni), i blastoidi srotolano la sequenza di specifiche della blastocisti producendo analoghi del trofoblasto e dell’epiblasto, seguiti dalla formazione di analoghi dell’endoderma primitivo e dei trofoblasti polari. Ciò si traduce nella formazione di cellule trascrizionalmente simili alla blastocisti (>96%) e una minoranza di analoghi post-impianto. I blastoidi modellano in modo efficiente formando l’asse embrionale-abembrionale segnato dalla maturazione della regione polare (NR2F2+), che acquisisce il potenziale specifico di attaccarsi direzionalmente alle cellule endometriali stimolate ormonalmente, come in utero. Un tale blastoide umano è un modello scalabile, versatile ed etico per studiare lo sviluppo umano e l’impianto in vitro.
La mancanza di modelli sperimentali ha limitato la comprensione dell’embriogenesi umana precoce. L’attuale conoscenza degli aspetti specifici dell’uomo dello sviluppo embrionale deriva da eccedenze di embrioni di fecondazione in vitro (FIV) donati per la ricerca. Tuttavia, la disponibilità limitata, le difficoltà di manipolazioni sperimentali e la qualità variabile degli embrioni ostacolano le indagini scientifiche. Al contrario, un modello fedele in vitro di embrioni umani consentirebbe complesse manipolazioni sperimentali, offrendo così un’opportunità etica per integrare la ricerca sugli embrioni umani 1,2,3,4. Un modello precedentemente sviluppato di blastocisti di topo combina cellule staminali embrionali di topo e cellule staminali di trofoblasto5. In questo protocollo dettagliato, viene descritto un metodo per generare un modello della blastocisti umana da cellule staminali pluripotenti ingenue che è fedele ai criteri elementari della blastocisti6.
Quattro criteri per i blastoidi umani. Qui, nel tentativo di stabilire una definizione standardizzata di blastoidi umani, proponiamo quattro criteri minimi. Sebbene non esaustivi, questi criteri potrebbero servire come base per valutare i parametri che consentono la formazione di blastoidi umani (Figura 1A). (1) I blastoidi dovrebbero formarsi in modo efficiente in termini di morfologia e di generazione degli analoghi dei tre lignaggi, vale a dire, epiblasto (Epi), trofoectoderma (TE) ed endoderma primitivo (PrE). È probabile che l’inefficienza indichi uno stato cellulare iniziale inadeguato o/o una condizione di coltura (ad esempio, mezzo blastoide). (2) I blastoidi dovrebbero generare analoghi dei tre lignaggi secondo la sequenza di sviluppo (Epi/TE prima, PrE/polarTE ultima)7,8 e la tempistica (induzione ~ 3 giorni; giorni embrionali 5-7)7,9. (3) I blastoidi dovrebbero formare analoghi dello stadio di blastocisti, ma non degli stadi post-impianto (ad esempio, epiblasto post-impianto, trofoblasto o cellule di amnione). (4) Infine, i blastoidi dovrebbero essere in grado di ricapitolare le caratteristiche funzionali dell’impianto e dello sviluppo della blastocisti. Utilizzando questo protocollo, i blastoidi umani si formano in modo efficiente utilizzando più linee cellulari (>70%), sono in grado di generare gli analoghi cellulari della blastocisti in sequenza ed entro 4 giorni, e gli analoghi sono trascrizionalmente simili allo stadio di blastocisti (>96% sulla base di diverse analisi)6,10,11. Infine, i blastoidi generano in modo robusto l’asse embrionale-abembrionale, che consente loro di interagire con le cellule endometriali stimolate ormonalmente attraverso la regione polare ed espandere robustamente i lignaggi su coltura estesa (equivalente nel tempo: giorno embrionale 13).
Importanza dello stato iniziale della cella. Le cellule staminali pluripotenti umane (hPSC) possono essere stabilizzate in diversi stati che tentano di catturare precise fasi di sviluppo. Questi stati sono sostenuti da condizioni di coltura che, sebbene ancora non ottimali, vincolano le cellule inuno stadio epiblastico pre-impianto (~ giorni embrionali 5-7) o post-impianto (~ giorni embrionali 8-14). L’analisi trascrittomica ha mostrato che le hPSC coltivate in PD0325901, XAV939, Gö6983 e il fattore inibitorio della leucemia (LIF; denominate hPSC naïve PXGL)13,14 sono più simili all’epiblasto di blastocisti rispetto alle hPSC coltivate nel fattore di crescita dei fibroblasti (FGF) 2 e nell’activina15 (denominate hPSC innescate12) e alle cellule staminali pluripotenti estese umane (hEPSCs)16 (cfr. analisi nei riferimenti17, 18,19). Di conseguenza, il trascrittoma delle hPSC innescate corrisponde meglio con un epiblasto di scimmia cynomolgus post-impianto / pre-gastrulazione20. Ulteriori criteri molecolari, come l’espressione del trasposone, la metilazione del DNA e lo stato del cromosoma X, hanno confermato che le variazioni dello stato naïve assomigliano più da vicino all’epiblasto di blastocisti rispetto allo stato innescato17,21. Infine, linee di hPSC ingenue sono state derivate con successo direttamente dalle blastocisti utilizzando le condizioni di coltura PXGL22.
Le prime cellule di blastocisti umana non sono ancora impegnate. La specifica del lignaggio murino si verifica dallo stadio di morula che precede lo stadio di blastocisti23. Al contrario, esperimenti di dissociazione e riaggregazione hanno dimostrato che le cellule trofoectodermiche umane delle blastocisti precoci non sono ancora impegnate24. Di conseguenza, l’analisi delle cellule delle blastocisti umane mediante sequenziamento dell’RNA a singola cellula (scRNAseq) ha dimostrato che la prima specifica di lignaggio (trofoblasto/epiblasto) si verifica dopo la formazione della cavità della blastocisti7. Questa specifica umana differita è correlata alle osservazioni che le hPSC sono potenti per formare trofoblasti 25,26,27 quando le PSC di topo sono in gran parte impegnate nel lignaggio degli epiblasti. Queste osservazioni combinate hanno portato alla possibilità che le hPSC ingenue riflettano uno stadio di blastocisti e mantengano il potenziale per formare i tre lignaggi di blastocisti. Ultimamente, la potenza delle hPSC per specificare analoghi extraembrionali è stata proposta per passare dal trofoectoderma all’amnione durante la progressione dallo stato naïve a quello innescato27. Pertanto, le hPSC naïve sono più simili allo stadio preimpianto 17,18,21 e hanno una maggiore capacità di formare trofoblasti rispetto alle hPSC innescate27, hEPSCs 16 o stati riprogrammati intermedi28, che sono inclini a formare analoghi post-impianto10 (Figura 1B ). Lo stato cellulare iniziale è quindi cruciale per formare gli analoghi extraembrionali appropriati. Sebbene rimanga da fare un’analisi approfondita affiancata degli analoghi del trofoectoderma convertiti, uno stato naïve PXGL che riflette la blastocisti precoce sembra importante per formare blastoidi ad alta fedeltà.
Sollecitazione della specificazione e della morfogenesi mediante segnalazione dell’inibizione delle vie. L’inibizione della via di segnalazione hippo è un meccanismo conservato che guida la specifica del trofoblasto in topi, mucche eumani 9,29,30. Inoltre, dal 2013, è noto che l’inibizione del NODAL (A83-01) e della chinasi extracellulare regolata dal segnale (ERK; PD0325901 o equivalente) e l’attivazione delle vie di segnalazione della proteina morfogenetica ossea (BMP) innesca hPSC innescate per attivare la rete trascrizionale associata al lignaggio del trofoblasto 25,31,32,33,34. Inoltre, recentemente diversi rapporti hanno anche confermato che l’inibizione della via NODAL ed ERK e l’attivazione del BMP facilitano la differenziazione del trofoblasto dalle hPSC naïve 25,31,32,33,34. Infine, se la specificazione del trofoblasto viene attivata da uno stato naïve, le cellule ricapitolano aspetti della progressione evolutiva del trofoectoderma26. Tuttavia, le linee auto-rinnovanti che riflettono il trofoectoderma della blastocisti non sono state stabilizzate in vitro. Seguendo la specifica del trofoblasto, l’induzione del fattore di crescita epidermico (EGF) e delle vie di segnalazione Wnt insieme all’inibizione dell’HDAC potrebbe facilitare la progressione dello sviluppo del trofoblasto 34,35 e stabilizzare le cellule in linee di cellule staminali del trofoblasto umano (hSTC) che riflettono i citotrofoblasti post-impianto 18,35. Tali linee possono essere derivate sia da blastocisti che da tessuti placentari35.
Il secondo lignaggio extraembrionale, chiamato PrE, è specificato dopo i trofoblasti e ha origine dall’epiblasto 7,9. Contrariamente al murino PrE36, si pensa che la controparte umana sia indipendente dalla segnalazione FGF37,38. Le linee che riflettono l’endoderma extraembrionale (chiamato nEnd) sono state stabilite da hPSC ingenue mediante induzione di vie di segnalazione utilizzando l’activina A, Wnt e LIF39. Incoerente con gli esperimenti di inibizione embrionale, l’inibizione ERK ha dimostrato di prevenire la formazione di tali cellule nEND in vitro39. Fino ad ora, tali linee non sono state derivate direttamente dalle blastocisti.
Ultimamente, i modelli dell’embrione precoce sono stati formati combinando variazioni dei mezzi precedentemente sviluppati per hTSCs35 e cellule nEND39 utilizzando così attivatori del fattore di crescita trasformante – β (TGF-β), EGF e Wnt vie di segnalazione28,40. Questi modelli embrionali si formano a bassa efficienza (10%-20%) e formano cellule simili allo stadio post- piuttosto che pre-impianto10, compresi analoghi dell’epiblasto post-impianto, trofoblasto, amnione, gastrula, tessuti mesodermici (~ giorno embrionale 14) e citotrofoblasti10. Al contrario, una tripla inibizione delle vie hippo, ERK e TGF-β guida in modo efficiente la formazione di blastoidi comprendenti cellule simili a blastocisti41. Insieme allo stato cellulare iniziale, proponiamo che l’inibizione delle triple vie (Hippo, ERK, TGF-β) sia il secondo parametro essenziale per formare blastoidi ad alta fedeltà (Figura 1B).
Valutazione dello stato cellulare e dello stadio riflesso utilizzando scRNAseq. Gli stati delle cellule che compongono blastoidi possono essere valutati attraverso l’analisi scRNAseq. La loro somiglianza trascrizionale con specifici stadi embrionali può essere misurata utilizzando solo cellule blastoidi e confrontandole con hPSC innescate o hSTC che riflettono gli stadi post-impianto20,35. L’esecuzione di analisi dei cluster utilizzando diversi livelli di definizione rivela come le sottopopolazioni si fondono progressivamente quando la definizione diminuisce, rivelando così le somiglianze dei cluster. Sebbene l’ottimalità nel numero di cluster possa essere misurata42, il clustering ad alta risoluzione informa anche sull’eventuale presenza di piccole sottopopolazioni anormali, ad esempio riflettendo le fasi post-impianto10. I geni differenzialmente espressi tra i cluster possono fornire informazioni sui loro analoghi nel processo di sviluppo valutando i livelli di espressione dei set di geni di riferimento che definiscono i lignaggi specifici dello stadio. Ciò consente di misurare l’arricchimento delle sottopopolazioni di blastoidi attraverso mappe di distanza non supervisionate (ad esempio, utilizzando geni arricchiti dall’alto) o mediante analisi di arricchimento del set genico (GSEA)43. Usando questo protocollo blastoide, si formano solo tre cluster principali che riflettono trascrizionalmente i tre lignaggi di blastocisti. Un cluster comprende sia le hPSC naïve iniziali che l’analogo epiblastico dei blastoidi. L’analisi delle cellule in diversi punti temporali ha mostrato la natura sequenziale delle specifiche dei lignaggi (i trofoblasti iniziano a specificare entro 24 ore e le cellule endodermiche primitive entro 60 ore). Un clustering ad alta risoluzione ha catturato una sottopopolazione di cellule (3,2%) che esprimono geni specifici per gli embrioni dello stadio di gastrulazione (possibilmente mesoderma o amnione). Da notare, le hPSC naïve iniziali comprendevano anche il 5% di cellule simili al post-impianto, come descritto in precedenza44. In una seconda analisi, le cellule blastoidi possono essere fuse in silico con cellule di riferimento isolate da concepti in diversi stadi 45,46,47 al fine di dedurre l’equivalenza di stadio. Qui sono state utilizzate come punti di riferimento cellule isolate dal concetto preimpianto 45,46, blastocisti in vitro coltivate 45 ed embrioni in stadio di gastrulazione47. Usando questo protocollo, è stato quantificato che le cellule blastoidi non corrispondenti rivelate dal clustering ad alta risoluzione si raggruppano effettivamente con mesoderma e amnione post-impianto. Nelle fasi future, il benchmarking del trascrittoma dovrebbe essere integrato con l’analisi dell’espressione del trasposone, della metilazione del DNA e dello stato del cromosoma X che forniscano anche punti di riferimento delle fasi di sviluppo21.
Valutazione della formazione degli assi e di altre funzionalità dei blastoidi umani. Una blastocisti matura è caratterizzata dalla formazione dell’asse embrionale-abembrionale che modella i trofoblasti per l’impianto. Utilizzando questo protocollo blastoide, un asse si forma robustamente esemplificato da una maturazione dei trofoblasti prossimali (ad esempio, NR2F2 + / CDX2-) che acquisiscono la capacità di attaccarsi alle cellule organoidi endometriali solo quando sono stimolate ormonalmente48,49. Il confronto con trofosfere che non formano l’epiblasto mostra che queste cellule interne inducono trofoblasti adiacenti a maturare in modo da mediare l’attaccamento iniziale all’endometrio. Quando coltivati in un terreno di coltura esteso progettato per le blastocisti di scimmia cynomolgus50, tutti e tre i lignaggi del blastoide si espandono costantemente per sei giorni aggiuntivi (equivalente al giorno 13) sebbene la loro organizzazione non rifletta quella fase di sviluppo.
L’implicazione di blastoidi umani ad alta efficienza e alta fedeltà. La conservazione dei principi di sviluppo che sono stati scoperti negli organismi modello è intrinsecamente difficile da testare nel conceptus umano a causa dell’accesso limitato e delle difficoltà tecniche nel manipolarlo geneticamente e fisicamente. Un modello blastoide ad alta efficienza e ad alta fedeltà consentirebbe screening genetici e farmacologici ad alto rendimento, che sono alla base delle scoperte scientifiche e biomediche. Inoltre, l’incorporazione di complesse modificazioni genetiche per alterare e registrare i processi biologici integrerebbe tali studi. Nel complesso, proponiamo che la tripla inibizione (Hippo, TGF-β, ERK) delle hPSC PXGL naïve sia conduttiva per la formazione efficiente di blastoidi umani ad alta fedeltà conformi ai quattro criteri minimi. La natura scalabile e versatile di questo protocollo lo rende adatto a generare ipotesi mirate che possono poi essere convalidate utilizzando blastocisti umane. In quanto tali, i blastoidi umani non sostituiranno l’uso del conceptus umano per la ricerca in vitro , ma potrebbero agire come un modo potente per incanalare la ricerca attraverso approcci sperimentali precedentemente inaccessibili al centro del processo di scoperta scientifica e biomedica. Il protocollo mostra come formare blastoidi umani e anche come analizzare le cellule contenute all’interno del blastoide.
Nel presente studio, mostriamo, passo dopo passo, come stabilire blastoidi umani ad alta efficienza utilizzando un protocollo semplice e robusto. Dopo l’aggregazione di hPSC PXGL naïve e la loro tripla inibizione, i blastoidi si formano in modo efficiente (> 70%) e generano sequenzialmente i 3 analoghi della blastocisti entro 4 giorni. Limitazioni nell’efficienza e nella qualità dei blastoidi (ad esempio, presenza di cellule fuori bersaglio) possono verificarsi se lo stato iniziale è sub-ottimale. Da notare, abbiamo misurato che le hPSC PXGL contengono circa il 5% delle cellule che riflettono le fasi post-impianto. Queste cellule potrebbero limitare la formazione di blastoidi di alta qualità. Oltre allo stato iniziale ingenuo di PXGL che riflette l’epiblasto di blastocisti, un altro fattore cardine è il mezzo utilizzato per la formazione di blastoidi. Al fine di formare rapidamente cellule simili alla blastocisti e prevenire la formazione di cellule fuori bersaglio, simili al post-impianto, proponiamo che l’inibizione delle triple vie (Hippo, ERK, TGF-β) sia essenziale. Mentre diverse linee cellulari danno diverse rese di blastoide su ERK / TGF-β inibizione (generalmente intorno al 10% -20%), l’esposizione a LPA provoca la formazione di una resa blastoide altrettanto elevata su tutte le linee cellulari, utilizzando rigorosi criteri di specifica morfometrica e di lignaggio. LPA agisce probabilmente sull’inibizione della via hippo, che svolge un ruolo critico nella prima segregazione del lignaggio tra i lignaggi epiblasto e trofoectoderma nel topo e nell’uomo 8,51. Il significativo miglioramento dell’efficienza del blastoide da parte dell’LPA suggerisce che i meccanismi di specificazione delle cellule interne-esterne mediate dalla via hippo in gioco nella blastocisti sono cooptati durante la formazione dei blastoidi. Un limite attuale risiede nel fatto che, a causa di una sub-ottimalità dei protocolli utilizzati per la coltura di blastocisti o blastoidi umani al giorno 7-13 equivalente al tempo (dopo la formazione di blastocisti/blastoidi), non siamo in grado di valutare in che misura possiamo modellare correttamente lo sviluppo post-impianto.
L’analisi dello stato trascrittomico delle cellule blastoidi può essere facilmente ottenuta utilizzando scRNAseq, mappe di riferimento adeguate e metodi bioinformatici. In precedenza, l’analisi trascrittomica ha mostrato che le hPSC coltivate in PXGL sono più simili all’epiblasto di blastocisti rispetto allo stato innescato. Limitazioni nell’analisi dei dati possono verificarsi se la mappa di riferimento comprende solo cellule allo stadio di blastocisti. La mappa di riferimento dovrebbe includere cellule provenienti da embrioni post-impianto al fine di valutare la presenza di potenziali cellule fuori bersaglio. In futuro, al fine di confrontare le cellule blastoidi, una mappa di riferimento che includa tutti i tessuti del conceptus umano pre e post-impianto sarebbe estremamente preziosa. Inoltre, le mappe di riferimento multi-omiche a singola cellula, ad esempio includendo il trascrittoma, l’accessibilità alla cromatina e la metilazione del DNA, aiuterebbero ulteriormente. Infine, i metodi bioinformatici standardizzati per valutare quantitativamente le somiglianze tra le cellule dei modelli embrionali e i concetti di riferimento e per identificare positivamente le cellule fuori bersaglio aiuterebbero ulteriormente ad analizzare e confrontare in modo imparziale i risultati.
Complessivamente, i blastoidi formati dalla tripla inibizione delle vie Hippo, TGF-β ed ERK possiedono le quattro caratteristiche di 1) morfogenesi altamente efficiente, 2) sequenza corretta di specifiche di lignaggio, 3) elevata purezza di cellule simili a blastocisti a livello di trascrittoma, 4) capacità di modellare lo sviluppo del perimpianto. Queste caratteristiche dei blastoidi faciliteranno la costruzione di ipotesi sullo sviluppo e l’impianto di blastocisti, tuttavia, non ricapitolano le fasi precedenti dello sviluppo embrionale. In contrasto con la limitata accessibilità e versatilità della blastocisti umana, i blastoidi sono suscettibili di screening genetici e farmacologici per le indagini funzionali dello sviluppo e dell’impianto di blastocisti. In futuro, tali conoscenze di base potrebbero contribuire a migliorare la formulazione dei mezzi di fecondazione in vitro, lo sviluppo di contraccettivi post-fecondazione e una migliore gestione della gravidanza precoce.
The authors have nothing to disclose.
Questo progetto ha ricevuto finanziamenti dal Consiglio europeo della ricerca (CER) nell’ambito del programma di ricerca e innovazione Horizon 2020 dell’Unione europea (accordo di sovvenzione ERC-Co n. 101002317 “BLASTOID: una piattaforma di scoperta per l’embriogenesi umana precoce”). H.H.K. è sostenuto dall’Austrian Science Fund (FWF), Lise Meitner Programme M3131-B. Ringraziamo Yasuhiro Takashima per aver condiviso le linee cellulari H9 e H9-GFP e Austin Smith, Peter Andrews e Ge Guo per aver condiviso le linee cellulari HNES1, Shef6, niPSC 16.2b e cR-NCRM2. Ringraziamo Hossein Baharvand per aver condiviso gli organoidi endometriali. Ringraziamo Joshua M. Brickman per aver condiviso l’RNA isolato dalle cellule differenziate PrE e dalle cellule nEND. Ringraziamo Shankar Srinivas per aver condiviso i dati di sequenziamento dell’RNA unicellulare dell’embrione di peri-gastrulazione. Ringraziamo Aleksand Bykov e Luisa Cochella per l’assistenza tecnica per la preparazione della biblioteca SMARTSeq2. Ringraziamo la struttura NGS, Biooptic e Stem Cell dell’IMBA per l’assistenza critica.
Neurobasal media | in house | ||
DMEM/F12 | in house | ||
100X N2 supplemen | Gibco | 17502048 | |
50X B27 supplement | Gibco | 17504044 | |
100X Glutamax | Gibco | 35050038 | |
100 mM Sodium Pyruvate | Gibco | 11360039 | |
MEM-Non-essential amino acids | Gibco | 11140050 | |
1 M Hepes | in house | ||
50 mM 2-Mercaptoethanol | Thermofisher | 31350010 | |
100X Penicillin-Streptomycin | Sigma-Aldrich | P0781 | |
Bovine Serum Albumin solution | Sigma-Aldrich | A7979 | |
PD0325901 | Medchem express | HY-10254 | |
XAV-939 | Medchem express | HY-15147 | |
Gö 6983 | Medchem express | HY-13689 | |
Human recombinant Leukemia Inhibitory Factor | in house | ||
A83-01 | Medchem express | HY-10432 | |
1-Oleoyl Lysophosphatidic acid (LPA) | Peprotech | 2256236 | |
Y-27632 | Medchem express | HY-10583 | |
CMRL medium | Gibco | 21530027 | |
Fetal Bovine Serum (FBS) | Sigma-Aldrich | F7524 | |
KnockOut Serum Replacement (KSR) | Thermofisher | 10-828-028 | |
Accutase | Biozym | B423201 | cell detachment solution |
Geltrex | Thermofisher | A1413302 | growth factor basement membrane extract |
TROP2 antibody | R&D systems | MAB650 | |
PDGFRα antibody | R&D systems | AF307 | |
SC-144 | Axon | 2324 | |
XMU-MP-1 | Med Chem Express | HY-100526 | |
Matrigel | basement membrane matrix | ||
Countess cell counting chamber slides | Thermo fisher | cell counting slides | |
DAPI Staining Solution | Miltenyi Biotec | 130-111-570 |